genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  71  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22469115--22469240	33	3.5	33	70	22	101	36	26	16	19	1.93
22468963--22469244	76	3.8	74	82	9	360	32	26	19	21	1.97
22469188--22469269	27	2.7	31	81	10	91	34	30	20	14	1.93
22470474--22470513	4	10.0	4	100	0	80	25	0	25	50	1.50
22470912--22471024	56	2.0	56	98	0	217	49	9	8	31	1.66
22481294--22481431	42	3.5	43	70	23	138	30	26	21	21	1.98
22481337--22481566	33	6.6	33	69	21	139	33	26	19	20	1.96
22481257--22481468	76	2.8	75	89	3	311	30	26	21	21	1.98
22481368--22481599	102	2.3	102	94	0	410	32	26	19	21	1.97
22481546--22481598	27	1.9	28	96	3	99	28	30	22	18	1.98
22489270--22490093	412	2.0	412	93	0	1427	36	20	7	36	1.80
22490200--22490345	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
22490309--22490577	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
22490352--22490571	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
22490309--22490577	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
22496877--22497041	49	3.2	49	80	12	145	29	19	27	23	1.98
22498252--22498366	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
22498252--22498385	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
22505657--22505785	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
22508618--22508670	19	2.8	20	77	13	58	30	22	3	43	1.71
22515281--22515311	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22515364--22515400	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22517829--22518183	90	3.9	89	76	12	325	30	17	21	30	1.96
22517817--22518223	94	4.4	94	77	13	375	30	18	20	30	1.97
22517960--22518256	44	6.6	44	73	13	203	31	19	19	28	1.97
22517925--22518254	182	1.8	182	86	3	477	31	18	20	30	1.96
22520368--22520440	26	2.8	26	73	8	67	34	24	4	36	1.75
22521942--22522359	207	2.0	207	96	0	764	32	18	6	42	1.75
22523795--22523844	24	2.3	21	76	23	59	40	12	14	34	1.82
22523804--22523849	24	1.9	24	100	0	92	43	10	13	32	1.78
22526173--22526254	42	2.0	42	88	9	123	43	9	21	24	1.83
22535084--22535135	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
22537054--22537105	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
22551751--22551806	15	3.7	15	82	0	58	26	14	5	53	1.62
22551765--22551807	15	2.9	15	85	0	59	25	16	4	53	1.62
22552436--22552506	30	2.4	30	97	0	133	21	35	30	12	1.91
22552436--22552523	30	2.9	30	91	0	122	21	34	30	13	1.92
22554743--22554801	23	2.6	25	77	22	67	23	3	3	69	1.19
22554921--22554951	12	2.7	11	90	9	53	0	16	3	80	0.83
22574951--22575046	44	2.2	44	81	3	104	25	17	30	27	1.97
22590626--22590720	48	2.0	47	95	0	163	18	27	14	37	1.90
22594188--22594236	18	2.7	18	93	0	89	28	0	20	51	1.48
22594188--22594236	6	8.2	6	93	0	80	28	0	20	51	1.48
22595664--22595734	32	2.3	31	82	4	88	18	18	11	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22601515--22601563	23	2.1	24	81	11	57	32	10	24	32	1.89
22601620--22601646	14	1.9	14	100	0	54	55	0	7	37	1.28
22602222--22602371	41	3.6	41	90	0	228	28	19	26	25	1.99
22608439--22608492	19	2.8	18	78	10	54	37	1	1	59	1.19
22610476--22610512	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22610892--22610931	20	2.0	20	85	0	53	20	35	0	45	1.51
22613529--22613568	4	10.0	4	100	0	80	25	0	0	75	0.81
22625384--22626209	133	6.2	132	89	1	1199	29	16	24	29	1.96
22625384--22626209	399	2.1	398	92	0	1375	29	16	24	29	1.96
22636805--22636853	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
22636803--22636908	37	2.9	37	75	18	96	53	4	2	38	1.36
22638490--22638520	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
22641271--22641325	19	2.7	19	81	10	65	76	3	1	18	1.02
22641526--22641554	13	2.1	14	93	6	51	75	0	3	20	0.94
