genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27177603--27177733	47	2.8	45	75	15	124	28	29	21	21	1.98
27180106--27180309	27	7.5	28	89	6	296	25	14	28	30	1.95
27180106--27180309	55	3.8	55	94	1	324	25	14	28	30	1.95
27183415--27183464	15	3.4	16	81	10	54	60	10	18	12	1.59
27183424--27183464	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
27183426--27183473	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
27186400--27186569	93	1.8	93	90	0	277	27	27	22	22	1.99
27186393--27186567	46	3.8	45	75	10	165	28	28	22	21	1.99
27190365--27190406	22	2.0	21	85	4	57	30	0	19	50	1.48
27190683--27190757	26	2.9	26	80	4	80	21	24	20	34	1.96
27190847--27190895	24	2.1	23	84	3	62	20	22	18	38	1.93
27190847--27190953	25	4.3	25	72	1	90	21	24	19	34	1.96
27198135--27198198	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
27198392--27198509	23	5.0	24	89	5	170	27	22	22	27	1.99
27198559--27198615	20	2.8	20	97	0	105	33	19	12	35	1.89
27198559--27198614	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
27204787--27204850	31	2.1	30	88	2	92	25	21	14	39	1.91
27205065--27205182	23	5.1	23	93	3	193	30	21	19	28	1.97
27205233--27205299	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
27205233--27205288	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
27205336--27205385	25	2.0	25	88	0	73	26	16	24	34	1.95
27207221--27207249	13	2.2	13	100	0	58	62	0	13	24	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27207799--27207856	26	2.2	26	84	0	71	20	25	18	34	1.96
27207934--27207994	24	2.6	24	84	7	63	19	24	19	36	1.95
27207979--27208045	24	2.7	25	81	4	82	23	25	17	32	1.97
27213466--27213548	26	3.2	26	83	6	98	40	24	21	13	1.89
27213948--27213987	21	2.0	20	85	14	55	47	12	0	40	1.41
27221739--27221790	20	2.6	20	87	6	79	48	0	0	51	1.00
27223621--27223658	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
27226560--27226636	38	2.0	38	94	0	136	24	14	19	41	1.89
27227529--27227681	40	3.8	40	92	0	243	24	20	28	27	1.99
27231719--27231823	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
27231682--27231823	40	3.6	40	80	12	150	24	23	28	23	2.00
27231682--27231829	79	1.9	80	81	7	185	25	22	28	22	1.99
27232047--27232214	47	3.6	47	90	0	255	33	8	30	27	1.86
27236522--27236562	19	2.2	19	100	0	82	14	14	21	48	1.80
27241841--27241871	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
27241838--27241877	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
27242110--27242310	108	1.8	110	86	6	293	23	24	16	35	1.95
27242110--27242317	55	3.8	52	76	12	172	23	24	16	36	1.94
27247064--27247183	43	2.9	41	77	13	127	27	25	20	25	1.99
27262510--27262616	22	4.8	23	78	12	125	24	20	18	36	1.95
27262510--27262616	44	2.4	44	92	4	171	24	20	18	36	1.95
27266636--27266678	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27280999--27281267	40	6.7	40	88	1	315	24	28	21	26	1.99
27289239--27289501	40	6.6	40	87	3	316	22	27	23	26	1.99
27289265--27289502	81	3.0	81	84	2	320	23	28	22	26	1.99
27293065--27293152	43	2.0	43	84	0	113	20	13	7	57	1.61
27302525--27302600	21	3.5	21	67	22	57	21	13	27	38	1.90
27302551--27302618	21	3.0	24	65	20	63	23	14	23	38	1.92
27302523--27302618	45	2.2	44	92	5	167	22	12	26	38	1.90
27302537--27302606	21	3.2	21	66	18	61	20	14	25	40	1.90
27319309--27319355	24	2.0	24	100	0	94	29	8	8	53	1.61
27320793--27320821	15	2.0	15	93	6	51	20	27	0	51	1.47
27323221--27323272	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
27332653--27332733	27	3.0	27	80	3	92	35	18	20	24	1.95
27333650--27333774	6	20.3	6	67	16	60	20	20	11	48	1.80
27333662--27333757	31	3.1	31	85	5	131	21	22	10	44	1.83
27333762--27333795	18	1.9	17	88	5	50	23	11	14	50	1.76
27343143--27343198	24	2.3	24	87	0	76	46	7	7	39	1.59
27347821--27347873	25	2.1	25	86	6	72	58	3	18	18	1.54
