genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  222  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73761432--73761465	18	1.9	18	88	5	52	8	14	2	73	1.19
73764822--73764876	25	2.2	25	93	0	92	32	23	16	27	1.96
73773096--73773213	31	4.1	31	71	16	117	31	11	15	41	1.83
73773089--73773198	54	2.0	54	96	0	202	29	11	19	40	1.87
73774576--73774642	14	4.7	14	79	3	62	43	7	11	37	1.70
73774588--73774630	15	2.9	15	82	3	61	39	6	16	37	1.75
73774866--73774910	24	1.9	23	82	13	56	53	4	2	40	1.33
73775102--73775170	22	3.1	22	97	0	129	46	18	4	30	1.69
73775044--73775212	46	3.7	45	78	12	166	43	20	6	29	1.77
73776162--73776222	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
73776162--73776235	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
73778285--73778343	22	2.8	20	76	16	57	47	1	5	45	1.34
73780990--73781026	19	1.9	19	100	0	74	54	5	18	21	1.64
73785162--73785438	40	6.9	40	92	0	455	27	20	28	23	1.99
73787676--73787705	14	2.1	14	93	0	51	40	0	16	43	1.48
73791654--73791811	43	3.7	43	77	11	162	29	14	23	32	1.94
73803847--73803871	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
73806822--73806952	55	2.4	55	78	7	149	28	29	27	15	1.96
73818554--73818608	27	2.0	27	100	0	110	30	14	29	25	1.95
73822386--73822554	43	3.9	44	84	4	202	28	14	23	33	1.94
73827717--73827940	85	2.6	86	86	3	283	27	27	19	26	1.99
73827717--73827940	43	5.2	43	82	3	263	27	27	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73827976--73828018	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
73831226--73831271	9	5.3	9	87	5	60	15	2	0	82	0.76
73831221--73831271	17	3.0	17	83	8	59	17	1	0	80	0.81
73831389--73831444	7	7.9	7	84	4	67	21	0	0	78	0.75
73831383--73831443	14	4.2	14	85	6	77	22	0	1	75	0.89
73831395--73831445	22	2.3	22	89	0	75	23	0	0	76	0.79
73831383--73831443	29	2.1	29	87	0	86	22	0	1	75	0.89
73831376--73831443	15	4.7	15	83	5	68	25	0	1	73	0.92
73831911--73831959	24	2.0	24	96	0	89	40	4	0	55	1.19
73832571--73832706	40	3.4	40	87	2	173	19	19	22	38	1.94
73833364--73833411	23	2.1	23	100	0	96	31	35	20	12	1.90
73834094--73834126	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
73834173--73834231	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
73834202--73834250	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
73834744--73834768	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
73836719--73836763	22	2.0	22	100	0	90	24	8	26	40	1.84
73836799--73836863	26	2.7	23	76	17	69	56	3	1	38	1.24
73837788--73837826	4	9.8	4	100	0	78	25	23	0	51	1.49
73839999--73840077	41	1.9	41	84	0	104	24	27	16	31	1.96
73843611--73843821	48	4.5	47	73	10	139	25	29	18	26	1.98
73844252--73844289	3	12.7	3	94	0	67	34	0	2	63	1.09
73864328--73864354	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73866206--73866765	48	11.8	48	79	6	552	26	27	18	28	1.98
73866206--73866736	138	3.8	142	82	4	556	26	27	18	28	1.98
73871638--73871695	28	2.1	28	93	0	98	31	20	12	36	1.89
73876138--73876167	16	1.9	16	93	6	53	43	13	0	43	1.43
73887447--73887524	29	2.7	28	82	11	95	25	16	30	26	1.97
73887477--73887806	174	1.9	175	89	2	511	30	14	24	30	1.95
73898745--73898904	26	6.2	26	93	0	275	33	7	23	35	1.83
73899404--73899432	15	1.9	15	100	0	58	34	13	24	27	1.93
73905168--73905275	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
73909823--73909871	16	3.1	16	74	11	55	51	2	0	46	1.12
73911843--73911868	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
73912408--73912463	24	2.3	25	78	3	69	21	10	14	53	1.70
73917447--73917488	22	2.0	22	85	4	59	59	2	7	30	1.37
73919400--73919550	49	3.1	49	78	4	144	18	11	33	35	1.88
73931265--73931417	43	3.6	43	77	8	141	25	15	26	32	1.96
73931265--73931417	44	3.5	42	73	10	112	25	15	26	32	1.96
