genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12936338--12936629	156	1.9	156	89	1	460	31	18	24	26	1.97
12936646--12936839	45	4.3	45	84	3	248	32	14	27	24	1.94
12936663--12936831	89	1.9	89	91	2	277	30	13	28	26	1.94
12936646--12936850	89	2.3	89	84	4	223	32	14	28	24	1.94
12937196--12937286	19	4.9	19	88	8	143	39	9	14	36	1.79
12937196--12937309	19	5.8	22	84	10	78	38	8	14	37	1.78
12941840--12941962	43	3.0	40	82	9	142	27	21	2	48	1.62
12956085--12956237	38	4.1	38	84	13	180	25	22	26	24	2.00
12956085--12956209	36	3.3	38	89	8	170	24	22	27	26	2.00
12963799--12963934	39	3.5	40	89	4	190	23	22	29	24	1.99
12967859--12968050	35	5.3	36	81	11	157	26	30	20	21	1.98
12967859--12967959	38	2.7	38	87	6	134	27	29	19	22	1.98
12975853--12975977	40	3.2	40	90	6	202	22	28	22	26	1.99
12979499--12979538	17	2.5	16	88	8	55	25	0	27	47	1.52
12981913--12982077	47	3.5	47	91	0	258	35	13	24	26	1.93
12982062--12982202	54	2.6	55	77	7	153	36	17	21	24	1.94
12982064--12982249	55	3.4	55	77	7	175	37	17	23	22	1.94
12985616--12985791	27	6.6	27	81	6	187	27	15	27	30	1.96
12993784--12993961	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
12993785--12993940	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
12993781--12993961	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
12999484--12999571	46	1.9	46	90	0	140	26	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12999631--12999809	49	3.7	49	78	5	168	28	20	26	24	1.99
13006424--13006640	40	5.5	40	86	3	271	23	28	24	23	1.99
13014926--13014984	30	2.0	30	86	0	82	33	13	25	27	1.93
13015307--13015480	46	3.8	45	79	11	156	27	20	31	21	1.98
13015352--13015577	46	4.8	48	76	11	175	25	19	32	23	1.97
13017544--13017584	21	2.0	20	90	4	64	41	19	0	39	1.52
13028415--13028448	17	2.0	17	100	0	68	41	11	29	17	1.85
13029988--13030018	14	2.2	14	100	0	62	45	6	12	35	1.68
13065357--13065386	13	2.3	13	100	0	60	86	0	0	13	0.57
13071753--13071822	31	2.3	30	85	9	88	11	32	32	22	1.90
13084668--13084970	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
13100897--13100966	22	3.0	22	66	18	61	11	25	18	44	1.83
13100872--13100995	47	2.6	47	89	0	185	12	20	19	48	1.80
13100871--13100950	25	3.3	25	66	16	69	8	20	23	47	1.77
13100992--13101043	22	2.4	21	83	6	59	15	15	25	44	1.85
13106392--13106532	57	2.5	57	80	5	144	27	27	17	27	1.97
13110096--13110187	46	2.0	46	83	12	118	29	16	22	31	1.96
13111063--13111118	27	2.0	28	89	3	87	44	17	1	35	1.60
13112955--13113142	40	4.7	40	92	3	317	25	22	27	25	2.00
13116916--13117062	49	3.0	49	88	5	190	34	20	21	23	1.97
13116931--13117057	25	5.2	24	78	11	123	33	21	22	22	1.97
13123660--13123768	37	2.9	37	94	0	182	25	31	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13123914--13124196	48	5.8	49	89	5	432	30	26	6	36	1.82
13123900--13124195	98	3.0	98	93	1	490	30	27	7	35	1.83
13124166--13124359	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	33	1.90
13124259--13124330	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
13123930--13124359	98	4.5	93	86	4	315	28	27	8	35	1.86
13128205--13128476	40	6.8	40	95	0	481	25	28	22	24	1.99
13129744--13129853	37	3.0	37	90	0	166	30	30	17	22	1.97
13129998--13130278	98	2.9	98	95	2	489	30	26	6	35	1.83
13129998--13130279	50	5.8	48	88	6	426	31	26	6	35	1.83
13130249--13130536	47	6.1	47	94	0	459	26	29	11	32	1.91
13130364--13130441	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
13139018--13139237	45	5.0	45	90	1	293	27	28	20	23	1.99
13141470--13141658	41	4.7	40	83	3	211	26	27	23	21	1.99
13143418--13143611	25	7.8	25	87	5	277	49	10	11	28	1.72
13147952--13148050	52	1.9	52	91	0	162	25	20	18	36	1.95
13154916--13155085	40	4.3	40	90	0	234	26	28	21	23	1.99
13162821--13162990	40	4.3	40	90	0	234	26	28	21	23	1.99
