Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  59  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16939768--16939796
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174
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1.94
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2.1
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1.95
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1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
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0
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2.5
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1.88
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2.1
37
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0
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22
26
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2.00
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1.10
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19
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1.31
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19
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20
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0
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2.5
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20
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9
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17034589--17034697
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3.1
33
76
16
94
75
4
11
8
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
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2
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11
52
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1.14
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20
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0
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24
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1.25
17082044--17082140
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1.9
13
100
0
50
36
16
32
16
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17085910--17086014
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2.2
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1
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2.3
20
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36
12
21
1.91
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30
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2
106
28
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28
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0
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32
16
1.90
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59
1
24
14
1.45
17095461--17095516
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2.4
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41
1.70
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2.6
15
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10
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1.30
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12
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11
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1.25
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18
2
1.04
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20
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100
0
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16
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1.83
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12
5.4
12
73
15
50
74
4
7
14
1.19
17107744--17107841
6
16.0
6
66
8
54
69
3
20
7
1.26
17107744--17107794
17
2.9
17
77
13
59
70
5
17
5
1.28
17107802--17107839
13
2.8
13
82
17
51
73
0
18
7
1.06
17107803--17107853
21
2.4
21
74
6
50
74
1
17
5
1.11
17107922--17108027
48
2.2
47
83
9
126
58
1
24
15
1.47
17109700--17109746
20
2.3
20
85
0
67
29
36
12
21
1.91
17111209--17111278
12
5.4
13
75
20
58
75
4
5
14
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17111209--17111242
13
2.7
13
86
4
52
79
5
2
11
1.02
17112358--17112465
6
17.7
6
68
6
65
70
3
19
6
1.25
17112362--17112420
18
3.3
18
80
0
73
71
6
16
5
1.26
17112426--17112463
13
2.8
13
82
17
51
73
0
18
7
1.06
17112427--17112477
21
2.4
21
74
6
50
74
1
17
5
1.11
17112379--17112483
27
3.8
27
71
9
77
68
2
20
8
1.29
17114320--17114366
20
2.3
20
85
0
67
29
36
12
21
1.91
17115836--17115884
14
3.4
14
76
15
55
75
4
4
16
1.11
17116971--17117019
16
3.0
16
81
3
62
67
6
20
6
1.35
17117014--17117059
12
3.4
14
82
17
53
69
0
23
6
1.11
17118915--17118961
20
2.3
20
85
0
67
29
36
12
21
1.91
17120425--17120482
13
4.6
12
78
17
64
75
5
3
15
1.11
17121568--17121627
12
5.2
12
76
9
54
71
6
16
5
1.25
17121571--17121628
17
3.4
17
77
13
64
68
6
18
5
1.31
17121623--17121684
14
4.3
15
80
15
60
69
1
22
6
1.20
17121752--17121857
48
2.2
47
83
9
126
58
1
24
15
1.47
17123530--17123576
20
2.3
20
85
0
67
29
36
12
21
1.91
17132309--17132360
23
2.3
22
75
21
54
9
23
1
65
1.32
17132354--17132392
18
2.2
18
85
0
51
12
23
2
61
1.43
17133802--17133906
47
2.2
47
85
8
133
14
24
1
59
1.46
17134933--17134970
10
3.7
10
89
3
58
2
7
2
86
0.74
17134925--17134986
20
2.8
21
83
16
72
4
14
3
77
1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17135071--17135105
11
3.2
11
91
0
52
20
0
11
68
1.20
17139248--17139344
30
3.2
30
68
8
81
27
16
28
26
1.97
17139900--17140054
77
2.0
77
100
0
310
38
23
21
16
1.93
17141743--17141784
18
2.2
20
83
8
52
71
7
7
14
1.29
17147593--17147775
50
3.7
49
80
3
222
28
26
19
25
1.98
17147593--17147776
101
1.8
99
87
2
269
28
26
19
26
1.98
17150524--17150570
20
2.3
20
85
0
67
21
12
36
29
1.91
17152611--17152666
27
2.1
26
87
9
78
33
10
17
37
1.85
17156498--17156539
13
3.5
12
78
9
50
57
14
16
11
1.66
17159841--17159872
15
2.1
16
94
5
57
6
21
0
71
1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255