genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3190694--3190741	18	2.8	17	87	9	71	64	2	2	31	1.16
3190690--3190761	12	5.8	12	75	22	53	65	1	2	30	1.15
3191180--3191252	13	5.7	13	75	3	76	19	15	50	15	1.78
3195512--3195621	26	4.2	26	95	0	166	33	5	25	35	1.79
3197225--3197337	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
3197224--3197337	54	2.1	54	88	3	167	16	23	22	36	1.94
3218801--3218850	18	2.7	19	81	6	59	50	0	2	48	1.12
3222077--3222114	14	2.7	14	88	8	51	44	5	10	39	1.61
3222205--3222239	14	2.5	14	90	0	52	48	0	2	48	1.16
3223794--3223846	25	2.1	25	82	6	63	43	11	15	30	1.81
3224829--3224863	17	2.1	17	100	0	70	45	25	17	11	1.81
3225961--3226015	13	4.4	13	76	13	53	49	0	0	50	1.00
3225983--3226023	9	4.9	9	80	14	52	46	0	0	53	1.00
3225978--3226038	25	2.4	24	81	8	77	54	0	0	45	1.00
3225974--3226037	22	2.8	23	75	13	69	53	0	0	46	1.00
3225960--3226037	38	2.0	39	85	7	106	52	0	0	47	1.00
3226586--3226612	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
3230082--3230109	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
3237374--3237401	13	2.2	13	100	0	56	35	10	0	53	1.36
3238280--3238342	9	6.7	9	75	20	58	71	3	3	22	1.14
3244877--3245018	10	14.9	10	68	9	66	31	2	3	62	1.24
3244936--3244989	18	2.9	18	76	17	58	33	0	1	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3244944--3244989	17	2.6	18	79	10	58	32	0	0	67	0.91
3248955--3249237	131	2.2	130	79	5	304	34	18	18	28	1.94
3249021--3249426	130	3.1	132	80	6	346	33	18	19	27	1.96
3249118--3249432	130	2.4	130	85	1	398	33	20	19	26	1.96
3253027--3253114	31	2.9	30	78	10	97	22	11	12	53	1.70
3260145--3260249	27	3.9	27	79	9	99	33	19	25	21	1.97
3261850--3261905	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
3268089--3268246	27	5.9	27	78	11	146	34	21	23	20	1.97
3268107--3268246	54	2.6	54	88	2	201	34	22	22	20	1.97
3276667--3276714	22	2.2	22	100	0	96	25	14	22	37	1.92
3288418--3288473	23	2.5	21	83	11	67	35	1	3	58	1.26
3288485--3288532	16	3.0	15	76	11	51	29	6	0	64	1.18
3288943--3288983	21	2.0	21	85	0	55	31	2	2	63	1.20
3289178--3289252	33	2.3	33	93	2	134	26	12	5	56	1.57
3295046--3295092	19	2.4	19	79	10	51	65	14	8	10	1.45
3309480--3309535	23	2.5	21	83	11	67	35	1	3	58	1.26
3309547--3309593	16	3.0	15	81	6	58	29	6	0	63	1.19
3309675--3309725	20	2.5	20	78	9	50	35	3	0	60	1.15
3310241--3310315	33	2.3	33	93	2	134	26	12	5	56	1.57
3317907--3318078	18	9.9	18	82	12	193	37	15	11	35	1.84
3317907--3318078	35	5.0	36	81	14	195	37	15	11	35	1.84
3317919--3318077	81	1.9	83	93	2	277	37	16	11	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3318472--3319595	207	5.4	207	94	0	1901	29	23	17	29	1.97
3319602--3319963	85	4.3	85	85	8	481	25	21	22	30	1.99
3319693--3319913	41	5.3	41	68	15	132	23	23	24	28	2.00
3320896--3320929	8	4.2	8	88	11	52	2	8	0	88	0.62
3322410--3322436	10	2.7	10	100	0	54	0	7	0	92	0.38
3326627--3326752	19	6.9	19	84	10	183	36	15	11	36	1.84
3326627--3326744	35	3.3	35	92	3	191	36	15	11	36	1.84
3335164--3335794	313	2.0	313	98	0	1226	26	22	23	28	1.99
3336039--3336152	20	5.6	19	70	17	79	30	2	1	64	1.17
3336053--3336150	50	1.9	52	82	12	123	31	2	2	64	1.16
3336039--3336165	20	6.7	18	69	21	57	30	3	1	64	1.18
3336172--3336209	14	2.8	14	84	4	51	34	7	0	57	1.28
3336341--3336399	22	2.7	23	82	14	72	37	5	0	57	1.21
3336452--3336512	18	3.2	18	71	13	50	31	1	1	65	1.12
3337681--3339537	686	2.6	683	81	10	2035	38	15	11	34	1.83
3339465--3339498	13	2.8	13	86	13	54	58	14	5	20	1.57
3339946--3339992	21	2.2	21	100	0	94	36	0	8	55	1.31
3341191--3341247	22	2.6	22	83	2	71	36	10	17	35	1.84
