genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  62  of  185  ( 22150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19478353--19478378	6	4.3	6	100	0	52	0	30	0	69	0.89
19484369--19484515	74	2.0	74	84	0	195	33	20	14	31	1.92
19495587--19495665	33	2.4	33	87	4	106	21	24	10	44	1.83
19498548--19498619	27	2.7	27	82	10	85	40	18	19	22	1.92
19498886--19498960	32	2.3	32	81	0	87	24	18	21	36	1.95
19498948--19499030	32	2.6	33	76	5	89	15	16	26	40	1.89
19499048--19499112	22	3.0	21	77	4	67	16	21	18	43	1.88
19513436--19513486	26	2.0	26	84	0	66	35	23	23	17	1.95
19513447--19513503	26	2.2	26	84	6	71	33	26	24	15	1.95
19513951--19513990	5	7.8	5	83	5	53	42	17	0	40	1.49
19525242--19525277	15	2.2	17	90	9	58	5	27	0	66	1.13
19525839--19525886	17	2.9	17	93	3	80	27	0	20	52	1.47
19527105--19527289	46	4.0	46	92	1	291	35	9	25	29	1.87
19531642--19531837	48	4.1	48	91	0	248	25	28	19	27	1.99
19531689--19531853	48	3.4	48	94	0	276	23	27	21	27	1.99
19540233--19540276	6	7.3	6	100	0	88	36	47	0	15	1.46
19540682--19540749	21	3.2	21	70	0	73	27	13	35	23	1.92
19540682--19540770	42	2.1	42	95	0	160	26	16	34	21	1.95
19540682--19540794	42	2.7	42	88	2	138	26	16	35	21	1.95
19540763--19540832	21	3.4	19	73	15	50	22	20	37	20	1.95
19545490--19545524	12	2.9	12	82	0	52	51	31	0	17	1.45
19548477--19548511	14	2.4	15	90	4	54	0	14	2	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19555930--19556097	46	3.7	46	75	6	142	29	22	18	29	1.97
19555930--19556107	92	1.9	92	81	2	214	29	23	18	28	1.98
19560400--19560430	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
19560560--19560620	30	2.0	31	90	3	97	19	44	0	36	1.51
19569983--19570037	27	2.0	27	82	10	67	47	1	9	41	1.46
19571417--19571455	19	2.1	19	100	0	78	25	28	25	20	1.99
19573188--19573220	17	2.0	17	88	5	50	24	30	0	45	1.53
19573603--19573636	4	8.8	4	87	6	52	73	0	26	0	0.83
19574745--19574792	19	2.6	18	83	9	60	54	0	22	22	1.45
19584251--19584388	48	2.8	48	76	6	125	27	15	22	34	1.95
19584275--19584388	48	2.3	49	84	3	140	26	17	23	32	1.97
19593501--19593526	10	2.6	10	100	0	52	23	7	0	69	1.14
19593827--19593870	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
19593969--19594155	51	3.7	49	78	7	205	31	27	16	25	1.97
19593965--19594151	101	1.8	101	88	3	286	31	27	16	24	1.96
19596126--19596171	23	2.0	24	86	4	67	50	4	6	39	1.48
19606446--19606512	33	2.0	33	82	5	82	50	8	11	28	1.69
19606749--19606787	14	2.8	14	80	0	51	51	0	5	43	1.24
19606760--19606828	28	2.6	28	72	25	69	50	0	1	47	1.09
19609482--19609706	43	5.3	43	86	0	290	25	28	17	28	1.97
19610047--19610095	21	2.3	21	86	6	64	10	38	16	34	1.82
19610061--19610222	87	1.9	87	88	2	245	14	27	17	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19611985--19612022	19	2.0	19	89	0	58	44	2	15	36	1.61
19612024--19612067	20	2.2	20	95	0	79	38	6	2	52	1.41
19612044--19612137	32	2.7	37	83	16	153	38	3	7	51	1.46
19612429--19612517	30	3.0	30	72	6	81	43	5	8	41	1.59
19616212--19616240	14	2.0	15	93	6	51	34	31	6	27	1.83
19616881--19617212	114	2.9	111	83	7	400	28	23	22	25	2.00
19617199--19617293	40	2.4	40	81	6	106	20	22	22	35	1.96
19620192--19620268	29	2.7	29	93	4	129	20	33	6	38	1.79
19626506--19626633	41	3.2	40	91	4	211	30	26	20	22	1.98
19629698--19629729	16	2.0	16	100	0	64	43	12	6	37	1.68
19644127--19644160	16	2.2	16	89	5	52	17	0	50	32	1.47
19647821--19647947	27	4.7	27	81	3	112	33	14	24	28	1.94
19653658--19653695	3	12.7	3	83	10	51	5	28	0	65	1.14
19653662--19653697	18	2.0	18	94	0	63	8	27	0	63	1.23
19657730--19657784	28	2.0	26	82	6	65	60	7	10	21	1.55
19662739--19663608	433	2.0	434	88	2	1311	34	12	16	36	1.86
