genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  56  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15987168--15987216	19	2.6	18	87	6	62	40	10	0	48	1.37
15996078--15996129	20	2.6	20	90	0	77	21	32	30	15	1.94
16000087--16000140	27	2.0	27	100	0	108	66	7	7	18	1.40
16001136--16001185	19	2.6	19	87	6	75	24	16	4	56	1.57
16005867--16006035	46	3.7	45	85	7	182	27	20	30	22	1.98
16007189--16007229	22	1.9	22	95	5	75	9	39	29	21	1.86
16017913--16017967	27	2.0	27	100	0	110	45	3	18	32	1.67
16023544--16023719	27	6.5	27	84	3	201	30	27	15	26	1.96
16023565--16023719	82	1.9	81	88	4	231	29	27	15	27	1.96
16029286--16029337	20	2.6	20	84	0	77	38	23	26	11	1.89
16029279--16029444	40	4.2	40	85	3	174	34	19	30	15	1.93
16029286--16029347	20	3.1	20	79	4	72	38	24	27	9	1.86
16029310--16029436	20	6.3	20	66	1	67	36	18	28	16	1.93
16035147--16035184	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
16044045--16044111	34	2.0	34	88	5	100	28	16	17	37	1.92
16055866--16055895	5	6.0	5	100	0	60	0	80	0	20	0.72
16057981--16058026	7	6.1	8	78	14	53	0	19	13	67	1.23
16057987--16058032	7	6.6	7	82	7	58	0	19	13	67	1.23
16057981--16058032	15	3.5	15	94	5	97	0	19	13	67	1.23
16058091--16058116	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
16061614--16061740	40	3.2	40	73	14	102	31	23	21	23	1.98
16062413--16062508	7	13.3	7	73	5	57	26	1	40	32	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16062405--16062464	29	2.1	29	87	6	86	26	0	38	35	1.57
16062423--16062467	22	2.0	22	86	0	63	24	0	35	40	1.56
16062418--16062504	36	2.4	36	83	7	97	26	1	39	33	1.64
16062421--16062497	29	2.7	28	82	6	82	25	1	37	35	1.65
16062545--16062675	7	17.7	7	69	16	59	19	2	31	47	1.62
16062636--16062675	15	2.6	16	88	7	57	15	5	30	50	1.65
16074593--16074624	12	2.7	12	100	0	64	28	28	6	37	1.81
16085122--16085159	20	2.0	20	94	5	69	50	5	10	34	1.59
16088555--16088630	38	2.0	40	87	10	113	64	2	2	30	1.21
16092804--16092866	23	2.8	22	73	22	67	57	6	0	36	1.24
16093323--16093397	7	10.7	7	72	5	53	37	40	0	22	1.54
16093457--16093541	21	3.9	21	75	11	89	45	24	1	28	1.60
16093441--16093534	46	2.0	46	93	0	161	44	23	2	29	1.65
16093855--16093880	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
16095116--16095153	10	3.6	11	86	10	53	36	0	0	63	0.95
16113416--16113495	40	2.0	41	85	7	110	45	11	0	43	1.39
16114466--16114499	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
16126019--16126314	152	1.9	153	94	0	522	37	9	23	29	1.86
16127988--16128038	25	2.0	25	96	0	93	37	11	13	37	1.82
16128519--16128555	18	2.1	18	89	0	56	51	13	8	27	1.69
16130983--16131043	21	2.9	21	79	13	63	34	0	18	47	1.49
16131037--16131076	6	6.8	6	86	13	57	47	0	17	35	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16131236--16131274	20	2.0	20	85	10	53	69	0	5	25	1.09
16131851--16131998	45	3.3	45	93	1	246	20	19	19	40	1.92
16132166--16132367	18	11.3	18	74	16	143	36	11	14	37	1.83
16132166--16132447	36	7.6	36	68	20	136	36	12	14	36	1.84
16132252--16132356	53	2.0	53	83	10	135	36	13	15	35	1.86
16132172--16132367	54	3.6	54	75	13	174	35	12	14	37	1.84
16132406--16132447	18	2.3	18	87	0	57	38	11	16	33	1.86
16144816--16144850	15	2.3	16	90	9	56	25	2	20	51	1.61
16146000--16147250	48	25.7	48	94	2	2115	30	26	6	36	1.82
16146000--16147250	146	8.6	147	95	1	2166	30	26	6	36	1.82
16146000--16147250	98	12.8	97	94	2	2136	30	26	6	36	1.82
16147225--16147263	11	3.7	11	80	13	55	38	23	0	38	1.55
16147227--16147270	20	2.2	20	100	0	88	36	25	0	38	1.56
16147179--16147313	68	2.0	68	89	0	207	30	23	6	39	1.80
16149387--16149411	11	2.3	11	100	0	50	44	0	8	48	1.32
16149600--16149635	17	2.1	17	100	0	72	50	5	5	38	1.49
