genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43077680--43077786	41	2.6	40	75	11	101	20	14	31	33	1.92
43077794--43077928	43	3.2	43	85	3	175	23	17	33	25	1.96
43078427--43078465	15	2.6	14	80	11	51	0	28	20	51	1.48
43078479--43078532	25	2.2	25	82	0	63	9	24	12	53	1.68
43079334--43079389	28	2.0	28	86	3	78	58	3	3	33	1.32
43088679--43088711	14	2.4	14	90	5	50	54	0	6	39	1.25
43088676--43088840	84	2.0	85	85	3	226	50	7	7	34	1.58
43104093--43104143	17	2.6	21	73	23	65	23	13	29	33	1.93
43104105--43104140	17	2.1	17	100	0	72	19	11	33	36	1.87
43104186--43104237	26	2.0	26	96	0	95	36	7	21	34	1.82
43104277--43104334	20	2.8	21	76	5	55	6	22	5	65	1.37
43107205--43107388	40	4.6	40	80	8	196	25	21	28	25	1.99
43107259--43107421	79	2.1	79	81	6	188	26	19	28	25	1.99
43108845--43108919	3	26.0	3	74	12	59	2	28	1	68	1.12
43108863--43108919	28	2.0	28	82	0	69	1	29	1	66	1.12
43109239--43109276	8	4.8	8	100	0	76	50	23	0	26	1.50
43109272--43109304	7	4.7	7	100	0	66	30	27	0	42	1.56
43110036--43110201	85	2.0	85	86	4	237	48	8	7	35	1.61
43110860--43110897	19	2.0	20	84	5	51	57	2	0	39	1.12
43111486--43111549	30	2.2	29	83	8	76	48	0	3	48	1.17
43111494--43111550	30	1.9	30	86	10	82	47	0	3	49	1.18
43113655--43113717	33	1.9	32	90	3	99	36	19	3	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43115447--43115518	13	5.5	13	78	6	65	36	19	16	27	1.93
43115576--43115673	39	2.5	38	76	16	94	29	9	38	22	1.85
43116410--43116466	28	2.0	29	82	3	71	40	3	22	33	1.71
43116948--43117097	43	3.5	43	84	1	176	26	17	24	31	1.97
43118236--43118327	42	2.2	42	94	0	157	29	31	19	19	1.97
43119222--43119435	47	4.6	47	75	9	154	24	31	17	26	1.97
43119169--43119435	94	2.9	92	73	11	258	24	29	18	27	1.98
43127233--43127390	43	3.7	43	82	1	174	27	17	25	30	1.97
43129314--43129488	40	4.4	40	94	0	287	29	29	20	21	1.98
43133218--43133311	46	2.1	45	82	4	109	31	18	5	44	1.72
43138996--43139047	20	2.6	20	84	0	77	48	11	1	38	1.51
43140324--43140434	58	1.9	58	82	8	138	31	21	17	29	1.96
43142007--43142066	27	2.2	27	93	0	102	21	20	11	46	1.82
43147912--43147977	29	2.3	29	82	10	73	31	24	0	43	1.54
43151895--43151933	19	2.0	19	85	14	53	74	0	7	17	1.05
43154757--43154928	94	1.8	94	87	2	256	27	19	28	23	1.99
43154797--43154974	46	3.8	46	78	10	184	26	18	30	23	1.98
43158024--43158120	39	2.5	39	80	5	99	25	28	24	20	1.99
43158073--43158216	39	3.7	39	90	1	209	25	28	22	23	1.99
43158053--43158216	78	2.1	77	84	5	206	26	28	21	23	1.99
43168027--43168076	23	2.2	23	82	13	59	16	2	10	72	1.21
43169591--43169637	5	9.4	5	90	0	76	57	2	2	38	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43173289--43173331	22	2.0	22	95	0	77	32	0	32	34	1.58
43174942--43175188	19	13.1	19	67	26	95	33	2	2	62	1.18
43174942--43175168	30	7.6	30	68	27	94	33	1	1	62	1.16
43175005--43175165	7	23.1	7	69	21	99	36	1	1	61	1.12
43175007--43175216	45	4.5	47	76	13	175	34	2	1	61	1.20
43174942--43175165	75	3.0	73	78	14	198	33	1	1	62	1.16
43175014--43175187	94	1.9	94	84	9	239	34	1	1	62	1.16
43175014--43175215	22	8.9	23	71	19	92	33	2	1	61	1.20
43175108--43175208	21	4.6	21	77	17	91	34	2	0	61	1.18
43175008--43175208	26	8.5	22	68	21	67	34	2	1	61	1.18
43174998--43175216	16	14.0	15	68	20	87	33	2	1	62	1.18
43175405--43175444	19	2.1	19	86	9	55	35	7	0	57	1.27
43187394--43187870	120	4.0	120	93	1	780	33	15	18	32	1.92
43189580--43189747	7	24.1	7	71	21	113	36	1	1	61	1.12
43189574--43189770	20	10.0	19	71	16	111	35	1	1	61	1.14
