Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  243  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79245556--79245674
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145
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0
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0
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2.3
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43
2
2
51
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2
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79277638--79277681
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2.1
22
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2
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0
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16
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79303679--79303738
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15
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0
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31
2
2
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24
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1.28
79317892--79317928
13
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0
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0
0
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97
39
0
1
58
1.06
79317979--79318057
13
6.7
13
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41
0
2
55
1.13
79318103--79318131
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0
0
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0
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1
1
54
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2
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1.20
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0
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0
0
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0
0
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114
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0
0
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1.9
21
85
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55
20
17
20
41
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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46
0
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2.0
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2
15
50
1.57
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2.0
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0
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11
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0
0
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0
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59
1.09
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57
42
0
0
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12
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1.93
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26
12
27
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27
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143
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1.91
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20
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2
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1.36
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0
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0
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1.74
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9
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50
57
3
0
39
1.14
79389679--79389712
17
2.0
17
94
0
59
58
2
0
38
1.13
79389681--79389719
17
2.3
17
86
0
51
66
2
0
30
1.05
79393865--79393908
16
2.8
17
86
10
58
47
15
11
25
1.79
79397414--79397780
186
2.0
186
86
3
524
43
9
15
31
1.78
79404427--79404489
31
2.0
31
84
6
83
39
9
14
36
1.78
79406988--79407012
6
4.2
6
100
0
50
48
0
0
52
1.00
79416622--79416802
83
2.2
82
80
9
190
49
3
2
45
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79421600--79421641
18
2.4
17
84
7
57
45
0
2
52
1.13
79427428--79427565
37
3.7
37
95
0
231
39
13
21
26
1.90
79427428--79427611
74
2.4
77
87
7
248
36
14
21
26
1.92
79427529--79427651
45
2.8
45
90
4
180
33
17
21
27
1.96
79441443--79441493
12
4.1
12
79
16
50
78
1
1
17
0.94
79441452--79441494
18
2.5
17
88
11
61
79
2
2
16
0.95
79441542--79441605
27
2.4
27
81
5
76
46
1
3
48
1.27
79441960--79442046
22
4.0
21
69
23
63
56
2
0
41
1.12
79441958--79442048
23
4.1
22
72
13
62
54
2
0
42
1.12
79442036--79442110
37
2.1
37
85
12
102
70
2
5
21
1.19
79442039--79442129
19
4.9
18
74
16
64
70
2
7
19
1.23
79442088--79442140
19
2.7
20
77
11
56
75
1
11
11
1.13
79442385--79442437
25
2.1
26
82
10
65
39
1
16
41
1.60
79446697--79446750
15
3.5
15
74
18
56
59
0
5
35
1.21
79446701--79446756
17
3.4
17
78
9
71
60
0
5
33
1.19
79446695--79446765
32
2.2
32
97
0
133
60
0
4
35
1.16
79458375--79458480
37
2.8
38
77
16
105
50
0
13
34
1.47
79458849--79458965
16
6.9
17
72
19
59
57
1
4
36
1.29
79459309--79459342
6
5.5
6
93
6
59
52
14
0
32
1.42
79459304--79459345
12
3.3
12
83
9
57
54
11
0
33
1.37
79459827--79459862
11
3.2
11
88
4
54
50
0
50
0
1.00
79464278--79464435
51
3.1
51
96
0
280
31
15
24
29
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79466659--79466718
27
2.2
27
100
0
120
66
11
0
21
1.23
79466668--79466715
16
3.3
16
67
27
52
66
10
0
22
1.22
79467002--79467060
30
2.0
30
90
6
93
32
3
5
59
1.36
79468664--79468696
16
2.1
16
88
5
50
24
6
30
39
1.79
79468781--79468844
28
2.2
29
81
8
78
43
0
1
54
1.09
79468916--79468971
26
2.2
24
84
6
67
50
1
1
46
1.22
79469163--79469201
20
2.0
19
85
14
53
53
2
2
41
1.28
79472844--79472868
12
2.1
12
100
0
50
8
8
20
64
1.46
79473836--79473904
22
3.0
24
68
23
76
40
10
4
44
1.58
79474233--79474278
21
2.2
21
84
7
58
43
2
0
54
1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255