16153893--16153992	51	2.0	48	90	5	155	29	8	17	46	1.76
16161337--16161361	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
16169349--16169412	24	2.6	24	85	11	94	64	18	4	12	1.45
16171133--16171172	21	1.9	21	94	0	71	55	5	25	15	1.60
16180556--16180609	27	2.0	27	96	0	99	24	25	14	35	1.94
16181150--16181183	14	2.3	15	90	5	52	85	0	5	8	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16191380--16191433	24	2.2	24	96	0	99	53	12	1	31	1.50
16194636--16194668	14	2.4	14	90	10	50	60	6	0	33	1.21
16196678--16196730	21	2.5	21	81	0	61	20	41	18	18	1.91
16196693--16196735	21	2.2	20	87	8	61	25	34	18	20	1.96
16202885--16202915	3	10.3	3	92	0	53	35	0	0	64	0.94
16208166--16208277	35	3.2	35	79	5	127	42	19	10	26	1.84
16210004--16210028	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
16211106--16211329	40	5.6	39	82	7	208	25	21	27	25	1.99
16211159--16211294	39	3.5	39	88	3	202	26	19	28	25	1.99
16211106--16211329	79	2.8	80	82	9	255	25	21	27	25	1.99
16211106--16211362	79	3.3	79	79	10	199	26	21	27	24	1.99
16219082--16219193	35	3.2	35	79	5	127	42	19	10	26	1.84
16224384--16224418	3	11.7	3	93	0	61	62	0	2	34	1.10
16226028--16226062	13	2.6	13	90	4	52	34	0	11	54	1.37
16227401--16227433	17	1.9	17	88	11	50	78	0	21	0	0.75
16249070--16249277	41	5.1	41	77	4	213	36	13	27	22	1.92
16249066--16249241	82	2.2	82	86	1	237	34	13	30	21	1.92
16251673--16251758	43	2.0	43	95	0	154	32	16	18	32	1.93
16255811--16255871	26	2.3	26	77	22	65	34	1	3	60	1.23
16256373--16256419	21	2.2	20	82	10	58	53	4	2	40	1.32
16256405--16256450	9	4.9	9	79	10	56	65	4	2	28	1.23
16256409--16256467	29	2.0	29	81	12	68	67	3	3	25	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16258491--16258645	43	3.6	43	73	8	136	28	15	25	30	1.96
16261110--16261284	46	3.8	45	79	13	171	27	20	30	21	1.98
16264723--16264776	28	1.9	28	92	0	90	37	7	14	40	1.74
16265770--16265909	71	2.0	70	95	1	253	32	10	19	37	1.86
16269631--16270069	50	8.9	50	86	4	556	23	29	18	28	1.97
16270968--16271019	26	2.0	25	96	3	95	19	28	11	40	1.86
16275640--16275688	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
16284014--16284101	45	2.0	45	86	0	122	27	18	5	48	1.70
16284793--16284834	22	1.9	22	85	0	57	47	16	4	30	1.67
16288925--16289077	68	2.2	69	83	3	184	34	20	15	30	1.93
16291776--16292090	20	15.8	20	80	2	220	44	17	22	14	1.86
16291779--16292090	40	7.8	40	81	0	347	44	17	22	15	1.86
16291746--16292090	60	5.8	60	83	0	352	44	17	22	15	1.86
16297734--16297843	52	2.1	52	83	3	141	36	16	13	33	1.88
16300592--16300624	17	1.9	17	93	0	57	48	15	15	21	1.81
16310530--16310577	24	2.0	24	88	12	71	10	18	0	70	1.15
16313693--16313753	24	2.5	24	76	12	70	42	4	1	50	1.33
16317260--16317285	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
16322776--16322834	29	2.0	29	100	0	118	40	22	3	33	1.70
16328886--16328939	22	2.5	22	90	0	81	48	16	20	14	1.81
16335950--16336011	22	2.8	22	80	2	70	51	12	14	20	1.75
16337309--16337362	22	2.5	22	78	6	56	70	0	24	5	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16340380--16340554	49	3.5	49	85	3	233	29	26	19	25	1.99
16340361--16340556	49	3.9	49	82	3	230	28	26	20	24	1.99
16340361--16340559	100	2.0	100	92	0	335	28	26	20	24	1.99
16341206--16341265	30	2.0	30	83	6	77	30	25	5	40	1.77
16349159--16349203	19	2.3	19	85	11	56	66	0	8	24	1.20
16349473--16349516	13	3.3	13	78	6	52	70	0	0	29	0.88
16349571--16349724	3	51.3	3	77	2	148	60	1	6	31	1.30
16350271--16350327	22	2.6	22	94	0	96	15	43	26	14	1.85
16352556--16352591	18	2.1	17	89	5	54	19	11	16	52	1.73
16359668--16359704	16	2.3	16	90	0	56	70	2	21	5	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255