genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  87  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27520753--27520972	101	2.2	101	83	5	275	30	28	16	24	1.96
27524404--27524687	51	5.6	51	80	5	324	28	14	27	29	1.95
27524400--27524681	102	2.8	102	93	0	467	28	15	26	29	1.96
27526451--27526510	26	2.3	26	85	0	75	30	21	23	25	1.99
27526464--27526516	26	2.0	27	92	3	90	24	20	24	30	1.99
27528543--27528822	77	3.6	78	78	6	275	31	12	10	45	1.77
27536650--27536700	20	2.5	20	81	6	59	29	11	15	43	1.82
27538054--27538169	58	2.0	58	100	0	232	46	12	15	25	1.80
27542358--27542417	23	2.6	23	76	12	61	31	1	16	50	1.55
27542466--27542499	17	2.1	17	89	10	54	29	2	0	67	1.05
27542890--27542942	26	2.0	26	85	0	70	33	0	9	56	1.32
27548409--27548523	35	3.3	36	72	10	103	26	20	22	30	1.98
27551792--27551969	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27551813--27551968	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27559981--27560158	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27560002--27560157	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27565946--27566039	45	2.1	45	90	4	145	31	23	19	25	1.98
27566052--27566201	75	2.0	75	88	3	221	30	29	16	24	1.97
27568508--27569341	417	2.0	417	98	0	1605	31	16	11	40	1.84
27570070--27570251	51	3.6	50	82	6	224	28	14	26	30	1.95
27570069--27570258	101	1.9	102	88	1	292	28	14	26	30	1.95
27570067--27570290	101	2.2	102	82	2	272	30	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27572016--27572072	26	2.2	26	83	0	69	29	21	22	26	1.99
27572029--27572081	26	2.0	26	88	3	79	26	20	22	30	1.98
27574175--27574359	77	2.4	78	84	4	241	32	11	10	45	1.74
27574179--27574386	77	2.7	77	82	3	231	32	11	10	46	1.73
27582217--27582267	20	2.5	20	81	6	59	29	11	15	43	1.82
27582753--27582791	14	2.8	14	100	0	78	25	12	7	53	1.65
27583634--27583749	58	2.0	58	98	0	223	46	11	15	26	1.79
27588441--27588493	26	2.0	26	85	0	70	33	0	9	56	1.32
27606989--27607043	26	2.1	26	86	0	74	34	21	20	23	1.97
27607209--27607534	27	12.3	26	80	5	314	21	16	19	43	1.88
27607210--27607534	80	4.1	81	83	5	403	21	16	18	43	1.88
27607194--27607534	107	3.2	107	82	4	397	21	16	19	42	1.89
27608304--27608405	51	2.0	50	92	1	168	26	23	14	35	1.94
27613038--27613095	12	4.8	11	80	17	62	82	1	13	1	0.82
27613044--27613095	6	8.5	6	79	12	61	82	0	15	1	0.75
27613045--27613099	26	2.1	26	90	6	85	80	0	18	1	0.81
27613942--27614453	143	3.6	142	84	3	625	30	17	23	28	1.97
27615883--27615916	4	8.2	4	96	3	59	26	0	0	73	0.83
27615938--27615977	18	2.2	19	82	13	57	27	7	2	62	1.35
27621767--27621974	45	4.4	45	69	15	152	28	19	25	26	1.98
27621670--27621883	99	2.2	99	97	0	401	30	17	23	27	1.97
27621759--27622202	143	3.2	143	88	7	694	29	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27621780--27622190	133	3.0	134	91	4	619	29	19	21	28	1.98
27623431--27623462	12	2.8	12	95	4	57	31	6	0	62	1.20
27623416--27623474	27	2.3	26	85	8	77	32	5	0	62	1.17
27624618--27624661	17	2.5	18	82	14	56	45	2	0	52	1.13
27626867--27626923	23	2.5	22	80	13	62	64	10	1	22	1.34
27629803--27629991	50	3.7	50	80	12	204	23	29	20	26	1.99
27629803--27629989	100	1.8	103	82	9	247	23	29	20	26	1.99
27637358--27637435	26	3.0	26	96	0	138	20	16	21	41	1.91
27643741--27643836	49	2.0	49	97	0	183	21	16	26	35	1.95
27653670--27653700	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
27653734--27653770	16	2.3	17	81	13	51	54	0	5	40	1.24
27657438--27657516	38	2.1	38	97	0	149	25	8	10	55	1.62
27661418--27661447	15	2.0	15	100	0	60	33	0	6	60	1.23
27661718--27661759	18	2.3	18	88	8	59	21	0	4	73	1.01
27661725--27661788	32	2.1	30	82	8	76	18	4	3	73	1.14
27689564--27689607	22	2.0	22	100	0	88	18	27	13	40	1.88
