genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20038544--20038634	22	4.3	22	72	15	68	54	9	14	20	1.68
20040656--20040727	32	2.2	33	82	7	85	27	4	16	51	1.63
20041102--20041153	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
20041115--20041151	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
20041186--20041222	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
20041248--20041289	22	1.9	22	85	0	57	47	0	0	52	1.00
20044581--20044729	27	5.4	27	90	2	217	26	14	28	30	1.95
20044581--20044729	55	2.7	55	90	2	228	26	14	28	30	1.95
20052677--20052828	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
20052677--20052828	55	2.8	55	89	2	234	26	14	28	30	1.95
20052677--20052828	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
20055231--20055297	33	2.0	33	82	5	82	32	10	34	22	1.88
20059644--20059714	35	2.0	35	89	5	108	40	8	23	26	1.83
20062642--20062681	21	2.0	20	85	14	55	47	7	2	42	1.45
20066288--20066396	40	2.7	41	76	2	139	27	27	23	21	1.99
20073282--20073412	28	4.7	28	91	3	210	23	12	34	29	1.92
20078091--20078144	26	2.1	26	100	0	108	29	7	33	29	1.85
20081271--20081372	28	3.6	28	90	0	150	22	16	36	24	1.94
20082627--20082660	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
20085419--20085570	37	4.1	37	93	0	241	25	32	21	21	1.97
20085733--20086012	47	6.0	47	90	0	416	27	29	11	32	1.91
20088268--20088293	12	2.2	12	100	0	52	7	19	0	73	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20089658--20089884	79	2.9	80	84	3	282	25	21	27	25	1.99
20089658--20089845	40	4.7	40	85	3	263	24	21	28	25	1.99
20089658--20089878	119	1.9	119	82	5	286	25	21	27	24	1.99
20099029--20099183	40	3.8	40	87	4	213	24	23	27	24	2.00
20123132--20123216	28	3.0	28	89	0	125	30	8	28	32	1.86
20123703--20123750	24	2.1	22	81	14	53	18	0	33	47	1.49
20126273--20126323	24	2.1	24	82	7	59	52	25	1	19	1.56
20128578--20128658	39	2.1	39	90	0	126	32	23	14	29	1.95
20131567--20131740	98	1.8	94	87	7	260	21	31	18	28	1.97
20131516--20131754	48	5.0	49	78	8	228	23	30	17	28	1.97
20134183--20134416	50	4.9	47	77	8	247	26	16	30	26	1.97
20134186--20134425	100	2.5	97	83	7	292	25	17	30	27	1.97
20136574--20136607	17	1.9	18	88	5	52	11	2	8	76	1.12
20136964--20136996	16	2.0	17	88	5	50	21	3	0	75	0.93
20139024--20139212	40	4.8	41	81	8	205	23	20	28	27	1.99
20139024--20139180	79	2.0	80	85	6	212	24	19	28	27	1.99
20139030--20139210	79	2.3	80	82	6	208	23	20	28	26	1.99
20139030--20139235	79	2.6	78	79	9	195	24	19	28	27	1.99
20153045--20153147	46	2.2	48	87	3	147	35	14	24	25	1.93
20158514--20158698	79	2.3	81	82	7	218	24	22	28	24	2.00
20158515--20158698	40	4.6	40	80	9	198	24	22	28	24	2.00
20158567--20158731	79	2.1	79	80	6	192	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20162545--20162809	47	5.6	47	91	1	404	29	15	22	32	1.94
20162534--20162814	95	3.0	95	89	1	420	30	14	22	32	1.94
20162545--20162809	142	1.9	142	96	0	494	29	15	22	32	1.94
20164863--20165011	37	4.0	37	93	0	235	26	32	19	21	1.97
20165230--20165445	47	4.6	47	92	0	360	26	29	12	31	1.92
20165278--20165357	25	3.3	25	66	22	71	30	28	10	31	1.89
20165169--20165445	94	3.0	93	86	5	395	27	29	12	31	1.93
20165385--20165507	62	2.0	62	98	0	237	27	29	10	32	1.90
20165461--20165534	23	3.2	22	67	27	55	25	32	12	29	1.92
20165299--20165585	156	1.8	155	87	3	432	27	28	11	32	1.92
20165338--20165554	109	2.0	108	87	3	310	27	29	11	32	1.91
20165450--20165607	47	3.4	47	86	0	199	29	29	9	31	1.89
20171034--20171236	40	5.1	40	81	9	229	24	21	28	25	1.99
20183474--20183652	79	2.2	81	83	7	224	24	21	28	25	1.99
20183474--20183654	40	4.6	39	83	9	206	23	21	28	25	1.99
20183504--20183687	79	2.3	77	80	10	201	26	21	27	25	1.99
20185224--20185357	56	2.4	56	89	0	205	26	17	23	32	1.97
