genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26275888--26276110	43	5.4	40	90	3	279	25	20	28	26	1.99
26283885--26284089	43	4.9	43	92	1	305	24	20	28	26	1.99
26283892--26284115	40	5.5	40	90	3	290	25	21	28	25	1.99
26283885--26284115	86	2.8	82	88	5	299	25	20	27	25	1.99
26285498--26285628	6	21.3	6	71	16	81	19	16	12	50	1.78
26285504--26285562	25	2.4	25	85	0	73	22	15	13	49	1.79
26285526--26285607	37	2.2	37	80	0	101	18	18	13	50	1.79
26292887--26293111	49	4.5	49	79	5	263	28	25	17	27	1.98
26293345--26293398	27	2.0	27	88	0	81	40	14	5	38	1.70
26299037--26299066	12	2.4	12	94	5	51	33	0	10	56	1.32
26299472--26299525	25	2.0	28	82	10	69	33	3	20	42	1.70
26302523--26302560	18	2.1	19	90	9	62	36	26	7	28	1.84
26306459--26306630	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
26308833--26308922	33	2.7	33	76	10	85	32	23	21	23	1.98
26311287--26311342	29	2.0	28	89	3	85	17	23	26	32	1.97
26316237--26316341	27	3.9	27	78	12	110	35	22	24	17	1.95
26317747--26317793	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
26333935--26333968	11	3.0	11	86	4	50	23	0	5	70	1.09
26334090--26334153	31	2.1	31	88	2	94	57	14	3	25	1.51
26350459--26350497	21	2.0	20	85	10	53	23	35	25	15	1.94
26355984--26356024	6	6.8	6	88	0	64	14	2	14	68	1.32
26362678--26362750	35	2.1	35	94	5	130	34	12	9	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26375851--26375902	25	2.1	25	100	0	104	34	11	11	42	1.77
26377046--26377190	47	3.1	47	88	2	213	32	11	29	26	1.92
26377073--26377148	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
26377149--26377295	50	3.0	50	93	3	244	37	8	24	29	1.84
26377445--26377553	37	2.9	37	91	0	173	23	18	30	27	1.98
26383153--26383182	14	2.1	14	93	0	51	56	0	10	33	1.32
26384832--26384885	17	3.2	15	76	20	54	46	46	3	3	1.38
26386743--26386816	12	6.3	12	76	10	64	31	9	0	59	1.29
26386729--26386805	3	26.0	3	80	7	68	32	9	0	58	1.29
26392210--26392269	21	2.9	21	81	18	72	71	5	3	20	1.19
26394149--26394237	12	7.0	12	69	15	54	34	3	2	59	1.26
26394064--26394232	26	6.6	25	71	16	116	27	5	5	61	1.41
26396451--26396496	19	2.4	19	89	7	67	21	21	10	45	1.82
26409034--26409185	27	5.6	27	92	3	232	30	28	14	26	1.95
26409034--26409185	55	2.8	55	92	0	250	30	28	14	26	1.95
26412108--26412148	21	1.9	22	85	5	57	34	0	21	43	1.53
26414113--26414162	26	1.9	26	91	0	82	14	40	34	12	1.82
26414431--26414491	32	2.0	31	87	6	88	24	3	13	59	1.49
26415310--26415390	23	3.3	23	65	18	65	43	1	18	37	1.58
26415309--26415404	50	1.9	50	100	0	192	44	2	16	36	1.60
26415482--26415567	41	2.1	41	100	0	172	44	16	15	24	1.86
26417308--26417601	68	4.3	68	84	1	347	36	15	21	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26420030--26420197	45	3.7	45	87	0	246	31	27	16	25	1.96
26420028--26420195	90	1.9	90	92	0	282	31	27	16	25	1.96
26421286--26421314	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
26425694--26425737	19	2.4	19	85	7	56	52	0	6	40	1.28
26426877--26426919	20	2.2	20	87	4	61	23	16	32	27	1.96
26430256--26430311	27	2.1	27	96	0	103	14	17	12	55	1.69
26433202--26433237	17	2.1	17	100	0	72	16	5	0	77	0.94
26438300--26438373	33	2.2	33	83	4	87	25	22	17	33	1.96
26452258--26452315	28	2.0	29	86	3	82	20	37	22	18	1.94
26457478--26457652	49	3.5	49	83	3	242	28	26	18	26	1.98
26457475--26457657	100	1.8	100	97	0	348	28	26	19	25	1.99
26460058--26460109	6	8.5	6	91	4	86	80	1	1	15	0.88
26460058--26460109	25	2.1	25	92	3	88	80	1	1	15	0.88
26462614--26462665	23	2.3	23	77	12	54	38	1	30	28	1.68
26469096--26469243	41	3.6	41	76	7	149	24	21	27	26	1.99
26486606--26486630	13	1.9	13	100	0	50	88	4	0	8	0.64
26486653--26486686	18	1.9	18	94	5	61	61	5	5	26	1.42
26487185--26487315	67	2.0	67	100	0	262	29	10	26	33	1.90
26487472--26487521	10	5.0	10	78	7	57	68	0	8	24	1.16
