genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  72  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22777420--22777463	21	2.1	21	95	0	79	43	13	11	31	1.80
22782842--22782944	41	2.5	41	85	0	125	27	26	18	28	1.98
22782880--22782959	41	2.0	41	84	0	106	28	25	18	27	1.98
22783571--22783614	21	2.1	21	95	0	79	43	13	11	31	1.80
22791477--22791567	44	2.1	44	91	0	146	30	17	24	27	1.97
22791489--22791601	44	2.6	44	81	8	124	32	17	20	29	1.96
22791694--22791978	50	5.6	50	72	10	204	32	22	20	24	1.98
22791683--22791877	100	1.9	100	83	7	252	30	24	21	23	1.99
22791683--22791903	100	2.2	99	81	9	227	32	23	21	23	1.98
22793786--22793825	19	2.0	20	85	4	55	37	12	2	47	1.55
22794107--22794157	27	1.9	27	88	11	79	21	9	11	56	1.63
22804654--22804868	51	4.2	51	93	0	376	33	16	22	28	1.95
22805496--22805808	155	2.0	156	94	0	556	30	10	21	38	1.87
22806743--22806854	20	5.6	20	69	12	68	34	16	30	18	1.93
22806707--22806970	40	6.6	40	86	0	350	34	17	29	18	1.94
22808203--22808255	25	2.1	25	92	0	88	62	1	0	35	1.06
22808203--22808249	13	3.8	12	76	18	51	61	2	0	36	1.08
22814021--22814061	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
22824384--22824439	18	3.1	19	82	12	64	58	0	0	41	0.98
22824390--22824467	27	3.0	24	81	14	84	52	0	1	46	1.08
22824407--22824475	34	2.0	34	82	5	84	52	0	1	46	1.09
22825360--22825423	31	2.1	31	85	5	85	35	15	10	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22827992--22828023	13	2.3	15	89	10	50	6	18	0	75	1.01
22829141--22829171	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
22832277--22832321	4	11.2	4	100	0	90	48	26	0	24	1.51
22834106--22834453	181	1.9	179	86	4	493	39	20	10	29	1.86
22839975--22840050	30	2.5	32	76	10	95	34	9	2	53	1.46
22840979--22841133	41	3.8	41	87	3	197	18	21	27	32	1.96
22841230--22841280	26	2.0	26	84	0	66	58	5	11	23	1.55
22841692--22841730	21	1.9	21	89	5	62	20	0	38	41	1.53
22841712--22842049	89	3.8	89	96	1	608	26	1	26	45	1.62
22841712--22842049	176	1.9	179	95	1	610	26	1	26	45	1.62
22842061--22842107	14	3.4	14	80	16	53	31	0	27	40	1.57
22842725--22842768	21	2.2	20	88	12	63	79	0	6	13	0.92
22842775--22842841	20	3.2	21	73	14	59	44	7	0	47	1.31
22842789--22842859	23	3.3	22	74	12	60	52	7	2	38	1.44
22845211--22845574	185	2.0	185	98	0	710	40	14	6	37	1.72
22848421--22848489	35	2.0	35	94	0	120	40	8	14	36	1.77
22856892--22856944	20	2.6	20	75	3	61	32	5	7	54	1.52
22857035--22857140	33	3.2	33	81	2	124	16	24	16	43	1.87
22861809--22861869	31	2.0	29	84	12	77	37	18	18	26	1.93
22867653--22867682	15	2.0	15	93	0	51	23	20	43	13	1.86
22869528--22869596	31	2.2	32	82	7	88	47	8	8	34	1.65
22873466--22873579	44	2.6	44	83	6	140	29	22	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22873788--22873970	45	4.1	45	77	2	156	25	24	19	31	1.98
22892561--22892922	68	5.3	68	99	0	715	41	4	4	50	1.41
22893890--22893945	24	2.3	25	81	6	69	39	0	3	57	1.16
22895222--22895297	23	3.3	23	88	0	116	26	18	25	30	1.98
22899062--22899096	17	2.1	17	88	0	52	17	40	17	25	1.90
22899768--22899962	38	5.2	38	88	0	266	33	31	18	15	1.93
22901948--22901977	15	2.0	15	100	0	60	40	6	0	53	1.27
22908603--22908671	25	2.8	25	80	2	77	31	20	27	20	1.97
22911813--22911896	30	2.8	31	89	7	122	33	23	3	39	1.72
22912501--22912593	24	3.8	24	76	19	93	73	0	26	0	0.84
22912504--22912596	7	12.3	7	73	17	53	74	0	25	0	0.82
22912504--22912595	13	7.2	13	80	6	73	73	0	26	0	0.83
22912984--22913013	16	1.9	16	93	6	53	36	3	0	60	1.14
22913504--22913553	17	2.9	17	90	0	82	24	12	10	54	1.67
22913563--22913630	21	3.5	20	80	13	81	44	8	5	41	1.60
22913570--22913616	20	2.3	21	81	3	60	53	6	4	36	1.46
