genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20333779--20333939	42	3.8	42	78	6	173	30	24	13	31	1.93
20340324--20340520	27	7.3	27	80	3	191	29	23	7	40	1.81
20340324--20340516	81	2.4	81	85	2	237	29	23	6	39	1.80
20340512--20340702	27	7.1	26	78	10	129	39	21	10	28	1.86
20340519--20340674	54	2.9	54	82	3	163	39	19	10	30	1.86
20340552--20340701	81	1.9	81	84	8	207	42	20	8	29	1.81
20340552--20340759	54	3.8	54	81	4	186	41	19	8	30	1.81
20340577--20340765	27	6.9	27	79	7	112	40	18	8	31	1.82
20341684--20341806	52	2.4	51	94	2	212	26	21	23	27	1.99
20341684--20341806	26	4.8	26	88	1	178	26	21	23	27	1.99
20341951--20342042	42	2.2	42	92	0	148	30	13	21	34	1.91
20342065--20342143	31	2.6	31	91	2	133	31	18	22	26	1.97
20342988--20343076	28	3.1	27	90	7	133	26	12	29	31	1.93
20346239--20346302	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
20346517--20346611	46	2.1	46	86	4	129	34	18	17	28	1.94
20346541--20346611	23	3.1	23	97	2	135	29	21	19	29	1.98
20346662--20346728	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
20346765--20346812	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
20351093--20351140	25	1.9	25	86	0	69	33	25	14	27	1.94
20351177--20351243	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
20351293--20351409	23	5.0	24	82	7	134	30	19	19	29	1.97
20351603--20351662	31	1.9	31	93	0	102	35	16	21	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20354481--20354564	29	2.9	29	89	1	125	27	32	15	25	1.95
20354783--20354820	16	2.4	16	90	0	58	7	15	21	55	1.66
20358993--20359077	29	3.0	29	84	1	118	29	32	11	25	1.91
20360678--20360770	42	2.2	43	82	5	118	30	20	23	25	1.99
20372571--20372611	21	2.0	21	100	0	82	43	14	2	39	1.59
20402014--20402118	31	3.5	30	76	16	92	35	8	7	48	1.62
20411766--20411796	16	1.9	16	93	0	53	16	19	16	48	1.81
20414258--20414291	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
20414667--20414746	28	2.8	28	83	7	108	30	32	15	22	1.94
20414956--20414998	16	2.7	16	85	0	59	9	20	16	53	1.70
20415781--20415807	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
20418699--20418778	29	2.8	28	81	7	90	28	33	13	23	1.93
20418699--20418785	28	3.1	28	80	3	102	28	31	12	27	1.93
20424248--20424425	40	4.5	40	90	3	245	23	23	27	25	2.00
20432324--20432539	39	5.5	40	89	3	305	24	23	26	25	2.00
20432324--20432538	79	2.7	78	87	5	310	24	23	26	26	2.00
20444831--20445040	46	4.6	46	89	2	298	21	24	11	41	1.87
20444831--20445040	91	2.3	92	87	2	298	21	24	11	41	1.87
20448413--20448492	29	2.8	28	84	3	106	26	33	16	23	1.95
20471712--20471752	21	1.9	22	85	5	57	21	4	31	41	1.74
20472164--20472216	24	2.2	24	96	0	97	26	7	33	32	1.84
20479877--20479923	20	2.3	20	88	0	67	36	8	27	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20485813--20486010	50	4.0	50	80	2	236	29	10	18	40	1.84
20485812--20486035	100	2.2	100	84	2	279	31	11	18	39	1.86
20489581--20489749	69	2.5	69	82	2	207	34	19	16	28	1.94
20489759--20489948	71	2.7	70	80	9	219	34	21	15	28	1.93
20502365--20502389	9	2.8	9	100	0	50	32	12	36	20	1.89
20502495--20502577	29	2.9	29	76	1	87	28	12	26	32	1.92
20505643--20505773	46	2.8	46	88	0	199	19	20	29	30	1.97
20508770--20508904	50	2.7	50	81	1	162	28	28	17	25	1.98
20513731--20513879	43	3.7	43	79	17	174	34	24	14	25	1.94
20513790--20513856	33	2.0	33	100	0	134	37	23	14	23	1.93
20513823--20513921	43	2.3	43	83	10	114	35	23	14	27	1.93
20516632--20516701	28	2.5	28	80	0	68	31	8	28	31	1.87
20516649--20516710	28	2.2	28	79	0	70	38	6	25	29	1.81
20518970--20519117	41	3.6	41	80	7	176	22	22	28	26	1.99
20527622--20527646	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
20541195--20541276	40	2.0	40	92	0	137	32	13	20	32	1.91
20542930--20543028	49	2.0	49	100	0	198	20	6	18	55	1.63
20560793--20560824	9	3.6	9	91	0	55	3	9	37	50	1.51
