genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72746698--72746819	33	3.7	33	80	7	131	32	9	13	44	1.76
72746810--72746847	20	1.9	20	94	0	67	50	7	0	42	1.31
72746838--72746875	16	2.3	17	81	4	51	36	15	10	36	1.82
72762807--72763825	192	5.3	192	97	0	1923	30	13	21	35	1.91
72763644--72763961	123	2.6	122	90	4	521	27	13	21	37	1.92
72763720--72763925	54	3.5	54	67	17	160	28	13	20	37	1.91
72763945--72763977	15	2.1	16	88	5	50	18	12	6	63	1.48
72763884--72764141	90	2.9	88	82	10	316	26	18	18	36	1.93
72764128--72764168	15	2.9	13	83	16	55	14	7	9	68	1.39
72764133--72764166	15	2.2	16	94	5	61	11	5	8	73	1.24
72764238--72764457	54	4.1	56	88	7	321	28	16	17	37	1.91
72764699--72764732	14	2.4	15	90	9	54	70	2	0	26	1.01
72764728--72764847	30	4.1	29	76	13	104	32	20	2	45	1.64
72765090--72765143	27	2.0	27	85	7	74	62	0	37	0	0.95
72765099--72765136	20	2.0	20	84	5	51	63	0	36	0	0.95
72765217--72765288	3	24.0	3	78	16	62	69	0	30	0	0.89
72765220--72765248	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
72765217--72765262	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
72765550--72765615	20	3.1	21	78	18	75	78	0	21	0	0.75
72765945--72766331	17	21.5	18	72	12	242	33	12	10	43	1.78
72765933--72766024	34	2.7	34	86	5	114	28	16	8	46	1.76
72765956--72766009	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72766057--72766107	19	2.8	18	73	5	57	43	11	5	39	1.66
72766046--72766130	37	2.3	38	85	2	118	37	15	9	37	1.80
72766002--72766205	75	2.8	73	80	9	211	34	12	10	42	1.77
72765968--72766319	54	6.5	54	72	13	235	34	12	10	42	1.77
72765945--72766419	35	13.4	35	70	12	201	34	11	10	43	1.76
72766375--72766418	16	2.6	17	86	13	65	34	9	11	45	1.72
72766397--72766449	20	2.6	20	78	3	70	43	9	7	39	1.65
72770427--72770451	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
72771069--72771128	31	2.0	30	87	9	86	33	5	3	58	1.36
72775189--72775237	9	5.4	9	76	9	55	51	0	24	24	1.49
72775182--72775234	27	2.0	27	85	7	72	50	0	26	22	1.49
72783237--72783301	28	2.3	28	86	0	94	41	9	21	27	1.83
72783374--72783635	39	6.7	39	95	1	418	18	23	29	28	1.98
72784851--72784896	16	3.0	16	81	6	51	67	0	17	15	1.24
72796578--72796732	47	3.1	47	81	7	148	34	25	12	27	1.92
72798638--72798681	23	1.9	23	90	0	70	29	2	25	43	1.67
72803783--72803828	11	4.2	11	82	0	56	26	6	2	65	1.28
72806389--72806948	280	2.0	280	96	0	1021	37	18	9	34	1.84
72807475--72807534	22	2.7	22	73	0	75	35	6	18	40	1.77
72807475--72807585	44	2.5	44	83	0	150	31	6	18	44	1.74
72810717--72810769	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
72812254--72812363	26	4.2	26	96	0	184	36	23	7	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72814121--72814176	20	2.9	18	82	12	58	46	5	5	42	1.49
72815819--72815891	38	1.9	38	97	0	137	32	4	26	36	1.75
72818426--72818625	100	2.0	100	86	1	276	24	28	25	22	1.99
72834854--72834917	18	3.6	18	78	0	74	37	10	10	40	1.76
72834832--72834925	36	2.6	36	81	1	109	41	13	9	35	1.78
72834894--72834943	26	2.0	24	84	7	64	38	18	10	34	1.84
72834901--72834960	26	2.3	26	79	0	66	35	18	11	35	1.87
72834872--72835006	18	6.9	19	67	15	71	42	15	9	32	1.80
72835123--72835247	53	2.4	53	88	0	196	41	21	20	16	1.90
72836278--72836322	12	3.8	12	88	2	56	0	31	0	68	0.89
72836289--72836333	12	3.7	13	91	5	60	0	31	0	68	0.89
72836382--72836407	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
72836540--72836580	21	2.0	21	85	9	57	53	4	0	41	1.22
72838389--72838623	29	8.1	29	86	0	299	29	19	18	32	1.96
72838677--72838741	29	2.2	29	94	5	114	26	16	23	33	1.96
72838639--72838759	29	4.2	29	81	8	79	26	19	19	35	1.95
