genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8073736--8073817	41	2.0	41	100	0	164	43	14	2	39	1.59
8074084--8074153	21	3.4	20	71	13	61	42	24	22	10	1.84
8074150--8074222	19	3.8	19	80	3	83	46	21	20	10	1.81
8074138--8074228	39	2.3	39	96	0	164	43	23	21	10	1.84
8074084--8074228	20	7.2	20	71	8	107	43	22	22	11	1.85
8085898--8085944	19	2.5	19	86	6	60	29	4	2	63	1.25
8085889--8085944	20	2.7	19	78	13	58	35	3	1	58	1.26
8091409--8091506	35	2.8	35	80	9	110	32	1	6	60	1.28
8091461--8091511	18	2.8	18	72	16	52	31	0	5	62	1.19
8092135--8092178	15	3.0	15	80	3	54	36	0	9	54	1.32
8093334--8093627	149	2.0	149	98	0	570	38	22	21	18	1.94
8097015--8097058	21	2.0	22	83	12	56	59	4	9	27	1.48
8097145--8097195	22	2.4	22	83	6	61	56	1	3	37	1.29
8097734--8097780	21	2.4	19	80	16	51	57	14	4	23	1.55
8098211--8098264	28	2.0	27	82	10	65	50	22	5	22	1.70
8104765--8104817	25	2.2	24	83	10	63	56	3	1	37	1.28
8104899--8104986	29	3.0	28	80	6	86	30	9	10	50	1.67
8105922--8105970	21	2.3	20	83	13	62	42	0	4	53	1.20
8106465--8106522	30	1.9	31	92	3	100	27	5	12	55	1.58
8110854--8111110	3	84.7	3	71	16	131	27	6	4	61	1.40
8110862--8110919	16	3.6	16	78	15	66	27	8	1	62	1.35
8110895--8110977	41	2.0	41	81	9	98	27	2	6	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8111212--8111257	3	16.0	3	77	8	51	30	2	2	65	1.16
8111212--8111261	14	3.6	14	86	5	66	30	2	2	66	1.14
8111429--8111534	25	4.3	25	76	17	105	33	4	4	57	1.40
8111794--8111836	19	2.3	19	84	8	52	39	0	0	60	0.97
8111851--8111881	13	2.4	13	94	0	53	41	0	3	54	1.16
8116090--8116121	16	2.1	16	88	11	50	21	0	18	59	1.38
8120773--8120901	50	2.5	51	87	2	188	34	16	24	25	1.95
8120877--8121025	31	4.8	31	89	0	217	27	20	26	25	1.99
8121042--8121166	47	2.7	47	86	1	162	26	16	28	29	1.96
8121094--8121219	49	2.6	48	87	3	157	27	14	26	30	1.95
8127217--8127244	13	2.2	13	100	0	56	35	7	21	35	1.81
8131305--8131340	7	5.3	7	93	3	56	61	16	8	13	1.56
8139240--8139278	19	2.1	19	100	0	78	25	23	20	30	1.98
8142668--8142726	22	2.7	21	82	7	64	55	0	0	44	0.99
8142996--8143030	16	2.1	16	89	5	52	37	0	0	62	0.95
8143351--8143377	13	2.1	13	100	0	54	33	0	0	66	0.92
8145396--8145455	30	2.0	30	93	0	102	26	0	13	60	1.34
8145543--8145567	11	2.3	11	100	0	50	20	0	8	72	1.10
8157066--8157114	25	1.9	26	83	4	64	34	6	4	55	1.44
8157567--8157620	20	2.7	21	75	16	51	53	3	1	40	1.29
8165993--8166116	9	12.9	9	65	21	56	63	2	3	30	1.23
8166071--8166114	20	2.1	21	87	4	63	63	2	2	31	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8166536--8166666	23	5.8	23	76	13	110	40	12	16	30	1.86
8166560--8166659	22	4.5	22	72	17	71	42	14	15	29	1.85
8173971--8174029	29	2.0	29	100	0	118	49	6	6	37	1.56
8176540--8176578	18	2.2	18	100	0	78	51	12	10	25	1.71
8182108--8182145	18	2.1	18	85	9	51	50	10	5	34	1.59
8182228--8182293	19	3.3	18	76	16	60	53	3	1	42	1.25
8182251--8182317	33	2.0	34	91	8	111	52	2	0	44	1.16
8183399--8183525	42	3.0	42	82	6	152	30	25	13	30	1.94
8183484--8183605	47	2.6	46	84	1	154	30	27	14	27	1.95
8183656--8183748	31	3.0	31	93	3	152	27	26	19	25	1.99
8183734--8183761	13	2.2	13	100	0	56	21	39	0	39	1.54
8183703--8183792	44	2.0	44	91	0	144	26	30	14	28	1.95
8183747--8183854	31	3.5	31	87	0	162	25	28	18	27	1.98
8183672--8183823	75	2.0	75	88	2	225	26	28	16	28	1.97
8183656--8183854	106	1.9	106	92	2	337	26	27	19	26	1.99
8183682--8184003	106	3.1	104	79	10	252	26	25	17	30	1.97
8183830--8184006	50	3.5	50	90	3	284	25	22	16	35	1.95
