genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54426478--54426564	37	2.4	37	82	1	113	43	32	10	13	1.78
54431502--54431535	8	4.1	8	88	3	50	64	20	0	14	1.28
54448442--54448530	44	2.0	44	100	0	178	41	20	6	31	1.78
54451801--54451860	23	2.4	25	75	18	61	36	21	0	41	1.54
54464207--54464231	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
54467435--54467504	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
54467709--54467775	27	2.5	27	82	0	80	26	22	17	32	1.96
54467724--54467849	27	4.7	27	87	2	173	30	20	15	34	1.93
54467724--54467849	53	2.4	54	87	1	182	30	20	15	34	1.93
54467831--54468182	27	13.0	27	79	5	262	32	9	19	38	1.83
54467886--54468202	81	3.9	80	80	5	359	31	9	19	39	1.83
54467918--54468202	27	10.6	27	83	3	268	31	9	18	40	1.82
54467887--54468202	54	5.8	54	80	5	307	31	9	19	39	1.83
54470801--54470853	18	3.2	16	77	12	63	11	5	3	79	1.03
54471814--54471937	60	2.1	60	93	0	212	27	11	7	54	1.62
54472039--54472191	24	6.0	26	73	11	120	32	5	3	59	1.36
54472360--54472402	22	2.0	22	86	8	63	32	6	4	55	1.47
54473532--54473934	47	8.6	47	96	0	698	28	30	8	32	1.87
54473582--54473660	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
54477444--54477500	28	2.0	28	100	0	114	26	14	17	42	1.87
54477782--54478128	40	8.8	40	90	2	515	25	28	21	24	1.99
54479542--54479668	47	2.7	47	92	1	202	27	31	7	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54479674--54479942	122	2.1	136	87	12	404	30	27	7	34	1.84
54479774--54479936	47	3.6	47	94	4	282	31	27	6	34	1.83
54483216--54483248	15	2.2	15	89	10	50	51	6	6	36	1.51
54492813--54493525	205	3.5	205	90	1	1072	29	17	22	30	1.97
54493589--54493752	44	3.7	43	72	13	145	29	19	26	25	1.99
54494405--54494446	20	2.1	20	86	8	59	7	7	2	83	0.89
54495441--54495493	10	5.2	10	80	19	65	30	1	1	66	1.13
54495444--54495498	3	17.7	3	77	17	51	29	3	1	65	1.20
54495597--54495758	27	6.4	25	72	12	100	31	5	3	59	1.38
54505315--54505513	6	32.3	6	70	17	124	51	15	15	18	1.77
54505336--54505513	37	4.6	37	70	19	123	51	15	15	18	1.77
54505386--54505450	25	2.6	25	87	0	103	50	13	16	18	1.78
54505347--54505512	62	2.7	62	89	1	199	50	15	15	18	1.78
54505347--54505509	25	6.6	25	77	8	90	50	15	15	18	1.79
54505632--54505722	27	3.3	26	76	14	83	36	19	23	20	1.95
54505662--54505745	31	2.7	31	94	1	143	35	20	23	20	1.96
54505635--54505745	31	3.8	27	85	7	98	36	19	23	20	1.95
54506057--54506303	27	9.3	27	80	7	254	25	19	17	36	1.94
54506072--54506300	78	2.9	77	88	4	305	24	20	18	36	1.94
54506353--54506417	27	2.4	27	84	0	85	30	13	20	35	1.91
54506395--54506662	27	9.9	27	88	0	329	31	8	20	39	1.82
54506335--54506655	81	4.0	80	82	2	212	30	9	21	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54506395--54506662	81	3.3	81	86	2	376	31	8	20	39	1.82
54508999--54509140	6	23.0	6	72	18	105	48	16	16	18	1.81
54509017--54509109	19	4.6	19	73	21	91	48	15	18	18	1.81
54509014--54509077	25	2.6	25	92	0	110	48	14	18	18	1.81
54508990--54509139	62	2.4	63	93	2	243	48	16	18	18	1.82
54509036--54509118	37	2.2	37	86	0	121	46	16	18	18	1.84
54509073--54509136	25	2.6	25	89	0	92	48	17	17	17	1.82
54509259--54509318	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
54509286--54509427	67	2.1	67	84	5	176	31	21	27	19	1.97
54509653--54509904	27	9.3	27	87	5	298	24	21	17	36	1.95
54509653--54509902	54	4.6	54	86	1	333	24	21	18	35	1.95
54509884--54510422	27	20.0	27	83	1	544	31	8	21	39	1.83
54509644--54509931	54	5.3	54	83	4	163	26	19	18	34	1.95
54509657--54509899	81	3.0	81	86	4	339	24	22	17	35	1.95
54514179--54514289	33	3.4	33	88	0	159	15	11	32	40	1.83
54520447--54520501	26	2.1	26	100	0	110	32	3	21	41	1.71
54532845--54533075	117	2.0	118	91	0	374	32	14	17	35	1.90
54542300--54542324	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
