genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1386684--1386817	14	8.9	15	67	17	64	57	0	8	33	1.34
1387156--1387198	21	2.0	22	86	13	63	72	0	4	23	1.04
1396438--1396478	21	2.0	21	90	9	66	34	0	4	60	1.18
1396548--1396616	34	2.0	34	97	0	129	33	13	14	39	1.85
1397216--1397267	25	2.1	25	88	0	77	51	15	5	26	1.65
1398589--1398638	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1403228--1403277	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1406754--1406787	16	2.3	14	90	10	50	88	2	5	2	0.70
1420240--1420327	31	2.8	32	81	10	101	48	4	9	37	1.55
1420470--1420588	62	1.9	62	87	0	175	42	17	8	31	1.79
1420809--1420860	21	2.4	21	80	3	59	55	3	0	40	1.18
1421179--1421294	61	1.9	61	85	0	160	38	5	16	39	1.71
1422412--1422509	29	3.3	29	71	16	76	24	19	13	42	1.87
1423337--1423396	31	1.9	31	93	0	102	53	13	13	20	1.72
1429696--1429782	39	2.2	39	78	15	99	35	8	16	40	1.78
1429899--1431019	477	2.3	478	87	2	1576	39	21	16	23	1.92
1429899--1431019	162	7.0	162	85	4	1454	39	21	16	23	1.92
1429900--1431019	317	3.5	318	83	5	1375	39	21	16	23	1.92
1431629--1431677	25	2.0	25	84	8	64	51	6	6	36	1.52
1442799--1442868	29	2.4	29	73	15	74	48	17	17	17	1.81
1443969--1444032	32	2.0	32	100	0	128	25	34	3	37	1.72
1445029--1445147	63	1.9	63	98	0	229	26	10	39	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1446648--1446700	22	2.4	22	87	6	72	33	28	11	26	1.91
1449521--1449561	21	1.9	22	85	5	57	63	4	0	31	1.15
1462704--1462738	16	2.2	16	89	0	52	28	14	14	42	1.84
1462767--1462819	16	3.4	16	76	10	56	24	9	18	47	1.78
1473848--1473919	32	2.3	31	76	7	74	33	12	16	37	1.86
1474174--1474216	22	1.9	22	86	13	61	41	9	4	44	1.57
1485704--1485742	20	1.9	21	89	5	62	35	0	0	64	0.94
1488026--1488072	22	2.1	22	96	0	85	23	12	23	40	1.89
1489885--1489926	22	2.0	21	81	13	50	28	4	11	54	1.57
1492515--1492690	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
1492512--1492683	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
1495106--1495251	37	4.0	37	93	1	251	24	22	16	36	1.94
1495215--1495483	52	5.2	52	87	6	388	27	22	14	35	1.93
1495215--1495489	98	2.7	98	90	3	415	28	22	14	34	1.93
1498775--1498827	22	2.5	21	77	17	56	50	5	1	41	1.36
1500184--1500453	127	2.1	126	85	4	348	30	18	15	36	1.92
1500523--1500587	34	1.9	34	93	0	112	41	15	0	43	1.47
1503502--1503553	9	5.9	9	77	4	61	55	0	0	44	0.99
1503516--1503567	14	3.5	14	75	14	59	53	0	0	46	1.00
1503502--1503577	31	2.6	31	89	8	115	52	1	0	46	1.08
1505035--1505093	31	1.9	30	89	3	91	25	1	13	59	1.44
1505136--1505187	24	2.3	23	81	12	63	32	0	5	61	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1508483--1508516	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
1510204--1510252	26	2.0	26	88	8	75	40	6	2	51	1.38
1510432--1510475	21	2.1	21	82	0	52	56	0	9	34	1.31
1510989--1511036	24	2.0	23	84	4	60	14	10	2	72	1.19
1512344--1512403	31	1.9	31	90	6	95	50	1	6	41	1.39
1512377--1512419	22	2.0	22	86	9	61	48	4	4	41	1.44
1517163--1517199	18	2.1	18	89	0	56	78	18	0	2	0.87
1528995--1529029	3	11.7	3	93	0	61	65	0	2	31	1.07
1535991--1536081	43	2.1	43	97	0	173	49	10	8	30	1.68
1539132--1539159	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
1540136--1540171	18	2.0	18	94	0	63	30	0	5	63	1.17
1542580--1542630	25	2.0	25	100	0	102	52	7	3	35	1.49
1554665--1554955	44	6.8	43	71	12	145	27	21	21	29	1.99
1567691--1567726	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
1573217--1573385	39	4.3	39	84	0	230	30	18	15	35	1.92
1574118--1574155	16	2.3	17	90	4	60	23	2	18	55	1.55
