genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19041311--19041414	48	2.2	48	84	1	138	34	18	3	43	1.68
19045673--19045794	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
19045645--19046241	47	12.6	47	91	2	835	27	29	9	33	1.88
19045645--19046241	96	6.3	95	92	1	841	27	29	9	33	1.88
19047510--19047688	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
19048860--19049260	40	10.1	40	91	0	615	25	27	21	24	1.99
19049316--19049388	38	1.9	38	86	5	103	24	24	19	31	1.98
19053933--19054200	40	6.7	40	95	0	455	30	20	26	21	1.98
19055593--19056236	47	13.6	47	93	1	918	27	29	9	33	1.88
19057500--19057678	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
19063366--19063404	13	3.0	13	92	0	60	17	28	41	12	1.87
19078658--19078730	28	2.6	28	86	4	94	32	21	26	19	1.97
19085908--19085980	29	2.6	29	91	2	112	34	23	24	17	1.96
19087370--19087463	47	2.0	47	81	10	111	23	36	4	36	1.75
19087394--19087463	24	3.0	24	91	4	115	25	37	1	35	1.65
19088581--19088630	17	2.9	17	79	5	57	20	18	22	40	1.92
19093152--19093213	20	3.0	20	86	6	81	51	11	11	25	1.71
19094157--19094186	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
19094153--19094215	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
19098377--19098426	25	2.0	25	92	0	82	30	10	10	50	1.69
19101250--19101282	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
19102630--19102940	72	4.3	71	81	2	363	54	14	6	25	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19103366--19103416	18	2.8	18	90	0	84	41	11	11	35	1.78
19114347--19114389	18	2.4	18	96	0	77	32	9	16	41	1.80
19116256--19116295	12	3.3	12	89	0	62	10	12	42	35	1.76
19121609--19122042	81	5.4	81	83	6	420	28	13	10	47	1.75
19121665--19122153	77	6.2	76	78	9	332	29	12	10	48	1.73
19121665--19122065	161	2.5	158	79	7	418	29	12	9	48	1.73
19121665--19122076	160	2.6	158	78	10	410	28	12	9	49	1.72
19121665--19122153	160	3.1	155	78	6	371	29	12	10	48	1.73
19123468--19123516	22	2.3	22	85	3	64	20	36	28	14	1.92
19128883--19129062	77	2.3	78	78	9	181	35	14	12	37	1.84
19133525--19133559	18	1.9	18	88	0	52	57	0	0	42	0.99
19138552--19138607	6	9.3	6	98	0	94	35	0	64	0	0.94
19142398--19142525	47	2.8	46	83	9	156	23	27	19	29	1.98
19143345--19143394	25	2.0	25	96	0	91	54	0	26	20	1.45
19149225--19149354	25	5.2	25	94	0	215	26	13	11	48	1.76
19149244--19149354	12	8.9	12	64	7	51	26	13	12	47	1.78
19150192--19150456	45	6.0	45	86	2	349	24	20	27	27	1.99
19150258--19150497	45	5.5	42	83	7	125	27	19	27	25	1.99
19156958--19157082	25	5.0	25	89	0	169	27	14	8	49	1.72
19157916--19158046	45	3.0	45	84	5	153	26	22	26	24	2.00
19160361--19160583	47	4.8	47	77	10	190	22	29	18	29	1.97
19163046--19163115	30	2.3	30	80	9	88	37	14	21	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19164682--19164756	39	1.9	39	83	5	98	26	30	13	29	1.94
19171941--19172055	29	4.0	29	80	8	112	29	14	29	26	1.95
19176358--19176472	29	4.0	28	82	4	131	26	15	29	27	1.96
19180779--19180852	28	2.6	29	82	4	87	28	17	25	28	1.98
19183650--19183688	21	1.9	21	94	5	71	10	38	30	20	1.86
19185399--19185582	48	3.8	47	81	7	210	27	29	15	27	1.96
19186548--19186598	27	1.9	26	92	4	84	39	19	15	25	1.91
19192512--19192752	49	4.9	49	81	5	286	24	18	26	29	1.98
19195792--19195950	27	5.9	27	82	11	184	33	21	25	19	1.97
19195810--19195953	54	2.7	54	93	2	245	34	22	25	18	1.96
19197544--19197598	26	2.2	25	96	3	101	36	25	7	30	1.83
19202659--19202799	27	5.2	27	83	11	182	35	23	23	17	1.95
19202659--19202799	54	2.6	55	92	5	234	35	23	23	17	1.95
19204348--19204455	26	4.2	26	95	0	198	35	26	7	30	1.84
19204788--19204966	48	3.7	48	90	0	277	27	31	16	24	1.96
19212658--19212716	30	2.0	30	83	6	75	47	13	6	32	1.69
