Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  29  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7681987--7682235
87
2.9
87
84
5
292
34
9
19
37
1.84
7681987--7682236
88
2.9
87
84
5
285
34
9
19
37
1.83
7685621--7685646
11
2.4
11
100
0
52
26
7
19
46
1.77
7694390--7694429
19
2.2
18
95
4
71
42
15
2
40
1.60
7698200--7698310
43
2.6
43
95
0
195
21
34
19
24
1.97
7699352--7699623
138
2.0
138
92
1
456
48
15
9
27
1.75
7701256--7701297
15
2.9
14
85
7
57
19
0
2
78
0.86
7701265--7701297
7
4.6
7
96
3
57
15
0
0
84
0.61
7701608--7701640
7
4.7
7
100
0
66
45
39
0
15
1.46
7701798--7701841
7
6.3
7
86
0
61
31
52
0
15
1.44
7702051--7702124
29
2.6
28
81
8
78
67
6
5
20
1.34
7702348--7702483
41
3.3
40
84
7
168
19
22
23
35
1.96
7702366--7702515
41
3.7
42
88
3
200
18
22
23
35
1.96
7702540--7702565
12
2.2
12
100
0
52
46
30
15
7
1.74
7710049--7710186
46
3.0
46
95
0
249
35
15
25
23
1.94
7710221--7710381
46
3.5
47
89
1
236
43
14
22
19
1.87
7714284--7714319
17
2.1
17
94
0
63
36
36
16
11
1.84
7716952--7717056
43
2.4
44
80
9
101
37
20
13
28
1.91
7717819--7717882
30
2.1
31
88
8
96
60
9
3
26
1.42
7717919--7717958
11
3.6
11
82
0
53
60
10
10
20
1.57
7721813--7722070
129
2.0
129
97
0
489
22
25
13
38
1.91
7723103--7723146
19
2.3
19
92
0
70
52
9
0
38
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7726563--7726878
158
2.0
158
99
0
623
37
18
8
35
1.82
7732458--7732491
17
2.0
17
94
0
59
50
0
0
50
1.00
7733600--7733669
29
2.4
29
80
7
70
30
4
2
62
1.28
7733636--7733696
17
3.4
17
72
14
50
26
3
1
68
1.14
7733626--7733714
9
9.6
9
73
17
51
30
2
1
66
1.11
7735149--7735188
14
2.9
14
84
0
53
32
7
17
42
1.77
7735172--7735211
20
2.0
20
90
0
62
27
10
12
50
1.72
7735157--7735223
34
1.9
35
90
3
109
31
8
13
46
1.74
7735151--7735227
14
5.0
15
71
20
52
32
9
15
42
1.78
7735549--7735607
26
2.3
26
93
0
100
42
10
13
33
1.78
7737685--7737783
27
3.6
27
70
20
96
51
21
14
13
1.75
7738194--7738224
14
2.2
14
94
0
53
32
19
9
38
1.84
7739015--7739097
40
2.1
40
86
2
114
51
1
14
32
1.50
7740718--7740792
18
4.0
18
81
8
78
20
10
2
66
1.34
7740779--7740844
17
3.8
18
74
22
52
28
13
0
57
1.37
7740814--7740877
23
2.7
23
88
11
94
26
17
0
56
1.41
7740821--7740867
18
2.6
19
87
12
64
25
17
0
57
1.40
7740814--7740879
5
11.6
5
76
23
60
25
16
0
57
1.39
7740805--7740879
30
2.6
28
87
8
107
28
17
0
54
1.43
7740880--7740929
19
2.6
19
81
15
59
26
4
0
70
1.05
7740670--7740933
81
3.2
78
72
17
212
23
12
0
62
1.35
7740970--7741017
21
2.3
21
82
10
64
27
12
0
60
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7741256--7741321
5
12.6
5
76
12
53
16
24
1
57
1.48
7741256--7741321
12
6.3
11
72
16
52
16
24
1
57
1.48
7741448--7741513
5
11.6
5
73
23
51
27
16
1
54
1.51
7741463--7741539
30
2.6
30
88
8
106
27
12
1
58
1.43
7741447--7741513
23
2.9
23
82
10
75
28
16
1
53
1.52
7741504--7741567
20
3.3
18
74
19
58
25
9
0
65
1.22
7741618--7741647
11
2.8
11
95
5
53
26
10
0
63
1.26
7741939--7742256
26
13.2
24
69
21
136
24
13
1
60
1.43
7741944--7742214
47
5.6
48
79
9
302
25
13
1
59
1.44
7742100--7742139
19
2.1
19
86
9
55
30
7
0
62
1.23
7741960--7742224
97
2.8
94
86
5
370
25
13
1
59
1.43
7742155--7742261
21
4.6
22
73
17
65
22
14
0
62
1.32
7742126--7742273
73
2.0
77
90
6
241
22
14
1
61
1.41
7746022--7746092
25
2.8
25
78
4
72
23
26
18
30
1.97
7747298--7747443
3
47.0
3
69
16
59
63
2
6
28
1.31
7747315--7747378
30
2.2
28
