genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14640110--14640309	107	1.9	108	87	5	298	32	12	19	36	1.88
14640647--14640710	28	2.3	28	83	0	83	25	35	20	18	1.95
14642696--14642817	47	2.6	47	92	0	208	31	31	17	20	1.95
14642696--14642869	47	3.7	46	82	6	174	30	31	17	20	1.96
14644321--14644593	50	5.6	49	80	4	275	23	28	19	28	1.98
14644376--14644593	95	2.2	98	85	4	280	22	29	19	28	1.98
14644308--14644589	145	1.9	146	84	2	370	24	28	18	28	1.98
14645630--14645788	27	5.9	27	85	2	194	30	20	8	40	1.81
14645630--14645785	81	1.9	81	88	0	231	30	19	8	41	1.81
14645711--14646012	27	11.2	27	79	8	186	38	21	7	32	1.82
14645646--14645813	54	3.1	54	87	3	230	33	19	7	40	1.78
14645603--14645797	81	2.4	81	77	6	205	31	22	8	37	1.83
14645711--14646014	54	5.6	54	78	6	224	38	21	8	32	1.83
14645779--14645985	80	2.6	81	86	2	265	41	21	8	28	1.83
14645779--14646010	81	2.9	80	82	8	231	41	20	8	28	1.82
14645767--14646067	27	11.1	27	74	12	106	40	21	8	29	1.83
14646092--14646231	27	5.2	28	78	10	114	33	18	22	25	1.97
14647020--14647071	26	2.1	24	92	7	86	32	19	19	28	1.96
14647284--14647388	31	3.4	31	94	0	174	27	17	25	29	1.97
14649644--14649751	27	4.0	27	86	0	135	33	17	20	28	1.95
14649744--14649997	27	9.4	27	75	7	192	41	20	8	29	1.81
14650235--14650357	41	3.0	41	90	0	174	19	21	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14650498--14650723	50	4.5	50	93	0	371	19	15	26	39	1.90
14650498--14650733	25	9.4	25	78	0	238	19	15	25	39	1.90
14652004--14652061	30	2.0	30	86	3	82	25	15	24	34	1.95
14654273--14654670	27	14.8	26	71	14	145	36	21	9	31	1.86
14654244--14654417	54	3.3	52	76	7	163	39	22	8	29	1.83
14654519--14654668	81	1.9	81	87	2	221	40	21	8	29	1.83
14654519--14654670	54	2.8	55	82	4	193	40	21	8	29	1.83
14654802--14654861	27	2.2	27	79	5	68	30	20	21	28	1.98
14655658--14655740	25	3.4	24	83	8	96	27	21	24	26	1.99
14655875--14656007	42	3.2	42	93	2	232	32	15	18	34	1.91
14656031--14656176	31	4.7	31	94	0	258	28	15	26	29	1.96
14658418--14658910	27	18.4	27	73	10	246	37	21	9	31	1.85
14658677--14658827	53	2.8	54	81	6	182	41	21	7	29	1.82
14658943--14659019	27	2.9	28	79	11	81	33	16	23	25	1.96
14659799--14659868	25	2.8	24	86	4	95	24	25	24	25	2.00
14659798--14659881	25	3.4	24	80	8	89	27	22	23	26	2.00
14660016--14660149	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
14660173--14660318	31	4.7	31	96	0	258	28	17	26	28	1.97
14662255--14662305	17	2.8	17	80	11	57	54	3	3	37	1.37
14662444--14662469	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
14663165--14663195	15	2.0	16	93	6	55	35	0	6	58	1.24
14665503--14665544	20	2.1	20	86	0	57	52	11	4	30	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14669226--14669289	2	32.0	2	100	0	128	50	50	0	0	1.00
14675238--14675508	47	5.8	46	75	12	205	22	28	20	28	1.99
14685773--14685800	12	2.3	12	100	0	56	7	14	32	46	1.71
14686484--14686578	7	13.4	7	72	6	66	20	0	40	40	1.52
14689926--14690110	40	4.7	40	82	7	218	23	22	28	25	2.00
14689926--14690108	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
14689927--14690143	79	2.7	78	79	12	237	25	22	27	24	2.00
14696977--14697159	78	2.3	81	83	6	232	24	22	27	25	2.00
14696976--14697159	40	4.7	40	83	8	225	24	22	27	25	2.00
14704968--14705152	40	4.6	39	83	5	203	24	22	27	25	2.00
14704968--14705152	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
14705021--14705185	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
14723916--14724038	56	2.2	56	88	5	178	24	13	30	31	1.94
14723937--14724048	28	4.1	28	96	2	201	26	14	28	30	1.95
14724034--14724062	14	2.1	14	100	0	58	27	6	31	34	1.83
14724010--14724090	41	2.0	42	95	2	146	25	11	28	34	1.90
