genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13772957--13773135	85	2.1	85	96	0	331	36	8	29	26	1.86
13775316--13775798	47	10.1	47	87	4	669	30	12	30	26	1.93
13775608--13775682	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
13775772--13775862	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
13775316--13775847	292	1.8	291	87	5	792	31	12	30	26	1.92
13776009--13776117	37	2.9	37	93	0	173	24	19	29	26	1.98
13780453--13780684	49	4.7	48	82	4	275	25	18	26	29	1.98
13785018--13785061	22	2.0	22	95	0	79	29	22	13	34	1.93
13790354--13790391	19	2.0	20	85	15	53	39	23	2	34	1.69
13790616--13790788	46	3.7	46	77	11	183	30	26	20	23	1.98
13790621--13790791	93	1.8	93	89	2	272	29	27	20	22	1.99
13790666--13790807	46	3.1	45	73	18	123	29	28	19	23	1.98
13791211--13791270	30	2.0	30	90	0	93	35	25	5	35	1.78
13797876--13798310	27	16.3	27	82	6	412	39	20	9	30	1.84
13797876--13798338	53	8.7	52	80	8	411	39	20	9	30	1.84
13797876--13798310	80	5.4	80	85	4	522	39	20	9	30	1.84
13798208--13798351	27	5.3	27	88	5	123	39	18	11	30	1.86
13798361--13798445	27	3.1	27	93	3	143	40	12	12	34	1.82
13798289--13798541	94	2.7	94	93	0	418	39	16	13	30	1.87
13798265--13798350	28	3.1	28	86	5	113	41	16	11	30	1.83
13798455--13798538	27	3.1	27	87	0	105	39	17	14	28	1.89
13798388--13798521	66	2.0	67	94	1	234	40	15	13	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13801367--13801429	28	2.2	28	85	0	81	19	15	36	28	1.92
13801746--13801965	27	8.2	26	75	9	115	37	18	11	32	1.86
13801746--13801944	53	3.7	53	76	7	156	37	17	12	33	1.86
13801746--13801917	80	2.2	80	83	6	206	37	15	13	33	1.87
13801812--13801966	81	1.9	80	82	3	195	37	18	9	34	1.83
13801819--13801968	27	5.6	27	81	7	153	38	18	9	34	1.82
13805497--13805538	18	2.3	18	91	0	66	45	11	2	40	1.54
13809579--13809608	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
13818748--13818816	34	2.0	34	94	0	120	43	11	28	15	1.82
13820559--13820817	88	2.9	89	84	3	315	36	17	20	25	1.95
13820559--13820816	133	1.9	133	83	1	329	36	17	20	25	1.94
13820559--13820791	45	5.2	45	86	2	308	36	17	20	24	1.94
13820762--13820947	45	4.1	45	80	5	144	41	16	20	21	1.90
13820517--13820858	90	3.8	89	77	9	286	38	17	20	24	1.93
13820823--13820947	46	2.8	44	86	6	162	44	16	21	17	1.86
13821812--13821865	20	2.7	20	97	0	99	53	3	22	20	1.61
13823946--13823979	9	3.8	9	92	0	59	5	0	2	91	0.51
13829920--13830144	40	5.7	40	85	5	269	25	28	21	24	1.99
13829922--13830144	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
13838121--13838366	40	6.2	40	80	9	213	25	26	21	26	1.99
13838121--13838367	80	3.1	80	81	7	256	25	26	21	26	1.99
13842184--13842356	46	3.8	45	78	13	199	21	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13842181--13842351	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
13867017--13867219	53	3.8	53	75	3	181	38	17	22	21	1.93
13872077--13872183	42	2.5	41	80	5	115	22	19	28	28	1.98
13872064--13872213	43	3.5	41	78	6	138	24	19	28	28	1.98
13887996--13888202	35	5.9	35	75	0	144	28	10	19	41	1.84
13888077--13888209	70	1.9	70	84	6	180	31	9	17	42	1.80
13905251--13905383	35	3.8	35	83	0	158	27	7	20	45	1.78
13905251--13905446	105	1.9	104	79	6	225	29	8	19	42	1.80
13906775--13906838	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
13907032--13907148	23	5.0	24	88	7	161	29	22	19	28	1.98
13907198--13907244	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
13907281--13907328	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
13911031--13911135	48	2.2	48	84	3	131	22	18	20	38	1.94
13911704--13911745	14	3.2	13	77	9	50	42	0	9	47	1.36
13913478--13913637	40	4.1	39	86	3	178	26	28	20	25	1.99
13913561--13913653	40	2.3	41	83	7	111	23	27	19	29	1.98