43189579--43189837	130	2.0	130	81	13	309	33	3	2	60	1.25
43189580--43189837	132	2.0	130	82	11	321	34	3	2	60	1.25
43189582--43189769	101	1.9	100	84	10	258	35	1	1	61	1.15
43189714--43189797	21	3.9	23	75	20	76	32	4	1	61	1.24
43189578--43189747	23	7.5	22	70	24	72	35	1	1	61	1.11
43189984--43190023	19	2.1	19	86	9	55	35	7	0	57	1.27
43190041--43190101	28	2.1	29	82	8	72	37	3	0	59	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43192776--43192829	19	3.2	19	61	33	50	29	0	7	62	1.22
43192769--43192829	31	2.0	31	100	0	122	29	0	6	63	1.19
43194889--43194927	14	2.7	14	84	4	51	35	0	0	64	0.94
43217718--43218075	94	3.8	93	77	11	315	22	26	20	30	1.98
43217717--43218077	47	7.7	46	68	12	182	22	26	20	30	1.98
43225355--43225398	18	2.4	18	84	0	61	27	6	15	50	1.70
43228689--43228728	2	21.5	2	85	14	59	55	0	0	45	0.99
43231789--43231857	24	2.8	25	70	25	67	47	1	1	49	1.19
43233622--43233671	26	1.9	26	91	0	82	38	6	20	36	1.77
43236477--43236527	19	2.8	18	76	5	59	3	0	41	54	1.19
43237347--43237408	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
43237518--43237751	77	3.0	77	82	6	267	32	18	17	30	1.95
43237180--43237990	244	3.3	243	83	7	891	35	18	17	28	1.94
43237531--43237772	79	3.1	78	83	7	276	33	18	19	29	1.95
43237673--43237844	93	1.8	93	83	2	229	32	18	20	28	1.96
43237594--43238067	151	2.9	168	79	10	452	33	18	17	30	1.94
43237766--43238117	74	4.7	74	86	6	437	33	19	16	31	1.93
43237766--43238118	151	2.4	146	86	6	469	33	18	16	31	1.93
43238071--43238166	49	2.0	49	93	0	165	34	20	14	30	1.93
43237999--43238238	121	2.0	121	94	0	417	34	18	15	30	1.93
43238120--43238344	72	3.0	72	84	10	283	33	19	16	30	1.94
43238308--43238413	54	1.9	55	84	5	144	38	19	14	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43238393--43238426	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
43238264--43238751	140	3.5	140	96	2	872	37	20	17	25	1.94
43238448--43238553	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
43249302--43249348	23	2.0	24	91	8	78	4	2	25	68	1.19
43254720--43254758	13	3.2	13	82	14	55	64	0	0	35	0.94
43272362--43272399	18	2.1	18	90	0	58	57	5	13	23	1.56
43274563--43274624	30	2.0	31	90	3	99	38	14	27	19	1.90
43275411--43275463	23	2.3	23	83	9	72	71	1	1	24	1.06
43275439--43275523	27	3.2	26	77	8	91	65	2	1	30	1.12
43275794--43275855	19	3.4	18	82	10	63	40	3	0	56	1.15
43275812--43275853	9	4.7	9	88	8	59	38	0	0	61	0.96
43275776--43275860	9	9.3	9	73	11	57	35	2	2	60	1.23
43275793--43275853	17	3.4	17	78	14	61	40	3	0	55	1.16
43276721--43276826	53	2.0	54	83	10	137	24	33	0	41	1.62
43277551--43277598	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
43277547--43277602	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
43277547--43277598	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
43277750--43277798	25	2.0	25	87	0	71	51	8	8	32	1.61
43277827--43277897	25	2.8	25	78	0	70	60	1	4	33	1.25
43277923--43277971	22	2.2	22	85	7	64	59	0	4	36	1.17
43277892--43277971	23	3.6	23	75	11	69	56	2	5	36	1.35
43278458--43278622	29	5.8	29	90	6	257	21	3	50	24	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43278458--43278622	57	2.9	56	93	4	269	21	3	50	24	1.63
43279373--43279679	67	4.8	66	79	17	335	35	21	15	27	1.94
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43305491--43305539	3	16.3	3	100	0	98	0	32	0	67	0.91
43308345--43308564	48	4.6	48	82	2	253	26	22	29	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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