genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23910927--23910990	26	2.5	26	73	19	62	34	9	21	34	1.86
23913338--23913414	24	3.2	23	73	14	75	50	19	27	2	1.60
23916931--23916962	15	2.1	15	100	0	64	18	0	25	56	1.42
23918805--23918891	30	2.8	30	89	10	122	34	3	0	62	1.12
23921284--23921366	31	2.7	31	88	0	112	45	13	10	30	1.77
23927746--23927787	16	2.6	16	88	0	57	42	7	21	28	1.79
23927743--23927797	16	3.4	16	84	0	56	40	7	21	30	1.81
23927959--23928010	22	2.4	22	96	0	95	44	0	5	50	1.26
23928004--23928118	58	2.0	58	84	3	151	53	5	0	40	1.23
23928131--23928176	23	2.0	23	87	8	67	58	6	0	34	1.24
23937865--23937895	14	2.2	14	100	0	62	58	6	6	29	1.48
23938857--23938931	31	2.4	29	79	20	80	32	28	12	28	1.92
23938878--23938940	31	2.2	27	81	18	74	34	26	9	28	1.88
23939129--23939328	41	4.9	41	87	3	251	20	29	21	29	1.98
23940663--23940687	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
23940918--23941189	138	2.0	138	97	0	508	26	22	13	38	1.91
23945269--23945626	29	11.9	29	82	9	412	44	23	1	30	1.62
23945269--23945626	58	5.9	58	84	8	473	44	23	1	30	1.62
23945333--23945471	70	2.0	70	92	0	233	45	19	1	33	1.59
23945362--23945442	41	2.0	41	90	0	126	46	16	1	35	1.54
23948390--23948460	35	2.0	35	97	0	133	21	30	21	26	1.98
23948850--23949129	124	2.3	124	92	1	481	33	20	14	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23963966--23964068	54	1.9	54	86	4	145	37	13	8	39	1.76
23968115--23968177	31	2.1	29	82	8	74	46	11	7	34	1.69
23969668--23969720	27	1.9	28	84	3	72	26	11	15	47	1.79
23969696--23969776	32	2.5	32	78	5	85	34	16	8	40	1.79
23979045--23979069	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23993053--23993106	27	2.1	26	93	6	92	7	22	24	46	1.77
24001091--24001131	13	3.2	13	86	6	57	0	29	0	70	0.87
24021228--24021357	25	5.2	25	76	10	88	34	20	27	17	1.95
24024388--24024419	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
24031558--24031754	103	1.9	103	85	6	274	36	10	16	37	1.82
24038256--24038381	43	2.9	42	80	12	139	19	17	30	33	1.95
24038945--24038969	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
24039133--24039223	25	3.7	24	77	4	101	36	19	26	17	1.94
24040760--24040816	21	2.7	21	94	0	96	42	0	5	52	1.24
24040760--24040827	21	3.2	21	83	6	84	36	0	7	55	1.28
24042846--24042915	31	2.3	30	85	9	88	51	4	5	38	1.45
24046837--24046871	6	5.8	6	100	0	70	34	0	14	51	1.42
24050837--24050892	27	2.1	27	93	6	96	33	12	3	50	1.58
24062568--24062636	11	6.5	11	76	19	67	40	2	0	56	1.14
24062558--24062626	30	2.4	28	87	7	102	40	1	0	57	1.07
24062581--24062614	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
24062568--24062672	48	2.1	51	89	8	162	40	1	0	58	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24062609--24062706	37	2.8	34	82	13	103	35	1	1	62	1.09
24062659--24062719	32	1.9	32	83	6	79	31	0	4	63	1.15
24063941--24064010	31	2.3	29	82	4	77	38	11	8	41	1.72
24069170--24069238	27	2.6	27	81	4	86	23	20	36	20	1.95
24069296--24069341	21	2.3	19	85	7	56	69	2	26	2	1.11
24071245--24071403	25	6.6	25	82	8	165	38	20	23	16	1.92
24072389--24072428	5	7.6	5	83	10	53	60	0	0	40	0.97
24072389--24072429	16	2.6	16	92	0	73	60	0	0	39	0.96
24072394--24072423	8	3.8	8	90	0	51	60	0	0	40	0.97
24076642--24076763	60	2.0	60	88	3	183	54	13	0	31	1.45
24076786--24076929	61	2.4	61	96	0	261	55	13	0	30	1.39
24076907--24076968	19	3.2	19	88	8	97	54	12	1	30	1.48
24076902--24076967	21	3.2	21	87	10	100	57	12	1	28	1.44
24078069--24078105	19	1.9	19	88	0	56	56	0	0	43	0.99
24078351--24078375	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24079470--24079521	23	2.3	23	89	0	77	25	26	17	30	1.97