78
13
69
67
0
4
28
1.11
7747315--7747446
22
6.0
21
72
15
90
62
1
6
28
1.29
7747574--7747769
3
65.7
3
65
17
52
60
1
8
30
1.32
7747686--7747768
27
3.1
27
78
10
82
69
0
6
24
1.10
7747699--7747769
33
2.1
33
86
2
97
70
0
2
26
1.01
7747699--7747769
12
6.1
12
77
12
85
70
0
2
26
1.01
7747700--7747769
34
2.2
32
82
10
90
71
0
2
25
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7757382--7757480
49
2.0
49
94
0
171
46
5
20
28
1.71
7759438--7759483
19
2.4
19
88
0
74
50
10
2
36
1.50
7763967--7764212
61
4.0
61
93
1
379
41
6
12
39
1.69
7780626--7780754
60
2.1
61
94
2
224
41
6
10
41
1.63
7782315--7782385
34
2.1
34
97
0
133
36
4
0
59
1.17
7782315--7782367
16
3.2
16
70
19
54
35
3
0
60
1.15
7782331--7782385
16
3.2
17
73
17
60
36
3
0
60
1.15
7785485--7785684
88
2.2
88
80
9
224
39
17
8
35
1.79
7785733--7785789
19
3.0
19
87
12
82
59
0
1
38
1.08
7785802--7785866
19
3.5
19
78
14
64
56
1
3
38
1.24
7785839--7785878
19
2.1
19
86
13
55
60
5
2
32
1.32
7786134--7786215
17
4.6
17
73
11
74
35
2
1
60
1.17
7786117--7786222
27
3.9
26
74
12
72
33
2
0
62
1.16
7786117--7786194
9
8.4
9
68
14
52
28
3
1
66
1.17
7786252--7786430
90
2.0
90
82
2
216
36
6
17
39
1.76
7787241--7787274
9
3.6
10
88
11
54
29
0
0
70
0.87
7787244--7787285
19
2.2
19
83
8
50
28
2
4
64
1.26
7790310--7790388
39
2.0
40
92
2
133
51
2
18
26
1.59
7790596--7791399
347
2.3
358
82
6
940
39
16
12
32
1.85
7792067--7792116
26
2.0
24
88
7
73
64
6
0
30
1.18
7792991--7793031
19
2.2
19
95
0
73
82
0
9
7
0.83
7792986--7793040
14
3.8
15
81
13
71
81
0
9
9
0.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7800214--7800267
26
2.1
26
100
0
108
55
0
0
44
0.99
7803922--7803970
25
2.0
25
84
8
64
46
6
2
44
1.39
7808296--7808381
33
2.5
35
81
7
104
54
3
3
38
1.34
7808691--7808746
19
2.8
20
78
10
71
67
0
1
30
1.01
7808698--7808786
31
2.8
30
79
14
81
61
0
2
35
1.08
7812936--7813039
3
35.0
3
76
9
88
61
0
8
28
1.32
7813994--7814034
16
2.4
17
80
19
50
73
0
9
17
1.09
7814957--7815011
21
2.7
20
83
8
58
16
0
7
76
1.00
7814956--7815005
15
3.3
15
77
5
55
18
0
6
76
0.99
7817386--7817487
40
2.5
40
83
9
118
28
17
25
28
1.98
7817432--7817697
115
2.3
116
81
3
304
27
18
23
30
1.98
7818063--7818104
15
2.8
15
85
0
57
21
0
33
45
1.52
7818117--7818187
22
3.3
21
74
16
65
28
0
40
30
1.57
7818246--7818340
21
4.5
20
74
12
75
24
0
34
41
1.55
7818246--7818339
7
13.3
7
74
6
55
24
0
34
41
1.55
7818320--7818393
36
2.1
36
82
10
89
24
1
37
36
1.64
7818632--7818685
21
2.6
21
78
0
72
9
1
35
53
1.44
7818910--7818948
19
2.1
18
95
4
69
33
0
10
56
1.33
7819496--7819536
15
2.7
15
80
0
55
29
24
2
43
1.67
7820526--7820577
24
2.2
23
82
3
59
30
11
5
51
1.61
7822156--7822226
24
3.0
24
89
0
115
28
19
7
45
1.76
7822411--7822465
15
3.8
15
77
22
64
45
0
0
54
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7822500--7822524
7
3.6
7
100
0
50
32
12
16
40
1.84
7822610--7822685
9
8.4
9
82
4
73
48
13
1
36
1.50
7822643--7822675
17
1.9
17
93
0
57
51
6
3
39
1.42
7824746--7824805
31
1.9
31
82
0
75
15
8
18
58
1.61
7826034--7826118
41
2.1
41
100
0
170
30
16
7
45
1.74
7827639--7827707
30
2.3
31
82
7
79
28
17
5
47
1.70
7828019--7828052
18
1.9
18
88
5
52
29
0
5
64
1.17
7830854--7830909
26
2.2
25
90
6
94
48
0
7
44
1.30
7838459--7838487
13
2.2
13
100
0
58
27
0
31
41
1.56
7838558--7838606
19
2.5
20
90
9
84
51
8
8
32
1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255