genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  43  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11659586--11659769	98	1.9	97	89	4	291	30	26	5	36	1.81
11659740--11659933	47	4.1	47	89	0	280	27	29	10	32	1.90
11659855--11659934	25	3.3	25	68	16	69	32	27	6	33	1.82
11662566--11662616	20	2.4	22	83	9	61	17	1	3	76	1.03
11662986--11663018	16	2.1	16	100	0	66	63	12	18	6	1.48
11663310--11663475	43	3.9	43	81	2	174	32	24	15	27	1.95
11670896--11670926	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
11670893--11670932	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
11671004--11671048	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
11673229--11673732	40	12.6	40	93	1	832	27	20	27	24	1.99
11680807--11681389	40	14.6	40	93	1	992	27	19	27	24	1.99
11682793--11682995	54	3.8	53	78	7	214	22	24	18	35	1.95
11682793--11682992	107	1.9	109	86	4	289	22	24	18	35	1.96
11685280--11685312	16	2.1	16	100	0	66	63	12	18	6	1.48
11685550--11685715	43	3.9	43	82	2	192	33	24	15	27	1.95
11703505--11703879	39	9.6	39	95	2	643	28	18	28	25	1.98
11703505--11703879	79	4.8	78	94	3	643	28	18	28	25	1.98
11703789--11703984	101	1.9	103	89	6	310	30	19	27	22	1.98
11703701--11704063	179	2.0	182	89	5	569	29	19	27	23	1.98
11703890--11704061	40	4.4	40	86	5	235	27	22	27	22	1.99
11703890--11704065	79	2.2	79	87	5	241	27	22	27	22	1.99
11703915--11704088	79	2.2	80	86	2	235	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11705421--11705668	55	4.7	54	77	7	224	21	23	19	35	1.96
11705465--11705665	108	1.8	110	86	4	291	21	24	18	34	1.96
11707956--11707988	16	2.1	16	100	0	66	63	12	18	6	1.48
11708226--11708391	43	3.9	43	82	2	192	33	24	15	27	1.95
11715622--11715705	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
11720956--11721445	161	2.9	164	80	9	498	47	8	13	30	1.73
11721588--11721975	165	2.4	165	84	1	474	48	9	12	29	1.73
11721627--11721975	164	2.1	164	84	1	448	49	10	12	28	1.73
11729582--11729644	29	2.1	30	85	2	83	46	6	9	38	1.62
11730437--11730478	22	2.0	20	86	9	57	38	4	23	33	1.76
11736023--11736052	13	2.3	13	94	0	51	36	0	0	63	0.95
11744383--11744490	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
11750383--11750464	39	2.1	39	93	4	139	23	21	26	28	1.99
11755548--11755832	47	6.1	47	92	0	428	33	11	29	25	1.91
11755808--11755896	46	1.9	46	83	0	115	34	11	30	23	1.90
11762035--11762121	39	2.2	39	93	0	147	20	21	27	29	1.98
11762035--11762134	39	2.6	39	88	3	139	21	21	28	30	1.98
11764741--11764785	22	2.1	22	87	4	65	44	17	24	13	1.85
11772418--11772490	25	2.9	25	76	8	85	19	23	21	35	1.96
11773902--11774009	26	4.2	26	92	0	189	33	7	24	35	1.83
11779292--11779344	26	2.0	26	85	7	72	24	15	22	37	1.92
11782604--11782634	13	2.4	13	88	0	53	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11788064--11788126	30	2.1	30	85	2	83	38	9	6	46	1.62
11795727--11796742	163	6.3	163	75	10	527	29	12	9	47	1.74
11796196--11796744	161	3.3	165	80	8	582	30	12	9	47	1.73
11801994--11802077	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
11809604--11809651	20	2.3	20	75	3	51	27	12	10	50	1.73
11809669--11809707	21	1.9	20	89	5	60	46	12	15	25	1.81
11812771--11812942	38	4.6	37	81	7	177	18	19	29	33	1.95
11812772--11812942	75	2.3	76	82	5	204	17	19	29	33	1.95
11812936--11813023	38	2.3	38	82	7	115	13	22	30	32	1.93
11816761--11816831	25	2.6	28	80	13	85	40	2	2	53	1.30
11816767--11816837	26	2.8	24	83	12	79	38	2	2	56	1.29
11816797--11816853	27	2.1	27	83	3	71	33	1	3	61	1.23
11816768--11816838	27	2.7	27	84	6	83	36	2	2	57	1.28
11818310--11818372	30	2.1	29	82	14	74	47	3	0	49	1.17
11823976--11824026	25	2.0	25	92	0	84	56	15	21	5	1.60
11824729--11824784	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
