genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  26  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7788962--7789001	20	1.9	22	85	10	57	20	17	7	55	1.66
7801371--7801427	30	1.9	30	85	0	78	19	29	26	24	1.98
7804500--7804606	55	2.0	50	81	12	117	33	7	1	57	1.38
7808790--7808868	25	3.4	22	75	14	70	82	3	3	10	0.92
7808814--7808859	14	3.4	14	88	8	51	82	6	0	10	0.83
7808783--7808869	15	5.9	14	71	17	50	81	3	5	9	0.96
7808872--7808905	6	5.7	6	96	0	59	70	2	11	14	1.27
7811482--7811706	44	5.1	44	70	10	129	24	19	26	29	1.98
7811626--7812259	44	14.4	43	67	13	175	27	17	24	30	1.97
7811112--7812400	132	9.8	132	91	0	1786	26	18	24	29	1.98
7820083--7820123	20	2.0	20	85	0	55	31	9	7	51	1.62
7825472--7825502	16	1.9	16	100	0	62	29	0	0	70	0.87
7825980--7826110	66	2.0	66	98	0	253	40	7	11	40	1.70
7827919--7828022	49	2.1	49	92	0	172	32	7	10	49	1.66
7829407--7829449	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
7829407--7829592	59	3.2	59	69	7	182	40	1	4	53	1.29
7829465--7829537	10	7.9	10	68	17	50	42	0	1	56	1.08
7829465--7829632	64	2.8	61	69	17	154	41	0	3	54	1.22
7829414--7829632	117	1.9	118	94	3	388	40	0	4	53	1.27
7833041--7833067	14	1.9	14	100	0	54	29	7	14	48	1.71
7835762--7835786	12	2.1	12	100	0	50	36	0	40	24	1.55
7837185--7838004	45	17.7	45	74	7	552	31	16	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7837183--7837589	90	4.5	90	92	0	672	32	15	21	29	1.95
7837185--7838004	135	5.9	135	75	8	703	31	16	22	30	1.96
7837183--7838016	180	4.5	180	78	8	744	31	16	22	29	1.95
7837521--7837657	68	2.0	68	92	0	229	35	13	24	26	1.93
7837479--7837701	113	2.0	113	86	0	311	34	13	21	29	1.92
7837431--7837747	158	2.0	158	93	0	535	33	15	22	28	1.95
7837389--7837791	203	2.0	203	86	0	554	32	15	22	30	1.94
7837341--7837837	248	2.0	248	92	0	834	32	15	22	29	1.95
7839758--7839800	22	1.9	23	85	4	61	39	16	0	44	1.48
7839983--7840069	45	2.0	44	82	11	106	37	25	4	32	1.76
7841656--7841721	24	2.8	24	83	0	87	39	9	6	45	1.61
7846276--7846367	6	15.7	6	84	6	82	70	8	6	14	1.32
7848560--7849580	129	7.9	129	91	1	1667	32	19	23	24	1.98
7848560--7849692	257	4.5	257	90	3	1741	32	19	23	24	1.97
7848560--7849698	386	3.0	386	89	4	1685	32	19	23	24	1.97
7849473--7849692	112	2.0	111	89	2	334	33	18	24	23	1.97
7849876--7850204	44	7.5	44	69	9	181	30	21	20	27	1.98
7851868--7851933	24	2.8	24	83	0	87	39	9	6	45	1.61
7853281--7853338	14	3.9	15	76	14	59	67	1	1	29	1.11
7853306--7853338	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
7853305--7853345	17	2.4	18	80	19	52	63	0	0	36	0.95
7853638--7853695	16	3.5	17	84	9	75	22	0	3	74	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7853647--7853703	27	2.1	27	83	6	71	24	0	3	71	1.01
7853672--7853725	18	3.1	17	78	19	58	37	0	5	57	1.22
7859117--7859239	47	2.6	46	79	2	138	39	5	15	39	1.71
7859100--7859532	155	2.7	160	92	5	716	38	6	15	38	1.74
7859277--7859398	47	2.7	45	81	5	154	39	6	14	39	1.72
7859314--7859508	108	1.8	107	82	6	250	37	6	17	38	1.76
7859420--7859534	47	2.4	49	79	8	128	37	7	16	38	1.78
7859824--7859946	47	2.6	46	83	2	156	39	6	16	38	1.74
7859810--7860270	161	2.8	161	93	3	766	38	6	15	39	1.73
7859982--7860107	47	2.7	47	82	0	162	38	7	15	38	1.74
7860129--7860368	47	4.9	51	77	8	280	39	7	15	38	1.75
7860125--7860368	98	2.5	98	97	0	461	38	6	15	38	1.75
7858828--7860244	707	2.0	704	96	0	2600	38	7	17	37	1.78
7862218--7862242	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
7875476--7875723	44	5.6	43	78	9	184	32	16	21	29	1.95
7875531--7875723	88	2.2	89	81	4	221	31	18	23	26	1.98
