genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76862817--76862903	41	2.1	43	89	4	133	20	24	17	37	1.93
76862839--76862971	70	2.0	66	89	5	203	21	22	18	37	1.94
76862961--76863005	23	2.0	23	95	0	81	4	11	28	55	1.54
76863325--76863350	8	3.2	8	100	0	52	34	42	11	11	1.77
76868754--76868830	40	1.9	40	89	0	118	36	35	15	12	1.86
76869351--76869388	19	2.0	19	85	10	51	21	34	23	21	1.97
76872461--76872515	24	2.3	24	80	0	65	21	3	5	69	1.25
76872464--76872515	20	2.8	18	80	16	54	21	3	5	69	1.26
76891805--76891835	15	2.1	15	100	0	62	25	54	12	6	1.62
76893914--76894015	52	2.0	51	82	1	123	30	33	22	13	1.93
76897155--76897215	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76903446--76904051	89	6.8	89	72	7	350	32	15	20	31	1.94
76903456--76903976	133	3.9	132	73	7	385	33	14	21	30	1.94
76903443--76904601	44	25.6	45	70	11	356	32	16	20	30	1.94
76903857--76904200	139	2.5	140	77	7	383	34	14	19	30	1.92
76904024--76904243	95	2.3	95	80	1	244	33	16	19	30	1.94
76906362--76906413	3	17.3	3	78	7	52	26	0	3	69	1.06
76907111--76907152	19	2.3	19	84	8	52	54	9	7	28	1.59
76907608--76907632	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
76907598--76907630	15	2.1	16	94	5	59	78	3	0	18	0.87
76907628--76907729	30	3.4	30	85	5	127	30	20	3	45	1.69
76907990--76908039	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76907993--76908035	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
76908095--76908140	3	15.0	3	82	13	58	63	0	36	0	0.95
76908098--76908126	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
76908095--76908140	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
76908095--76908153	25	2.3	24	85	8	73	67	0	32	0	0.91
76908262--76908292	16	1.9	16	93	0	53	77	12	6	3	1.08
76908431--76908485	8	7.0	8	91	6	78	83	0	16	0	0.64
76908432--76908474	7	5.9	7	89	10	68	86	0	13	0	0.58
76908431--76908485	15	3.5	15	90	5	83	83	0	16	0	0.64
76909024--76909079	18	3.1	19	79	5	62	33	10	14	41	1.80
76909024--76909471	17	25.1	18	71	11	85	33	11	10	44	1.75
76909024--76909097	37	2.0	37	84	5	96	33	12	12	41	1.79
76909125--76909219	34	2.8	34	87	4	120	30	15	8	45	1.76
76909148--76909201	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
76909198--76909280	21	4.0	21	76	21	95	40	7	8	43	1.63
76909045--76909470	18	24.0	17	68	19	114	33	11	10	44	1.74
76909198--76909263	22	3.0	23	86	6	82	43	7	7	40	1.61
76909449--76909495	20	2.3	20	82	13	60	53	8	6	31	1.57
76921240--76921482	122	2.0	123	86	3	337	27	13	21	36	1.92
76921395--76922417	72	14.1	72	94	1	1699	30	17	18	33	1.94
76921391--76922417	217	4.7	217	95	1	1738	30	17	18	33	1.94
76921395--76922417	145	7.1	145	95	1	1725	30	17	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76922501--76922533	14	2.4	14	95	5	59	12	9	9	69	1.36
76922332--76922523	86	2.2	87	77	11	214	24	18	16	40	1.91
76922545--76922794	53	4.7	54	90	6	386	30	15	18	35	1.92
76923036--76923069	16	2.1	17	89	10	54	76	2	0	20	0.92
76923067--76923183	30	3.9	29	80	7	119	30	21	3	44	1.69
76923427--76923476	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
76923430--76923472	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
76923532--76923573	3	14.0	3	85	9	59	64	0	35	0	0.94
76923533--76923591	14	4.4	13	81	8	64	71	0	28	0	0.87
76923533--76923591	27	2.2	27	81	6	75	71	0	28	0	0.87
76923536--76923591	24	2.3	25	79	11	64	71	0	28	0	0.86
76923694--76923724	16	1.9	16	93	0	53	77	12	6	3	1.08
76923876--76923933	15	3.9	14	91	8	89	82	0	17	0	0.66
76923859--76923934	23	3.3	23	85	9	102	81	0	18	0	0.69
76923876--76923933	7	7.9	7	92	7	89	82	0	17	0	0.66
76924474--76924529	18	3.1	19	79	5	62	33	10	14	41	1.80
76924474--76924547	37	2.0	37	84	5	96	33	12	12	41	1.79