11824735--11824798	17	3.6	17	87	8	92	39	12	12	35	1.81
11824727--11824805	35	2.2	37	86	13	121	39	10	15	35	1.81
11825104--11825137	12	2.9	12	95	4	61	38	0	0	61	0.96
11825105--11825213	21	5.5	21	68	22	67	37	2	0	58	1.19
11825155--11825256	7	14.9	7	70	19	56	38	3	0	57	1.17
11825154--11825218	21	3.1	21	80	8	71	33	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11827163--11827208	21	2.0	21	84	12	56	60	6	13	19	1.54
11827576--11827690	42	2.7	42	86	2	151	17	34	23	24	1.96
11831180--11831369	9	21.6	9	71	9	106	44	17	1	36	1.56
11831180--11831315	61	2.2	61	86	2	193	44	17	0	36	1.54
11831241--11831356	45	2.6	45	83	2	137	42	18	1	37	1.61
11831176--11831381	106	2.0	104	88	3	306	45	16	0	36	1.55
11837581--11837793	73	2.9	73	95	0	392	30	19	8	41	1.82
11841222--11841843	130	4.8	130	81	2	651	39	13	15	31	1.85
11849995--11850083	3	32.3	3	70	15	50	62	2	4	30	1.27
11850232--11850274	17	2.6	18	85	10	56	55	0	9	34	1.32
11850011--11850577	188	3.0	188	94	1	994	58	4	8	28	1.46
11851772--11851911	17	8.6	16	81	11	153	16	0	41	41	1.53
11851784--11851907	17	7.5	17	83	8	159	18	0	39	41	1.56
11851784--11851907	33	3.8	34	83	12	161	18	0	39	41	1.56
11851784--11851907	49	2.5	50	89	6	191	18	0	39	41	1.56
11851772--11851911	33	4.3	32	84	8	151	16	0	41	41	1.53
11852282--11852477	66	3.0	66	93	0	320	25	21	26	27	2.00
11864223--11864248	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
11864221--11864261	21	1.9	22	95	5	75	65	0	0	34	0.93
11864192--11864340	3	53.3	3	66	19	56	63	2	4	30	1.26
11864303--11864352	15	3.3	15	81	13	59	58	0	6	36	1.23
11864303--11864352	16	3.1	16	81	18	52	58	0	6	36	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11864313--11864394	17	4.6	16	73	21	58	57	2	4	35	1.33
11864489--11864531	17	2.6	18	85	10	56	55	0	9	34	1.32
11864271--11864828	189	3.0	185	92	3	928	59	4	7	28	1.45
11866066--11866104	17	2.3	17	86	0	51	28	0	35	35	1.58
11874213--11874251	20	2.1	19	86	13	55	51	7	10	30	1.64
11875062--11875098	15	2.4	16	86	13	51	32	2	0	64	1.07
11877078--11877364	42	6.8	42	90	2	434	32	20	22	24	1.98
11877078--11877451	84	4.5	82	83	5	408	31	20	21	27	1.98
11877078--11877451	126	3.0	126	86	2	430	31	20	21	27	1.98
11877519--11877552	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
11877776--11877846	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
11883296--11883383	9	9.9	9	69	28	64	35	0	20	44	1.52
11883341--11883719	26	15.1	26	88	5	550	31	1	20	46	1.57
11883439--11883595	19	8.5	19	63	27	70	30	0	20	48	1.54
11883606--11883649	18	2.4	18	84	0	70	34	4	18	43	1.70
11883756--11883903	74	2.0	74	100	0	296	40	6	1	51	1.37
11884053--11884123	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
11884052--11884123	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
11884128--11884426	17	16.6	17	70	23	161	42	1	11	43	1.51
11884095--11884435	57	6.5	57	75	20	375	44	2	10	42	1.51
11884145--11884255	44	2.7	40	86	10	177	44	1	10	43	1.50
11884112--11884414	101	3.0	100	94	4	533	44	1	10	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11884246--11884352	40	2.7	40	94	2	189	43	1	11	42	1.51
11884095--11884403	97	3.1	97	93	4	521	44	2	10	42	1.51
11885768--11885807	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
11887232--11887261	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
11887449--11887564	36	3.2	36	69	20	116	46	18	6	29	1.72
11887397--11887597	71	2.8	71	96	1	368	50	18	4	25	1.67
11887904--11887950	22	2.1	22	96	0	85	40	23	8	27	1.83
11888932--11888999	15	4.4	15	76	12	57	42	26	2	27	1.70
11889092--11889162	14	5.0	14	69	16	56	40	35	1	22	1.63
11889399--11889604	113	1.8	115	84	2	290	28	23	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255