7877565--7877598	6	5.7	6	100	0	68	50	0	0	50	1.00
7877562--7877617	18	3.2	18	82	12	71	46	0	1	51	1.11
7880075--7880151	9	8.8	9	78	17	65	32	0	2	64	1.07
7880075--7880142	25	2.6	26	79	11	77	32	0	2	64	1.08
7880300--7880328	15	2.0	15	93	6	51	65	0	6	27	1.18
7881675--7881832	56	2.8	56	86	0	226	44	15	8	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7883283--7883772	247	2.0	247	98	0	953	36	15	12	36	1.84
7895899--7896081	61	3.0	61	100	0	366	36	6	24	32	1.81
7903869--7903902	4	8.5	4	100	0	68	73	0	26	0	0.83
7904818--7904860	21	2.1	20	83	12	52	25	4	6	62	1.40
7909981--7910180	43	4.7	41	80	7	204	36	26	15	22	1.93
7909945--7910180	85	2.8	85	88	1	332	36	25	15	23	1.94
7909959--7910177	42	5.2	43	79	10	202	36	25	15	22	1.93
7911047--7911082	18	1.9	19	88	5	56	69	13	5	11	1.34
7912510--7912589	37	2.2	37	97	0	151	41	7	21	30	1.80
7915753--7915818	13	5.0	13	72	17	64	34	10	3	51	1.52
7915726--7915810	40	2.1	40	88	0	134	35	10	4	49	1.58
7916946--7916989	11	3.8	11	80	11	52	34	0	2	63	1.07
7918587--7918648	21	3.0	21	68	0	61	35	17	30	16	1.92
7918570--7918719	42	3.6	42	86	0	183	41	16	26	16	1.88
7918655--7918740	21	4.1	21	72	11	77	44	13	25	16	1.85
7926538--7926686	68	2.2	68	81	0	172	21	20	20	37	1.94
7926562--7926688	68	1.9	68	86	0	182	19	22	18	38	1.93
7930048--7930228	49	3.7	50	78	5	147	25	21	27	25	1.99
7943077--7943218	46	3.1	46	82	2	169	29	21	16	32	1.95
7943108--7943233	46	2.7	46	82	0	144	29	23	16	30	1.96
7944702--7944732	11	2.8	11	90	0	53	29	25	6	38	1.81
7944757--7944831	34	2.1	34	80	9	80	33	24	8	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7956908--7957080	50	3.3	51	82	4	170	26	21	30	21	1.98
7956949--7957080	50	2.6	50	85	0	183	26	23	31	18	1.98
7962451--7962697	50	4.8	50	78	6	203	27	20	27	23	1.99
7967991--7968169	50	3.6	50	81	5	177	27	23	27	21	1.99
7977251--7977307	21	2.8	21	76	5	55	10	26	1	59	1.40
7977802--7977958	54	2.9	54	85	4	212	35	14	18	31	1.91
7981949--7981991	21	2.0	21	90	0	68	34	25	13	25	1.93
7982982--7983022	17	2.5	16	84	7	55	58	4	0	36	1.20
7982994--7983043	23	2.2	23	85	7	66	66	8	0	26	1.19
7983595--7983638	21	2.1	21	82	0	52	50	6	15	27	1.70
7987659--7987701	20	2.2	20	91	0	68	6	23	25	44	1.78
7987663--7987710	20	2.4	20	85	0	60	10	22	25	41	1.85
7990247--7990337	26	3.5	26	87	0	137	36	23	6	34	1.81
7990226--7990342	13	9.0	13	71	7	67	37	21	7	33	1.82
7990227--7990344	26	4.5	26	78	4	112	37	22	7	33	1.82
7990247--7990345	52	1.9	52	91	0	162	39	22	7	31	1.81
7999055--7999277	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
7999055--7999277	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
8001715--8001795	23	3.5	23	79	5	92	40	16	9	33	1.81
8010739--8010820	41	2.0	41	83	4	103	37	2	2	57	1.25
8011388--8011420	15	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
8015260--8015404	71	2.0	71	94	0	254	30	21	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8018182--8018876	354	2.0	354	95	1	1259	41	20	17	20	1.90
8025281--8025370	10	9.3	10	65	11	53	54	1	1	43	1.14
8025332--8025374	19	2.3	19	84	8	52	58	2	0	39	1.11
8030902--8030934	11	3.0	11	83	16	50	24	3	0	72	0.98
8041105--8041256	34	4.7	32	78	10	157	32	9	16	41	1.80
8041477--8041521	19	2.3	19	82	14	56	17	4	22	55	1.60
8041476--8041521	20	2.3	20	85	7	58	17	4	21	56	1.58
8045918--8045970	25	2.1	25	100	0	106	26	15	16	41	1.88
8045931--8045986	25	2.2	25	81	6	60	28	12	16	42	1.84
8051295--8051326	16	1.9	17	93	6	57	25	0	3	71	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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