54544883--54544949	21	3.2	21	91	0	98	16	23	35	23	1.95
54550783--54550967	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
54550839--54551000	79	2.1	79	81	6	186	25	19	27	27	1.99
54555358--54556873	757	2.0	757	96	0	2764	29	18	23	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54559722--54559905	40	4.6	40	81	8	198	25	22	26	25	2.00
54559778--54559939	79	2.1	79	80	6	177	26	20	27	25	1.99
54562493--54562621	46	2.8	46	91	0	186	31	29	19	19	1.96
54565631--54565784	26	5.9	25	87	7	166	20	11	31	35	1.89
54565626--54565775	52	2.9	52	88	4	196	22	12	31	34	1.90
54577953--54578126	45	3.9	45	85	6	223	22	21	30	24	1.99
54591403--54591462	30	2.0	30	87	6	86	23	35	21	20	1.96
54593882--54594153	145	1.9	145	96	0	499	30	22	15	30	1.95
54594131--54594209	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
54600470--54600514	24	1.9	23	95	0	72	48	24	2	24	1.62
54600460--54600516	24	2.5	21	76	17	60	45	26	3	24	1.69
54601425--54601528	42	2.5	42	93	0	172	28	25	16	29	1.97
54604941--54605318	189	2.0	189	94	0	666	25	26	14	33	1.94
54612795--54612827	11	3.0	11	100	0	66	18	27	27	27	1.98
54616000--54616046	24	2.0	23	87	4	67	55	25	8	10	1.62
54619341--54619408	29	2.3	29	87	0	91	19	14	23	42	1.88
54619340--54619469	27	4.6	28	74	15	108	16	15	21	46	1.83
54619361--54619469	55	1.9	56	83	7	141	14	16	22	46	1.83
54623623--54623705	34	2.5	34	83	11	93	26	24	21	27	1.99
54626281--54626344	31	2.1	31	100	0	128	28	28	15	28	1.96
54629855--54630329	237	2.0	237	99	0	932	39	18	8	34	1.80
54631472--54631657	55	3.4	53	78	8	153	22	24	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54640160--54640291	40	3.3	40	88	3	169	25	27	21	25	2.00
54640160--54640344	79	2.3	82	82	7	220	24	27	22	25	2.00
54651469--54651499	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
54651466--54651505	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
54651794--54651993	55	3.6	55	89	4	289	21	24	18	36	1.95
54654567--54654795	48	4.8	47	78	9	250	21	30	20	27	1.98
54654568--54654805	96	2.5	96	87	5	338	22	30	20	26	1.98
54663824--54663915	45	2.0	45	95	0	166	47	16	9	26	1.77
54672809--54672864	26	2.1	27	90	3	87	30	5	19	44	1.73
54677271--54677322	21	2.5	21	76	14	63	44	0	17	38	1.49
54680960--54681124	43	3.8	43	77	7	174	30	26	16	26	1.97
54688661--54688769	43	2.5	43	83	2	139	32	22	17	28	1.96
54698707--54698731	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
54703690--54703809	43	2.8	43	76	14	113	33	27	15	23	1.95
54707909--54708059	43	3.5	42	72	12	119	33	25	15	25	1.95
54709146--54709171	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
54710757--54710785	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
54715089--54715263	46	3.8	45	76	10	174	29	27	20	22	1.98
54718794--54718901	26	4.2	26	92	0	180	33	7	23	36	1.83
54739363--54739387	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
54744728--54744794	17	3.8	17	70	20	57	17	4	1	76	1.04
54752582--54752753	29	6.0	29	88	0	256	26	15	30	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54758810--54758895	28	3.0	29	77	15	90	30	30	12	26	1.93
54759103--54759148	24	2.0	23	86	4	65	21	19	10	47	1.80
54759145--54759188	16	2.8	16	80	13	54	9	18	22	50	1.75
54760976--54761084	43	2.5	43	73	5	112	33	26	12	27	1.93
54763475--54763655	40	4.4	40	79	4	182	32	24	16	26	1.96
54763499--54763655	42	3.9	41	80	6	167	31	26	15	26	1.95
54766120--54766291	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
54766113--54766288	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	19	1.98
54779424--54779833	46	8.7	48	71	16	202	28	20	27	23	1.99
54784739--54784848	44	2.6	43	78	9	125	22	19	24	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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