genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14145492--14145549	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
14145492--14145552	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
14149892--14149916	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
14154138--14154188	16	3.6	14	78	21	54	5	15	7	70	1.30
14154116--14154187	30	2.6	27	81	12	90	9	15	5	69	1.34
14154169--14154236	12	5.8	11	76	17	57	14	7	5	72	1.26
14155282--14155306	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
14157102--14157127	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
14160899--14160924	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
14161943--14161996	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
14161942--14162016	30	2.5	30	87	8	100	21	20	18	40	1.92
14161942--14162007	20	3.3	20	70	16	55	22	21	16	39	1.92
14163607--14163667	14	4.6	13	76	10	61	73	3	8	14	1.19
14163646--14163717	27	2.6	27	79	10	83	68	8	13	9	1.40
14163597--14163682	38	2.2	39	81	4	95	73	5	8	12	1.24
14163647--14163717	28	2.6	28	76	8	74	69	7	14	9	1.37
14164738--14164771	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
14166036--14166089	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
14166035--14166109	30	2.5	30	87	8	100	21	20	18	40	1.92
14166035--14166100	20	3.3	20	70	16	55	22	21	16	39	1.92
14176172--14176231	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
14178042--14178221	35	5.1	35	80	2	182	41	19	10	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14183213--14183347	27	5.0	27	86	0	144	37	17	20	24	1.94
14183843--14183907	22	3.0	22	77	8	60	21	24	23	30	1.99
14183682--14184075	216	1.8	217	81	3	490	24	20	21	33	1.97
14184066--14184147	28	3.0	27	78	5	85	19	19	21	39	1.93
14184265--14184364	6	16.3	6	70	15	62	19	20	13	48	1.81
14184265--14184355	37	2.5	37	87	0	128	18	20	12	48	1.80
14186025--14186078	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
14186025--14186098	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
14186025--14186089	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
14191738--14191762	12	2.1	12	100	0	50	24	28	0	48	1.52
14192777--14192810	14	2.6	14	90	9	54	8	2	5	82	0.93
14192876--14192905	11	2.6	12	94	5	53	6	3	6	83	0.90
14197089--14197142	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
14197089--14197162	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
14197089--14197153	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
14202882--14202942	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
14202883--14202943	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
14204809--14204852	22	2.0	22	90	0	70	27	36	2	34	1.70
14208478--14208540	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
14208538--14208593	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
14208537--14208593	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
14208629--14208657	10	2.7	11	89	10	51	0	10	6	82	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14208602--14208653	16	3.2	16	75	20	54	5	9	7	76	1.14
14209737--14209761	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
14209843--14209874	11	2.8	12	95	4	57	6	3	6	84	0.86
14212905--14212948	21	2.0	22	86	4	63	25	6	34	34	1.82
14219585--14219631	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
14223991--14224036	20	2.3	20	80	0	56	30	32	13	23	1.93
14228596--14228692	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
14230430--14230463	12	2.7	13	86	9	52	79	5	5	8	1.05
14232908--14232978	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
14232918--14232967	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
14235227--14235323	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
14237049--14237090	16	2.8	16	80	20	54	4	14	0	80	0.86
14241697--14241750	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
14246967--14247031	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
14253549--14253595	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
14255126--14255160	9	3.9	9	89	10	54	85	0	11	2	0.69
14255112--14255166	19	2.7	19	83	16	67	78	1	14	5	1.02
14257795--14257841	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
14263287--14263329	21	2.0	22	86	4	61	25	6	32	34	1.83
14270019--14270060	16	2.7	15	78	14	50	73	0	4	21	1.01
14270837--14270870	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
14279060--14279113	27	2.0	27	96	0	99	24	24	3	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14279173--14279314	43	3.3	43	77	12	132	26	25	21	26	2.00
14279198--14279332	43	3.2	42	75	14	132	26	27	21	24	1.99
14280193--14280245	21	2.7	20	80	8	63	16	18	18	45	1.86
14280460--14280494	13	2.7	13	95	0	61	31	0	5	62	1.18
14284962--14285047	43	2.0	43	100	0	172	41	18	18	20	1.90
14286492--14286538	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
14288401--14288472	12	5.6	12	73	15	54	75	4	6	13	1.17
14288401--14288488	41	2.2	40	84	8	117	73	5	7	12	1.22
14288452--14288524	28	2.6	28	79	10	85	69	6	13	9	1.34
14290118--14290142	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
14293415--14293475	13	4.5	13	74	11	52	16	8	3	72	1.23
14293413--14293486	13	5.7	12	72	21	51	14	6	4	74	1.18
14293411--14293476	26	2.4	29	87	7	93	16	7	3	72	1.20
14294532--14294556	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
14295420--14295454	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
14298953--14299023	12	5.5	12	73	15	52	74	4	7	14	1.18
14298953--14299039	39	2.2	40	83	4	97	73	5	8	12	1.23
14299004--14299075	30	2.6	27	79	14	83	69	6	13	9	1.36
14299943--14299977	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
14301598--14301653	24	2.4	23	72	3	58	21	3	33	41	1.70
14305358--14305391	15	2.3	15	90	10	52	2	32	32	32	1.73
14306140--14306193	13	3.7	15	75	18	51	18	3	1	75	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14306469--14306524	24	2.4	23	72	3	58	21	3	33	41	1.70
14312127--14312232	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
14315829--14315889	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
14315830--14315890	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
14317919--14317981	33	1.9	33	84	12	85	12	25	6	55	1.60
14317996--14318134	18	7.7	18	69	8	86	7	20	2	69	1.27
14317996--14318103	6	17.7	6	67	7	65	6	18	3	71	1.23
14318001--14318133	39	3.3	38	75	16	110	8	19	3	69	1.28
14319118--14319189	38	2.0	35	84	15	94	8	16	5	69	1.33
14320559--14320619	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
14320560--14320620	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
14324616--14324668	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
14328701--14328735	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
14329389--14329445	13	4.7	12	81	12	71	77	5	3	14	1.08
14329384--14329445	12	5.1	12	81	11	72	72	4	4	17	1.20
14329389--14329445	25	2.3	24	91	8	89	77	5	3	14	1.08
14334745--14334841	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
14337021--14337051	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
14337112--14337161	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
14337101--14337171	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
14337097--14337157	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
14338079--14338113	12	2.9	12	100	0	70	17	0	5	77	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14339812--14339884	30	2.5	30	86	10	114	31	13	24	30	1.94
14339831--14339896	30	2.2	30	84	10	82	27	15	31	25	1.95
14347110--14347161	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
14347155--14347193	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
14351248--14351312	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
14352577--14352610	18	1.9	18	88	5	52	8	35	2	52	1.47
14352693--14352724	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
14353639--14353708	29	2.5	27	84	9	86	10	14	7	68	1.38
14353636--14353719	12	6.2	12	70	22	51	10	11	7	70	1.34
14353636--14353747	27	4.0	27	70	11	75	13	11	6	68	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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