genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575865--2576231	98	3.7	98	89	2	527	28	22	14	35	1.93
2575876--2576237	150	2.4	144	92	5	571	28	21	14	34	1.93
2583648--2583729	40	2.0	40	83	0	101	35	15	19	29	1.93
2586843--2586948	37	2.8	38	77	16	105	50	0	13	34	1.47
2587317--2587433	16	6.9	17	72	19	59	57	1	4	36	1.29
2587483--2587529	20	2.3	20	100	0	94	55	10	8	25	1.62
2587801--2587834	6	5.5	6	86	6	50	52	11	2	32	1.53
2588319--2588354	11	3.2	11	88	4	54	50	0	50	0	1.00
2600693--2600723	16	1.9	16	100	0	62	32	22	12	32	1.92
2601314--2601341	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
2602100--2602135	18	2.0	18	94	0	63	36	27	8	27	1.86
2604217--2604271	28	2.0	28	82	13	69	23	14	3	58	1.52
2606937--2607003	33	2.0	33	100	0	134	32	17	5	43	1.74
2623820--2623865	22	2.1	22	83	0	56	23	19	17	39	1.92
2625694--2625753	28	2.1	28	81	3	66	53	0	6	40	1.27
2626283--2626328	22	2.1	22	91	0	74	21	19	21	36	1.95
2627523--2627573	25	2.0	25	100	0	102	43	21	7	27	1.80
2629743--2629776	12	2.7	13	86	9	52	32	0	8	58	1.29
2629750--2629776	12	2.2	12	100	0	54	29	0	7	62	1.22
2629939--2630011	27	2.7	26	77	8	74	60	2	2	34	1.25
2630607--2630663	19	2.9	19	82	12	71	24	1	0	73	0.92
2632484--2632529	23	2.0	23	95	0	83	36	17	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636458--2636520	34	1.9	31	84	9	81	60	1	3	34	1.22
2636462--2636534	10	6.8	11	74	21	66	60	1	2	35	1.20
2636468--2636517	25	2.0	25	85	14	68	58	0	4	38	1.17
2636468--2636534	20	3.1	21	79	12	75	59	0	2	37	1.13
2638109--2638347	73	3.1	73	78	13	273	28	18	16	37	1.92
2638338--2638627	119	2.4	119	94	1	510	31	17	16	34	1.93
2646425--2646523	37	2.7	36	93	3	162	25	30	19	25	1.98
2646629--2646906	48	5.8	48	93	0	466	31	25	6	36	1.81
2652706--2652783	12	7.0	12	70	21	55	60	1	2	35	1.19
2652700--2652784	10	7.8	11	71	20	63	60	2	2	35	1.23
2652710--2652767	25	2.4	24	86	13	75	56	1	3	37	1.26
2652700--2652784	20	3.9	21	78	13	82	60	2	2	35	1.23
2657144--2657195	26	2.0	26	100	0	104	34	7	23	34	1.83
2659731--2659902	41	4.2	41	88	3	240	33	19	26	21	1.97
2659973--2660014	14	2.9	15	75	3	50	52	33	0	14	1.42
2660497--2660545	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
2660832--2660899	21	3.2	21	93	2	109	20	0	29	50	1.49
2660887--2660947	21	2.9	21	78	9	70	13	0	44	42	1.43
2660832--2660899	7	9.6	7	83	3	82	20	0	29	50	1.49
2662998--2663052	26	2.1	26	86	0	74	58	14	9	18	1.62
2663062--2663191	30	4.2	30	77	14	147	48	13	3	33	1.61
2663114--2663291	9	20.0	9	67	15	84	47	16	2	33	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2663090--2663208	64	1.9	62	91	3	193	48	14	3	33	1.60
2663062--2663234	46	3.7	46	78	8	179	48	14	3	33	1.61
2663157--2663228	21	3.2	21	67	14	63	51	13	2	31	1.56
2663243--2663287	16	2.8	16	96	0	81	53	15	0	31	1.43
2668347--2668375	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
2670053--2670107	29	1.9	28	85	3	74	38	5	14	41	1.69
2675341--2675375	17	1.9	17	88	11	52	25	2	5	65	1.28
2689196--2689233	19	2.0	19	100	0	76	42	5	21	31	1.75
2699434--2699617	64	2.9	64	92	1	298	30	19	14	35	1.91
2699689--2700164	44	10.8	44	84	0	596	29	15	27	27	1.96
2704934--2705005	31	2.4	30	79	4	81	41	9	13	34	1.78
2706579--2706618	16	2.5	16	83	0	53	50	7	7	35	1.59
2707854--2707885	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
2712482--2712532	16	3.1	16	73	15	59	47	15	3	33	1.64
2712475--2712526	17	3.1	17	73	15	63	46	15	1	36	1.57
2714364--2714398	15	2.4	14	85	4	52	60	5	2	31	1.35
2714944--2714991	25	1.9	25	82	0	60	52	2	4	41	1.32
