genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6175116--6175493	73	5.2	73	91	3	606	29	16	17	35	1.93
6175412--6175576	87	1.9	87	82	7	210	26	20	18	35	1.95
6175572--6175604	14	2.4	14	95	5	59	12	9	9	69	1.36
6175669--6175703	14	2.5	14	85	0	52	20	17	2	60	1.49
6175690--6176005	54	5.9	54	91	4	491	29	16	17	36	1.92
6175690--6176005	107	3.0	105	89	5	485	29	16	17	36	1.92
6176276--6176377	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
6176947--6176999	14	3.8	13	85	14	63	79	0	20	0	0.74
6176950--6176997	10	4.7	10	80	14	53	79	0	20	0	0.74
6176995--6177021	11	2.5	11	100	0	54	70	0	7	22	1.12
6176953--6177000	24	2.0	23	92	8	78	79	0	20	0	0.74
6177627--6177933	18	17.3	17	70	18	166	31	13	11	42	1.80
6177633--6177877	56	4.5	53	71	8	154	29	13	12	44	1.81
6177644--6177786	74	1.9	74	81	8	175	31	13	11	42	1.81
6189231--6189266	18	2.0	18	88	0	54	22	16	11	50	1.77
6205025--6205065	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
6211392--6211491	38	2.6	38	81	10	98	49	4	1	46	1.27
6211430--6211491	27	2.3	27	75	5	63	48	3	0	48	1.17
6213672--6213711	21	1.9	21	90	10	64	7	10	5	77	1.11
6214026--6214052	13	2.1	13	100	0	54	74	0	0	25	0.83
6219198--6219223	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6220137--6220211	31	2.4	30	73	6	78	48	14	9	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6220390--6220418	13	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
6220656--6220700	11	4.1	11	77	11	56	62	4	17	15	1.49
6232784--6232813	9	3.3	9	90	0	51	30	0	13	56	1.37
6234709--6234753	22	2.0	22	82	0	54	60	13	6	20	1.55
6234888--6234951	32	2.0	32	96	0	119	29	12	12	45	1.79
6237045--6237078	17	2.0	17	94	0	59	29	26	17	26	1.98
6239636--6239690	25	2.3	24	78	6	67	58	3	0	38	1.16
6241374--6241419	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
6246887--6247082	108	1.8	108	92	0	329	46	10	17	25	1.80
6247872--6247924	12	4.8	10	76	19	52	3	3	11	81	0.96
6249160--6249343	62	3.0	62	95	0	323	33	4	20	41	1.74
6251225--6251368	53	2.7	53	90	4	209	29	28	15	26	1.96
6267090--6267126	18	2.1	18	89	0	56	54	8	0	37	1.30
6267312--6267368	24	2.4	24	80	13	82	35	17	0	47	1.48
6267362--6267386	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
6268319--6268352	17	2.0	17	94	0	59	61	5	11	20	1.50
6270525--6270564	18	2.2	18	90	0	62	7	32	5	55	1.50
6273111--6273255	59	2.4	60	77	10	161	44	4	8	41	1.57
6274654--6274813	63	2.5	63	82	7	173	36	6	21	36	1.79
6278196--6278242	24	2.0	24	83	8	60	57	25	4	12	1.54
6278490--6278519	13	2.3	13	94	0	51	40	10	6	43	1.64
6281587--6281646	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6304234--6304271	15	2.5	15	95	0	67	47	28	15	7	1.74
6306754--6306797	13	3.2	13	78	15	52	40	0	2	56	1.11
6306760--6306797	15	2.6	15	83	4	51	42	0	2	55	1.14
6311117--6311177	31	1.9	32	83	9	81	55	4	1	37	1.31
6311147--6311189	22	2.0	22	85	0	59	53	6	4	34	1.49
6311148--6311199	22	2.4	22	80	6	52	55	5	3	34	1.42
6317796--6317935	69	2.0	69	95	0	253	47	12	12	26	1.78
6318350--6318392	18	2.5	17	82	14	52	79	2	16	2	0.95
6321209--6321248	19	2.1	19	95	0	71	40	7	15	37	1.75
6327994--6328049	28	1.9	30	89	7	89	55	3	0	41	1.17
6330836--6330899	20	3.4	19	81	10	69	54	3	0	42	1.16
6330855--6330907	27	1.9	27	88	3	79	52	3	0	43	1.19
6330837--6330898	18	3.3	18	82	12	72	54	3	0	41	1.16
6332715--6332997	18	15.3	18	70	11	151	36	15	12	35	1.85
6332715--6332997	36	7.6	36	71	10	185	36	15	12	35	1.85
6333102--6333132	6	5.2	6	96	0	53	48	16	19	16	1.81
6333353--6333427	23	3.4	22	74	23	68	36	12	1	50	1.48
