genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12592611--12592668	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
12593006--12593369	94	3.9	96	77	11	387	28	22	28	20	1.99
12593006--12593369	47	7.7	45	72	12	234	28	22	28	20	1.99
12600613--12600974	94	3.8	94	77	10	348	28	21	28	21	1.99
12600611--12600930	47	6.9	45	70	15	159	28	21	28	21	1.99
12606598--12606838	90	2.7	91	92	1	396	24	6	22	46	1.75
12608143--12608254	39	2.8	40	76	12	124	29	18	21	30	1.97
12608500--12608551	21	2.4	21	78	9	52	26	1	25	46	1.63
12608561--12608595	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
12608612--12608662	21	2.4	21	96	0	93	19	1	41	37	1.63
12608657--12608697	14	2.9	14	81	0	55	21	0	26	51	1.48
12609197--12609223	14	1.9	14	100	0	54	14	0	51	33	1.43
12609383--12609434	25	2.2	23	83	13	61	46	3	1	48	1.31
12611701--12611742	20	2.1	20	100	0	84	19	14	14	52	1.75
12613467--12613517	24	2.1	24	92	7	86	64	3	0	31	1.11
12613486--12613537	20	2.5	20	76	14	52	65	3	1	28	1.21
12613516--12613562	14	3.4	14	79	2	51	59	2	4	34	1.29
12613676--12613808	43	3.1	42	81	5	124	27	15	22	34	1.95
12624994--12625067	36	2.1	36	89	0	112	33	4	8	54	1.49
12627269--12627390	37	3.2	37	80	5	111	41	15	4	37	1.69
12635750--12635775	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
12636273--12636339	30	2.2	30	83	0	80	25	44	20	8	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12636394--12636435	18	2.3	18	87	0	57	19	28	7	45	1.76
12636844--12637343	128	3.9	130	90	3	739	35	3	5	56	1.40
12640255--12640688	126	3.5	126	90	0	654	29	18	15	37	1.91
12640818--12640852	16	2.1	17	89	5	54	57	34	0	8	1.29
12641932--12642064	70	1.9	67	84	4	176	33	12	11	42	1.79
12642673--12642732	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
12644382--12644507	22	5.5	23	77	10	116	35	18	22	23	1.95
12646127--12646156	14	2.1	14	100	0	60	36	6	13	43	1.70
12650215--12650604	159	2.5	154	85	8	513	40	10	4	45	1.58
12650950--12650984	9	3.9	9	84	0	52	51	0	14	34	1.42
12662459--12662544	36	2.4	36	86	5	111	15	11	36	37	1.83
12663350--12663493	76	1.9	75	90	4	227	23	21	28	26	1.99
12670440--12670474	3	11.3	3	87	6	52	28	0	0	71	0.86
12670439--12670474	16	2.3	15	95	4	63	27	0	0	72	0.85
12670443--12670474	13	2.5	13	95	5	57	28	0	0	71	0.86
12670966--12671151	60	3.1	59	76	8	180	22	21	31	24	1.98
12687719--12687807	44	2.0	44	97	0	169	28	3	25	42	1.71
12697275--12697445	47	3.6	46	77	10	157	33	7	29	29	1.85
12713392--12713576	80	2.3	80	82	9	218	27	27	20	24	1.99
12713394--12713576	40	4.6	40	83	6	194	27	27	20	24	1.99
12715936--12716289	40	8.9	40	92	0	559	24	21	27	25	1.99
12716297--12716464	57	2.9	57	85	1	212	24	16	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12716307--12716453	29	5.2	27	73	11	116	23	16	27	32	1.96
12720090--12720260	47	3.6	46	77	10	157	33	7	29	29	1.85
12723879--12723976	49	2.0	49	96	4	180	30	7	16	45	1.74
12726408--12726445	20	1.9	20	100	0	76	42	7	0	50	1.31
12730381--12730551	83	2.1	83	84	4	220	22	21	26	29	1.99
12733401--12733450	21	2.4	21	80	6	57	28	36	12	24	1.91
12739799--12739904	20	5.3	20	68	8	81	16	31	15	37	1.89
12739786--12739904	40	3.0	40	89	0	184	16	29	15	37	1.90
12750404--12750431	6	4.7	6	100	0	56	0	0	14	85	0.59
12767138--12767325	79	2.4	80	88	1	297	24	20	26	28	1.99
12767138--12767318	40	4.6	40	91	1	283	24	20	26	28	1.99
12800651--12800696	22	2.1	22	84	4	58	69	2	4	23	1.17
12811798--12812212	203	2.0	203	86	1	573	16	27	26	29	1.97
12817567--12817615	23	2.1	23	82	14	57	67	4	8	20	1.34
12823133--12823188	5	11.6	5	88	3	71	16	0	3	80	0.85
12823144--12823188	18	2.7	17	87	12	67	17	0	0	82	0.68
12823145--12823194	23	2.2	23	89	7	75	22	0	0	78	0.76
