genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  227  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75253545--75253682	72	1.9	72	82	2	170	31	16	19	32	1.94
75255525--75255560	16	2.2	17	90	5	56	50	0	8	41	1.33
75255536--75255585	14	3.4	15	76	20	52	52	0	2	46	1.12
75261234--75261478	50	4.9	50	81	5	291	28	26	19	26	1.99
75261233--75261477	99	2.5	98	82	4	305	28	26	19	25	1.99
75270499--75270532	12	2.8	12	86	0	50	23	50	17	8	1.74
75271879--75271911	15	2.3	15	89	5	50	24	6	3	66	1.28
75272007--75272053	22	2.2	21	88	3	67	68	0	0	31	0.90
75278607--75278646	18	2.2	18	90	0	62	25	10	10	55	1.64
75281406--75281452	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
75302830--75302854	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
75332135--75332336	103	2.0	103	96	0	377	32	17	21	28	1.96
75334609--75334675	24	2.9	22	71	20	55	40	35	8	14	1.78
75335859--75335912	28	2.0	27	85	3	72	66	3	1	27	1.19
75335976--75336023	20	2.4	20	86	10	71	70	4	0	25	1.04
75335979--75336037	19	3.1	19	83	9	66	71	1	0	27	0.96
75342148--75342178	16	1.9	16	93	0	53	32	0	29	38	1.57
75342182--75342274	45	2.1	43	84	9	116	37	5	24	32	1.78
75342412--75342466	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
75342597--75342745	47	3.3	46	69	17	132	47	3	3	45	1.35
75345836--75345898	7	8.6	7	91	5	90	25	1	3	69	1.12
75345836--75345899	15	4.3	15	90	6	94	25	1	3	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75346774--75346816	19	2.2	20	92	8	72	23	4	2	69	1.18
75347462--75347491	8	3.8	8	90	0	51	10	0	50	40	1.36
75354035--75354127	40	2.3	40	83	1	105	43	17	22	17	1.88
75358753--75358782	11	2.8	11	95	5	53	83	0	0	16	0.65
75359213--75359261	22	2.2	22	82	10	55	22	12	6	59	1.55
75362583--75362616	17	2.0	17	100	0	68	35	5	29	29	1.81
75365720--75365780	31	2.0	31	93	3	106	39	13	8	39	1.74
75366397--75366507	37	2.8	38	73	12	100	27	24	19	27	1.99
75368021--75368045	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
75369008--75369054	18	2.6	18	74	16	51	19	14	0	65	1.26
75369052--75369081	7	4.1	7	95	4	51	56	0	0	43	0.99
75373331--75373373	21	2.2	21	84	15	58	44	20	4	30	1.72
75378652--75378699	9	5.2	9	77	22	55	12	8	4	75	1.18
75380338--75380379	18	2.3	18	88	8	59	23	0	0	76	0.79
75380538--75380688	78	2.0	76	89	5	232	19	29	12	39	1.88
75384324--75384367	22	2.0	22	82	8	54	36	13	9	40	1.76
75387348--75387385	17	2.3	17	95	4	69	21	0	0	78	0.74
75387412--75387451	21	2.0	20	90	5	62	35	5	22	37	1.76
75387373--75387529	76	2.1	75	83	3	192	31	7	18	43	1.77
75391325--75391711	44	8.7	43	71	9	177	31	19	20	28	1.97
75391325--75391481	43	3.6	43	82	3	163	30	19	21	28	1.98
75391552--75391770	44	4.8	44	77	4	186	31	18	21	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75391552--75391806	88	2.8	90	79	4	244	31	18	21	29	1.97
75393549--75393587	20	2.0	20	90	10	62	25	15	0	58	1.37
75405539--75405713	44	3.8	45	76	9	167	29	19	22	29	1.98
75405804--75405841	18	2.1	18	95	0	67	50	13	21	15	1.78
75405804--75405851	18	2.8	18	87	6	55	52	14	20	12	1.74
75408943--75408999	24	2.4	24	80	11	64	59	3	5	31	1.36
75411780--75411840	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
75412923--75412952	12	2.5	12	94	0	51	30	26	3	40	1.72
75424890--75425270	132	2.9	131	81	2	417	27	18	18	35	1.94
75449840--75450244	133	3.0	133	84	1	508	26	19	26	27	1.99
75452998--75453353	132	2.7	132	84	3	432	26	18	19	35	1.95
75457010--75457067	29	2.0	28	83	3	71	44	0	1	53	1.10
75457505--75457542	20	1.9	20	88	0	58	60	0	2	36	1.11
75458396--75458492	49	2.0	49	93	0	167	24	25	6	43	1.77
75458847--75458885	17	2.3	17	95	0	69	15	23	33	28	1.95
75459764--75459848	43	2.0	42	88	2	125	22	23	2	51	1.59