13917796--13917833	20	1.9	20	89	10	60	42	7	10	39	1.69
13919208--13919468	93	2.8	96	81	5	289	28	17	29	24	1.97
13919233--13919468	49	5.0	49	71	13	152	28	18	29	23	1.97
13924421--13924554	29	4.7	27	77	9	133	25	31	14	28	1.95
13924420--13924554	57	2.4	57	81	9	152	25	31	14	28	1.95
13932904--13932959	30	1.9	28	86	13	78	14	25	46	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13936247--13936346	51	2.0	51	81	0	119	25	18	26	31	1.97
13946104--13946142	21	1.9	21	89	5	62	35	5	10	48	1.59
13947801--13947918	59	2.0	59	100	0	236	20	15	28	35	1.93
13950126--13950168	15	2.9	15	86	6	52	13	11	20	53	1.71
13950143--13950186	15	2.9	15	83	10	54	9	15	18	56	1.65
13966809--13966983	40	4.4	39	87	5	165	25	28	21	25	1.99
13966835--13966990	40	3.9	40	92	3	260	25	27	21	25	1.99
13968731--13968882	39	3.9	39	90	0	232	23	22	29	24	1.99
13979392--13979452	30	2.0	30	84	6	79	34	21	6	37	1.79
13988235--13988295	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
13995999--13996125	29	4.5	28	75	9	123	26	32	13	27	1.94
13996024--13996145	29	4.3	28	80	5	111	29	30	11	28	1.92
13996357--13996395	16	2.4	16	86	0	60	12	25	17	43	1.85
14001820--14002320	255	2.0	256	92	1	835	22	31	16	29	1.96
14004077--14004228	29	5.4	28	82	7	166	28	30	13	27	1.94
14004095--14004225	57	2.3	57	85	5	167	28	32	12	26	1.93
14007189--14007542	96	3.7	96	92	4	592	33	7	31	28	1.84
14007379--14007457	25	3.3	25	66	16	76	32	5	30	31	1.79
14007189--14007542	47	7.4	47	93	3	575	33	7	31	28	1.84
14008770--14008803	15	2.2	16	89	5	52	8	23	20	47	1.78
14023081--14023115	17	2.0	18	88	5	54	57	20	5	17	1.60
14029924--14030013	27	3.2	27	79	7	92	32	23	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14030119--14030183	28	2.3	28	89	0	94	33	6	27	32	1.82
14031250--14031282	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
14034525--14034609	27	3.1	28	85	8	97	37	23	22	16	1.93
14036011--14036093	24	3.5	24	100	0	166	28	37	0	33	1.58
14038463--14038674	40	5.3	40	77	2	212	24	20	26	28	1.99
14038463--14038674	80	2.7	80	86	2	293	24	20	26	28	1.99
14055740--14055792	27	2.0	27	100	0	106	52	20	3	22	1.62
14056172--14056225	18	2.8	18	77	11	54	22	29	9	38	1.85
14060671--14060700	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
14061547--14061683	54	2.5	54	96	0	247	27	18	24	29	1.98
14070034--14070077	23	1.9	23	86	9	63	45	18	4	31	1.69
14080745--14080917	93	1.8	96	81	7	219	25	19	27	27	1.98
14088211--14088385	46	3.7	46	82	3	172	29	20	29	21	1.98
14088211--14088437	49	4.8	47	79	8	185	29	20	27	21	1.98
14103158--14103327	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
14120854--14121003	6	24.8	6	67	10	74	70	3	18	7	1.25
14120861--14121027	12	13.9	12	69	15	60	67	3	19	9	1.33
14120855--14120992	18	7.7	18	71	10	95	69	2	19	7	1.26
14120954--14121009	14	4.2	13	76	17	60	73	1	16	8	1.17
14120953--14121009	27	2.2	26	87	9	80	71	1	17	8	1.19
14121006--14121068	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
14124379--14124412	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14133588--14133679	24	3.8	24	94	0	148	36	31	11	19	1.88
14133543--14133676	48	2.8	48	83	0	151	35	29	11	23	1.91
14133543--14133679	72	1.9	72	87	0	202	35	30	11	22	1.90
14134857--14134890	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
14137512--14137571	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
14140999--14141037	10	3.9	10	79	0	51	28	25	15	30	1.96
14140998--14141058	20	3.0	20	81	9	70	29	26	13	31	1.93
14142413--14142437	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
14142430--14142510	28	2.8	28	80	14	85	71	4	14	8	1.27
14143388--14143422	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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