24081188--24081245	15	4.0	15	75	8	66	29	18	15	36	1.92
24084269--24084305	14	2.5	15	91	4	58	62	0	5	32	1.18
24084831--24085324	125	4.0	125	93	0	765	30	15	22	31	1.95
24088486--24088622	64	2.2	64	84	6	172	29	1	25	43	1.63
24088569--24089567	68	14.8	67	82	8	953	26	0	24	48	1.54
24088534--24089587	23	46.9	22	75	7	879	26	0	24	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24088534--24089587	45	23.5	43	76	9	814	26	0	24	48	1.54
24090861--24090898	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
24091884--24091960	11	6.9	11	71	19	61	44	1	29	24	1.62
24091906--24091960	22	2.4	23	87	6	85	47	1	27	23	1.62
24092484--24092533	25	2.1	24	85	10	68	46	6	2	46	1.39
24095090--24095161	26	2.8	26	73	10	67	37	6	19	36	1.79
24101977--24102160	5	36.8	5	100	0	368	39	0	0	60	0.97
24105071--24105136	31	2.1	31	83	5	80	24	10	9	56	1.62
24110508--24110571	25	2.5	25	80	9	67	37	3	0	59	1.13
24116663--24116722	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
24123519--24123691	49	3.5	50	87	2	240	27	21	30	20	1.98
24125383--24125427	21	2.2	21	84	11	58	55	4	13	26	1.57
24125764--24125823	22	2.7	23	74	5	61	46	3	8	41	1.50
24126616--24126646	15	2.1	15	100	0	62	80	0	6	12	0.89
24128350--24128409	28	2.1	28	84	6	77	60	0	6	33	1.23
24128747--24128781	18	1.9	18	88	11	54	62	14	0	22	1.31
24128778--24128817	15	2.7	15	84	0	53	57	5	2	35	1.34
24137433--24137481	23	2.1	23	88	0	71	36	2	6	55	1.37
24137823--24137957	40	3.4	39	74	4	119	37	20	20	20	1.94
24137994--24138266	41	6.7	41	91	1	431	22	23	24	30	1.99
24139004--24139037	7	4.9	7	92	0	50	8	0	55	35	1.31
24138829--24139130	138	2.3	128	79	11	312	27	1	28	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24139882--24140308	128	3.4	126	85	8	412	37	14	12	35	1.85
24140085--24140486	128	3.0	128	84	11	563	40	15	10	33	1.82
24140215--24140560	143	2.4	142	92	2	552	40	15	10	33	1.81
24140567--24140611	21	2.2	20	88	4	63	24	46	2	26	1.64
24143822--24143851	12	2.5	12	100	0	60	33	6	10	50	1.62
24145099--24145207	43	2.5	43	87	1	146	21	13	29	35	1.92
24147250--24147307	30	1.9	30	85	0	80	37	10	13	37	1.79
24147745--24147808	29	2.2	30	82	2	76	54	6	7	31	1.54
24148582--24148631	6	7.8	6	84	10	55	68	10	0	22	1.19
24148596--24148631	6	5.8	6	96	3	63	66	13	0	19	1.24
24148706--24148781	27	2.8	27	84	4	91	27	7	21	43	1.80
24148706--24148781	9	8.4	9	82	5	73	27	7	21	43	1.80
24153022--24153171	41	3.6	41	87	0	201	26	22	25	26	2.00
24160008--24160148	41	3.4	41	92	0	219	26	22	26	24	2.00
24160624--24160670	23	2.0	24	87	8	69	27	23	6	42	1.78
24161405--24161589	46	4.0	46	95	0	325	28	27	9	34	1.89
24162253--24162798	273	2.0	273	97	0	1022	36	15	12	35	1.85
24163089--24163136	17	2.9	17	87	3	62	54	20	0	25	1.45
24165640--24165672	12	3.0	11	91	8	50	48	18	9	24	1.76
24165526--24165832	151	2.0	149	82	5	348	39	19	15	25	1.91
24165861--24166050	94	2.0	94	90	2	301	39	15	15	30	1.88
24167167--24167277	31	3.6	31	77	10	111	32	10	9	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24170985--24171009	12	2.1	12	100	0	50	24	36	0	40	1.55
24178136--24178161	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
24179235--24179301	34	1.9	35	93	3	118	50	13	4	31	1.61
24179270--24179309	14	2.9	14	84	0	53	47	17	2	32	1.61
24181375--24181458	3	27.3	3	73	13	64	60	3	4	30	1.34
24182729--24183094	44	8.5	44	72	12	278	30	22	17	30	1.96
24182729--24183828	85	12.8	86	70	12	437	28	21	18	31	1.97
24182807--24183872	44	24.8	44	69	12	484	28	21	18	30	1.97
24182976--24183873	170	5.2	170	93	2	1445	28	21	19	31	1.97
24182987--24183873	345	2.6	341	93	1	1470	28	20	19	31	1.97

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