19216422--19216507	27	3.2	27	98	0	163	18	29	37	15	1.91
19216902--19216966	34	1.9	33	84	3	85	30	23	26	20	1.98
19217799--19217855	29	2.0	29	82	6	71	36	14	17	31	1.89
19234518--19234715	56	3.6	56	90	1	292	26	12	23	36	1.91
19236338--19236400	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
19241134--19241212	18	4.3	18	80	7	61	43	12	10	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19241127--19241215	36	2.4	37	77	1	108	40	12	10	37	1.77
19241145--19241212	18	3.7	18	82	2	82	44	11	7	36	1.69
19241340--19241452	47	2.4	47	89	1	163	41	21	19	17	1.90
19244360--19244394	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
19251344--19251440	38	2.6	38	88	0	131	21	24	26	26	1.99
19251356--19251451	38	2.5	38	86	0	120	22	19	27	30	1.98
19251444--19251555	43	2.6	43	98	0	215	9	25	33	30	1.88
19253088--19253191	48	2.2	48	82	6	122	29	22	30	17	1.96
19256782--19256900	38	3.1	38	90	2	166	21	22	26	29	1.99
19256898--19256979	43	1.9	43	87	0	119	13	25	31	29	1.94
19262012--19262137	42	2.9	44	80	8	143	31	26	17	24	1.97
19266917--19266971	27	2.0	27	100	0	110	23	21	10	43	1.84
19271281--19271327	18	2.6	19	83	10	71	23	42	17	17	1.88
19272507--19272548	16	2.6	16	100	0	84	19	11	11	57	1.65
19275386--19275429	21	2.1	21	86	0	61	13	9	0	77	0.99
19275421--19275481	13	4.5	13	76	13	61	37	1	1	59	1.17
19293898--19293934	19	1.9	19	88	0	56	51	8	0	40	1.32
19296687--19296745	30	2.0	29	87	6	84	28	10	10	50	1.68
19297318--19297380	20	3.2	20	65	13	58	61	14	7	15	1.54
19297333--19297399	19	3.5	19	66	11	55	58	17	5	17	1.59
19297303--19297418	39	3.0	39	94	0	196	58	15	8	17	1.61
19297648--19297749	3	35.3	3	80	7	104	2	30	1	64	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19297693--19297740	14	3.4	14	91	0	69	4	25	2	68	1.18
19299214--19299314	43	2.4	43	81	5	116	23	20	24	30	1.99
19299197--19299314	43	2.8	42	75	8	114	25	19	24	30	1.98
19301003--19301041	7	5.4	7	93	6	69	12	0	0	87	0.55
19301003--19301042	15	2.7	15	96	3	73	12	0	0	87	0.54
19300998--19301041	22	2.0	23	95	4	81	13	0	0	86	0.57
19305994--19306093	28	3.6	29	77	8	100	26	16	30	28	1.96
19312163--19312337	46	3.8	45	80	10	201	28	29	21	21	1.98
19314188--19314230	10	3.5	13	78	21	56	51	6	0	41	1.29
19314188--19314260	23	3.2	22	84	9	101	49	5	1	43	1.34
19314253--19314293	7	6.1	7	77	11	50	65	0	0	34	0.93
19314257--19314293	13	2.8	13	100	0	74	67	0	0	32	0.91
19321554--19321669	58	2.0	58	100	0	232	25	29	12	32	1.92
19325722--19325751	15	1.9	16	93	6	53	13	0	36	50	1.42
19325740--19326156	142	2.8	142	81	8	446	36	1	18	42	1.61
19326219--19326611	127	3.1	126	85	5	512	41	14	15	27	1.87
19330311--19330371	30	2.0	30	96	0	113	8	16	45	29	1.76
19330868--19330899	7	4.6	7	92	0	55	62	9	0	28	1.26
19335532--19335592	30	2.0	30	93	0	104	8	14	45	31	1.74
19336089--19336127	7	5.6	7	93	0	69	61	10	0	28	1.28
19340079--19340109	9	3.4	9	90	0	53	64	0	0	35	0.94
19343963--19344015	24	2.2	23	80	9	61	52	0	11	35	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19348623--19348801	48	3.7	48	91	0	277	24	20	29	26	1.99
19348622--19348801	96	1.9	96	92	0	306	24	20	29	26	1.99
19350046--19350081	19	1.9	18	94	5	63	25	25	38	11	1.88
19358348--19358620	48	5.7	48	89	1	361	23	16	31	28	1.96
19358348--19358620	144	1.9	144	88	3	415	23	16	31	28	1.96
19360488--19360559	36	2.0	36	97	0	135	38	23	2	34	1.70
19374310--19374422	48	2.4	48	93	0	190	31	27	4	36	1.77
19386630--19386719	43	2.1	43	89	0	135	27	11	22	38	1.88
19393262--19393439	51	3.5	52	86	4	231	26	14	28	29	1.95
19399686--19399863	48	3.7	48	83	0	214	25	17	26	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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