76924597--76924650	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
76924474--76924910	17	24.5	18	70	16	157	32	12	10	44	1.76
76924647--76924713	23	3.0	22	86	8	91	44	7	7	40	1.61
76924647--76924713	22	3.0	21	89	6	89	44	7	7	40	1.61
76924495--76924920	18	24.0	17	68	19	107	33	11	10	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76924848--76924919	17	4.3	16	76	15	65	34	12	9	43	1.76
76924899--76924945	20	2.3	20	82	13	60	53	8	6	31	1.57
76932524--76932635	56	2.0	56	100	0	224	23	26	19	30	1.98
76933896--76934090	98	2.0	98	96	0	363	36	24	10	28	1.88
76935237--76935328	19	4.8	19	91	0	157	35	15	10	38	1.82
76935214--76935328	38	2.9	38	88	5	158	38	14	9	37	1.79
76937265--76937324	29	2.1	28	87	12	86	38	5	0	56	1.21
76938940--76938997	20	2.9	20	82	5	55	41	1	3	53	1.28
76938954--76939008	20	2.7	19	78	10	56	40	1	1	56	1.21
76957604--76958632	73	14.2	73	93	2	1652	30	17	18	33	1.94
76957608--76958628	145	7.1	145	94	1	1696	31	17	18	33	1.94
76958712--76958744	14	2.4	14	95	5	59	12	9	9	69	1.36
76958543--76958734	86	2.2	87	77	11	214	24	18	16	40	1.91
76958758--76959006	53	4.7	54	89	7	377	30	15	18	35	1.92
76959259--76959283	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
76959248--76959281	16	2.1	17	94	5	61	79	2	0	17	0.86
76959279--76959380	30	3.4	30	85	5	127	30	20	3	45	1.69
76959639--76959688	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
76959642--76959684	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
76959744--76959789	3	15.0	3	82	13	58	63	0	36	0	0.95
76959747--76959775	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
76959744--76959789	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76959744--76959802	25	2.3	24	85	8	73	67	0	32	0	0.91
76959912--76959942	16	1.9	16	93	0	53	77	12	6	3	1.08
76960081--76960135	8	7.0	8	91	6	78	83	0	16	0	0.64
76960082--76960124	7	5.9	7	89	10	68	86	0	13	0	0.58
76960081--76960135	15	3.5	15	90	5	83	83	0	16	0	0.64
76960675--76960730	18	3.1	19	79	5	62	33	10	14	41	1.80
76960675--76960748	37	2.0	37	84	5	96	33	12	12	41	1.79
76960798--76960851	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
76960675--76961110	17	24.5	18	70	15	164	32	12	10	44	1.76
76960848--76960929	20	4.1	20	77	19	91	40	7	8	43	1.63
76960696--76961120	18	24.0	17	68	19	114	33	11	10	44	1.75
76960866--76960912	23	2.1	23	92	4	78	48	6	8	36	1.59
76961048--76961119	17	4.3	16	76	15	65	34	12	9	43	1.76
76962076--76962104	14	2.0	15	93	6	51	48	20	3	27	1.66
76963312--76963341	13	2.3	13	94	0	51	26	0	0	73	0.84
76963329--76963411	41	2.0	42	86	6	116	38	3	1	56	1.24
76963879--76963926	25	1.9	25	82	0	60	35	14	29	20	1.93
76964007--76964068	24	2.5	24	82	7	63	35	17	25	20	1.95
76969765--76969812	18	2.5	20	76	10	55	58	0	0	41	0.98
76969769--76969810	21	2.0	22	85	4	59	61	0	0	38	0.96
76969774--76969850	36	2.2	36	84	11	97	58	1	1	38	1.15
76969800--76969850	17	2.8	18	70	5	50	58	1	1	37	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76970280--76970313	17	2.1	17	88	5	52	38	0	2	58	1.13
76973402--76973431	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
76980902--76981074	46	3.7	46	78	11	199	28	26	21	22	1.99
76980908--76981078	94	1.8	94	93	0	297	28	27	21	22	1.99
76990153--76990203	25	2.0	25	100	0	102	37	15	19	27	1.92
76994382--76994423	21	2.0	21	85	0	57	26	14	28	30	1.95
76994791--76994844	19	2.9	19	86	2	65	66	1	0	31	1.02
76994995--76995047	27	2.0	27	81	7	63	62	1	3	32	1.24
76998837--76998892	17	3.2	16	78	14	58	17	3	3	75	1.10
76998923--76999000	3	25.0	3	78	12	77	28	3	6	61	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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