genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24532903--24533109	53	3.8	53	74	6	166	40	16	22	20	1.91
24541106--24541159	27	2.0	26	82	10	65	25	20	22	31	1.98
24544428--24544525	40	2.5	40	91	1	162	23	23	26	26	2.00
24549795--24549824	13	2.3	13	100	0	60	20	33	40	6	1.78
24566800--24566848	25	2.0	25	84	8	64	51	14	18	16	1.77
24568732--24568784	27	2.0	27	81	3	63	35	9	26	28	1.87
24568769--24568838	27	2.6	27	86	0	104	28	18	24	28	1.98
24572451--24572657	27	7.6	27	94	3	342	26	14	28	30	1.94
24572451--24572657	55	3.8	55	96	0	369	26	14	28	30	1.94
24579252--24579429	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24579273--24579428	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24582995--24583172	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
24582996--24583151	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
24582992--24583172	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96
24598968--24599145	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
24598969--24599124	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
24598965--24599145	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96
24607057--24607234	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
24607058--24607213	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
24607054--24607234	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96
24615778--24616073	40	7.4	40	91	1	411	26	26	22	24	2.00
24624049--24624073	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24624307--24624449	72	2.0	71	98	1	277	13	23	7	54	1.65
24628004--24628028	13	1.9	13	100	0	50	12	32	40	16	1.84
24640476--24640653	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
24640477--24640632	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
24640473--24640653	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
24640558--24640664	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
24648609--24648786	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24648610--24648765	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24648606--24648786	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24648691--24648797	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
24656314--24656352	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
24657915--24657961	17	2.8	17	74	3	51	8	8	4	78	1.07
24661751--24661855	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
24667564--24667741	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
24667570--24667741	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
24667597--24667774	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
24674912--24675089	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
24674918--24675089	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
24674945--24675122	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
24683697--24683730	15	2.3	15	89	0	50	76	0	14	8	1.01
24685902--24686231	35	9.3	35	71	8	130	22	20	23	33	1.97
24685894--24686219	177	1.8	178	86	2	476	22	20	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24689431--24689483	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
24695234--24695447	40	5.4	40	88	6	294	26	26	21	25	2.00
24703252--24703461	40	5.4	39	88	6	284	26	26	21	25	2.00
24703284--24703464	78	2.3	79	93	3	305	26	27	23	23	2.00
24703284--24703464	40	4.6	40	91	6	291	26	27	23	23	2.00
24711271--24711403	39	3.7	38	85	11	190	25	29	22	22	1.99
24711413--24711447	18	2.1	16	89	10	52	48	20	5	25	1.71
24713282--24713386	55	2.0	53	88	7	160	23	10	16	49	1.76
24714128--24714289	34	4.7	34	87	0	216	33	22	16	27	1.95
24714608--24714640	16	1.9	18	88	11	52	33	24	0	42	1.55
24718629--24718732	38	2.7	39	73	7	104	30	27	20	21	1.98
24719827--24719870	17	2.4	18	88	7	63	13	9	4	72	1.24
24723092--24723148	3	19.7	3	92	7	100	35	0	0	64	0.93