14723954--14724130	97	1.8	96	93	1	309	25	12	28	32	1.93
14724048--14724130	27	3.0	27	91	3	130	25	12	30	32	1.92
14724051--14724143	27	3.4	27	86	4	89	27	11	25	34	1.91
14729968--14730025	30	1.9	30	85	0	80	31	24	8	36	1.85
14740034--14740136	50	2.0	52	85	5	140	27	20	9	42	1.83
14744940--14745009	21	3.3	21	71	15	72	48	14	8	28	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14744940--14745023	42	2.0	42	95	0	150	47	15	9	27	1.76
14744956--14745020	21	3.2	19	72	16	67	49	13	9	27	1.73
14745134--14745256	47	2.7	47	82	5	144	18	18	16	46	1.84
14745175--14745295	47	2.7	45	83	3	136	20	19	16	43	1.88
14745223--14745477	45	5.7	45	82	1	262	23	20	16	40	1.91
14745223--14745471	90	2.8	89	85	4	313	23	20	16	40	1.91
14745311--14745517	45	4.6	45	84	1	173	24	21	14	39	1.91
14745223--14745520	90	3.3	90	81	4	255	23	20	15	40	1.90
14746113--14746137	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
14750278--14750328	22	2.2	23	83	13	61	35	7	19	37	1.81
14751077--14751178	50	2.0	50	98	0	195	25	15	14	44	1.85
14759277--14759331	28	1.9	29	88	3	85	29	30	16	23	1.96
14759549--14759587	16	2.4	16	91	0	60	12	15	15	56	1.68
14760777--14760807	16	1.9	16	93	0	53	19	6	19	54	1.65
14767303--14767381	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
14767500--14768012	47	10.9	47	95	0	893	29	29	8	32	1.87
14767982--14768041	29	2.1	29	96	0	111	28	31	6	33	1.83
14767935--14768079	76	1.9	76	95	0	263	29	30	6	33	1.84
14773287--14773444	74	2.1	74	89	0	244	26	19	24	29	1.98
14773535--14773567	16	2.1	16	88	5	50	33	39	15	12	1.84
14774417--14774543	57	2.2	57	87	0	182	32	19	18	29	1.96
14778553--14778582	15	1.9	16	93	6	53	20	40	0	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14781419--14781526	27	4.1	27	82	10	125	37	22	24	15	1.93
14781603--14781653	25	2.0	25	100	0	102	41	19	7	31	1.80
14783740--14783825	38	2.2	38	79	2	91	44	1	13	40	1.52
14788621--14788698	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
14788599--14789024	47	9.1	47	93	0	681	26	28	11	33	1.91
14788740--14788861	22	5.3	22	63	27	65	25	29	13	31	1.93
14791828--14791859	16	2.0	16	100	0	64	37	0	0	62	0.95
14792105--14792145	16	2.6	16	92	0	64	29	31	7	31	1.85
14801600--14801669	28	2.5	28	84	9	90	31	25	14	28	1.95
14805304--14805520	78	2.8	78	85	5	303	29	27	22	20	1.98
14805304--14805498	39	5.0	39	93	2	295	30	27	22	20	1.98
14810620--14810655	18	2.0	18	94	0	63	47	16	8	27	1.75
14810798--14811021	39	5.8	39	90	1	299	33	27	18	20	1.96
14822321--14822353	13	2.5	13	100	0	66	27	12	30	30	1.92
14823355--14823418	30	2.2	29	91	2	101	28	15	21	34	1.94
14825688--14825863	50	3.5	49	78	7	158	30	26	17	26	1.97
14825688--14825874	101	1.9	99	83	4	241	29	27	17	25	1.98
14833658--14833721	30	2.2	29	91	8	103	28	15	21	34	1.94
14841163--14841208	20	2.3	21	85	7	60	32	8	2	56	1.42
14848447--14848575	65	2.0	65	90	0	204	27	12	24	36	1.91
14851583--14851767	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
14851564--14851767	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14853626--14854039	48	8.6	47	86	4	440	27	29	17	25	1.98
14853629--14854040	96	4.3	96	85	4	521	26	29	17	25	1.98
14870323--14870618	40	7.5	40	93	2	456	26	26	22	25	2.00
14874618--14874879	40	6.6	40	89	1	375	25	25	21	27	2.00
14879450--14879573	39	3.2	39	89	0	176	29	20	23	26	1.98
14879450--14879594	78	1.8	79	82	4	186	30	20	23	26	1.98
14886249--14886385	39	3.5	39	84	5	170	27	20	26	25	1.99
14892334--14892360	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
14913246--14913295	22	2.2	22	89	3	73	32	2	16	50	1.56
14917846--14917890	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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