2720067--2720116	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2724706--2724755	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2729535--2729648	41	2.8	41	89	2	158	23	16	21	37	1.93
2729552--2729659	41	2.6	41	89	0	153	24	16	21	37	1.93
2738885--2738933	25	2.0	25	84	8	64	59	4	0	36	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2740707--2740743	17	2.2	17	95	0	65	13	0	5	81	0.86
2755821--2755878	25	2.3	26	77	14	66	31	1	3	63	1.21
2772871--2772920	9	5.2	9	79	13	55	54	2	4	40	1.31
2773047--2773072	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
2776036--2776088	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
2789817--2789850	17	1.9	18	88	5	52	32	0	5	61	1.20
2799707--2799736	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
2801664--2801689	12	2.2	12	100	0	52	76	7	7	7	1.15
2801877--2801937	14	4.4	14	82	13	72	70	0	29	0	0.88
2801909--2801952	3	16.0	3	82	17	60	68	0	31	0	0.90
2801887--2801952	8	8.6	8	80	12	68	68	0	31	0	0.90
2801894--2801951	19	3.1	18	82	9	71	68	0	31	0	0.89
2802091--2802123	11	3.0	11	91	8	50	33	0	12	54	1.37
2802387--2802469	36	2.3	37	75	6	89	67	2	4	25	1.23
2802417--2803431	138	7.4	137	92	3	1639	55	7	8	27	1.57
2805480--2805620	72	2.0	72	85	5	196	22	26	17	33	1.96
2809408--2809476	27	2.5	28	84	9	81	30	20	28	20	1.97
2812205--2812250	18	2.6	18	89	0	74	21	43	26	8	1.81
2812268--2812316	20	2.4	20	82	3	62	77	6	8	8	1.12
2812479--2812527	3	16.7	3	79	12	57	67	0	32	0	0.91
2812478--2812528	18	3.1	16	86	13	68	68	0	31	0	0.90
2812478--2812537	29	2.0	30	87	3	86	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2812572--2812596	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
2812568--2812638	20	3.6	19	76	16	63	69	0	30	0	0.89
2812574--2812643	14	4.7	14	74	19	54	68	0	31	0	0.90
2813150--2813672	144	3.7	129	74	14	357	55	6	8	30	1.54
2813524--2813584	30	2.0	30	87	0	86	67	1	3	27	1.16
2813237--2813675	152	3.0	144	83	6	619	56	5	7	30	1.51
2813547--2813737	90	2.1	90	79	4	206	52	6	8	31	1.59
2813765--2813800	13	2.8	13	87	4	56	75	2	0	22	0.94
2813765--2813827	17	4.4	14	72	20	51	69	3	1	25	1.12
2813343--2814063	388	1.8	392	88	4	1123	55	7	7	29	1.55
2813740--2814225	145	3.3	145	89	5	694	57	7	6	28	1.50
2827699--2827740	3	13.7	3	85	5	57	73	0	0	26	0.83
2834555--2834599	22	2.0	22	83	8	56	26	11	17	44	1.82
2838962--2839133	86	2.0	85	97	1	326	44	5	13	36	1.69
2839221--2839294	32	2.3	33	92	2	123	24	8	10	56	1.60
2839242--2839295	17	3.3	17	69	10	58	24	11	9	55	1.64
2843970--2844002	15	2.1	16	88	5	50	57	3	6	33	1.38
2847171--2847209	17	2.4	17	86	4	53	28	7	10	53	1.62
2866175--2866201	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
2867317--2867354	15	2.4	17	86	8	53	50	2	7	39	1.46
2869544--2869577	17	2.0	17	88	11	52	11	26	41	20	1.87
2871731--2871780	24	2.1	24	100	0	100	44	28	8	20	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2873403--2873484	35	2.3	35	79	8	87	26	20	21	30	1.98
2874713--2874749	18	2.1	18	89	0	56	56	2	35	5	1.36
2875297--2875342	19	2.4	19	96	0	83	45	0	6	47	1.28
2877542--2877603	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
2897128--2897187	21	3.0	20	78	11	61	11	3	18	66	1.36
2898133--2898169	18	2.1	18	89	0	56	56	2	35	5	1.36
2898711--2898755	18	2.4	19	92	3	74	46	0	6	46	1.29
2898724--2898764	18	2.3	18	82	0	55	43	0	7	48	1.30
2899947--2900017	22	3.2	23	72	7	67	47	1	4	46	1.30
2900929--2900990	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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