genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  43  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12733107--12733131	10	2.5	10	100	0	50	44	16	0	40	1.47
12733714--12733762	20	2.4	21	82	3	55	46	2	6	44	1.39
12733707--12733759	20	2.6	19	77	11	52	47	1	5	45	1.37
12736897--12736944	15	3.1	15	84	3	60	54	2	12	31	1.49
12743264--12743326	31	2.0	31	90	0	99	34	23	19	22	1.96
12743321--12743411	25	3.6	25	77	5	85	37	16	26	19	1.93
12743379--12743450	25	2.9	25	85	0	90	34	15	31	18	1.92
12749949--12749979	13	2.3	14	94	5	55	0	16	0	83	0.64
12754725--12754849	60	2.0	62	90	3	200	32	1	6	60	1.32
12764078--12764148	36	2.0	36	91	0	115	32	15	2	49	1.59
12767024--12767136	55	2.0	56	93	3	192	34	21	11	32	1.89
12767104--12767132	12	2.4	12	100	0	58	37	24	20	17	1.93
12767745--12767775	16	1.9	16	93	0	53	64	9	0	25	1.24
12769068--12769238	27	6.3	27	74	8	123	28	15	22	33	1.94
12778973--12779082	10	11.1	9	73	17	51	60	0	2	37	1.11
12778972--12779115	11	13.9	11	72	17	78	60	0	3	36	1.14
12778972--12779124	41	3.7	41	87	6	195	61	0	3	35	1.12
12778974--12779124	82	1.8	82	86	8	218	61	0	3	35	1.12
12778989--12779115	52	2.5	51	85	11	161	62	0	3	33	1.11
12790897--12790983	43	2.0	43	93	0	147	34	16	21	27	1.95
12791447--12791495	25	2.0	25	95	0	89	26	18	8	46	1.76
12797790--12798077	41	7.0	41	80	6	314	19	31	15	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12797790--12798077	82	3.5	81	83	3	355	19	31	15	32	1.93
12797790--12798081	123	2.4	123	83	5	376	20	31	15	32	1.94
12821045--12821108	31	2.1	31	88	5	94	25	18	10	45	1.82
12824154--12824233	40	2.0	40	100	0	160	20	15	17	47	1.83
12825608--12825934	82	4.0	82	99	0	645	40	8	8	42	1.66
12826450--12826534	43	2.0	43	95	0	152	25	22	4	47	1.71
12832960--12833062	53	1.9	53	88	0	152	28	24	6	40	1.80
12834820--12834896	26	3.0	26	81	5	95	40	9	16	33	1.81
12839233--12839420	94	2.0	94	98	0	367	32	28	10	28	1.90
12857861--12857938	33	2.4	32	78	16	88	34	16	21	26	1.95
12857830--12858018	104	1.9	100	84	4	252	33	15	23	26	1.95
12859678--12859720	20	2.2	20	82	0	50	25	11	18	44	1.84
12869452--12869620	57	3.0	57	85	3	216	37	12	10	39	1.77
12877909--12878023	57	2.0	56	91	1	185	39	12	8	40	1.73
12884583--12884633	23	2.3	22	83	10	59	43	0	0	56	0.99
12886365--12886416	19	2.5	20	75	15	52	48	3	5	42	1.45
12890174--12890359	51	3.7	50	80	4	205	26	17	25	29	1.98
12893977--12894105	68	1.9	68	100	0	258	39	10	10	40	1.72
12899981--12900037	26	2.2	26	100	0	114	14	19	10	56	1.67
12903309--12903453	49	2.9	49	89	2	209	31	28	14	24	1.95
12907288--12907322	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
12908795--12908819	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12912445--12912470	6	4.3	6	100	0	52	15	34	0	50	1.45
12929440--12929490	24	2.1	24	100	0	102	54	7	29	7	1.57
12930510--12930569	27	2.3	26	85	8	77	61	5	3	30	1.33
12932679--12932810	45	2.9	45	77	4	124	25	21	21	31	1.98
12932702--12933037	143	2.4	141	85	2	440	25	20	22	31	1.98
12939954--12940015	27	2.3	26	83	8	72	61	4	4	29	1.37
12948360--12948409	26	2.0	26	92	4	84	60	22	6	12	1.53
12948362--12948409	12	3.8	12	81	10	60	60	22	6	10	1.52
12956534--12956575	11	3.8	11	87	0	66	19	19	7	54	1.66
12956580--12956614	12	2.8	13	91	8	63	45	0	0	54	0.99
12956582--12956624	12	3.7	12	87	3	61	41	0	0	58	0.98
12958402--12958436	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
12958833--12958919	44	2.0	45	88	6	133	36	0	13	49	1.43
12958887--12959049	25	6.7	25	78	12	196	41	1	15	41	1.55
12959065--12959886	29	29.4	29	86	9	1096	44	27	0	27	1.54
12959119--12959292	21	7.6	22	75	18	101	45	27	0	27	1.54