3341349--3341402	27	2.0	27	92	0	90	29	14	25	29	1.95
3349762--3349795	17	1.9	18	88	5	52	67	8	0	23	1.18
3358094--3358127	15	2.2	16	89	5	52	44	0	0	55	0.99
3358590--3358746	54	2.9	53	89	3	242	27	30	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3360256--3360327	24	3.0	24	76	21	80	37	1	1	59	1.15
3360259--3360341	20	3.8	20	75	20	67	33	1	1	63	1.10
3363420--3363527	53	2.0	53	98	0	207	16	13	25	43	1.85
3365865--3366239	173	2.2	172	80	5	389	44	22	10	21	1.83
3367585--3367619	17	1.9	19	88	11	56	34	14	5	45	1.68
3369566--3369624	21	2.9	19	74	23	50	44	3	11	40	1.58
3373654--3373679	12	2.2	12	100	0	52	34	15	11	38	1.83
3374171--3374209	18	2.3	18	86	8	55	56	0	7	35	1.28
3386205--3386243	18	2.2	18	95	0	69	30	23	0	46	1.53
3386489--3386528	16	2.5	17	84	12	57	50	0	0	50	1.00
3386852--3386887	18	2.0	18	100	0	72	38	5	5	50	1.49
3391927--3391974	18	2.7	18	93	0	78	33	12	14	39	1.84
3392411--3392569	72	2.2	71	86	3	221	24	6	13	54	1.63
3394584--3394644	13	4.7	13	82	8	79	37	27	8	26	1.85
3394581--3394644	26	2.4	27	82	7	87	35	26	7	29	1.85
3395648--3395679	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
3400738--3400769	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
3404514--3406201	228	7.4	227	88	1	1616	23	26	19	30	1.98
3404711--3406495	228	7.8	227	87	2	1600	23	25	20	30	1.99
3404478--3406273	684	2.6	682	81	2	1972	23	26	19	30	1.98
3404478--3406496	456	4.4	455	80	3	1691	23	25	20	30	1.98
3404478--3406495	684	3.0	684	80	2	1730	23	25	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3410625--3411348	228	3.2	228	88	1	959	21	28	19	30	1.97
3411352--3412111	228	3.3	225	83	3	765	24	23	22	30	1.99
3411454--3412111	226	2.9	228	84	2	813	22	23	23	30	1.99
3417241--3418538	228	5.7	228	84	2	1095	21	26	21	29	1.99
3417253--3418539	456	2.8	455	81	2	1404	21	26	21	30	1.99
3426550--3426574	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
3437921--3437975	27	2.0	27	96	0	101	27	21	23	27	1.99
3440946--3440979	11	3.0	12	91	8	54	0	44	0	55	0.99
3441461--3441494	6	5.5	6	86	6	50	32	2	11	52	1.53
3441608--3441649	3	14.0	3	89	0	66	30	2	0	66	1.04
3441915--3441963	20	2.6	18	79	20	55	34	4	2	59	1.28
3442336--3442430	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
3444488--3444531	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
3448632--3448895	86	3.1	86	90	0	411	26	23	24	26	2.00
3448951--3449183	46	5.2	46	69	9	165	25	21	23	29	1.99
3448843--3449223	134	2.8	134	95	0	674	26	20	22	29	1.99
3449231--3450100	132	6.6	132	92	0	1292	28	17	25	29	1.97
3449847--3450359	132	3.8	132	81	3	415	29	15	26	28	1.96
3450311--3450416	46	2.4	44	80	3	113	24	19	24	31	1.98
3450387--3450575	97	2.0	95	94	2	333	30	20	20	28	1.97
3451426--3451464	17	2.3	17	86	0	51	79	7	0	12	0.93
3451512--3451547	3	12.0	3	87	0	54	30	2	0	66	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3451813--3451861	20	2.6	18	79	20	55	34	4	2	59	1.28
3452234--3452328	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
3455895--3455928	17	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
3456643--3456667	12	2.1	12	100	0	50	36	24	8	32	1.84
3461525--3461569	23	1.9	23	82	13	56	24	4	2	68	1.19
3463161--3463185	12	2.1	12	100	0	50	40	0	52	8	1.31
3466691--3466815	40	3.2	40	79	3	137	32	20	23	24	1.98
3466712--3466813	39	2.6	39	80	7	116	31	21	22	24	1.98
3466857--3466969	40	2.8	40	85	6	140	26	22	24	26	2.00
3467165--3467211	20	2.3	20	92	7	78	27	4	4	63	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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