73931319--73931417	42	2.3	42	81	5	110	26	17	24	32	1.97
73933693--73933790	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
73933683--73933790	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
73934296--73934345	26	2.0	25	88	4	73	20	10	8	62	1.52
73939426--73939500	31	2.5	30	86	4	107	82	0	16	1	0.73
73939423--73939500	8	9.8	8	77	14	72	83	0	15	1	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73939425--73939499	21	3.3	23	73	19	59	82	0	16	1	0.73
73940452--73941060	84	7.3	84	86	5	860	29	21	22	26	1.99
73940741--73940856	40	3.0	37	69	20	94	27	23	22	26	1.99
73940873--73941013	41	3.4	42	68	15	121	31	19	21	27	1.97
73941730--73941772	19	2.2	20	87	8	61	37	6	18	37	1.78
73959866--73959897	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
73961463--73961545	42	2.0	42	85	4	114	46	1	2	49	1.22
73961481--73961567	11	8.3	11	65	19	51	47	2	2	48	1.27
73961481--73961577	39	2.7	36	75	13	101	46	2	2	49	1.25
73961813--73961896	39	2.2	39	97	0	159	38	13	11	36	1.81
73962916--73962997	29	2.9	29	74	5	87	43	19	14	21	1.87
73968219--73968329	27	4.1	27	82	7	127	15	22	23	38	1.92
73968219--73968329	54	2.1	54	86	3	152	15	22	23	38	1.92
73976049--73976160	27	4.1	27	78	7	111	15	23	23	38	1.92
73976049--73976160	54	2.1	54	83	3	136	15	23	23	38	1.92
73986293--73986398	54	2.0	54	98	0	203	30	20	17	31	1.96
74001797--74001902	27	3.9	27	79	9	92	19	24	20	34	1.96
74002882--74003015	42	3.2	42	96	0	250	33	19	14	32	1.92
74004007--74004071	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
74004125--74004210	27	3.1	27	78	17	95	34	9	15	40	1.79
74004188--74004338	27	5.6	26	84	6	169	27	8	22	41	1.83
74004187--74004370	54	3.4	53	81	3	199	28	10	20	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74004189--74004338	81	1.9	81	87	5	223	28	8	22	41	1.83
74004369--74004554	27	6.9	27	87	0	237	38	5	24	31	1.79
74004369--74004566	54	3.7	54	87	0	261	38	6	24	29	1.81
74004377--74004566	81	2.3	81	88	0	272	38	6	24	30	1.81
74007978--74008035	30	1.9	30	86	6	82	15	27	31	25	1.96
74011362--74011530	92	1.8	91	82	12	220	28	20	29	21	1.98
74030498--74030542	23	2.0	23	86	0	63	33	2	0	64	1.06
74030558--74030644	40	2.1	41	87	2	122	22	1	9	66	1.27
74032591--74032626	18	2.0	18	100	0	72	44	16	11	27	1.82
74038707--74038783	34	2.3	34	88	0	109	27	31	24	16	1.97
74043470--74043658	47	4.0	47	91	0	299	29	13	13	43	1.82
74044465--74044636	45	3.9	45	87	3	226	27	20	25	26	1.99
74051094--74051282	47	4.0	47	96	0	344	28	12	14	44	1.82
74052075--74052204	45	2.9	45	88	2	190	26	22	25	26	2.00
74054021--74054180	63	2.5	63	85	0	212	22	25	15	36	1.93
74056238--74056298	30	2.0	30	93	0	104	39	6	24	29	1.80
74061053--74061078	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
74069930--74069979	10	5.0	10	80	9	57	26	8	2	64	1.32
74069936--74069979	20	2.2	20	92	8	72	22	9	2	65	1.32
74071960--74072087	57	2.3	56	87	1	184	39	4	19	35	1.73
74074092--74074309	46	4.7	45	76	9	165	22	28	20	28	1.98
74073999--74074314	94	3.3	94	74	12	265	23	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74075821--74075877	22	2.7	21	72	5	51	29	31	15	22	1.95
74080331--74080461	64	2.0	65	88	1	192	21	20	22	35	1.96
74080497--74080545	24	2.0	25	84	4	64	22	20	20	36	1.95
74080593--74080657	25	2.7	25	71	4	62	21	21	16	40	1.92
74084964--74085041	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
74084994--74085321	174	1.9	174	94	0	575	30	14	24	30	1.95
74093433--74093496	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
74093704--74093785	24	3.4	24	96	3	148	28	21	19	30	1.98
74093842--74093894	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
74093834--74093894	20	3.0	20	92	0	104	36	19	9	34	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255