genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17477960--17478231	40	6.8	40	92	0	445	24	21	28	25	1.99
17482361--17482505	47	3.1	47	83	2	186	33	11	28	26	1.92
17482464--17482610	50	3.0	50	92	3	235	37	7	24	30	1.83
17482760--17482868	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
17493718--17493892	49	3.6	49	77	6	160	26	22	29	22	1.99
17497031--17497768	47	15.6	47	93	1	1242	33	8	28	29	1.86
17497887--17497988	37	2.8	37	95	0	177	24	18	30	26	1.98
17499701--17499784	39	2.2	38	86	2	114	35	9	11	42	1.74
17501984--17502035	25	2.1	25	82	3	61	25	21	21	32	1.98
17502083--17502143	21	2.9	21	78	4	70	34	18	9	37	1.83
17511127--17511255	29	4.5	28	83	2	159	32	27	12	27	1.93
17511127--17511255	57	2.3	57	89	2	188	32	27	12	27	1.93
17512945--17512997	11	5.0	11	75	6	56	39	15	16	28	1.89
17512960--17513007	21	2.3	21	85	0	69	39	14	16	29	1.88
17513053--17513110	24	2.4	25	78	16	68	31	22	22	24	1.99
17520704--17520796	47	2.0	47	91	0	150	48	11	15	24	1.78
17526134--17526172	20	1.9	21	89	5	62	79	0	5	15	0.90
17526133--17526172	14	2.7	14	84	7	53	80	0	5	15	0.88
17540370--17540494	6	20.3	6	71	16	87	48	13	17	20	1.81
17540396--17540494	25	3.7	25	76	15	99	46	14	18	21	1.83
17540391--17540471	31	2.6	31	90	0	126	45	14	18	20	1.85
17540391--17540494	31	3.6	30	74	15	101	47	13	18	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17540612--17540747	27	5.0	26	79	7	128	37	19	22	20	1.94
17540612--17540747	55	2.5	53	82	4	146	37	19	22	20	1.94
17541290--17541416	27	4.7	27	78	1	121	26	21	18	33	1.96
17541307--17541409	54	1.9	54	87	0	152	27	19	17	35	1.94
17544457--17544679	40	5.6	40	86	4	292	26	26	21	25	2.00
17549327--17549381	28	2.0	28	100	0	110	29	14	12	43	1.82
17553253--17553450	42	4.8	39	75	13	128	30	25	17	25	1.97
17553337--17553449	44	2.6	44	87	4	169	30	28	17	23	1.97
17558721--17558883	80	2.0	80	100	0	326	37	22	14	25	1.92
17566675--17566712	19	2.0	19	100	0	76	42	5	26	26	1.76
17567503--17567540	14	2.6	15	87	4	51	44	2	7	44	1.47
17568612--17568649	20	1.9	20	88	0	58	23	18	21	36	1.95
17574157--17574197	18	2.3	18	95	0	73	39	2	9	48	1.49
17581317--17581500	40	4.6	40	81	7	196	27	27	21	23	1.99
17581280--17581500	80	2.8	79	78	12	211	27	27	21	24	1.99
17588574--17588794	40	5.6	40	78	11	188	27	27	21	24	1.99
17588574--17588794	80	2.8	79	78	12	211	27	27	21	24	1.99
17590081--17590135	27	2.0	27	100	0	110	18	18	30	32	1.95
17590108--17590228	40	3.0	40	89	3	174	23	23	27	25	2.00
17597269--17597485	39	5.5	39	89	1	274	20	22	26	30	1.98
17611261--17611445	38	4.8	38	82	6	176	22	22	24	30	1.99
17611261--17611447	76	2.4	78	83	5	200	22	22	24	31	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17613014--17613364	43	8.2	43	93	0	558	11	22	33	32	1.89
17613518--17613626	57	1.9	58	84	1	148	25	19	28	26	1.99
17617758--17617953	38	5.0	38	83	5	187	21	20	25	31	1.98
17617787--17617953	38	4.3	38	85	2	199	20	20	25	32	1.97
17619660--17619864	90	2.3	90	81	3	216	27	24	20	27	1.99
17621720--17621812	27	3.5	26	77	4	89	32	20	11	35	1.89
17621696--17621831	54	2.5	54	81	8	145	30	20	11	36	1.89
17625726--17625882	43	3.7	42	76	10	140	27	16	24	31	1.96
17626712--17626773	28	2.2	28	94	0	106	20	25	30	22	1.98
17634769--17634939	45	3.7	45	76	14	172	25	18	30	24	1.98
17641501--17641628	48	2.7	47	82	11	140	27	17	28	25	1.98
17646504--17646688	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
17646504--17646688	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
17654421--17654617	40	5.0	38	75	15	145	24	26	22	25	2.00
17654410--17654531	39	3.1	39	81	6	133	26	24	22	27	2.00
17654410--17654569	78	2.1	77	81	10	193	26	25	22	26	2.00
17654440--17654617	78	2.3	80	80	11	199	25	26	23	25	2.00