19665513--19665550	19	2.0	19	85	10	51	34	7	18	39	1.80
19668427--19668588	77	2.1	77	94	0	279	33	29	12	24	1.92
19670577--19670674	44	2.2	44	98	0	187	27	17	20	34	1.95
19681091--19681136	4	11.5	4	86	9	67	50	23	2	23	1.61
19682289--19682400	50	2.4	48	85	10	151	48	8	16	27	1.74
19687685--19687844	27	5.9	27	82	10	193	42	16	17	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19688000--19688070	26	2.7	26	88	0	106	15	18	25	40	1.89
19688187--19688244	28	2.1	28	93	3	100	20	22	25	31	1.98
19694381--19694413	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
19694822--19694859	15	2.5	15	86	0	58	18	31	10	39	1.85
19696586--19696634	19	2.5	20	81	18	59	77	4	2	16	1.01
19702179--19702212	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
19704076--19704141	33	2.0	33	100	0	132	36	6	24	33	1.80
19706872--19706919	24	1.9	25	83	8	62	72	4	14	8	1.23
19709827--19709857	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
19711272--19711391	42	2.9	40	78	10	116	26	18	25	29	1.98
19715435--19715478	18	2.5	17	78	10	52	40	15	2	40	1.60
19724236--19724271	18	2.1	17	89	5	54	0	33	0	66	0.92
19727506--19727569	29	2.2	29	88	0	92	40	1	26	31	1.65
19727608--19727641	18	1.9	17	94	5	59	29	5	5	58	1.45
19729025--19729063	20	2.0	20	85	10	53	35	2	2	58	1.25
19732453--19732506	27	2.0	27	96	0	99	35	5	11	48	1.62
19739152--19739186	10	3.6	10	92	3	54	37	0	40	22	1.55
19742103--19742137	17	2.1	17	88	0	52	22	2	5	68	1.24
19742101--19742141	13	3.0	14	75	17	50	24	4	4	65	1.32
19749241--19749573	88	3.8	88	84	4	438	26	25	25	23	2.00
19749243--19749467	45	5.1	45	62	14	117	27	24	26	22	2.00
19749255--19749481	44	5.2	44	63	12	115	25	26	25	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19749243--19749593	176	2.0	176	93	0	594	25	24	26	23	2.00
19751164--19751453	40	7.3	40	93	1	422	24	21	27	26	1.99
19751111--19751453	80	4.3	80	88	2	424	25	20	27	26	1.99
19751111--19751455	120	2.9	118	86	3	424	24	20	27	26	1.99
19762444--19762577	44	3.0	44	69	12	121	30	23	23	22	1.99
19762362--19762631	88	3.1	88	83	2	317	28	24	24	22	1.99
19762617--19763117	217	2.3	217	95	0	903	29	19	24	26	1.98
19762669--19763008	44	7.8	44	74	7	210	29	20	25	25	1.99
19763010--19763249	129	1.9	129	89	0	372	30	20	20	28	1.98
19763103--19763430	44	7.5	44	69	8	159	30	21	21	25	1.98
19765528--19765565	13	2.8	14	80	19	53	21	5	7	65	1.38
19766939--19767334	118	3.2	125	86	5	565	31	23	16	28	1.96
19768532--19769080	275	2.0	275	99	0	1089	26	26	22	24	2.00
19776132--19776206	37	2.0	37	92	0	123	34	29	18	17	1.94
19782188--19782212	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
19782525--19782574	2	25.0	2	95	0	91	48	0	52	0	1.00
19791167--19791227	26	2.3	26	86	5	79	47	22	3	26	1.67
19801315--19801364	26	1.9	26	84	8	66	34	14	10	42	1.78
19811706--19812040	27	12.4	27	79	5	286	45	19	17	17	1.85
19811706--19812040	54	6.2	53	78	5	327	45	19	17	17	1.85
19811706--19812040	81	4.1	81	79	10	357	45	19	17	17	1.85
19812236--19812286	26	2.0	26	84	0	66	17	15	21	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19812391--19812472	28	2.9	28	85	0	119	28	19	21	30	1.98
19818119--19818563	51	8.8	51	77	8	374	29	26	15	27	1.96
19818116--19818562	102	4.4	101	81	5	478	29	26	16	27	1.96
19824149--19824173	13	1.9	13	100	0	50	0	12	8	80	0.92
19825015--19825294	27	10.4	27	80	5	318	42	20	18	17	1.89
19825015--19825294	54	5.2	54	85	2	368	42	20	18	17	1.89
19825490--19825592	26	4.0	26	97	0	188	15	22	20	41	1.89
19825693--19825786	28	3.4	28	86	2	127	25	21	23	29	1.99
19827152--19827192	15	2.7	15	96	0	73	43	19	14	21	1.87
19827557--19827598	22	1.9	22	90	0	66	61	28	0	9	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185