22641945--22641996	21	2.5	21	82	14	63	65	1	1	30	1.14
22645113--22645157	23	2.0	23	82	8	56	71	4	0	24	1.05
22645946--22646006	26	2.3	26	81	13	88	27	18	11	42	1.84
22649612--22649663	18	2.9	18	94	0	86	44	17	15	23	1.86
22670667--22670765	11	9.9	11	71	22	60	56	0	2	41	1.11
22670692--22670781	29	2.9	30	80	9	85	57	0	2	40	1.11
22670634--22670775	41	3.5	41	81	10	175	59	0	1	38	1.12
22676582--22676622	18	2.3	18	87	8	57	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22694486--22694517	16	2.0	16	100	0	64	43	18	12	25	1.85
22699451--22699491	21	2.0	21	85	0	55	34	2	19	43	1.64
22699938--22700040	26	4.0	26	75	13	106	16	20	24	38	1.92
22705122--22705171	16	3.1	16	77	11	57	36	26	4	34	1.75
22705364--22705467	41	2.6	41	84	1	138	33	21	18	26	1.96
22706368--22706453	4	20.8	4	73	19	70	1	22	1	75	0.94
22706368--22706453	9	9.3	9	79	15	88	1	22	1	75	0.94
22706366--22706453	42	2.1	42	85	12	119	1	22	1	75	0.94
22711123--22711201	39	2.0	40	90	2	124	39	16	20	24	1.92
22711237--22711352	41	2.8	40	88	5	162	19	20	31	28	1.97
22711569--22711643	21	3.5	22	75	8	75	28	0	30	41	1.56
22711585--22711625	14	2.9	15	82	10	59	29	0	31	39	1.57
22711638--22711700	22	2.9	22	85	4	74	19	0	42	38	1.51
22711731--22711773	11	3.8	12	78	9	54	30	0	0	69	0.88
22711730--22711783	23	2.3	24	84	6	76	37	0	0	62	0.95
22711981--22712021	21	2.0	21	95	0	73	26	0	43	29	1.55
22711978--22712031	21	2.5	20	82	11	72	24	0	42	33	1.55
22716575--22716819	43	5.7	43	89	1	314	26	17	29	25	1.98
22716575--22716819	85	2.9	85	85	3	314	26	17	29	25	1.98
22717741--22717782	21	2.2	19	87	12	59	30	0	21	47	1.51
22718162--22718187	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
22720282--22720386	49	2.1	49	87	3	149	30	8	11	49	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22726449--22726714	122	2.3	117	84	9	336	42	1	4	51	1.31
22726537--22726600	28	2.4	28	86	5	87	43	0	0	56	0.99
22726841--22726946	44	2.5	41	79	18	135	35	31	3	29	1.75
22726858--22726949	46	2.0	46	93	4	161	39	30	4	26	1.75
22726928--22726965	16	2.4	16	95	0	67	26	34	2	36	1.71
22727896--22727926	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22728929--22728996	10	7.0	10	73	6	50	41	2	10	45	1.53
22731335--22731390	29	1.9	29	85	0	76	39	7	16	37	1.76
22731534--22731570	18	2.1	18	100	0	74	45	0	27	27	1.54
22733553--22733969	208	2.0	208	100	0	834	32	22	6	39	1.79
22734921--22734951	8	3.9	8	91	0	53	58	0	0	41	0.98
22734918--22734952	16	2.2	16	100	0	70	54	0	0	45	0.99
22734918--22734961	16	3.0	15	87	9	56	56	2	0	40	1.11
22742033--22742072	21	1.9	21	89	0	62	42	12	17	27	1.85
22749449--22749496	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
22749466--22749517	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
22749432--22749753	120	2.7	120	97	0	601	42	1	5	49	1.36
22749586--22749637	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
22749534--22749721	61	3.1	61	70	14	199	42	2	7	48	1.43
22749715--22749756	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22749706--22749747	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22749883--22749992	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22749973--22750040	16	4.2	16	92	0	109	35	35	0	29	1.58
22752751--22752815	32	2.0	32	100	0	130	24	3	9	63	1.39
22755091--22755156	29	2.3	29	80	15	75	43	1	3	51	1.26
22759333--22759368	18	2.0	18	88	0	54	55	2	0	41	1.14
22770127--22770166	19	2.0	20	85	4	55	37	12	2	47	1.55
22770450--22770500	27	1.9	27	88	11	79	21	9	11	56	1.63
22773874--22773919	19	2.4	18	86	10	65	26	21	13	39	1.90
22776402--22776471	35	2.0	35	86	8	97	41	21	5	31	1.76
22776693--22776795	41	2.5	41	88	0	143	25	26	20	28	1.99
22776731--22776810	41	2.0	41	87	0	115	27	25	20	27	1.99

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