genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  36  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9414242--9414371	19	6.7	21	80	12	68	39	16	8	36	1.79
9414242--9414299	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
9414278--9414403	35	3.5	36	89	7	193	36	15	11	37	1.83
9414278--9414403	54	2.3	54	100	0	252	36	15	11	37	1.83
9414292--9414401	17	6.5	15	87	8	87	36	15	10	37	1.83
9414278--9414403	19	6.9	19	89	10	210	36	15	11	37	1.83
9414795--9414960	87	1.9	87	80	4	192	27	21	18	33	1.96
9414684--9415173	261	1.9	261	87	3	736	26	23	17	32	1.97
9415030--9415775	205	3.7	205	94	1	1297	28	22	18	30	1.97
9417363--9417444	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
9424380--9424404	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
9424400--9424481	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
9427393--9427443	24	2.1	24	92	0	84	33	1	7	56	1.39
9442488--9442521	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
9443255--9443288	10	3.4	10	91	0	59	58	0	8	32	1.29
9443253--9443298	20	2.3	19	82	10	56	63	0	8	28	1.24
9444973--9445008	6	6.0	6	100	0	72	83	0	0	16	0.65
9447936--9447969	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
9448688--9448721	10	3.4	10	95	0	59	64	0	8	26	1.22
9448688--9448733	10	4.6	10	91	5	58	65	2	6	26	1.28
9450799--9450838	7	5.7	7	93	0	71	17	40	0	42	1.49
9458236--9458296	30	2.0	30	93	0	104	27	47	3	21	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9458901--9458976	25	2.9	27	76	7	84	38	5	2	53	1.37
9458911--9458982	16	4.1	18	71	22	55	37	2	1	58	1.21
9458938--9459003	34	2.0	33	84	3	87	34	4	3	57	1.34
9458992--9459050	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
9459008--9459056	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
9459212--9459259	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
9459212--9459263	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
9463088--9463209	63	1.9	63	93	0	208	28	22	13	35	1.92
9465503--9465603	34	3.0	33	76	12	105	43	1	15	38	1.59
9465688--9466180	251	2.0	252	85	2	679	37	16	17	28	1.91
9465661--9466183	126	4.2	125	85	1	616	37	16	17	29	1.91
9468247--9468334	40	2.2	40	85	0	122	29	18	22	29	1.97
9468266--9468399	40	3.3	40	85	9	166	26	18	25	29	1.98
9472560--9472616	25	2.3	23	77	13	60	49	5	1	43	1.35
9473037--9473079	18	2.4	18	88	0	59	44	9	25	20	1.81
9474806--9474874	30	2.3	30	94	0	120	42	1	26	30	1.64
9485250--9485308	25	2.4	24	82	2	64	10	8	27	54	1.63
9485386--9485519	34	4.0	33	76	8	119	46	1	11	40	1.50
9496482--9496570	47	2.0	44	84	8	117	47	2	7	42	1.45
9498760--9498817	26	2.2	26	96	0	107	34	6	24	34	1.82
9504811--9504913	44	2.3	43	80	9	111	31	20	14	33	1.93
9505366--9505399	14	2.4	14	95	0	59	58	5	17	17	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9505384--9505685	71	4.2	72	81	5	374	33	19	16	30	1.94
9506501--9506582	42	2.0	42	87	4	121	12	23	14	50	1.76
9517786--9517853	27	2.5	29	69	23	67	48	8	7	35	1.62
9518278--9518359	35	2.3	35	85	10	105	59	3	2	34	1.28
9518279--9518344	26	2.6	24	80	15	71	60	4	1	33	1.26
9518299--9518359	16	3.6	16	77	12	59	62	3	3	31	1.27
9518314--9518405	47	1.9	48	82	10	118	58	1	4	35	1.25
9518480--9518712	3	76.0	3	66	18	56	59	5	3	32	1.36
9518595--9518651	16	3.6	16	86	6	73	63	7	3	26	1.36
9518593--9518712	3	39.0	3	68	14	57	61	5	3	29	1.35
9519284--9519316	17	1.9	17	88	11	50	81	6	12	0	0.85
9520457--9520516	17	3.2	18	86	13	77	35	15	10	40	1.80
9520636--9520664	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
9524698--9524742	21	2.1	22	87	4	65	64	2	4	28	1.25
9535641--9535724	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
