genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54789780--54789804	13	1.9	13	100	0	50	24	8	16	52	1.70
54792380--54792528	43	3.5	43	81	11	171	26	16	24	31	1.97
54792393--54792517	42	2.9	42	81	8	110	27	16	23	33	1.95
54794483--54794702	40	5.6	40	77	5	205	26	24	22	26	2.00
54800964--54801136	93	1.9	93	90	4	278	28	28	20	22	1.98
54800957--54801132	46	3.8	46	71	16	157	30	27	19	22	1.98
54805651--54805826	46	3.8	46	75	15	173	29	28	21	21	1.98
54805658--54805830	93	1.9	93	90	2	276	28	28	21	21	1.98
54808556--54808589	9	3.8	9	84	0	50	55	2	2	38	1.30
54812349--54812410	26	2.2	28	81	18	85	24	20	12	41	1.87
54821497--54821640	35	4.1	35	77	3	137	29	8	17	45	1.77
54828832--54828873	21	2.0	22	85	4	59	66	11	4	16	1.40
54828953--54829014	30	2.1	30	100	0	124	46	6	9	37	1.62
54839244--54839283	21	1.9	21	84	0	53	50	20	5	25	1.68
54840790--54841075	27	10.7	27	80	5	215	40	19	7	32	1.80
54840800--54841030	54	4.3	53	85	6	279	41	18	7	32	1.79
54840794--54841030	81	2.9	81	86	3	327	40	18	7	32	1.79
54840800--54841112	27	11.7	27	78	8	203	39	21	7	31	1.80
54841096--54841237	27	5.3	27	78	5	126	36	19	18	26	1.94
54841096--54841238	54	2.6	54	83	2	162	37	18	18	25	1.94
54841853--54842025	67	2.6	67	98	0	328	17	28	23	30	1.97
54842206--54842330	6	20.3	6	71	16	69	20	19	12	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54842212--54842270	25	2.4	25	85	0	73	23	20	10	45	1.81
54842234--54842304	19	3.8	19	76	10	83	15	21	15	47	1.82
54842215--54842321	37	2.9	37	85	4	135	18	20	12	48	1.80
54843701--54843873	43	4.0	43	72	14	140	34	25	16	23	1.95
54852338--54852494	43	3.7	43	79	10	178	24	16	25	33	1.96
54852338--54852495	85	1.8	86	85	9	225	24	16	25	33	1.96
54855376--54855688	48	6.5	49	89	3	354	26	30	17	24	1.97
54855421--54855697	48	5.8	48	90	1	396	27	29	17	24	1.97
54867662--54867718	22	2.6	22	94	0	96	15	31	36	15	1.90
54869911--54870233	94	3.4	95	74	10	272	23	28	19	28	1.98
54869911--54870221	139	2.2	141	80	10	341	22	27	19	29	1.98
54869911--54870230	46	6.8	49	74	10	213	22	28	19	29	1.98
54873739--54873844	31	3.5	29	75	13	106	42	2	2	51	1.31
54873717--54873846	61	2.1	61	92	0	215	43	2	3	50	1.33
54876632--54876664	7	4.7	7	96	0	57	36	0	3	60	1.12
54878687--54878767	40	2.0	40	97	0	153	53	3	7	35	1.47
54878700--54878765	20	3.3	20	62	8	53	50	4	9	36	1.55
54879099--54879123	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
54880097--54880126	14	2.1	14	93	0	51	16	0	0	83	0.65
54880700--54880803	34	3.1	34	98	0	199	48	13	14	24	1.79
54888945--54889034	43	2.1	44	87	6	130	30	13	11	45	1.78
54891467--54891568	51	2.0	51	98	0	195	46	11	14	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54897769--54897793	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
54903254--54903658	47	8.6	47	95	1	675	28	29	8	33	1.86
54903304--54903382	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
54907453--54907512	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
54911807--54911866	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
54911828--54911891	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
54920058--54920082	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
54920805--54921172	46	7.8	46	77	12	247	26	17	31	25	1.97
54920759--54920973	46	4.6	46	80	9	206	27	19	29	22	1.98
54922055--54922089	5	7.4	5	87	12	56	60	0	0	40	0.97
54922098--54922135	13	2.8	14	88	4	51	78	2	7	10	1.04
54923970--54924010	20	2.0	20	90	0	64	24	39	26	9	1.86
54930264--54930607	27	12.7	27	82	0	310	38	19	9	32	1.84
54930264--54930497	54	4.3	54	90	0	342	40	18	8	32	1.81
54930589--54931106	27	19.2	27	91	0	795	34	19	21	24	1.96
54931561--54931625	22	3.0	22	77	8	69	21	26	21	30	1.98
54931784--54931885	27	3.8	27	85	7	127	18	22	21	37	1.94