27696635--27696676	21	2.0	21	86	9	59	42	7	0	50	1.30
27699273--27699334	30	2.1	30	90	0	97	48	3	1	46	1.28
27705389--27706017	157	4.0	157	94	1	1080	35	5	20	37	1.77
27709661--27709849	95	2.0	95	92	0	315	30	17	17	34	1.94
27720016--27720047	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
27720177--27720268	46	2.0	47	85	6	125	32	26	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27720278--27720468	51	3.8	51	80	6	226	30	27	16	24	1.97
27720276--27720460	101	1.8	102	85	3	266	31	27	17	24	1.97
27724929--27724964	18	2.0	18	89	10	56	27	25	2	44	1.68
27728342--27728464	28	4.4	28	86	2	158	33	28	12	26	1.92
27728341--27728464	55	2.2	57	84	2	162	33	29	12	25	1.92
27734301--27734412	54	2.1	54	100	0	224	28	24	25	22	1.99
27736512--27736662	28	5.4	28	89	1	205	33	28	11	25	1.92
27743289--27743315	6	4.5	6	100	0	54	0	70	0	29	0.88
27746464--27746530	34	1.9	35	87	3	100	43	13	10	32	1.78
27750695--27751063	93	4.0	93	97	0	668	31	20	19	27	1.97
27752184--27752227	23	1.9	23	85	0	61	25	20	27	27	1.99
27754497--27754551	12	4.6	12	73	13	51	72	3	14	9	1.23
27754498--27754554	24	2.4	24	91	5	89	71	3	15	8	1.24
27760188--27760226	19	2.0	20	90	5	62	41	0	5	53	1.23
27763898--27763955	20	2.8	20	84	5	71	39	20	25	13	1.90
27767440--27767496	27	2.1	27	83	6	71	21	3	15	59	1.51
27773678--27773745	30	2.3	30	82	10	77	41	8	4	45	1.55
27779311--27779409	42	2.4	42	84	0	126	30	24	22	23	1.99
27779352--27779621	137	2.0	138	85	2	364	32	28	19	19	1.96
27790711--27790828	51	2.3	52	83	11	147	49	1	6	42	1.39
27792038--27792083	18	2.5	19	76	20	53	36	6	13	43	1.69
27792158--27792194	17	2.2	17	100	0	74	18	10	16	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27792794--27792819	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
27817185--27817413	40	5.7	40	83	0	278	20	29	16	33	1.95
27817339--27817404	20	3.3	20	66	16	55	22	36	15	25	1.93
27817185--27817436	80	3.1	80	85	0	324	22	28	16	32	1.96
27825626--27825776	40	3.8	38	80	6	167	20	26	19	33	1.96
27825626--27825775	80	1.9	80	83	5	196	20	26	19	33	1.97
27827425--27827472	24	2.0	24	88	8	71	37	12	22	27	1.90
27828318--27828366	20	2.5	20	81	15	66	57	8	22	12	1.61
27830532--27830564	15	2.2	15	100	0	66	33	12	18	36	1.88
27837154--27837178	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27840242--27840272	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
27840568--27840626	30	2.0	30	83	6	75	20	40	0	38	1.53
27841867--27841906	21	2.0	21	90	5	64	42	2	12	42	1.56
27843384--27843418	4	8.8	4	93	0	61	28	0	20	51	1.47
27844596--27844703	40	2.7	40	80	4	112	40	23	19	16	1.91
27844769--27845083	41	7.7	39	82	10	353	23	21	23	31	1.98
27844769--27845083	82	3.8	82	91	2	465	23	21	23	31	1.98
27845885--27845927	7	6.1	7	88	0	68	20	0	51	27	1.48
27845887--27845934	14	3.4	14	85	2	69	20	0	50	29	1.49
27849036--27849253	43	5.1	43	80	3	199	25	16	27	30	1.97
27849583--27849738	43	3.7	43	80	6	176	27	22	17	32	1.96
27853711--27853747	15	2.4	16	82	13	51	27	13	27	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27861979--27862031	25	2.1	25	85	0	70	3	18	1	75	1.05
27861979--27862038	25	2.4	25	80	2	68	5	20	1	73	1.11
27862573--27862664	30	3.1	27	78	18	87	73	0	20	5	1.02
27862666--27862709	20	2.2	20	84	8	54	31	2	2	63	1.19
27862694--27862728	17	2.1	16	94	5	61	25	5	0	68	1.11
27865149--27865226	38	2.1	38	97	0	147	48	12	10	28	1.74
27865209--27865244	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
27866901--27867030	50	2.4	54	87	7	178	27	20	30	22	1.98
27866942--27867071	50	2.6	50	82	2	154	26	23	29	20	1.99
27867341--27867377	19	1.9	19	89	10	58	54	5	24	16	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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