26487526--26487566	14	3.2	13	86	10	57	63	7	2	26	1.33
26495888--26496002	46	2.5	46	95	0	203	32	29	18	20	1.96
26502517--26502670	42	3.6	42	87	3	211	28	24	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26508451--26508627	50	3.5	50	87	0	246	37	16	21	24	1.94
26508603--26508751	31	4.8	31	91	0	217	28	20	25	25	1.99
26508773--26508937	42	3.6	48	78	11	150	29	15	24	29	1.96
26508773--26508944	49	3.7	47	78	12	153	29	15	25	30	1.95
26508865--26508977	42	2.7	42	83	8	149	30	15	24	30	1.95
26513261--26513437	50	3.5	50	87	0	264	36	16	21	24	1.94
26513413--26513561	31	4.8	31	86	3	210	28	18	26	26	1.98
26513673--26513789	42	2.8	42	85	5	146	30	13	27	28	1.94
26513673--26513770	42	2.3	42	92	3	162	30	14	27	27	1.95
26517888--26518039	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
26517888--26518039	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
26526008--26526159	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
26526008--26526159	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
26546947--26547124	56	3.2	54	82	7	196	26	12	29	31	1.93
26546972--26547124	28	5.5	28	92	1	229	27	13	28	30	1.94
26555087--26555238	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
26555087--26555238	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
26566919--26566960	18	2.3	18	87	0	57	23	16	16	42	1.88
26566928--26566978	18	2.8	18	87	0	66	27	17	15	39	1.90
26566966--26567010	18	2.5	18	79	10	56	40	17	4	37	1.70
26567017--26567092	18	4.1	18	73	9	71	44	14	9	31	1.76
26567208--26567332	53	2.4	53	81	0	151	44	19	17	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26569411--26569466	11	5.5	11	71	16	57	37	12	19	30	1.89
26569410--26569466	20	2.8	20	94	0	96	36	12	19	31	1.89
26569516--26569638	26	4.8	26	89	1	178	29	25	20	25	1.99
26569782--26569874	42	2.2	42	94	0	159	26	13	20	38	1.90
26569898--26569976	31	2.5	31	95	0	140	26	17	26	29	1.98
26576492--26576663	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
26576492--26576663	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
26576519--26576696	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
26583448--26583619	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
26583448--26583619	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
26583475--26583652	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
26585627--26585682	18	3.1	18	81	0	67	39	12	7	41	1.70
26585689--26585762	18	4.1	18	72	10	69	44	14	9	31	1.77
26585878--26585999	53	2.3	53	79	0	136	45	21	16	17	1.86
26586169--26586202	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
26587041--26587099	30	2.0	28	81	15	66	50	8	3	37	1.49
26590474--26590543	32	2.2	32	94	5	124	42	17	25	14	1.86
26592507--26592548	18	2.3	18	100	0	84	35	11	16	35	1.86
26594350--26594415	33	2.0	33	96	0	123	28	9	7	54	1.59
26594952--26595006	27	2.1	27	86	3	76	21	7	1	69	1.23
26594976--26595005	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
26595423--26595470	24	1.9	25	83	8	62	41	0	2	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26599231--26599393	43	3.8	42	81	8	177	31	26	16	25	1.96
26601463--26601503	19	2.0	20	90	9	66	60	7	2	29	1.36
26601474--26601512	19	2.2	19	86	9	55	64	2	0	33	1.08
26603047--26603078	13	2.4	14	90	10	50	75	0	25	0	0.81
26605790--26605897	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
26607500--26607586	27	3.2	27	79	9	97	19	24	21	34	1.96
26607500--26607604	27	3.9	26	83	7	95	20	24	20	34	1.96
26610027--26610062	17	2.1	17	100	0	72	33	27	5	33	1.80
26615906--26616083	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26615927--26616082	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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