17667241--17667291	21	2.4	21	83	6	68	35	7	35	21	1.83
17668937--17669015	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
17669189--17669438	51	5.1	51	90	5	408	30	29	8	31	1.87
17669134--17669450	98	3.3	98	92	1	507	29	30	8	31	1.87
17669134--17669450	47	6.6	47	87	5	454	29	30	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17671999--17672030	14	2.2	15	94	5	57	62	0	37	0	0.95
17675607--17675634	7	4.0	7	100	0	56	14	0	57	28	1.38
17677557--17677732	50	3.5	49	82	3	199	30	26	17	25	1.97
17677557--17677740	101	1.8	99	83	4	244	29	27	17	25	1.98
17684684--17684912	40	5.8	40	85	9	256	24	23	27	25	2.00
17684683--17684904	78	2.8	78	85	5	279	24	23	26	25	2.00
17696533--17696714	28	6.5	28	97	0	321	31	28	13	25	1.94
17700920--17701027	37	2.9	37	94	0	180	25	32	19	22	1.97
17701190--17701422	47	5.0	47	90	0	340	25	29	12	32	1.93
17701342--17701423	25	3.4	25	65	21	75	29	29	9	31	1.89
17737038--17737259	40	5.6	40	85	3	270	26	27	22	23	2.00
17739236--17739345	20	5.5	20	83	0	103	15	22	23	38	1.92
17739236--17739342	40	2.7	40	85	0	133	14	21	24	39	1.91
17741365--17741541	40	4.5	39	84	6	207	25	23	26	24	2.00
17741365--17741531	79	2.1	79	84	6	214	25	23	26	24	2.00
17750391--17750420	5	5.8	5	92	7	51	0	20	0	80	0.72
17756419--17756470	27	1.9	26	84	7	68	34	21	0	44	1.52
17760232--17760351	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
17760421--17760452	14	2.1	16	88	11	50	87	0	12	0	0.54
17761810--17762493	47	14.6	47	91	5	937	33	9	29	28	1.88
17765284--17765359	27	2.8	27	88	4	100	40	18	17	23	1.91
17776690--17776756	35	1.9	35	82	11	84	38	19	7	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17782903--17782965	33	1.9	33	100	0	126	19	9	28	42	1.82
17783613--17783676	33	2.0	32	84	3	83	35	20	21	21	1.96
17784395--17784513	27	4.4	27	85	0	166	23	21	20	35	1.96
17785670--17785757	6	14.3	6	73	17	74	47	14	18	19	1.82
17785679--17785757	31	2.5	31	91	0	122	48	13	18	18	1.81
17785684--17785730	25	1.9	24	91	4	76	44	14	21	19	1.86
17786154--17786321	81	2.1	81	87	0	237	27	18	16	36	1.93
17786152--17786320	27	6.3	27	85	0	203	27	18	17	36	1.94
17786168--17786339	81	2.1	81	83	2	211	28	16	18	36	1.92
17786305--17786705	27	14.9	27	77	5	119	34	8	22	35	1.84
17786340--17786526	81	2.3	81	87	0	266	38	8	22	30	1.83
17786370--17786538	54	3.1	54	89	1	259	39	7	23	30	1.82
17786544--17786699	54	2.9	51	77	14	154	31	8	21	38	1.84
17790580--17790725	27	5.4	27	84	0	166	37	17	10	34	1.85
17790596--17790740	27	5.4	26	80	3	128	37	20	9	31	1.85
17790719--17790836	27	4.4	27	85	0	146	35	17	20	26	1.95
17790692--17790808	54	2.2	54	79	3	128	39	18	16	25	1.91
17790719--17790836	54	2.2	54	87	0	164	35	17	20	26	1.95
17791190--17791250	28	2.2	27	81	16	72	29	22	21	26	1.99
17795277--17795452	47	3.7	47	86	1	228	31	9	31	27	1.88
17795571--17795649	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
17797609--17797796	100	1.9	100	94	0	331	27	25	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17797604--17797798	49	3.9	49	81	2	255	27	26	18	27	1.98
17805207--17805276	27	2.6	27	82	8	88	42	22	14	20	1.88
17805226--17805324	27	3.7	27	86	0	108	39	22	14	24	1.91
17806149--17806206	30	1.9	30	85	0	80	34	10	24	31	1.89
17807621--17807817	27	7.3	27	88	0	241	27	20	9	41	1.84
17807749--17808077	27	12.1	27	76	9	141	38	19	8	33	1.82
17807722--17807835	54	2.1	54	86	0	156	30	21	8	39	1.83
17807803--17807997	81	2.4	81	90	0	293	41	21	7	29	1.81
17807817--17807995	54	3.3	53	80	7	191	43	20	7	29	1.79
17807865--17808023	54	2.9	54	78	10	157	41	20	8	29	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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