72838750--72838831	41	2.0	41	100	0	164	26	17	19	36	1.94
72838811--72838947	28	4.9	28	77	10	109	27	21	22	28	1.99
72838824--72838947	56	2.2	56	84	5	153	28	22	21	27	1.99
72846507--72846549	9	4.6	9	80	11	50	65	2	0	32	1.06
72849743--72849781	19	2.1	19	90	0	60	30	15	5	48	1.66
72856645--72856694	25	2.0	25	100	0	100	24	24	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72860829--72860875	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
72861136--72861355	46	5.0	46	80	9	233	22	24	14	39	1.91
72861269--72861344	38	2.0	38	97	0	143	23	25	18	32	1.97
72861479--72861535	25	2.3	25	96	0	105	29	19	17	33	1.95
72868123--72868206	40	2.1	40	88	2	125	35	28	11	23	1.91
72876558--72876616	30	2.0	30	86	0	82	28	25	18	27	1.98
72878237--72878392	52	2.9	53	75	6	147	28	25	17	28	1.97
72880790--72880850	23	2.7	23	81	0	86	42	22	18	16	1.89
72883002--72883125	46	2.7	46	88	0	176	35	22	16	25	1.95
72886074--72886173	50	2.0	51	96	2	184	38	15	17	30	1.90
72889138--72889312	49	3.5	49	81	3	215	29	25	18	26	1.98
72889130--72889313	100	1.8	100	92	0	314	29	25	19	26	1.98
72899489--72899532	22	1.9	22	81	9	52	45	4	0	50	1.22
72902720--72902748	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
72903118--72903168	22	2.3	21	80	9	57	76	3	1	17	1.03
72903309--72903350	14	2.9	15	79	13	52	57	9	0	33	1.31
72903301--72903347	15	3.2	15	74	17	53	57	8	2	31	1.41
72907327--72907385	31	1.9	31	82	6	75	32	5	3	59	1.36
72913623--72913692	28	2.4	29	81	11	81	40	0	1	58	1.07
72915922--72915951	6	5.0	6	91	0	51	36	16	30	16	1.91
72916835--72916877	20	2.1	21	95	4	79	44	9	13	32	1.76
72918240--72918273	17	2.0	17	94	0	59	52	5	2	38	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72918245--72918281	17	2.2	17	90	0	56	56	8	0	35	1.29
72924934--72924999	9	6.9	10	77	18	61	65	0	4	30	1.13
72924934--72924991	18	3.2	19	80	11	68	65	0	3	31	1.09
72924938--72924991	8	6.1	8	76	19	54	66	0	3	29	1.09
72924934--72924999	19	3.6	18	80	19	73	65	0	4	30	1.13
72925947--72926001	11	5.3	10	79	16	51	45	0	1	52	1.11
72925946--72925988	21	2.1	20	87	12	61	48	0	0	51	1.00
72925946--72925997	21	2.5	22	82	14	58	46	0	1	51	1.12
72926737--72926772	6	6.0	6	100	0	72	0	0	33	66	0.92
72931044--72931087	3	15.7	3	78	21	51	70	0	0	29	0.88
72931044--72931087	13	3.4	13	80	20	56	70	0	0	29	0.88
72931071--72931141	26	2.7	26	70	14	65	57	5	0	36	1.22
72931052--72931087	8	4.5	8	92	0	63	72	0	0	27	0.85
72932240--72932706	235	2.0	235	96	0	873	32	17	10	39	1.84
72933882--72933961	21	3.8	21	76	5	63	37	22	23	16	1.93
72933893--72933954	21	2.9	21	78	4	70	33	24	24	17	1.96
72943198--72943239	16	2.7	15	82	14	50	26	2	19	52	1.58
72943759--72943810	27	1.9	27	84	0	68	36	28	23	11	1.90
72943759--72943816	27	2.1	27	80	0	62	37	27	22	12	1.89
72947811--72947852	20	2.2	19	86	4	57	40	4	0	54	1.21
72950467--72950491	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
72955062--72955327	46	5.8	45	82	7	295	21	21	26	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72955056--72955322	92	2.9	94	85	7	341	22	21	26	29	1.99
72959022--72959086	31	2.1	31	100	0	130	29	15	24	30	1.96
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72961514--72961554	19	2.2	19	95	0	73	19	9	12	58	1.61
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72972143--72972201	29	2.0	29	100	0	118	35	23	20	20	1.96
72979615--72980400	394	2.0	394	92	1	1306	34	16	22	26	1.95
72980721--72980758	18	2.1	18	85	9	51	21	0	13	65	1.26
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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