20187731--20187785	26	2.1	26	82	0	65	32	25	21	20	1.97
20187780--20187826	24	2.0	24	95	0	85	31	25	23	19	1.98
20188844--20188945	51	2.0	51	100	0	204	43	15	29	11	1.82
20201741--20201781	18	2.2	19	91	4	66	56	4	12	26	1.56
20210333--20210458	46	2.7	46	93	0	207	31	26	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20212862--20212909	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
20215865--20216036	46	3.7	46	74	13	172	30	26	20	22	1.98
20215870--20216040	93	1.8	93	91	0	279	30	27	20	21	1.98
20215963--20216048	46	1.9	45	83	4	111	32	29	17	20	1.96
20219363--20219468	27	3.9	27	81	7	117	17	24	19	37	1.94
20228771--20228813	22	2.0	22	85	0	59	4	23	4	67	1.28
20230061--20230162	27	3.8	27	81	8	93	18	23	20	37	1.94
20230058--20230168	54	2.1	53	83	5	134	17	23	21	37	1.93
20235897--20235938	22	1.9	22	85	0	57	7	21	2	69	1.25
20237186--20237291	27	3.9	27	82	11	119	16	24	22	36	1.94
20237183--20237292	54	2.0	54	85	3	150	15	24	22	37	1.93
20246776--20246912	49	2.8	49	79	11	154	29	24	18	27	1.98
20246891--20246929	18	2.2	18	90	0	60	25	30	15	28	1.96
20246791--20247029	118	2.0	118	89	0	361	27	25	18	28	1.98
20246909--20247075	49	3.4	49	80	3	217	27	26	18	27	1.98
20249553--20249608	15	3.7	15	74	25	64	62	10	14	12	1.55
20252164--20252341	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
20252165--20252320	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
20252161--20252341	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
20266616--20266645	14	2.1	14	100	0	60	50	6	0	43	1.28
20267128--20267305	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
20267129--20267284	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20267125--20267305	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
20270893--20271231	51	6.8	49	81	3	408	26	25	19	27	1.99
20270906--20271236	100	3.3	100	96	0	608	26	25	19	27	1.99
20278777--20278904	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
20278776--20278904	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
20286850--20286961	56	2.0	55	91	1	179	27	12	25	34	1.92
20288203--20288231	12	2.5	12	94	5	51	48	6	17	27	1.72
20289111--20289238	41	3.2	40	83	8	143	38	23	13	25	1.91
20289088--20289238	82	1.8	83	81	5	191	37	23	13	24	1.92
20291950--20291983	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
20291971--20292070	6	16.3	6	79	12	105	49	12	17	22	1.79
20291979--20292070	25	3.7	25	84	5	116	48	11	17	21	1.79
20291971--20292070	31	3.3	30	82	12	105	49	12	17	22	1.79
20292576--20293022	27	16.6	27	82	1	466	42	7	19	30	1.78
20292576--20293015	81	5.4	81	84	1	524	42	7	19	30	1.79
20293060--20293185	27	4.7	27	79	8	141	28	9	23	38	1.86
20293032--20293185	54	2.9	54	80	4	186	27	10	23	38	1.87
20295123--20295216	6	15.3	6	76	16	68	46	14	17	21	1.83
20295144--20295211	25	2.7	25	88	0	100	45	16	17	20	1.85
20295733--20296223	27	18.1	27	83	3	558	41	6	20	31	1.78
20296217--20296369	27	5.7	27	79	2	139	28	7	23	41	1.81
20296218--20296379	54	3.0	53	76	6	173	29	7	22	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20298599--20298803	27	7.6	27	86	3	250	26	14	27	30	1.95
20298599--20298803	109	1.9	109	84	2	277	26	14	27	30	1.95
20306153--20306195	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
20306675--20306879	27	7.6	27	86	3	250	26	14	27	30	1.95
20306675--20306879	109	1.9	109	84	2	277	26	14	27	30	1.95
20324254--20324432	41	4.3	41	82	4	200	37	24	15	23	1.93
20324839--20324904	29	2.3	28	84	5	78	30	24	1	43	1.63
20327639--20327716	40	1.9	41	81	2	95	26	26	19	26	1.99
20327721--20327875	43	3.6	42	78	9	154	26	28	20	24	1.99
20329743--20329772	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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