genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2691--2724	14	2.4	14	90	0	50	50	0	2	47	1.16
4782--4822	21	2.0	21	90	9	66	48	21	17	12	1.79
5698--5781	40	2.1	40	100	0	168	38	38	11	11	1.79
7068--7103	15	2.4	15	95	0	63	16	22	5	55	1.62
10189--10231	23	1.9	23	85	4	61	51	4	9	34	1.55
10681--10820	35	4.0	35	94	0	235	22	27	32	17	1.96
17400--17459	4	15.0	4	100	0	120	25	0	25	50	1.50
20431--20535	35	3.0	35	91	0	165	17	30	28	23	1.97
20479--20534	19	3.1	19	65	31	50	16	30	30	23	1.96
20449--20553	35	3.1	34	86	2	86	19	26	30	23	1.98
22523--22605	39	2.1	39	82	4	96	21	19	37	21	1.94
23872--23911	19	2.1	19	95	0	71	32	30	12	25	1.92
42387--42436	9	6.0	8	77	22	50	34	6	0	60	1.21
42393--42435	9	4.9	9	78	16	54	34	6	0	58	1.25
42387--42439	26	2.0	26	100	0	106	33	7	0	58	1.26
42387--42449	26	2.4	26	91	0	90	30	7	1	60	1.35
42651--42703	22	2.4	22	80	3	61	37	1	1	58	1.20
42695--42727	14	2.4	14	100	0	66	27	0	0	72	0.85
42685--42729	23	2.0	23	86	8	65	26	2	0	71	0.98
42651--42724	9	7.3	10	73	13	53	33	1	1	63	1.11
50508--50539	15	2.1	15	100	0	64	21	12	0	65	1.25
53151--53492	45	7.6	45	66	14	163	29	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53147--53634	135	3.6	135	91	2	736	29	21	22	25	1.99
54960--55009	9	6.0	8	77	22	50	34	6	0	60	1.21
54966--55008	9	4.9	9	78	16	54	34	6	0	58	1.25
54960--55012	26	2.0	26	100	0	106	33	7	0	58	1.26
54960--55022	26	2.4	26	91	0	90	30	7	1	60	1.35
55224--55276	22	2.4	22	80	3	61	37	1	1	58	1.20
55224--55288	11	6.4	10	74	13	53	33	1	1	63	1.13
56235--56272	18	2.2	18	90	4	60	68	0	2	28	1.03
56829--56872	21	2.2	19	84	8	52	68	0	2	29	1.02
59875--59925	25	2.0	25	81	7	59	39	9	3	47	1.55
61578--61616	7	5.4	7	90	3	60	38	10	0	51	1.36
62164--62196	16	2.1	16	100	0	66	45	0	6	48	1.27
62769--62802	17	2.1	16	88	5	50	61	0	0	38	0.96
63831--63886	28	2.0	28	100	0	112	35	3	14	46	1.62
63834--63895	28	2.2	28	91	5	99	40	4	12	41	1.65
71079--71108	6	4.8	6	95	4	51	13	0	3	83	0.77
73256--73294	20	2.0	20	89	0	60	51	7	10	30	1.64
84614--84673	22	2.8	21	75	5	57	33	20	26	20	1.97
88890--88959	34	2.1	34	94	2	124	27	5	10	57	1.54
91215--91285	35	2.0	35	97	0	133	49	16	7	26	1.72
96554--96659	39	2.7	39	79	0	113	33	21	14	31	1.93
97044--97107	2	32.0	2	100	0	128	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106244--106284	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
107107--107148	20	2.1	20	100	0	84	28	28	14	28	1.95
126512--126542	4	7.8	4	100	0	62	48	0	0	51	1.00
129650--129730	38	2.1	38	93	0	135	30	22	7	39	1.81
130528--130565	20	1.9	19	94	5	67	47	5	7	39	1.55
130935--130968	16	2.0	18	88	11	54	35	17	0	47	1.48
132347--132371	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
137712--137739	5	5.6	5	100	0	56	42	0	39	17	1.50
138606--138650	22	2.0	23	82	4	56	53	6	2	37	1.40
142353--142398	14	2.8	16	78	21	51	41	4	2	52	1.33
143693--144121	214	2.0	214	100	0	858	32	18	12	35	1.89
145544--145593	2	25.5	2	95	4	93	0	50	0	50	1.00
149239--149286	24	2.0	24	100	0	96	16	8	25	50	1.73
174135--174172	16	2.4	16	95	0	67	52	15	0	31	1.43
175938--175968	16	1.9	16	93	0	53	45	25	6	22	1.76
178910--178963	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
181108--181339	46	5.0	46	89	1	313	41	13	22	21	1.89
184512--184549	9	4.1	10	90	10	55	71	0	28	0	0.87
193113--193346	126	1.9	126	85	5	330	52	3	10	32	1.52
