Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  214  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71587225--71587383
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25
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71587218--71587428
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228
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2.0
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0
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3
0
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0
0
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10
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0
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0
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28
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1.9
30
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0
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33
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2.0
18
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30
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1.9
143
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351
22
28
18
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71632738--71633049
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23
28
18
29
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71636755--71636854
50
2.0
50
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0
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38
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2.4
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19
2.3
20
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67
35
0
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60
1.17
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19
3.1
19
82
12
66
40
0
3
56
1.17
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11
3.1
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42
0
0
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71688923--71689027
42
2.5
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108
41
16
19
22
1.89
71688998--71689042
20
2.2
20
96
0
81
33
13
22
31
1.92
71692239--71692268
16
1.9
16
93
6
53
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10
3
20
1.35
71692351--71692401
16
3.3
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79
15
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70
3
0
25
1.04
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58
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150
43
2
4
49
1.36
71698299--71698589
120
2.4
122
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4
462
43
2
4
49
1.35
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2.0
19
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45
0
0
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37
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2.8
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3
60
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0
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18
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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62
1.09
71743565--71743642
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2.2
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11
110
34
0
2
62
1.09
71743565--71743642
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2.1
37
86
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106
34
0
2
62
1.09
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2.1
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0
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1.11
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23
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2.0
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22
22
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1.98
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1.9
21
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30
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20
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18
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0
0
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0
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19
2.7
18
75
19
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35
1
0
62
1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71779479--71779611
47
2.8
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36
2
2
59
1.22
71779529--71779616
9
9.7
9
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10
72
37
1
0
61
1.04
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2.2
86
84
2
243
30
8
20
39
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0
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26
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26
19
26
26
1.99
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2.4
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25
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1.99
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2.3
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25
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2.00
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15
25
1
58
1.46
71823613--71823676
24
2.7
24
82
4
76
7
18
3
70
1.25
71823615--71823670
12
4.8
12
82
2
60
5
19
1
73
1.12
71823741--71823801
16
3.9
15
75
14
61
6
14
1
77
1.05
71823739--71823784
15
3.1
14
84
12
56
4
17
2
76
1.06
71824708--71824761
12
4.5
13
84
9
55
14
5
7
72
1.26
71824720--71824763
11
3.9
11
88
5
70
15
4
9
70
1.30
71826434--71826524
30
3.1
30
71
7
87
27
16
26
29
1.97
71833210--71833412
40
5.1
40
87
3
252
23
24
27
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71833210--71833410
79
2.5
80
85
4
264
23
24
26
25
2.00
71854892--71855116
40
5.7
39
85
3
263
24
27
23
24
2.00
71854892--71855116
79
2.8
78
83
4
263
24
27
23
24
2.00
71880104--71880149
22
2.1
22
91
0
74
41
0
4
54
1.20
71881081--71881141
30
2.0
30
93
0
104
39
6
21
32
1.79
71882329--71882358
12
2.5
12
88
0
51
40
40
13
6
1.71
71884584--71884758
46
3.8
46
78
13
214
29
30
20
20
1.97
71884592--71884763
93
1.8
93
94
0
308
28
30
20
19
1.97
71884589--71884778
46
4.1
45
73
11
116
29
29
20
20
1.98
71887684--71887823
27
5.2
26
83
3
136
29
19
15
36
1.92
71887683--71887823
54
2.6
55
85
4
180
29
19
15
36
1.92
71887807--71888041
27
8.7
27
77
9
138
30
8
22
38
1.85
71887807--71888066
82
3.2
78
77
8
227
30
10
22
37
1.87
71887862--71888041
54
3.3
54
85
3
220
28
8
22
40
1.84
71887855--71888053
27
7.4
27
79
6
188
29
10
23
37
1.87
71887916--71888041
53
2.4
53
86
4
137
29
8
22
39
1.84
71890301--71890384
31
2.7
31
90
1
125
29
27
14
28
1.95
71890408--71890541
42
3.2
42
98
0
259
33
20
14
31
1.93
71891660--71891912
27
9.3
27
78
8
176
32
8
19
40
1.81
71891689--71891912
54
4.1
53
79
7
209
32
7
19
41
1.78
71891891--71892047
27
5.8
27
91
0
242
38
8
23
29
1.84
71891863--71892047
54
3.4
53
82
4
201
37
8
23
30
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71891862--71892071
81
2.6
81
85
1
287
36
8
22
32
1.84
71894143--71894226
31
2.7
31
96
1
152
27
27
17
27
1.98
71894250--71894341
42
2.2
42
98
0
175
32
20
15
31
1.94
71894476--71894534
25
2.4
24
78
10
66
23
23
23
28
1.99
71895460--71895681
27
8.1
27
76
9
110
32
7
18
41
1.78
71895552--71895676
54
2.3
54
87
0
169
28
8
20
43
1.80
71895461--71895666
81
2.5
83
74
4
195
32
7
18
41
1.79
71895669--71895822
27
5.7
27
86
3
202
40
9
20
29
1.83
71895643--71895816
81
2.1
81
80
2
197
40
8
18
32
1.81
71895669--71895850
81
2.2
81
82
1
213
40
9
20
30
1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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