genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33741016--33741326	40	7.8	40	91	2	482	24	21	28	25	1.99
33745329--33745522	47	4.1	47	87	0	253	32	11	28	26	1.91
33745403--33745478	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
33745492--33745724	48	4.8	48	90	3	360	36	6	26	30	1.83
33745492--33745743	98	2.6	95	84	5	312	34	7	27	30	1.84
33745493--33745764	144	1.9	143	84	7	363	34	8	27	29	1.86
33745870--33745940	37	1.9	37	88	2	108	22	16	30	29	1.96
33751430--33751486	19	2.9	19	82	10	62	21	1	3	73	1.07
33751447--33751497	19	2.7	19	84	3	59	17	3	3	74	1.12
33751648--33751719	6	11.5	6	78	14	74	16	2	4	76	1.06
33751636--33751698	23	2.7	23	87	5	81	14	4	1	79	0.97
33751664--33751714	23	2.2	23	82	6	59	17	3	5	72	1.20
33753767--33753959	87	2.2	87	82	3	228	25	15	22	36	1.93
33753767--33753959	29	6.7	29	76	5	176	25	15	22	36	1.93
33754624--33754673	21	2.4	21	93	0	82	18	32	34	16	1.92
33760801--33760845	20	2.3	19	81	11	54	35	15	2	46	1.58
33771021--33771228	40	5.2	40	90	0	292	24	20	28	26	1.99
33778901--33779121	40	5.6	40	85	3	214	24	20	28	26	1.99
33778976--33779158	79	2.3	80	79	3	192	25	20	28	26	1.99
33782292--33782349	23	2.6	22	81	5	71	36	18	20	24	1.95
33782317--33782361	22	2.0	22	86	0	63	37	20	20	22	1.94
33790133--33790175	20	2.2	20	91	0	68	34	18	2	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33790519--33790588	35	2.0	35	97	0	131	40	15	11	32	1.83
33796023--33796063	17	2.3	18	87	4	57	9	17	2	70	1.25
33797011--33797056	18	2.4	19	86	13	60	15	8	4	71	1.26
33796991--33797057	20	3.4	19	78	12	64	17	8	4	68	1.33
33797104--33797134	15	2.1	15	93	0	53	25	12	6	54	1.62
33800602--33800671	26	2.7	26	80	8	79	18	18	20	42	1.89
33800763--33800830	29	2.3	29	76	20	79	27	11	20	39	1.88
33803266--33803335	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
33803266--33803363	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
33803810--33803835	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
33804941--33804969	11	2.5	12	88	11	51	20	27	13	37	1.91
33805262--33805319	30	1.9	30	92	0	98	29	24	10	36	1.88
33817394--33817431	17	2.2	17	86	9	51	34	2	0	63	1.09
33821345--33821563	47	4.7	47	74	7	189	26	21	30	21	1.98
33821345--33821563	94	2.4	91	82	5	235	26	21	30	21	1.98
33825749--33825887	40	3.5	40	89	0	224	25	27	23	23	2.00
33837887--33837912	12	2.2	12	100	0	52	61	7	0	30	1.24
33838286--33838314	12	2.3	13	94	5	51	20	0	0	79	0.74
33841331--33841394	20	3.2	20	74	12	58	48	4	10	35	1.59
33842426--33842468	18	2.2	20	88	8	63	69	2	4	23	1.18
33846577--33846795	40	5.5	40	86	4	257	22	22	27	26	1.99
33846577--33846761	81	2.3	80	87	3	255	21	23	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33850619--33850729	43	2.6	42	78	5	116	28	16	22	32	1.95
33853104--33853135	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
33858209--33858330	43	2.8	43	77	4	120	27	18	24	28	1.98
33860378--33860827	47	9.6	47	97	0	801	29	30	8	32	1.87
33860428--33860506	25	3.3	25	67	22	78	31	27	5	35	1.79
33873917--33873996	39	2.1	39	97	0	151	57	11	7	23	1.59
33875012--33875045	17	2.0	17	100	0	68	52	17	5	23	1.66
33881500--33881595	46	2.2	42	80	14	106	31	13	1	54	1.46
33885866--33885916	19	2.7	19	93	0	84	13	29	33	23	1.93
33890487--33890610	45	2.8	43	78	9	126	23	28	22	25	1.99
33895788--33896739	443	2.1	443	94	1	1640	32	23	12	30	1.92
33896732--33896811	38	2.1	38	88	0	115	31	27	20	21	1.98
33897905--33897929	10	2.5	10	100	0	50	48	8	0	44	1.32
33898899--33899021	43	2.9	42	79	4	140	24	17	25	32	1.97
33928403--33928595	40	4.8	39	79	7	158	26	21	27	24	1.99
33928438--33928595	80	2.0	80	83	2	201	27	20	27	24	1.99
33932286--33932703	47	9.1	47	87	7	590	32	8	29	28	1.87
33932286--33932688	181	2.2	182	88	5	582	32	8	30	28	1.88