193940--194036	48	2.0	48	88	4	142	38	9	8	44	1.67
194512--194561	23	2.1	24	85	10	68	40	4	2	54	1.31
200743--200767	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204843--204877	17	2.0	18	88	5	54	88	5	5	0	0.63
204843--204877	18	1.9	18	88	11	54	88	5	5	0	0.63
204846--204887	20	2.0	20	86	13	57	85	4	9	0	0.72
213204--213256	21	2.5	22	84	9	65	20	3	0	75	0.96
213204--213256	22	2.5	22	84	9	65	20	3	0	75	0.96
214813--214988	92	1.9	95	81	8	218	44	3	18	33	1.68
218154--218186	14	2.2	15	89	10	50	75	0	0	24	0.80
218154--218188	16	2.2	16	89	0	52	77	0	0	22	0.78
218154--218187	15	2.2	16	89	5	52	76	0	0	23	0.79
221113--221143	14	2.2	14	94	0	53	48	0	0	51	1.00
235949--236339	197	2.0	195	97	2	739	38	18	18	25	1.93
242111--242175	32	2.0	31	85	11	87	66	3	1	29	1.16
247933--247957	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
248953--249112	82	2.0	81	91	1	257	36	8	12	41	1.74
258033--258079	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
261820--261880	28	2.1	29	81	6	70	59	22	1	16	1.46
265057--265086	12	2.5	12	94	0	51	50	13	0	36	1.42
267527--267577	25	2.1	25	89	7	79	25	1	9	62	1.36
267630--267660	15	2.1	15	93	0	53	22	0	0	77	0.77
272039--272064	12	2.2	12	100	0	52	42	0	30	26	1.56
275479--275511	2	16.5	2	93	0	57	54	0	45	0	0.99
276129--276158	13	2.3	13	94	0	51	50	0	3	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278603--278654	15	3.5	15	82	7	54	25	0	3	71	1.03
282620--282648	7	4.1	7	100	0	58	41	0	44	13	1.44
283725--283759	18	2.0	18	88	5	54	20	0	11	68	1.20
284915--284944	16	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
289398--289481	26	3.2	26	96	0	150	33	5	25	35	1.80
291102--291213	27	4.2	26	85	7	143	15	24	24	36	1.93
291102--291213	54	2.1	54	91	3	181	15	24	24	36	1.93
291275--291314	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
292557--292610	24	2.2	24	84	12	67	48	5	9	37	1.59
292720--292765	24	1.9	24	86	0	65	54	8	4	32	1.51
295632--295802	93	1.8	93	89	2	272	29	27	20	22	1.99
296141--296200	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
308722--308847	46	2.7	46	96	0	225	29	27	22	20	1.98
308724--308866	46	3.1	45	88	4	146	28	28	21	20	1.98
309262--309320	29	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
316233--316358	46	2.7	46	97	0	234	30	27	21	20	1.98
316768--316827	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
321775--321869	27	3.2	30	73	11	88	51	10	13	24	1.72
324421--324469	12	4.0	12	84	7	55	6	24	0	69	1.11
326342--326389	23	2.1	23	100	0	96	33	16	8	41	1.78
327034--327145	42	2.7	42	87	4	154	28	24	16	31	1.96
327167--327315	31	4.8	31	92	3	255	26	28	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327291--327467	50	3.5	50	91	0	282	25	22	16	35	1.95
327811--327865	27	2.0	27	100	0	110	10	58	0	30	1.33
330509--330533	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
331762--331860	19	5.3	18	71	10	65	40	0	2	57	1.10
331750--331793	21	2.1	21	82	0	52	38	0	2	59	1.10
331793--331829	19	2.0	19	94	5	67	43	0	0	56	0.99
338326--338360	9	3.9	9	89	10	54	80	0	2	17	0.84
342233--342271	18	2.2	18	100	0	78	23	17	25	33	1.96
343011--343056	21	2.1	22	92	4	76	36	0	2	60	1.09
343002--343057	21	2.8	21	82	15	73	35	0	3	60	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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