9550805--9550854	19	2.6	19	79	14	59	14	8	0	78	0.97
9551138--9551178	21	2.0	21	90	0	64	31	2	2	63	1.20
9555167--9555337	93	1.8	93	83	2	227	32	28	19	20	1.97
9565937--9566017	40	2.0	40	97	0	153	30	4	20	43	1.73
9566392--9566455	13	4.8	13	72	11	58	12	10	0	76	1.02
9566389--9566455	26	2.6	24	77	15	71	13	10	0	76	1.03
9580292--9580332	17	2.3	17	87	8	55	14	7	0	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9589850--9589894	23	1.9	24	82	13	58	64	2	15	17	1.39
9593943--9594109	43	3.9	44	81	7	182	28	14	25	31	1.95
9595851--9595884	9	3.8	9	88	0	50	50	2	0	47	1.16
9602196--9602241	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
9602225--9602262	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
9617838--9617888	23	2.2	23	96	0	93	27	9	23	39	1.86
9623488--9623532	4	10.8	4	83	4	54	73	4	2	20	1.11
9623488--9623541	26	2.1	26	96	0	99	70	3	3	22	1.19
9623577--9623843	3	88.0	3	69	10	105	61	3	7	26	1.39
9623685--9623729	22	2.2	20	84	8	54	64	2	8	24	1.34
9625225--9625250	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
9625305--9625514	41	5.1	41	89	0	287	31	24	21	21	1.98
9626547--9626585	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
9628496--9628535	19	2.0	20	90	4	64	17	15	20	47	1.83
9629279--9629359	42	1.9	42	100	0	162	49	7	8	34	1.62
9629927--9629955	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
9630604--9630643	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
9636842--9637232	43	9.0	43	82	6	486	28	17	21	32	1.96
9636842--9637232	87	4.5	85	85	5	457	28	17	21	32	1.96
9636850--9637232	130	3.0	129	88	2	538	28	17	20	32	1.96
9637232--9637371	43	3.3	43	80	5	160	23	20	25	31	1.98
9648603--9648628	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9649033--9649074	22	1.9	22	85	0	57	61	2	2	33	1.21
9652204--9652278	33	2.2	32	80	13	80	50	0	2	46	1.15
9652728--9652780	20	2.6	21	82	5	65	47	0	0	52	1.00
9652715--9652782	21	3.3	21	78	10	70	47	1	0	51	1.09
9657431--9657516	32	2.7	31	83	15	90	29	1	3	66	1.16
9657432--9657486	20	2.7	20	76	18	60	27	0	3	69	1.05
9657504--9657550	21	2.3	20	82	10	60	31	0	4	63	1.13
9659586--9659729	10	14.0	10	64	25	52	34	3	0	61	1.18
9659599--9659729	3	41.3	3	68	22	56	33	3	0	62	1.16
9659589--9659865	17	16.0	17	65	23	75	34	4	0	60	1.22
9659635--9659703	27	2.6	27	78	19	74	30	2	1	65	1.16
9659566--9659709	33	4.2	33	76	12	105	33	4	0	61	1.22
9659662--9659729	27	2.7	25	78	15	70	35	1	1	61	1.14
9661505--9661597	14	6.2	14	72	18	64	55	1	8	34	1.37
9661809--9661841	8	4.2	8	88	7	50	66	0	0	33	0.92
9661803--9661841	20	2.0	20	89	0	60	66	0	0	33	0.92
9662350--9662374	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
9663576--9664026	86	5.2	85	66	18	282	25	19	20	33	1.97
9663662--9663940	89	3.2	88	68	18	272	26	20	20	33	1.97
9663524--9664075	175	3.2	175	93	1	910	26	19	19	33	1.96
9663628--9664159	93	6.0	92	68	20	236	25	19	21	32	1.97
9672625--9673554	484	1.9	484	95	0	1698	18	28	15	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9676773--9676863	14	6.2	14	71	18	62	57	1	8	32	1.37
9676790--9676857	17	4.1	16	72	9	55	58	1	7	32	1.34
9677072--9677104	8	4.2	8	88	7	50	66	0	0	33	0.92
9677066--9677104	20	2.0	20	89	0	60	66	0	0	33	0.92
9677619--9677643	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
9685649--9685701	26	2.0	26	96	0	97	11	30	9	49	1.70
9686046--9686130	16	5.5	15	71	12	64	4	10	21	63	1.44
9686055--9686226	32	5.5	31	72	16	131	8	8	20	62	1.48
9686046--9686244	63	3.2	63	93	0	328	7	9	20	62	1.50
9686084--9686237	15	9.9	15	71	14	91	7	9	20	62	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255