54932022--54932104	6	13.3	6	72	20	64	18	18	15	48	1.82
54932022--54932095	31	2.4	31	90	2	112	17	18	14	48	1.81
54934899--54935004	56	1.9	54	82	3	131	40	1	32	25	1.66
54936881--54936916	16	2.2	17	95	5	65	0	25	2	72	0.98
54938452--54938496	18	2.5	19	82	7	58	15	8	2	73	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54938959--54939000	21	2.0	21	100	0	84	9	33	38	19	1.84
54942074--54942365	50	5.8	50	77	4	239	31	25	16	26	1.97
54942080--54942367	151	1.9	149	83	3	371	31	25	17	25	1.97
54948716--54948759	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
54948824--54948940	41	2.8	43	80	2	139	30	25	14	29	1.95
54952344--54952640	40	7.5	40	91	2	413	25	28	23	22	1.99
54960472--54960686	39	5.5	39	88	5	294	25	27	23	23	2.00
54982373--54982569	37	5.2	38	84	6	224	26	28	20	24	1.99
54982408--54982569	74	2.2	77	88	5	251	25	29	19	24	1.99
54983918--54984095	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54983939--54984094	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54992062--54992239	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54992083--54992238	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54997026--54997322	40	7.5	40	90	2	395	25	28	23	22	1.99
55007054--55007155	41	2.4	41	85	3	123	29	25	13	31	1.94
55007039--55007155	43	2.8	42	81	3	128	29	25	13	30	1.94
55010400--55010567	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
55010435--55010620	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
55010437--55010620	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
55014589--55014628	17	2.4	17	91	0	71	57	15	7	20	1.61
55022146--55022289	53	2.7	53	75	6	130	39	18	22	19	1.92
55033610--55033899	148	2.0	148	95	0	526	33	15	18	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55039165--55039292	45	2.9	45	84	4	145	25	28	21	24	1.99
55039622--55039922	43	7.2	43	82	8	270	31	31	22	14	1.94
55039663--55039995	162	2.0	163	93	0	578	31	29	21	17	1.96
55039744--55040052	38	7.8	38	80	8	178	30	27	22	20	1.98
55045054--55045167	45	2.6	45	83	5	126	26	26	21	25	2.00
55045497--55045677	43	4.2	43	92	3	276	30	34	24	10	1.89
55045658--55045778	38	3.2	38	91	4	183	30	25	21	22	1.99
55045658--55045807	38	3.9	38	88	6	171	29	25	22	23	1.99
55054552--55054719	40	4.2	40	81	6	189	16	17	22	43	1.88
55057627--55057749	40	3.1	40	84	2	176	16	17	21	43	1.87
55061917--55061943	12	2.2	12	100	0	54	18	40	14	25	1.89
55061936--55061973	6	6.3	6	100	0	76	18	18	15	47	1.83
55061924--55061967	18	2.4	18	88	0	61	18	25	15	40	1.90
55061940--55061979	18	2.2	18	90	0	62	17	22	12	47	1.81
55062104--55062163	18	3.3	18	75	9	59	43	11	15	30	1.82
55071668--55071738	35	2.0	35	100	0	142	53	21	5	19	1.65
55074080--55074178	28	3.7	28	74	18	86	59	4	0	36	1.16
55074095--55074178	21	3.9	22	72	12	66	61	3	0	34	1.13
55074096--55074347	14	18.1	14	68	20	122	59	1	5	33	1.30
55074129--55074291	73	2.2	71	79	13	163	59	1	7	31	1.33
55074199--55074295	41	2.4	42	78	16	107	60	1	7	30	1.30
55074272--55074408	16	8.9	15	68	21	70	62	1	3	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55074310--55074363	20	2.8	19	80	5	54	61	1	3	33	1.25
55074304--55074364	30	2.0	30	84	6	79	63	1	3	31	1.20
55074307--55074400	47	2.0	48	81	8	111	65	2	4	27	1.22
55076844--55077026	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
55076823--55077026	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
55079177--55079309	43	3.1	43	84	5	162	30	16	21	31	1.95
55079872--55079913	21	2.0	21	90	0	66	28	33	14	23	1.94
55083503--55083607	26	4.0	25	90	7	165	33	7	22	36	1.83
55083503--55083607	52	2.0	52	94	0	183	33	7	22	36	1.83
55087616--55087641	9	2.9	9	100	0	52	42	0	11	46	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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