12959124--12959316	59	3.3	58	67	13	169	44	28	0	26	1.55
12959233--12959292	21	2.9	21	95	5	104	48	25	0	26	1.52
12959871--12959927	21	2.6	22	86	10	82	42	31	0	26	1.56
12959916--12959959	23	1.9	23	85	0	61	52	20	2	25	1.58
12959953--12960308	116	3.1	116	96	2	653	38	8	9	42	1.69
12960284--12960325	18	2.4	17	84	7	57	45	7	2	45	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12963329--12963555	125	1.8	125	95	0	409	31	22	17	29	1.96
12974005--12974037	7	4.9	7	96	3	59	27	0	27	45	1.54
12978132--12978185	16	3.4	16	86	0	72	27	31	1	38	1.67
12979278--12979315	19	2.0	20	85	15	53	36	0	15	47	1.46
12988068--12988157	24	3.8	24	79	5	110	45	7	30	16	1.76
12988079--12988197	24	5.0	24	76	6	98	47	10	25	16	1.78
12988066--12988197	48	2.8	48	89	2	194	46	9	25	17	1.78
12991640--12991676	19	1.9	18	89	10	56	16	10	2	70	1.27
12996633--12996822	54	3.5	54	84	5	231	39	18	15	26	1.90
12996636--12996778	27	5.3	27	88	3	207	41	17	15	25	1.89
12996946--12996997	27	1.9	27	88	7	79	17	25	23	34	1.96
13007165--13007325	40	4.0	40	88	0	214	44	26	14	14	1.84
13014390--13014515	28	4.5	28	92	2	191	32	27	12	26	1.93
13026347--13026398	23	2.4	21	83	6	59	61	5	3	28	1.37
13030217--13030260	22	2.0	22	95	0	79	34	18	11	36	1.86
13030721--13030762	21	2.0	21	90	0	66	52	23	4	19	1.65
13030615--13030891	138	2.0	138	94	0	482	43	22	12	21	1.86
13038010--13038100	34	2.6	36	72	10	100	27	14	25	32	1.94
13040461--13040568	40	2.7	40	95	0	189	22	27	20	29	1.98
13048939--13049062	28	4.5	28	77	1	106	28	29	12	29	1.93
13053070--13053094	7	3.6	7	100	0	50	56	12	0	32	1.36
13056014--13056042	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13061766--13061807	22	2.0	21	85	4	57	50	0	4	45	1.23
13066407--13066462	26	2.1	28	90	6	89	55	0	5	39	1.23
13066594--13066683	44	2.0	44	97	0	171	20	17	14	47	1.82
13066603--13066695	44	2.1	44	88	4	134	19	17	15	48	1.81
13073359--13073488	50	2.6	50	80	10	140	29	16	23	30	1.96
13077054--13077110	28	2.0	28	90	6	89	56	0	5	38	1.22
13077060--13077118	28	2.1	29	84	9	77	55	1	5	37	1.32
13077999--13078116	44	2.7	43	80	6	148	24	16	29	29	1.96
13081344--13081403	21	3.0	21	70	22	58	8	20	0	71	1.11
13081331--13081403	37	1.9	38	83	8	96	8	17	1	72	1.16
13081342--13081399	15	3.8	15	72	20	57	5	18	0	75	0.98
13081341--13081400	25	2.4	25	80	8	68	5	20	0	75	0.99
13083146--13083336	96	2.0	96	93	0	328	22	25	16	35	1.94
13084655--13084697	23	1.9	23	95	4	79	48	11	4	34	1.60
13086639--13086702	32	2.0	32	100	0	128	43	28	6	21	1.77
13088159--13088192	17	1.9	18	94	5	61	41	0	2	55	1.15
13088633--13088866	19	12.2	19	68	21	123	30	1	12	55	1.46
13088635--13088682	23	2.1	23	96	0	87	25	2	10	62	1.38
13088616--13088799	103	1.8	100	86	9	264	29	1	14	55	1.46
13088738--13088866	49	3.0	41	77	16	150	30	1	13	54	1.49
13088754--13088850	49	2.0	49	93	0	167	29	1	12	56	1.43
13088757--13088850	22	4.0	24	77	15	106	28	1	12	57	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13088619--13088807	99	1.9	99	84	11	233	30	1	13	55	1.46
13088907--13089028	60	2.0	60	87	3	174	31	0	13	54	1.46
13089062--13089142	37	2.2	37	97	2	153	54	2	2	40	1.27
13089194--13089440	122	2.0	122	92	0	413	34	6	9	48	1.62
13089604--13089684	37	2.2	38	95	2	146	41	2	1	54	1.21
13089718--13089839	60	2.0	60	87	3	174	54	13	0	31	1.46
13089854--13089985	8	16.4	8	64	21	53	50	14	0	34	1.48
13089880--13090016	68	2.0	69	91	4	222	54	12	0	32	1.43
13089833--13090007	49	3.7	48	82	9	189	52	13	1	32	1.48
13089901--13089977	19	3.9	19	85	9	100	53	11	0	35	1.38

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