13175200--13175377	47	3.7	47	90	1	266	32	7	30	28	1.86
13175496--13175611	37	3.1	37	94	0	196	22	18	32	25	1.97
13182164--13182272	39	2.8	39	90	1	166	44	11	9	35	1.72
13189534--13189559	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
13198520--13198569	25	2.0	25	100	0	100	24	20	12	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13200129--13200253	41	3.0	43	77	8	121	24	16	27	32	1.96
13209891--13209986	44	2.2	43	81	1	120	26	15	26	32	1.96
13215643--13215692	22	2.3	22	89	0	82	28	18	34	20	1.95
13220753--13220935	63	2.8	64	76	11	178	28	17	30	23	1.97
13227969--13228015	22	2.1	22	96	0	85	27	23	25	23	2.00
13228253--13228477	112	2.0	112	99	0	441	36	20	17	25	1.95
13228760--13228848	42	2.1	42	100	0	178	29	17	32	20	1.96
13228911--13228950	21	1.9	21	94	0	71	25	30	30	15	1.95
13233976--13234013	19	2.0	19	85	10	51	21	44	23	10	1.83
13239268--13239449	79	2.3	81	83	7	221	24	21	28	25	1.99
13239268--13239449	40	4.6	40	82	9	203	24	21	28	25	1.99
13239318--13239482	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
13249412--13249596	40	4.7	40	82	8	173	25	27	22	24	2.00
13249412--13249596	79	2.3	80	79	8	207	25	27	22	24	2.00
13257053--13257237	79	2.3	80	80	8	216	25	27	22	24	2.00
13257034--13257237	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
13259662--13259687	10	2.6	10	100	0	52	34	0	23	42	1.54
13260837--13260882	24	1.9	24	90	0	74	50	13	26	10	1.74
13261357--13261406	23	2.2	23	82	13	59	26	14	18	42	1.87
13273130--13273302	40	4.3	40	91	3	260	27	26	20	26	1.99
13273097--13273302	80	2.6	80	85	8	269	26	26	19	27	1.99
13273130--13273355	40	5.6	39	86	6	258	26	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13275774--13275852	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
13275971--13276463	47	10.4	47	94	1	833	29	29	8	32	1.87
13275971--13276463	190	2.6	190	94	0	846	29	29	8	32	1.87
13305181--13305259	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
13305378--13306096	47	15.1	47	93	2	1132	28	29	9	32	1.89
13305378--13306096	96	7.5	96	93	3	1093	28	29	9	32	1.89
13305378--13306096	143	5.0	143	92	2	1135	28	29	9	32	1.89
13308945--13309137	40	4.8	40	88	3	255	26	28	22	21	1.99
13308945--13309137	81	2.4	80	86	4	255	26	28	22	21	1.99
13315015--13315122	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
13316615--13316664	26	1.9	26	84	8	66	40	20	14	26	1.90
13317079--13317109	15	2.1	15	100	0	62	6	19	35	38	1.77
13320631--13320821	51	3.9	50	80	13	134	30	28	15	25	1.96
13320684--13320841	51	3.0	52	86	6	212	31	26	15	26	1.96
13324267--13324366	48	2.1	49	98	1	193	10	25	10	55	1.64
13327087--13327246	81	2.0	82	83	3	207	41	21	7	29	1.81
13327087--13327234	27	5.5	27	78	3	154	41	21	7	29	1.80
13327213--13327562	81	4.3	80	82	6	384	31	21	8	39	1.83
13327254--13327544	27	10.7	27	87	0	420	29	22	7	40	1.81
13327252--13327544	54	5.4	54	93	0	496	29	22	7	40	1.81
13327254--13327615	81	4.5	81	83	2	404	32	22	7	37	1.82
13327538--13327649	54	2.1	54	83	3	136	44	21	6	27	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13327579--13327676	27	3.6	27	81	8	92	43	21	6	28	1.76
13327662--13327965	27	11.3	27	91	0	455	34	20	22	23	1.97
13328367--13328437	31	2.3	31	95	0	124	19	15	15	49	1.80
13328393--13328465	25	3.0	25	87	2	85	19	19	15	46	1.84
13328367--13328479	6	18.3	6	67	18	63	19	17	15	47	1.82
13328367--13328470	31	3.6	29	77	15	99	19	18	14	48	1.82
13344939--13345093	39	4.0	39	92	0	247	25	26	21	26	1.99
13351115--13351337	49	4.7	49	78	15	213	21	30	21	26	1.98
13351115--13351386	46	5.8	47	77	13	231	21	30	20	26	1.98
13357306--13357493	42	4.5	42	87	1	252	22	20	25	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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