22913563--22913630	17	3.6	18	75	20	59	44	8	5	41	1.60
22913682--22913721	21	1.9	21	89	0	62	32	20	10	37	1.85
22913735--22913829	18	5.4	17	73	10	66	34	14	9	41	1.79
22913769--22913820	18	2.7	19	82	8	70	32	9	9	48	1.69
22919191--22919230	11	3.6	11	86	0	53	82	10	5	2	0.91
22919175--22919251	34	2.2	34	77	11	86	80	7	10	1	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22919193--22919272	23	3.2	24	76	18	67	81	8	8	1	0.94
22919204--22919263	20	3.0	20	79	16	61	80	8	10	1	0.99
22920133--22921049	77	11.8	77	88	5	1126	27	16	19	36	1.93
22920546--22921161	76	8.1	74	87	2	469	26	17	20	34	1.95
22921335--22921419	30	2.9	31	89	6	124	34	23	2	40	1.68
22921347--22921474	59	2.2	59	80	9	136	33	23	4	38	1.76
22921320--22921474	30	5.2	29	76	9	107	32	23	3	40	1.73
22922023--22922111	13	6.9	13	73	16	78	74	0	25	0	0.82
22922027--22922099	38	1.9	37	84	13	96	71	0	28	0	0.87
22922022--22922110	6	14.5	6	74	9	81	74	0	25	0	0.82
22922429--22922458	11	2.6	12	89	10	53	83	0	16	0	0.65
22922511--22922540	16	1.9	16	93	6	53	36	3	0	60	1.14
22923030--22923075	17	2.7	17	93	0	74	26	10	10	52	1.69
22923089--22923157	18	3.6	19	78	9	77	42	8	7	42	1.63
22923206--22923248	21	2.0	21	90	0	68	39	18	9	32	1.83
22923262--22923356	18	5.4	17	72	15	68	33	14	10	41	1.81
22923296--22923347	18	2.7	19	82	8	70	32	9	9	48	1.69
22927093--22927548	38	12.0	38	86	0	572	33	30	19	15	1.93
22934072--22934118	20	2.3	20	85	7	60	27	6	2	63	1.30
22936625--22936711	20	4.3	20	69	21	65	42	4	3	49	1.40
22944173--22944347	14	12.3	14	69	16	74	21	0	32	45	1.56
22944231--22944284	7	7.6	7	77	4	54	20	0	29	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22944317--22944362	14	3.1	14	87	9	56	19	0	32	47	1.50
22944323--22944385	14	4.4	14	75	13	56	23	1	31	42	1.64
22944253--22944439	80	2.3	79	82	5	216	24	0	32	42	1.59
22946423--22947352	464	2.0	464	100	0	1860	33	12	13	41	1.81
22949010--22949052	21	2.0	21	100	0	86	27	23	4	44	1.73
22949350--22949440	43	2.1	43	83	2	112	35	9	12	42	1.75
22949955--22950097	71	2.0	71	93	0	241	48	10	10	30	1.71
22951128--22951159	16	2.0	16	93	0	55	78	0	0	21	0.76
22951137--22951179	20	2.2	20	88	8	63	76	2	0	20	0.89
22951132--22951179	20	2.3	22	79	17	57	77	2	0	20	0.88
22952712--22952772	19	3.1	19	73	13	61	39	3	0	57	1.15
22952703--22952822	41	3.0	39	75	17	122	39	5	2	53	1.36
22953956--22954942	55	17.7	56	75	10	700	36	19	21	22	1.95
22953956--22954934	109	8.8	110	76	9	752	37	18	21	22	1.95
22956584--22956624	22	1.9	22	85	5	57	65	2	4	26	1.25
22956631--22956710	11	7.3	11	67	10	56	60	1	20	18	1.44
22956664--22956711	16	2.9	16	78	3	51	68	2	12	16	1.29
22960882--22961135	108	2.4	105	80	6	275	22	24	19	34	1.97
22960890--22961153	52	5.0	52	76	8	230	23	23	20	32	1.97
22961262--22961406	53	2.8	53	79	9	143	23	24	17	34	1.96
22967502--22967552	17	2.7	18	82	14	59	64	1	0	33	1.05
22969643--22969675	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22976096--22976247	37	3.9	37	81	13	173	26	22	15	35	1.94
22976164--22976534	46	8.6	44	79	15	279	29	21	14	35	1.92
22976207--22976328	52	2.3	52	92	2	199	26	22	13	36	1.92
22976164--22976344	98	1.8	99	93	1	319	28	22	14	34	1.94
22976308--22976498	36	5.0	36	81	14	222	29	19	14	35	1.92
22976263--22976498	118	2.0	117	88	2	348	29	20	15	35	1.93
22976344--22976536	82	2.4	82	91	1	298	30	20	13	35	1.91
22980944--22980986	23	1.9	22	90	4	68	58	6	4	30	1.45
22982496--22982597	31	3.4	29	75	15	93	21	9	16	51	1.73
22983456--22983521	35	1.9	33	87	6	96	36	9	9	45	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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