genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  6  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1533199--1533268	25	2.8	25	86	4	97	35	17	31	15	1.91
1539831--1539869	12	3.2	12	82	10	53	46	0	2	51	1.14
1553110--1553179	31	2.4	28	81	11	86	38	11	7	42	1.68
1555670--1555712	23	1.9	22	86	13	61	37	0	23	39	1.55
1556597--1556662	25	2.7	25	85	2	80	21	27	16	34	1.95
1557529--1557578	25	2.0	25	88	0	73	8	36	2	54	1.42
1558984--1559008	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
1561021--1561195	41	4.3	41	85	8	216	26	20	28	24	1.99
1568860--1569034	41	4.3	41	84	8	207	26	20	28	24	1.99
1574961--1575093	49	2.7	48	71	15	128	41	4	2	51	1.34
1579949--1580022	36	2.1	36	84	0	94	29	20	12	37	1.89
1580543--1580875	120	2.8	120	96	0	596	48	6	1	42	1.38
1580660--1580706	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
1580781--1580826	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
1580543--1580829	59	4.8	58	67	19	178	49	5	1	42	1.37
1582814--1582908	33	2.7	36	83	8	124	55	11	27	5	1.57
1582835--1582908	38	1.9	38	86	5	105	59	9	25	5	1.50
1588808--1588867	31	2.0	31	86	3	86	63	0	1	35	1.05
1588844--1588904	30	2.1	29	93	6	106	68	0	1	29	0.99
1588808--1588887	40	2.0	41	92	2	135	62	0	2	35	1.09
1588808--1588936	40	3.5	39	72	24	127	63	0	3	33	1.10
1588842--1588908	28	2.4	27	86	13	100	64	0	2	32	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1588855--1588917	29	2.2	28	83	11	74	68	0	4	26	1.10
1588808--1588936	68	1.9	70	90	3	208	63	0	3	33	1.10
1590050--1590098	19	2.5	20	83	9	57	53	8	0	38	1.31
1590067--1590103	19	2.0	19	89	5	58	56	5	0	37	1.22
1590107--1590142	18	2.0	18	88	0	54	61	2	0	36	1.11
1590122--1590175	23	2.5	21	76	23	51	70	1	3	24	1.13
1592497--1592528	16	1.9	17	93	6	57	12	18	18	50	1.78
1593641--1593701	25	2.3	27	80	8	72	52	1	1	44	1.20
1594034--1594080	19	2.5	19	83	10	53	29	2	2	65	1.15
1607781--1607836	16	3.5	15	77	17	51	35	3	1	58	1.26
1609460--1609511	24	2.1	25	82	10	63	34	13	34	17	1.89
1629966--1630041	5	15.4	5	81	8	93	38	2	1	57	1.21
1630917--1630953	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
1631595--1631620	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
1631710--1631742	5	6.6	5	100	0	66	18	21	18	42	1.89
1632362--1632399	14	2.7	14	80	15	51	76	0	23	0	0.79
1632343--1632399	18	3.2	18	78	14	64	75	5	19	0	0.99
1632362--1632399	10	4.0	10	83	13	53	76	0	23	0	0.79
1632977--1633048	25	2.9	25	74	10	76	19	29	19	31	1.96
1632979--1633068	25	3.7	25	77	10	71	20	26	21	32	1.97
1633004--1633087	25	3.3	25	78	8	73	20	26	20	33	1.97
1639824--1639873	25	2.0	26	88	4	75	20	4	8	68	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1649569--1650011	125	3.5	125	90	0	699	32	17	20	29	1.96
1653834--1653859	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
1657487--1657609	9	13.0	9	72	17	81	35	0	3	60	1.13
1657489--1657607	58	2.1	56	90	7	188	35	0	3	61	1.13
1657579--1657606	8	3.5	8	100	0	56	32	0	0	67	0.91
1659216--1659246	10	3.1	10	95	0	53	41	22	0	35	1.54
1663183--1663789	85	7.1	85	99	0	1205	32	10	11	44	1.75
1664810--1664970	82	2.0	82	87	2	234	39	14	22	22	1.91
1676926--1677470	270	2.0	270	96	1	1013	34	18	9	36	1.84
1684648--1684676	6	4.8	6	100	0	58	34	17	31	17	1.93
1689203--1689239	15	2.5	15	90	0	56	32	10	0	56	1.34
1690782--1690809	6	4.7	6	100	0	56	0	0	14	85	0.59
1692473--1692536	33	1.9	33	87	6	94	53	10	4	31	1.57
1695781--1695845	29	2.2	28	83	5	76	49	10	4	35	1.58
1703181--1703215	18	1.9	18	88	0	52	65	0	5	28	1.15
1704510--1704788	142	2.0	142	89	1	425	36	12	10	41	1.76