8185452--8185481	15	1.9	16	93	6	53	26	13	6	53	1.64
8188928--8188985	19	3.0	20	80	14	70	56	3	0	39	1.16
8188999--8189034	10	3.5	10	92	3	54	69	5	0	25	1.10
8192176--8192228	24	2.2	24	89	0	79	52	7	3	35	1.48
8193264--8193303	20	2.0	20	95	0	71	72	2	5	20	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8195840--8196085	9	25.9	9	68	21	76	36	2	3	57	1.30
8195926--8196049	28	4.4	28	86	10	155	34	0	4	60	1.21
8195834--8196112	19	14.9	18	70	14	138	34	2	2	60	1.26
8199191--8199229	16	2.4	17	86	4	53	64	0	0	35	0.94
8199195--8199235	9	4.5	10	77	22	54	63	0	0	36	0.95
8220013--8220045	17	1.9	17	93	0	57	81	0	0	18	0.68
8222432--8222478	22	2.1	22	84	0	58	27	23	36	12	1.91
8223450--8223726	44	6.2	45	81	5	235	33	17	20	28	1.95
8223501--8223726	44	5.1	44	84	0	290	34	16	19	29	1.94
8223501--8223749	132	1.9	132	87	3	367	33	16	19	29	1.94
8223661--8223747	44	2.0	44	84	4	113	34	13	20	31	1.92
8223820--8223913	44	2.2	44	84	1	127	36	11	19	32	1.88
8223829--8223932	44	2.4	44	80	3	111	32	14	20	32	1.92
8224106--8224140	6	5.8	6	100	0	70	85	0	0	14	0.59
8225125--8225779	354	1.9	352	87	3	976	18	18	18	44	1.87
8226067--8226110	9	4.9	9	94	0	70	43	2	2	52	1.26
8231911--8231990	21	3.8	21	66	26	60	16	33	27	22	1.95
8231911--8232000	43	2.1	43	83	8	112	16	35	24	23	1.95
8234735--8234779	23	2.0	23	81	0	54	24	0	4	71	1.05
8234743--8234783	17	2.5	17	88	4	57	24	0	2	73	0.96
8236552--8236632	42	1.9	42	82	0	99	30	25	17	25	1.97
8238121--8238230	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8239716--8239768	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
8245162--8245270	26	4.2	26	92	1	166	34	4	23	36	1.76
8248045--8248083	7	5.4	7	82	17	53	41	0	0	58	0.98
8248581--8248661	42	1.9	42	94	0	144	58	8	28	4	1.49
8248640--8248679	12	3.3	12	85	0	53	72	0	25	2	0.97
8254600--8254722	44	2.8	44	79	4	115	26	23	24	26	2.00
8254813--8254921	43	2.6	43	83	1	121	21	18	22	38	1.93
8267143--8267231	3	30.0	3	73	10	67	58	2	7	31	1.39
8267146--8267234	29	3.1	28	77	9	74	58	2	7	31	1.39
8269803--8269888	41	2.1	41	97	0	163	25	33	6	33	1.83
8272064--8272110	16	3.1	16	85	11	55	31	2	2	63	1.18
8272073--8272130	16	3.7	15	82	15	64	24	6	0	68	1.13
8272668--8272702	13	2.7	13	83	16	54	17	28	31	22	1.96
8277310--8277460	42	3.5	43	78	9	123	25	19	25	29	1.98
8277359--8277468	42	2.6	42	84	11	129	24	20	26	29	1.99
8290928--8290997	23	3.0	23	66	15	63	35	14	15	34	1.88
8290809--8291015	46	4.5	46	81	4	233	31	15	20	31	1.94
8290907--8290975	23	3.1	21	69	19	59	36	13	17	33	1.88
8290791--8291015	90	2.5	90	81	5	256	32	15	20	31	1.94
8292659--8292744	31	2.8	31	92	1	147	24	25	17	32	1.97
8293702--8293841	27	5.2	27	77	11	153	36	24	22	17	1.94
8293702--8293842	54	2.6	54	88	2	203	36	24	21	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8295969--8296038	25	2.8	25	91	0	104	25	20	24	30	1.99
8296083--8296122	10	3.9	10	87	6	62	32	17	17	32	1.93
8296083--8296123	21	2.0	21	95	0	73	31	17	17	34	1.93
8301985--8302040	14	3.9	14	76	6	58	42	0	8	48	1.34
8301992--8302040	15	3.3	15	82	5	73	42	0	6	51	1.27
8306251--8306334	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
8307941--8308051	27	4.1	27	83	3	125	17	24	22	36	1.95
8307941--8308051	54	2.1	54	87	3	161	17	24	22	36	1.95
8308113--8308152	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
8316176--8316245	27	2.4	28	86	11	97	48	4	21	25	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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