75473136--75473180	21	2.1	21	83	0	54	60	15	11	13	1.60
75475853--75475886	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
75475861--75475930	17	3.9	18	78	14	74	61	0	0	38	0.96
75475859--75475931	9	8.3	9	81	13	73	63	0	0	36	0.95
75475899--75475932	10	3.5	10	84	8	52	70	0	0	29	0.87
75476525--75476601	10	7.6	10	71	11	50	62	2	2	32	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75476506--75476581	31	2.4	31	82	10	84	64	3	1	30	1.20
75476448--75476580	42	3.1	42	78	14	103	64	3	1	30	1.20
75476716--75476740	10	2.5	10	100	0	50	68	0	0	32	0.90
75490389--75490584	97	2.0	97	96	0	365	31	15	19	33	1.93
75492340--75492478	67	2.1	66	94	2	242	28	15	7	48	1.71
75495402--75495429	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
75496730--75496771	22	2.0	21	86	13	59	66	4	0	28	1.12
75497606--75497668	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
75520724--75520780	6	10.2	6	85	11	77	82	0	0	17	0.67
75520724--75520780	17	3.4	16	86	13	80	82	0	0	17	0.67
75520720--75520784	6	12.4	5	83	13	62	81	0	0	18	0.69
75526019--75526054	19	1.9	18	88	5	54	66	0	11	22	1.22
75527612--75527680	33	2.1	33	91	0	111	27	21	17	33	1.96
75530385--75530432	24	2.0	24	95	0	87	31	8	8	52	1.61
75537665--75537717	6	9.2	6	85	6	74	81	0	3	15	0.83
75539299--75539345	18	2.6	18	83	10	51	76	0	10	12	1.02
75540006--75540038	12	2.8	12	95	0	57	18	42	30	9	1.81
75543023--75543061	19	2.1	18	85	9	51	61	2	7	28	1.37
75544133--75544189	30	1.9	30	85	7	80	8	28	36	26	1.86
75552452--75552552	3	35.0	3	76	11	95	2	30	0	65	1.14
75553031--75553095	34	2.0	32	85	11	87	41	1	3	53	1.25
75553079--75553119	20	2.0	20	85	0	55	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75553117--75553167	18	2.7	18	79	11	50	35	0	7	56	1.28
75553152--75553178	13	2.1	13	100	0	54	22	0	7	70	1.12
75564157--75564412	131	2.0	130	85	0	350	35	16	19	28	1.94
75565029--75565063	18	2.0	17	88	5	52	62	0	5	31	1.18
75567004--75567600	45	13.5	45	67	11	214	27	24	20	27	1.99
75566963--75567827	133	6.5	133	92	1	1362	27	24	20	27	1.99
75566963--75567820	265	3.2	265	92	0	1396	27	24	20	27	1.99
75566963--75567827	398	2.2	398	91	1	1412	27	24	20	27	1.99
75567098--75567828	45	16.5	45	67	11	132	28	24	20	27	1.99
75579402--75579657	131	2.0	130	89	0	395	35	19	18	27	1.95
75580278--75580312	18	2.0	17	88	5	52	62	0	5	31	1.18
75582444--75582487	21	2.2	20	91	4	70	77	0	0	22	0.77
75582450--75582495	21	2.2	21	84	7	58	71	2	2	23	1.08
75584743--75584837	9	9.9	9	68	20	59	60	2	0	37	1.09
75594489--75594528	21	2.0	20	85	5	53	57	2	0	40	1.12
75594688--75594762	13	5.8	13	82	6	89	36	20	8	36	1.82
75597420--75597452	16	2.2	15	89	10	50	42	3	0	54	1.15
75599251--75599330	40	2.0	40	100	0	160	12	35	12	40	1.81
75611989--75612046	30	1.9	30	86	6	82	18	32	27	20	1.97
75619669--75619724	24	2.4	24	82	5	71	16	10	3	69	1.30
75622956--75622992	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
75630019--75630055	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75635292--75635339	16	3.2	16	70	24	50	52	0	0	47	1.00
75635297--75635368	8	9.0	8	76	8	67	58	0	2	38	1.13
75637268--75637323	22	2.5	22	94	0	94	23	30	30	16	1.96
75640633--75640672	21	2.0	21	85	9	57	27	2	10	60	1.42
75646151--75646185	12	2.9	12	82	0	52	17	40	2	40	1.64
75647041--75647079	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
75647237--75647267	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
75650629--75650658	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
75651400--75651438	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
75651596--75651625	15	2.1	15	93	6	53	23	30	6	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255