genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69950462--69950574	58	2.0	57	82	1	136	26	30	14	29	1.95
69950790--69950841	8	6.4	8	75	4	50	7	15	21	55	1.64
69950790--69950841	25	2.1	24	85	3	68	7	15	21	55	1.64
69950790--69950841	16	3.2	16	81	5	59	7	15	21	55	1.64
69952038--69952075	8	4.8	8	87	12	60	7	0	39	52	1.31
69953099--69953211	41	2.7	41	80	2	109	28	27	14	30	1.95
69953829--69953867	20	2.0	20	85	10	53	53	20	2	23	1.57
69954603--69954650	23	2.1	23	84	7	62	47	4	27	20	1.68
69957581--69957665	32	2.7	32	92	0	134	25	18	27	28	1.98
69970651--69970684	17	2.0	17	100	0	68	29	0	17	52	1.45
69973770--69973795	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
69993918--69994001	44	1.9	44	82	4	107	23	17	23	34	1.96
69994155--69994238	39	2.1	40	86	2	116	35	8	21	34	1.84
69994226--69994271	20	2.4	20	85	7	60	39	2	17	41	1.62
69995100--69995156	21	2.7	21	80	0	69	24	26	31	17	1.97
70000244--70000752	47	10.6	47	90	5	750	32	8	29	29	1.87
70000244--70000752	150	3.5	144	90	5	753	32	8	29	29	1.87
70002883--70002956	38	1.9	38	86	5	105	32	18	24	24	1.97
70003011--70003347	40	8.4	40	91	0	550	24	21	27	26	1.99
70003353--70003454	40	2.5	40	88	0	150	23	22	28	25	1.99
70003257--70003436	96	1.9	96	94	0	315	23	21	26	27	1.99
70003353--70003467	40	2.9	40	86	0	149	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70007051--70007503	47	9.6	47	93	1	728	32	8	29	29	1.87
70008744--70008865	46	2.6	46	87	5	174	27	19	29	22	1.98
70008744--70008914	47	3.7	45	82	8	157	28	18	29	23	1.98
70010035--70010073	21	1.9	21	89	5	62	12	38	28	20	1.89
70015775--70016036	47	5.6	46	78	6	208	27	20	28	22	1.99
70022928--70023090	47	3.5	47	77	10	165	28	18	27	25	1.98
70040972--70041246	50	5.7	49	75	8	251	28	18	29	24	1.98
70040972--70041216	95	2.6	95	91	0	382	27	18	28	24	1.98
70040988--70041297	95	3.3	90	81	10	295	26	18	29	25	1.98
70041030--70041297	145	1.8	144	80	6	317	27	18	29	24	1.98
70044370--70044547	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
70044396--70044546	82	1.9	81	88	4	232	29	27	15	27	1.96
70059579--70059654	36	2.1	36	82	0	89	21	15	28	34	1.94
70061132--70061156	12	2.1	12	100	0	50	84	8	0	8	0.79
70066111--70066148	19	2.0	19	89	0	58	15	5	13	65	1.43
70066968--70067030	22	2.7	22	75	7	63	74	9	9	6	1.21
70075060--70075109	22	2.3	22	93	3	84	12	40	28	20	1.87
70079537--70079574	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
70080877--70080919	18	2.3	19	84	8	52	72	2	25	0	0.97
70085359--70085410	22	2.4	22	96	0	95	44	13	3	38	1.62
70085689--70085735	5	9.6	5	78	21	55	40	0	0	59	0.97
70085688--70085733	8	5.5	8	87	7	65	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70085694--70085735	13	3.0	13	81	18	57	40	0	0	59	0.97
70090926--70091040	57	2.0	57	96	0	212	18	18	21	41	1.90
70092328--70092392	24	2.6	24	83	9	78	63	0	1	35	1.04
70092354--70092399	18	2.6	17	80	6	56	63	0	2	34	1.07
70094837--70094865	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
70094972--70095004	17	1.9	17	100	0	66	42	6	36	15	1.71
70098870--70098926	21	2.9	21	92	7	93	63	5	3	28	1.33
70099086--70099148	33	1.9	33	86	0	90	25	12	50	11	1.73
70101627--70101714	27	3.3	28	73	19	80	54	10	0	35	1.34
70101717--70101746	3	9.7	3	92	7	51	0	33	0	66	0.92
70101718--70101749	13	2.4	13	94	5	55	0	31	0	68	0.90
70102316--70102360	24	1.9	24	86	4	65	15	22	13	48	1.79
70105628--70105799	94	1.8	92	84	7	231	23	31	18	26	1.98
70105628--70105807	46	3.9	46	74	15	154	25	31	17	26	1.97
70109289--70109368	39	2.1	39	90	0	124	33	16	18	31	1.93
70110056--70110091	12	3.1	12	96	4	65	38	16	8	36	1.79
70113071--70113119	25	1.9	26	88	12	75	59	6	12	22	1.55