12830986--12831012	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
12836463--12836525	22	3.1	22	65	25	66	36	26	20	15	1.93
12836460--12836552	38	2.4	38	98	0	177	37	26	19	16	1.92
12839853--12839971	55	2.2	54	85	5	159	26	29	22	21	1.99
12840738--12841047	47	6.6	47	72	9	213	23	28	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12840738--12841044	141	2.2	140	80	6	325	23	28	19	28	1.98
12840832--12841096	94	2.8	94	82	3	306	24	28	19	27	1.99
12843054--12843231	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
12843075--12843230	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12853185--12853407	49	4.7	48	71	12	147	24	28	18	28	1.98
12853322--12853444	47	2.6	47	83	3	167	26	28	17	26	1.98
12863762--12863820	18	3.3	18	75	0	55	32	27	1	38	1.67
12865656--12865759	51	2.0	51	96	0	190	36	17	20	25	1.94
12870687--12870746	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
12870799--12870850	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
12881154--12881201	24	2.0	24	84	8	62	58	2	10	29	1.43
12881211--12881281	30	2.4	30	80	0	79	57	4	7	30	1.44
12881391--12881556	3	54.7	3	76	9	113	60	1	6	31	1.33
12881388--12881536	26	5.8	26	71	13	103	61	2	7	28	1.34
12881384--12881476	29	3.0	30	77	13	91	59	1	9	30	1.37
12881617--12881651	3	11.7	3	87	0	52	60	0	5	34	1.21
12883021--12883116	49	2.0	49	100	0	192	39	12	16	31	1.86
12886808--12886852	15	3.2	13	77	22	54	46	0	2	51	1.13
12886806--12886865	30	2.0	30	86	0	84	48	0	3	48	1.18
12890108--12890187	42	1.9	42	92	0	133	11	18	25	45	1.83
12890116--12890200	42	2.0	42	88	0	125	10	20	25	43	1.83
12890479--12890619	41	3.5	41	84	4	135	34	19	23	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12890509--12890638	41	3.2	40	89	4	172	35	21	22	20	1.96
12891212--12891260	22	2.2	22	78	7	55	28	2	18	51	1.58
12891511--12891573	7	9.0	7	75	6	56	15	0	38	46	1.47
12896006--12896120	43	2.7	43	75	4	133	23	15	25	35	1.94
12896625--12896650	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
12898184--12898237	21	2.7	20	82	5	72	40	11	3	44	1.58
12899042--12899080	20	2.0	20	89	0	60	43	17	2	35	1.63
12899199--12899313	20	5.8	20	81	4	142	40	17	6	35	1.77
12899187--12899313	60	2.2	59	84	5	159	42	16	6	34	1.74
12900629--12900800	93	1.8	93	89	0	272	27	30	20	21	1.98
12900621--12900796	46	3.8	46	78	10	178	28	29	20	21	1.98
12904660--12904710	17	3.0	16	83	11	57	17	9	0	72	1.11
12904748--12904799	13	3.8	13	78	11	52	69	3	0	26	1.06
12905440--12905484	22	2.0	22	83	8	56	35	2	4	57	1.31
12907761--12907823	20	3.1	20	81	4	65	33	19	1	46	1.59
12907858--12907972	20	5.8	20	74	8	83	38	16	3	41	1.65
12907877--12907972	40	2.4	40	84	3	113	37	15	4	42	1.66
12908045--12908339	20	14.8	20	70	6	141	40	14	7	36	1.76
12908039--12908176	60	2.3	60	83	3	163	44	16	5	33	1.72
12907755--12908212	187	2.4	187	81	3	508	39	16	4	38	1.70
12908224--12908352	40	3.3	39	80	4	134	38	13	7	40	1.73
12908235--12908335	39	2.5	40	85	1	132	36	12	9	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12908410--12908542	20	6.7	20	74	6	92	36	13	6	43	1.69
12916323--12916450	51	2.5	51	83	2	159	22	26	12	38	1.90
12919816--12920077	46	5.5	46	76	9	199	28	19	28	24	1.98
12919816--12920079	94	2.8	94	81	8	311	28	19	28	23	1.98
12925838--12926050	46	4.5	46	79	8	216	28	18	28	24	1.98
12925838--12926050	94	2.3	94	86	7	290	28	18	28	24	1.98
12926456--12926511	19	2.9	19	100	0	112	37	10	16	35	1.83
12926456--12926534	19	3.8	22	90	6	89	36	8	16	37	1.80
12935808--12936396	220	2.7	220	90	1	939	32	18	21	27	1.96
12936338--12936632	78	3.8	78	86	1	412	31	18	24	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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