genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  90  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28543728--28543793	13	5.6	12	76	20	68	50	15	0	34	1.44
28543726--28543795	23	3.0	23	93	0	122	48	15	0	35	1.46
28547979--28548054	23	3.3	23	92	0	134	22	21	26	30	1.99
28551899--28551964	13	5.5	13	67	20	54	45	16	1	36	1.57
28551899--28551973	23	3.3	23	84	3	98	46	16	1	36	1.55
28553915--28553947	16	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
28554041--28554067	14	1.9	14	100	0	54	37	0	7	55	1.28
28556029--28556121	43	2.1	44	96	2	170	26	5	2	65	1.25
28556578--28556621	20	2.2	20	83	0	52	20	13	6	59	1.57
28558525--28558571	19	2.5	19	86	6	60	25	21	10	42	1.85
28561072--28561120	7	6.7	7	93	6	80	85	0	14	0	0.59
28561072--28561120	15	3.3	15	91	5	82	85	0	14	0	0.59
28561072--28561120	22	2.2	22	92	7	82	85	0	14	0	0.59
28561443--28561753	108	2.9	106	80	3	372	24	17	10	47	1.79
28562633--28564305	46	36.4	46	87	0	2321	26	15	25	32	1.95
28564430--28564535	44	2.4	44	79	1	115	26	20	19	33	1.97
28565713--28565743	13	2.4	13	94	0	53	19	45	35	0	1.51
28566355--28566431	32	2.5	29	76	12	82	35	10	2	51	1.50
28566698--28566728	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
28566885--28566928	20	2.2	20	83	0	52	20	13	6	59	1.57
28569708--28569754	22	2.1	23	84	11	62	42	0	0	57	0.98
28570349--28570416	35	1.9	35	88	5	102	36	20	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28579488--28579545	20	2.8	20	82	12	55	68	6	8	15	1.36
28580067--28580136	23	3.1	23	76	11	65	50	1	0	48	1.09
28581448--28581506	29	2.0	30	83	3	75	49	15	5	30	1.66
28591544--28591648	45	2.3	45	86	0	138	20	20	25	34	1.96
28597297--28597787	109	4.5	109	86	1	642	30	26	19	23	1.98
28604198--28604227	7	4.3	7	100	0	60	86	0	0	13	0.57
28604194--28604233	19	2.1	19	90	9	64	85	0	0	15	0.61
28617450--28617483	16	2.1	16	100	0	68	32	17	23	26	1.97
28618027--28618081	23	2.4	22	75	6	56	47	25	10	16	1.79
28620085--28620229	45	3.2	45	84	2	184	36	19	20	23	1.95
28620083--28620294	45	4.7	45	78	3	149	39	18	21	20	1.92
28628608--28628661	20	2.7	20	88	0	72	48	12	7	31	1.69
28634721--28634877	45	3.5	45	79	3	163	39	18	20	21	1.93
28641137--28641340	75	2.7	75	83	3	243	44	13	12	29	1.80
28641570--28641600	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
28642996--28643037	14	3.2	14	77	16	54	47	2	0	50	1.14
28648141--28648171	6	5.2	6	100	0	62	67	0	32	0	0.91
28649513--28649563	22	2.4	22	93	3	86	25	17	11	45	1.83
28653556--28654126	306	1.9	308	82	4	720	42	11	11	34	1.77
28655914--28656092	50	3.6	50	85	6	231	30	26	14	28	1.95
28655909--28656249	51	6.8	50	75	9	259	29	26	15	27	1.96
28655909--28656249	102	3.4	99	80	7	361	29	26	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28663503--28663843	51	6.8	50	74	9	250	29	26	15	28	1.96
28663507--28663843	102	3.3	101	82	5	344	29	26	15	28	1.96
28674527--28674574	25	1.9	25	91	8	80	29	20	20	29	1.98
28680160--28680233	36	2.1	36	92	0	121	36	14	8	40	1.76
28686996--28687061	28	2.5	26	90	5	96	31	12	15	40	1.83
28687201--28687258	24	2.4	24	82	5	73	17	18	3	60	1.50
28689275--28689658	96	4.0	96	96	0	669	26	16	16	40	1.89
28695684--28695834	33	4.5	33	80	3	160	16	9	33	40	1.80
28701200--28701349	75	2.0	75	98	0	291	37	40	8	14	1.75
28707229--28707286	12	4.6	13	70	12	50	74	8	6	10	1.23
28707216--28707276	31	2.0	31	90	6	97	75	9	4	9	1.18
28707215--28707286	25	2.9	24	81	6	81	73	9	5	11	1.24
28708160--28708215	7	8.3	7	82	13	73	67	1	16	14	1.31
28708160--28708215	20	2.8	19	86	8	76	67	1	16	14	1.31
28708160--28708206	13	3.5	13	91	2	76	70	2	14	12	1.26
28708160--28708215	13	4.2	13	86	4	67	67	1	16	14	1.31
28709578--28709690	44	2.6	44	87	2	156	34	19	16	29	1.94