24723534--24723572	19	2.1	19	100	0	78	43	0	5	51	1.24
24723538--24723582	19	2.4	19	88	7	65	44	0	2	53	1.13
24740944--24741126	40	4.6	40	93	4	300	26	27	23	22	2.00
24746630--24746681	20	2.6	20	73	11	61	36	3	0	59	1.16
24748187--24748321	56	2.4	56	87	2	191	30	16	21	31	1.95
24748224--24748347	56	2.2	56	81	2	142	29	17	25	28	1.98
24754674--24754715	20	2.0	21	82	13	52	50	7	14	28	1.69
24766642--24766778	56	2.4	56	91	0	220	27	16	23	32	1.96
24769925--24769957	12	2.8	12	86	4	50	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24770083--24770145	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
24774267--24774378	14	7.7	15	69	16	76	44	9	3	41	1.55
24774267--24774383	29	4.1	29	84	2	137	44	10	4	41	1.58
24774799--24774829	14	2.2	14	100	0	62	41	45	0	12	1.42
24777560--24777618	29	2.0	29	100	0	118	55	13	13	16	1.68
24779364--24779540	27	6.6	27	82	4	169	30	27	15	26	1.96
24779364--24779540	55	3.3	54	81	4	196	30	27	15	26	1.96
24779385--24779539	82	1.9	80	85	5	213	30	27	15	26	1.96
24787471--24787647	27	6.6	27	82	4	169	30	27	15	26	1.96
24787471--24787647	55	3.3	54	81	4	196	30	27	15	26	1.96
24787492--24787646	82	1.9	80	85	5	213	30	27	15	26	1.96
24789629--24789676	19	2.6	19	80	9	55	72	8	6	12	1.26
24795922--24795962	16	2.4	18	88	8	59	34	4	0	60	1.18
24798907--24799125	46	4.7	46	76	7	176	21	27	20	31	1.98
24803506--24803540	18	1.9	18	88	0	52	25	14	28	31	1.95
24804266--24804345	34	2.4	34	91	2	126	23	23	15	37	1.93
24813162--24813186	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
24815467--24815643	27	6.6	27	82	5	196	27	15	27	29	1.96
24815467--24815643	55	3.3	54	82	4	205	27	15	27	29	1.96
24815464--24815643	82	2.2	80	82	3	218	27	15	27	30	1.96
24823149--24823371	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
24823224--24823406	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24837007--24837209	39	5.2	39	91	4	329	23	22	25	28	1.99
24838733--24838816	31	2.7	31	88	1	134	26	27	17	28	1.98
24838839--24838930	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
24839078--24839147	24	2.8	25	82	6	88	22	22	25	28	1.99
24839953--24840030	27	2.9	26	74	14	77	23	19	19	38	1.93
24840002--24840068	33	2.0	33	97	0	125	19	11	19	49	1.79
24840082--24840317	27	8.7	27	80	5	208	30	8	19	40	1.82
24840153--24840350	54	3.6	54	84	2	218	29	9	20	40	1.84
24840101--24840317	81	2.7	81	82	2	247	31	8	19	41	1.81
24840101--24840350	81	3.1	81	80	3	243	31	9	18	40	1.83
24840167--24840350	27	6.8	27	81	4	183	28	10	20	40	1.85
24840340--24840440	27	3.8	25	79	11	87	39	7	21	30	1.82
24840353--24840440	27	3.3	26	84	6	113	39	5	25	29	1.78
24840339--24840465	54	2.4	53	81	9	157	36	8	23	31	1.85
24857007--24857248	50	4.9	49	78	10	195	25	19	26	29	1.98
24864474--24864710	50	4.7	50	76	7	221	25	17	26	31	1.97
24870086--24870457	48	7.8	48	88	1	507	25	17	30	27	1.97
24874464--24874641	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24874485--24874640	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24890638--24890810	46	3.7	46	76	10	190	21	20	27	30	1.98
24890635--24890805	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
24894495--24894552	30	1.9	30	86	6	82	20	31	29	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24909041--24909118	39	2.0	40	85	7	108	24	32	23	20	1.98
24909052--24909134	39	2.1	39	90	0	130	22	28	21	26	1.99
24909779--24909819	21	2.0	21	95	0	73	46	12	2	39	1.54
24911779--24911817	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
24916276--24916399	28	4.4	28	92	1	185	26	12	27	33	1.93
24923988--24924111	28	4.4	28	91	1	176	26	12	26	33	1.93
24925664--24925753	18	5.1	18	80	8	94	45	14	17	22	1.85
24925664--24925749	35	2.4	36	82	5	113	46	13	17	22	1.83
24926055--24926158	27	3.9	27	89	0	163	39	20	14	25	1.90
24926027--24926158	54	2.4	54	85	0	174	38	19	15	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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