33932822--33932900	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
33940061--33940091	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
33943309--33943336	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
33945258--33945329	33	2.2	33	94	0	126	43	12	4	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33945268--33945319	15	3.3	15	72	15	50	42	15	3	38	1.65
33946917--33947039	56	2.2	56	89	5	187	35	25	12	26	1.91
33948542--33948909	48	7.8	47	77	11	283	24	31	18	25	1.98
33948544--33948912	46	7.8	48	76	11	266	24	31	18	25	1.98
33948552--33948954	94	4.3	95	77	12	341	24	30	18	27	1.98
33955027--33955064	15	2.6	14	88	12	58	39	0	0	60	0.97
33956041--33956080	21	1.9	21	94	0	71	55	10	5	30	1.54
33956206--33956250	22	2.0	22	100	0	90	60	0	4	35	1.17
33958761--33958819	25	2.2	27	85	11	86	20	16	0	62	1.32
33958762--33958811	25	2.0	25	96	0	91	22	12	0	66	1.24
33960249--33960335	42	2.1	42	97	0	165	33	28	13	24	1.93
33967907--33967999	24	3.9	24	78	4	80	43	21	20	15	1.88
33987584--33987625	17	2.5	17	92	0	66	33	9	21	35	1.86
33998177--33998209	16	2.1	16	100	0	66	30	24	15	30	1.95
33999759--33999831	20	3.8	20	71	18	57	53	4	1	41	1.28
34010205--34010423	40	5.6	40	81	12	249	25	21	26	27	1.99
34010205--34010423	79	2.8	79	84	8	268	25	21	26	27	1.99
34010650--34010691	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
34014646--34015594	474	2.0	474	96	0	1763	25	24	15	34	1.95
34016628--34016667	21	1.9	21	85	10	55	60	5	15	20	1.53
34018551--34018697	39	3.7	39	82	4	179	23	20	23	31	1.98
34025205--34025243	21	1.9	21	94	5	71	64	5	10	20	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34040349--34040489	39	3.6	40	83	4	180	22	21	26	28	1.99
34045044--34045218	46	3.8	45	78	11	194	21	20	28	29	1.98
34045040--34045211	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	28	1.98
34047964--34048047	15	5.7	15	77	6	82	8	15	17	58	1.61
34050431--34050606	46	3.8	45	78	10	194	21	19	29	29	1.98
34050427--34050598	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	28	1.98
34059956--34060197	47	5.1	47	87	4	340	32	12	28	26	1.92
34059956--34060197	98	2.5	94	90	4	360	32	12	28	26	1.92
34060171--34060307	46	3.0	46	86	0	193	34	8	31	26	1.85
34070359--34070444	44	2.0	44	88	0	127	20	17	27	33	1.95
34086930--34087426	47	10.6	47	96	0	859	29	29	7	33	1.86
34120961--34121102	43	3.3	43	88	0	212	26	19	29	24	1.98
34120977--34121209	43	5.6	42	75	15	155	29	18	27	24	1.98
34120961--34121209	86	3.0	84	78	10	226	28	18	28	24	1.98
34124800--34124933	47	2.9	47	81	5	139	24	32	17	24	1.97
34135590--34135716	47	2.7	48	85	6	163	23	29	18	27	1.98
34137439--34137470	14	2.3	14	94	0	55	40	15	0	43	1.47
34137647--34137674	12	2.3	12	100	0	56	42	17	14	25	1.87
34139706--34139758	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
34142369--34142584	47	4.6	47	76	13	180	23	29	18	29	1.97
34142378--34142584	94	2.2	93	83	5	256	23	29	17	28	1.97
34145200--34145323	24	5.0	24	86	9	169	38	16	20	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34145191--34145323	52	2.6	52	88	6	186	36	15	21	25	1.93
34145359--34145506	51	2.9	51	92	0	251	31	14	24	29	1.95
34148169--34148233	32	2.0	32	96	0	121	46	13	15	24	1.82
34158862--34159039	27	6.6	27	80	6	146	29	26	15	28	1.96
34158883--34159038	82	1.9	81	88	3	233	29	26	15	28	1.96
34158862--34159051	82	2.3	83	78	12	221	30	25	14	28	1.95
34167124--34167292	93	1.8	93	93	0	293	28	28	20	22	1.98
34167114--34167289	46	3.8	46	78	12	198	29	28	20	21	1.98
34174814--34174986	93	1.9	93	92	0	292	29	28	20	21	1.98
34174816--34174983	46	3.6	46	77	10	189	29	28	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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