6334839--6334889	22	2.3	22	79	0	57	5	15	1	76	1.07
6334829--6334879	17	3.1	16	78	10	50	5	17	1	74	1.11
6334981--6335043	31	2.0	32	84	9	85	47	4	0	47	1.23
6337212--6337251	21	2.0	20	85	14	55	75	0	25	0	0.81
6337211--6337249	14	2.9	14	96	3	71	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6344755--6344826	31	2.3	32	83	7	94	45	16	6	30	1.74
6353501--6353554	27	2.0	27	92	0	90	33	12	20	33	1.91
6358139--6358172	15	2.3	15	90	10	52	50	2	0	47	1.16
6362745--6362811	27	2.5	27	85	4	91	32	16	26	23	1.96
6362745--6362889	27	5.4	26	71	14	80	33	20	26	20	1.96
6365153--6365382	46	4.9	46	88	3	302	23	23	12	40	1.89
6367401--6367440	17	2.4	16	88	8	62	0	27	0	72	0.85
6367467--6367504	15	2.5	15	83	12	51	5	13	0	81	0.85
6367603--6367642	18	2.1	20	82	17	50	40	5	0	55	1.22
6369967--6370031	26	2.5	27	73	16	64	38	1	1	58	1.17
6382422--6383020	70	8.5	72	78	14	605	30	17	19	32	1.95
6382418--6383016	152	4.3	144	79	17	615	30	17	19	33	1.95
6393574--6393700	45	2.8	45	78	1	121	30	23	16	29	1.96
6393629--6393717	44	2.0	46	82	8	112	33	24	11	30	1.90
6393800--6394075	44	6.3	44	78	5	263	31	25	16	26	1.97
6393770--6394083	132	2.4	132	91	1	484	29	25	16	27	1.97
6405327--6405527	106	1.9	106	95	0	366	30	19	19	29	1.97
6406120--6406146	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
6406887--6406920	12	2.8	12	87	12	52	8	2	2	85	0.80
6409116--6409178	32	2.0	32	96	0	117	39	11	17	31	1.85
6414801--6414837	18	2.0	20	89	10	60	24	0	5	70	1.08
6416199--6416245	19	2.4	19	79	10	51	46	2	2	48	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6422364--6422400	14	2.6	14	91	0	65	13	5	8	72	1.24
6427118--6427158	20	2.0	21	90	4	66	75	0	24	0	0.80
6429036--6429263	46	5.0	46	90	1	323	39	14	24	21	1.91
6432624--6432736	43	2.7	42	80	1	118	34	21	16	27	1.95
6432897--6432926	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
6433133--6433175	22	2.0	21	90	4	68	72	2	0	25	0.97
6433210--6433271	27	2.3	27	82	0	79	27	33	20	17	1.96
6436664--6436701	18	2.1	19	85	5	51	18	0	52	28	1.45
6437791--6437829	13	3.2	12	89	7	53	74	0	15	10	1.07
6438843--6438883	6	6.8	6	88	0	64	19	17	17	46	1.85
6440550--6440592	22	2.0	22	95	0	77	18	18	37	25	1.94
6440552--6440599	22	2.2	22	88	0	69	18	16	35	29	1.93
6444965--6445034	36	1.9	35	83	11	88	54	4	2	38	1.35
6445108--6445174	20	3.4	20	97	2	127	47	16	10	25	1.78
6452845--6452882	10	4.0	10	80	13	53	52	0	0	47	1.00
6455104--6455147	20	2.0	22	83	12	56	50	29	2	18	1.59
6460042--6460072	13	2.4	13	94	0	53	61	0	0	38	0.96
6462039--6462083	23	1.9	23	82	13	56	26	6	11	55	1.59
6462427--6462493	31	2.2	30	84	10	84	35	10	13	40	1.79
6462752--6462786	17	2.1	17	88	0	52	20	14	31	34	1.92
6468701--6468737	20	1.9	20	88	5	58	35	2	5	56	1.36
6468733--6468766	12	2.8	12	86	0	50	35	8	0	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6479857--6479890	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
6480970--6481273	44	7.0	44	71	10	212	29	17	23	30	1.97
6480949--6481274	132	2.5	132	94	3	560	28	17	22	31	1.96
6499263--6499341	27	2.9	27	75	1	77	20	30	15	34	1.93
6504220--6504306	43	2.0	43	100	0	174	21	9	16	52	1.71
6509138--6509164	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
6516136--6516196	19	3.6	17	73	13	63	40	0	1	57	1.08
6517024--6517092	35	2.0	35	94	0	120	24	33	15	26	1.95
6521103--6521146	17	2.8	15	78	21	54	63	0	2	34	1.07
6521619--6521725	17	5.9	18	81	6	128	35	13	11	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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