28709578--28709725	44	3.4	44	83	3	138	34	18	18	29	1.94
28709827--28710392	50	11.3	50	69	8	353	33	24	19	22	1.97
28709798--28710392	100	5.9	100	85	1	753	32	24	20	22	1.97
28709798--28710378	200	2.9	201	88	1	835	32	24	19	22	1.98
28710943--28710997	8	7.3	7	78	15	56	78	1	20	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28710943--28711003	16	3.8	16	80	18	65	77	3	19	0	0.91
28710935--28710994	9	7.4	8	76	12	52	78	3	18	0	0.89
28710935--28710997	32	2.0	32	84	9	85	77	3	19	0	0.90
28710943--28711006	23	2.7	24	83	13	80	76	3	20	0	0.92
28711740--28711788	23	2.1	22	82	14	55	26	4	16	53	1.61
28712172--28712206	16	2.2	16	94	0	61	28	5	0	65	1.15
28716474--28716595	48	2.5	48	90	0	190	24	30	20	24	1.99
28743981--28744139	87	1.8	86	87	4	239	38	23	13	24	1.91
28747197--28747236	21	1.9	21	85	10	55	42	40	0	17	1.49
28750508--28750585	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
28758085--28758153	30	2.3	30	97	0	129	21	34	24	18	1.96
28758105--28758159	17	3.5	17	69	19	55	20	30	27	21	1.98
28759804--28759842	17	2.3	16	86	8	51	23	2	5	69	1.21
28770372--28770550	83	2.2	83	91	0	286	35	10	13	40	1.78
28771778--28771803	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
28790359--28790398	19	2.1	19	85	0	53	55	7	2	35	1.42
28795279--28795782	84	6.0	84	100	0	1008	30	25	5	38	1.80
28797919--28798144	125	1.8	125	100	0	452	17	18	20	43	1.88
28806127--28806168	22	1.9	22	95	0	75	28	4	0	66	1.12
28806075--28806169	50	1.9	50	86	4	138	31	4	0	64	1.13
28806074--28806193	49	2.5	46	78	15	125	29	4	0	65	1.16
28812593--28812774	51	3.6	51	79	3	208	24	17	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28812783--28812877	45	2.1	45	92	0	163	28	18	22	30	1.97
28814377--28814432	19	2.7	20	76	21	53	41	1	16	41	1.58
28832167--28833157	46	21.6	46	98	0	1869	34	18	13	34	1.89
28844823--28844914	46	2.0	45	95	2	166	31	30	9	28	1.89
28845198--28845246	24	2.0	24	92	0	80	42	14	2	40	1.57
28850743--28850840	41	2.4	41	85	0	124	33	26	21	18	1.96
28850818--28850856	16	2.4	16	91	0	60	30	25	25	17	1.97
28855490--28855646	41	3.8	41	82	0	188	19	17	26	36	1.94
28856422--28856458	18	2.1	17	90	5	56	35	0	13	51	1.41
28856450--28856909	69	6.7	69	95	0	740	25	8	20	45	1.79
28858652--28858691	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
28858640--28858706	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
28858675--28858714	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
28867275--28868275	41	24.4	41	97	0	1824	34	29	21	14	1.93
28901161--28901196	18	2.1	17	89	5	54	72	0	2	25	0.98
28902336--28902376	13	3.2	13	89	6	66	51	0	9	39	1.35
28902339--28902376	12	3.1	12	92	3	58	52	0	10	36	1.36
28902857--28902896	4	9.8	4	84	15	55	72	0	5	22	1.04
28902859--28902895	13	2.9	13	84	15	51	70	0	5	24	1.08
28905791--28905827	17	2.1	18	90	5	58	62	0	0	37	0.96
28907962--28908061	28	3.5	27	76	6	92	19	17	17	47	1.84
28907961--28908075	58	2.1	53	81	13	137	17	17	17	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28935541--28935713	30	5.7	30	86	1	220	41	15	9	33	1.80
28939605--28940595	85	11.7	85	96	1	1710	29	30	16	23	1.96
28940920--28941011	21	4.4	21	84	0	85	5	42	16	35	1.71
28940982--28941147	66	2.5	66	84	3	201	13	27	19	40	1.88
28946594--28946650	25	2.2	26	87	3	80	36	0	17	45	1.49
28946652--28946784	9	15.7	9	69	14	86	38	1	18	42	1.59
28946656--28946706	16	3.1	16	88	5	75	33	1	21	43	1.64
28946689--28946772	34	2.5	34	82	0	96	41	1	15	41	1.55
28946723--28946940	50	4.2	50	69	19	178	41	1	13	43	1.55
28946652--28946784	25	5.2	25	66	20	71	38	1	18	42	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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