20565329--20565354	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
20565744--20565782	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
20567036--20567089	18	3.2	17	73	21	51	12	25	1	59	1.44
20567058--20567109	18	2.9	18	80	8	61	15	19	5	59	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20567114--20567212	6	16.0	6	72	8	65	5	20	3	71	1.18
20568051--20568097	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
20569921--20569967	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
20571638--20571743	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
20572772--20572807	10	3.8	9	89	10	54	2	8	2	86	0.77
20576072--20576150	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
20576269--20576761	47	10.4	47	93	1	824	28	29	8	32	1.87
20576269--20576761	190	2.6	190	94	0	837	28	29	8	32	1.87
20589309--20589405	42	2.3	42	80	5	106	32	22	17	26	1.96
20593156--20593202	17	2.9	16	76	17	51	17	31	14	36	1.90
20596669--20596707	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
20599923--20599961	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
20599925--20600028	48	2.2	49	79	8	115	12	27	0	58	1.40
20599979--20600028	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
20599954--20600035	24	3.4	24	77	0	101	12	26	0	60	1.31
20603476--20603513	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
20603475--20603512	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
20606308--20606354	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
20608025--20608130	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
20609159--20609194	10	3.8	9	89	10	54	2	8	2	86	0.77
20610733--20610779	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
20611940--20611987	20	2.4	19	70	10	51	33	16	27	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20612619--20612666	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
20618754--20618801	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
20623641--20623665	9	2.8	9	100	0	50	0	8	44	48	1.32
20626122--20626225	18	5.8	17	67	17	52	66	0	23	9	1.27
20633399--20633442	19	2.4	18	81	7	52	68	2	4	25	1.20
20634158--20634219	32	1.9	32	96	0	115	29	9	22	38	1.86
20639143--20639188	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
20639140--20639188	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
20640442--20640475	12	2.8	12	81	0	50	17	38	0	44	1.49
20640404--20640483	38	2.2	36	82	8	90	13	30	1	55	1.47
20642584--20642626	11	3.9	11	78	0	50	18	2	2	76	1.00
20643168--20643215	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
20652775--20652827	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
20657353--20657434	30	2.7	30	70	7	85	28	28	17	26	1.97
20660388--20660438	23	2.3	21	78	18	50	9	19	1	68	1.27
20664701--20664747	12	3.8	12	83	5	67	72	6	4	17	1.22
20664687--20664721	16	2.3	15	95	5	61	77	5	5	11	1.12
20665463--20665559	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
20666417--20666465	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
20667335--20667379	12	3.7	12	80	14	56	68	6	6	17	1.33
20667315--20667393	42	1.9	39	82	7	95	69	6	6	17	1.31
20668395--20668419	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20668389--20668444	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
20668395--20668476	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
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20671997--20672061	10	6.5	10	71	13	53	38	15	21	24	1.92
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20673888--20673973	27	3.1	27	80	12	97	11	18	1	68	1.26
20673909--20673997	12	6.8	12	71	15	52	11	20	1	67	1.28
20673909--20673973	28	2.4	27	87	7	87	12	18	0	69	1.19
20673979--20674037	18	3.3	18	82	0	73	5	13	6	74	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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