1718368--1718425	29	2.0	29	83	12	75	27	13	15	43	1.85
1727521--1727555	18	1.9	18	94	0	61	40	48	0	11	1.39
1727814--1727838	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
1731452--1731569	57	2.1	57	98	0	227	27	9	22	40	1.84
1733229--1733413	92	2.0	92	94	0	325	29	22	12	35	1.91
1735501--1735557	25	2.3	24	81	6	60	52	7	14	26	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1748123--1748148	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
1748831--1748887	28	2.0	28	83	12	73	61	0	3	35	1.13
1750154--1750195	20	2.2	20	86	4	59	21	4	4	69	1.26
1750149--1750195	19	2.4	19	82	3	58	21	4	4	70	1.22
1750715--1750810	40	2.4	40	86	8	126	25	23	29	21	1.99
1750736--1750824	40	2.3	39	80	3	115	23	29	24	22	1.99
1762555--1762864	114	2.7	112	77	4	309	27	17	23	31	1.97
1763021--1763166	73	2.0	73	81	9	172	31	14	19	34	1.91
1763452--1763524	21	3.5	21	71	5	58	21	0	43	34	1.53
1763500--1763576	7	10.9	7	75	8	66	18	1	51	28	1.54
1763500--1763576	22	3.6	21	81	10	61	18	1	51	28	1.54
1763567--1763735	76	2.2	76	100	0	338	26	2	25	45	1.66
1765525--1765580	30	2.0	29	82	10	71	30	3	14	51	1.59
1766472--1766513	21	2.0	22	85	4	59	38	0	2	59	1.10
1766708--1766784	40	1.9	40	97	0	145	46	19	5	28	1.71
1766782--1766820	20	2.0	20	94	0	69	53	5	5	35	1.45
1766826--1766891	25	2.6	25	90	4	89	50	19	3	27	1.63
1766813--1767046	41	5.7	41	68	14	119	47	19	2	29	1.64
1766760--1766994	9	26.9	9	64	17	84	46	18	3	31	1.67
1766813--1767010	16	11.8	16	68	17	80	46	19	3	30	1.65
1766880--1766923	21	2.1	21	87	8	63	43	18	4	34	1.70
1766844--1767009	66	2.6	64	85	7	196	46	19	3	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1766920--1766993	25	3.0	24	70	7	67	43	20	4	32	1.70
1769508--1770371	433	2.0	433	97	0	1629	31	17	17	32	1.94
1772944--1773011	21	3.2	20	79	8	73	33	19	41	5	1.75
1774951--1774994	22	2.0	23	81	4	54	40	9	9	40	1.68
1775279--1775574	157	1.9	156	85	4	409	33	20	10	35	1.87
1777451--1777530	30	2.6	32	80	9	96	72	3	0	23	1.01
1777454--1777530	15	5.2	15	74	11	70	71	3	0	24	1.03
1780188--1780246	30	1.9	31	83	10	77	44	5	6	44	1.52
1782427--1782457	4	7.8	4	92	0	53	0	22	0	77	0.77
1795984--1796127	40	3.6	40	80	3	164	31	14	30	22	1.94
1805446--1805499	21	2.6	21	87	0	81	24	9	37	29	1.86
1808722--1808868	64	2.3	64	97	0	285	36	8	13	41	1.76
1811729--1811753	12	2.1	12	100	0	50	8	8	8	76	1.18
1812081--1812106	11	2.4	11	100	0	52	57	7	26	7	1.54
1824479--1824524	18	2.4	19	82	14	58	50	4	8	36	1.53
1824491--1824527	18	2.1	18	100	0	74	43	5	5	45	1.49
1829226--1829277	20	2.6	20	100	0	104	44	30	13	11	1.79
1831034--1831085	20	2.6	20	100	0	104	44	30	13	11	1.79
1831911--1831967	26	2.2	26	87	9	82	49	1	1	47	1.22
1834726--1835065	51	6.7	51	79	5	334	28	16	25	29	1.96
1834726--1835065	102	3.4	101	83	4	384	28	16	25	29	1.96
1838833--1838880	16	3.0	16	82	8	53	43	25	0	31	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1857059--1857112	27	2.0	27	100	0	108	25	11	22	40	1.87
1857732--1857793	30	2.1	30	87	0	88	40	8	19	32	1.81
1858471--1858502	16	2.0	16	93	0	55	31	0	9	59	1.29
1858924--1858968	22	2.0	22	95	0	81	24	13	24	37	1.91
1862589--1862641	25	2.1	25	96	0	97	18	16	24	39	1.91
1866479--1866510	16	2.0	16	93	0	55	34	0	6	59	1.23
1866790--1866850	19	3.3	18	68	11	52	68	0	1	29	0.99
1866793--1866863	36	1.9	37	88	8	110	70	0	1	28	0.96
1866839--1866864	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
1869619--1869647	15	1.9	15	100	0	58	13	20	17	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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