1574512--1574554	23	1.9	23	90	4	70	37	18	6	37	1.78
1574512--1574570	23	2.7	21	80	12	64	32	15	8	44	1.76
1575076--1575117	15	2.8	15	92	0	66	33	16	7	42	1.75
1581552--1581726	35	5.4	30	75	17	122	35	47	0	16	1.51
1581665--1581761	13	8.1	13	73	17	75	37	48	0	14	1.44
1581630--1581749	35	3.6	35	84	9	146	37	49	0	13	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1582178--1582219	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
1582204--1582285	33	2.3	39	83	12	104	34	13	0	52	1.41
1583587--1583627	16	2.7	15	88	7	57	53	7	0	39	1.29
1585999--1586068	28	2.5	28	88	0	104	37	8	24	30	1.85
1589996--1590619	315	2.0	316	91	2	1031	32	10	21	34	1.88
1592835--1592939	50	2.1	50	96	1	194	30	7	20	40	1.81
1594355--1594529	46	3.8	46	79	6	174	26	20	30	22	1.98
1600511--1600574	32	2.0	32	96	0	119	25	20	15	39	1.92
1602113--1602318	46	4.5	45	79	9	170	24	30	18	26	1.98
1603736--1603837	50	2.1	49	96	1	186	39	23	7	29	1.83
1605633--1605670	19	2.0	19	85	10	51	36	28	0	34	1.58
1606419--1606448	8	3.6	8	91	8	51	43	0	0	56	0.99
1606632--1606670	16	2.6	15	88	8	53	35	12	15	35	1.86
1607297--1607388	35	2.8	32	66	15	78	35	21	9	32	1.86
1609021--1609080	31	1.9	31	82	0	75	43	15	15	26	1.85
1620500--1620531	14	2.3	14	94	0	55	53	0	9	37	1.34
1620501--1620537	14	2.7	14	80	19	51	48	0	10	40	1.38
1620740--1620797	28	2.1	28	81	12	66	56	3	1	37	1.26
1621060--1621098	13	3.1	13	88	3	53	58	0	0	41	0.98
1630088--1630118	16	1.9	16	100	0	62	45	0	12	41	1.42
1630775--1630837	30	2.1	30	93	0	108	55	15	4	23	1.59
1630866--1630914	22	2.2	22	81	0	62	63	8	8	20	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1634703--1634773	36	2.0	36	91	0	115	25	0	46	28	1.53
1641435--1641489	3	19.0	3	78	14	62	67	1	29	1	1.11
1641427--1641487	14	4.5	14	75	20	58	67	1	27	3	1.16
1643331--1643359	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
1646059--1646087	13	2.1	14	93	6	51	34	20	0	44	1.52
1652799--1652841	17	2.6	15	80	20	50	2	30	4	62	1.28
1655932--1656005	36	2.1	36	92	0	121	14	36	4	44	1.65
1659455--1659493	6	6.5	6	90	0	51	23	0	7	69	1.14
1659455--1659493	12	3.2	12	92	0	60	23	0	7	69	1.14
1660273--1660315	17	2.6	16	78	10	50	2	32	4	60	1.30
1666232--1666290	13	4.4	13	77	8	55	57	0	3	38	1.15
1666295--1666325	16	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
1666270--1666340	35	2.1	33	82	12	83	57	1	0	40	1.07
1666678--1666738	28	2.1	29	82	8	72	52	8	8	31	1.60
1666687--1666743	29	2.0	28	86	3	78	54	10	7	28	1.60
1668641--1668721	39	2.0	40	92	2	137	19	6	11	62	1.48
1669031--1669066	15	2.4	15	90	0	54	36	2	0	61	1.11
1669499--1669552	27	2.0	27	96	0	99	33	20	7	38	1.80
1672870--1672903	17	2.0	17	94	0	59	44	23	14	17	1.86
1673666--1673694	14	2.1	14	100	0	58	20	13	13	51	1.75
1680227--1680281	28	2.0	28	89	3	85	50	3	1	43	1.30
1680255--1680348	43	2.2	42	83	9	120	42	4	3	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1683233--1683298	34	1.9	34	87	6	98	50	6	9	34	1.59
1683385--1683470	35	2.5	35	83	10	99	55	4	0	39	1.20
1683979--1684029	25	2.0	25	88	0	75	47	15	17	19	1.83
1686670--1686726	28	2.0	28	100	0	114	33	28	14	24	1.94
1690579--1690657	39	2.0	39	97	0	149	40	20	16	22	1.91
1692635--1692687	27	2.0	26	81	7	61	33	1	5	58	1.32
1694522--1694681	26	6.2	26	92	0	257	34	7	22	35	1.82
1694522--1694681	52	3.1	52	95	0	284	34	7	22	35	1.82
1696469--1696756	137	2.1	138	96	0	524	25	18	25	31	1.97
1698880--1698939	30	2.0	30	83	0	75	26	53	8	11	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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