27352553--27352821	49	5.7	46	78	9	222	23	30	18	27	1.98
27352563--27352827	139	1.9	141	83	5	349	24	30	18	27	1.98
27357752--27357934	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	25	2.00
27357731--27357934	40	5.1	40	80	10	222	24	27	22	25	2.00
27371317--27371547	40	5.8	40	90	1	322	22	28	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27376076--27376214	43	3.3	42	82	7	165	32	25	17	24	1.97
27381269--27381441	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
27381266--27381436	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
27401795--27401829	18	1.9	18	88	11	54	11	22	42	22	1.85
27413478--27413656	46	3.9	46	75	11	177	24	21	26	27	1.99
27416175--27416249	24	3.1	24	84	0	87	20	17	20	42	1.89
27417956--27418217	46	5.6	45	76	15	214	27	19	30	22	1.98
27417956--27418217	140	1.9	139	82	7	334	27	19	30	22	1.98
27422702--27422742	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
27424808--27424885	27	2.9	27	96	0	147	34	23	10	32	1.88
27432486--27432514	15	1.9	15	100	0	58	48	0	31	20	1.50
27433820--27434043	40	5.6	39	90	4	292	23	24	28	24	2.00
27433816--27434066	40	6.3	39	83	11	234	24	23	27	24	2.00
27433820--27434046	119	1.9	120	85	4	316	23	24	28	24	2.00
27433820--27434066	79	3.1	79	85	7	281	23	23	27	24	2.00
27436905--27437011	52	2.0	54	83	7	139	22	22	25	29	1.99
27439968--27440030	6	10.7	6	81	8	67	77	3	0	19	0.90
27444040--27444293	40	6.3	41	81	3	264	38	18	19	23	1.93
27444040--27444293	81	3.2	80	76	5	206	38	18	19	23	1.93
27444049--27444285	121	2.0	121	82	1	296	39	16	18	24	1.92
27446474--27446559	29	2.8	30	72	15	77	50	4	5	39	1.47
27448535--27448714	43	4.2	43	80	4	193	22	16	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27450790--27450836	24	2.0	24	100	0	94	38	14	17	29	1.89
27452206--27452285	23	3.4	23	77	3	79	27	23	16	32	1.96
27460162--27460334	93	1.9	93	92	2	294	26	28	21	22	1.99
27460155--27460330	46	3.8	46	79	5	212	27	28	21	22	1.99
27462248--27462336	30	3.0	30	77	8	92	57	14	16	11	1.65
27462248--27462327	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
27462259--27462336	15	5.2	15	74	9	61	56	14	16	12	1.68
27465255--27465426	93	1.8	93	93	0	299	26	30	22	20	1.98
27465247--27465422	46	3.8	46	81	4	219	27	29	21	21	1.98
27476443--27476486	21	2.1	21	83	8	54	47	29	2	20	1.62
27477481--27477511	15	2.1	15	93	0	53	54	9	0	35	1.33
27477717--27477791	37	2.0	38	89	5	118	28	25	16	30	1.96
27477729--27477908	79	2.2	81	86	10	253	29	23	15	32	1.95
27477844--27477971	48	2.8	45	81	7	150	29	23	16	30	1.96
27487344--27487393	24	2.1	25	88	7	77	30	20	4	46	1.69
27491887--27491935	25	2.0	25	91	0	80	63	14	4	18	1.46
27515916--27516402	50	9.7	50	75	4	406	27	16	24	31	1.97
27515917--27516300	101	3.8	101	86	3	445	27	17	25	30	1.97
27516018--27516408	151	2.6	151	87	1	534	27	17	23	30	1.97
27516169--27516350	101	1.8	101	83	0	247	27	18	22	31	1.97
27516611--27516642	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
27519500--27519551	26	2.0	25	82	14	61	30	28	3	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27529001--27529178	40	4.5	40	88	4	238	23	21	26	28	1.99
27529001--27529178	80	2.2	79	89	4	268	23	21	26	28	1.99
27537067--27537244	40	4.5	40	90	4	256	23	20	27	28	1.99
27538987--27539716	364	2.0	364	96	0	1343	33	22	16	28	1.95
27545350--27545402	27	2.0	27	84	0	70	37	16	15	30	1.90
27552615--27552677	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
27554636--27554714	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27554833--27555357	47	11.1	47	93	0	762	28	30	9	31	1.89
27577392--27577431	21	1.9	21	84	0	53	42	10	17	30	1.82
27579438--27579564	50	2.6	50	86	6	172	25	32	18	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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