70113071--70113125	25	2.2	25	83	9	67	63	5	10	20	1.46
70131482--70131620	21	6.5	21	70	6	82	48	17	18	15	1.82
70131482--70131620	42	3.3	43	83	6	131	48	17	18	15	1.82
70136262--70136438	48	3.9	47	78	14	185	33	15	20	29	1.94
70136364--70136478	38	3.0	38	94	0	194	30	14	26	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70139861--70139920	31	1.9	31	82	0	75	25	16	30	28	1.97
70141446--70141495	26	1.9	26	87	0	73	36	26	14	24	1.93
70153041--70153065	12	2.1	12	100	0	50	28	8	24	40	1.83
70164215--70164247	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
70167147--70167193	6	7.8	6	90	0	67	78	2	4	14	0.99
70177126--70177305	48	3.9	48	81	7	219	28	16	24	30	1.97
70177237--70177330	42	2.2	42	84	0	125	31	13	23	30	1.93
70183541--70183577	18	2.1	18	100	0	74	16	21	18	43	1.88
70187598--70187628	12	2.6	12	89	0	53	90	0	9	0	0.46
70188642--70188682	17	2.3	18	88	12	59	41	14	2	41	1.59
70191730--70191988	41	6.4	41	89	1	369	35	22	22	20	1.96
70191687--70191988	123	2.5	121	85	4	394	36	21	22	20	1.95
70192146--70192197	14	3.7	14	81	0	59	26	0	25	48	1.52
70192157--70192238	21	3.7	21	74	15	76	29	1	25	43	1.62
70192161--70192254	46	2.0	46	95	0	170	30	2	23	43	1.65
70194327--70194442	58	2.0	58	100	0	232	29	10	22	37	1.87
70197307--70197498	43	4.4	43	86	0	258	27	17	26	28	1.98
70201435--70201648	55	4.0	53	80	7	209	37	16	23	21	1.93
70218596--70218872	54	5.0	54	80	7	279	38	16	23	22	1.93
70218596--70218876	108	2.6	109	83	5	325	38	16	23	22	1.93
70218596--70218862	59	4.9	54	81	7	268	37	16	23	22	1.94
70221390--70221606	49	4.6	49	72	13	177	27	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70221527--70221663	46	2.9	46	80	3	139	24	28	19	27	1.99
70228197--70228419	48	4.7	47	78	10	186	26	18	30	25	1.98
70228151--70228422	50	5.7	50	77	12	195	26	18	29	25	1.98
70229407--70229462	28	2.0	28	89	10	87	14	17	46	21	1.84
70241661--70241791	49	2.7	48	87	7	174	22	31	19	25	1.98
70249530--70249636	55	1.9	55	84	0	142	21	24	28	25	1.99
70253299--70253330	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
70265323--70265491	43	4.0	42	75	6	142	31	25	17	25	1.97
70269147--70269175	15	1.9	15	100	0	58	62	6	6	24	1.45
70269164--70269236	22	3.3	22	68	21	62	50	9	5	34	1.58
70270904--70270966	27	2.6	25	85	14	87	6	22	0	71	1.08
70270902--70270962	11	5.4	11	74	12	52	4	22	0	72	1.04
70270925--70270985	22	2.6	23	82	10	70	1	22	3	72	1.09
70270899--70270994	12	7.5	12	69	22	54	4	23	2	69	1.16
70271295--70271324	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
70280969--70281008	18	2.2	19	86	13	57	40	2	0	57	1.12
70281089--70281141	23	2.3	23	90	0	88	30	1	3	64	1.22
70284544--70284583	11	3.2	13	80	20	57	57	5	0	37	1.21
70294480--70294542	31	2.0	31	81	6	74	46	0	0	53	1.00
70294507--70294547	20	2.0	21	86	9	59	41	0	0	58	0.98
70295317--70295351	18	1.9	18	88	11	54	25	2	5	65	1.28
70295318--70295368	18	2.8	18	77	16	52	31	1	5	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70302611--70302649	19	2.0	20	90	5	62	61	0	38	0	0.96
70317480--70317661	48	3.8	47	74	5	159	28	20	27	23	1.99
70325740--70325771	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
70333894--70334933	44	23.6	44	63	18	292	35	22	21	20	1.96
70333802--70335006	88	13.7	88	86	3	1437	34	22	21	20	1.97
70333802--70335006	265	4.6	263	84	3	1503	34	22	21	20	1.97
70334386--70334536	43	3.5	43	72	15	157	35	25	21	18	1.96
70333807--70334980	527	2.2	526	88	3	1759	34	22	21	20	1.96
70335835--70335860	12	2.2	12	100	0	52	0	15	0	84	0.62
70336417--70336646	3	76.0	3	72	12	141	30	6	2	60	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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