genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28685882--28685925	24	1.9	22	81	9	52	50	11	13	25	1.75
28686879--28686932	19	3.3	19	62	37	52	27	9	0	62	1.25
28686874--28686932	30	2.0	30	96	0	109	28	8	0	62	1.24
28687374--28687423	25	2.0	25	88	4	73	22	22	8	48	1.76
28689831--28689888	24	2.4	24	88	2	80	5	20	1	72	1.13
28692517--28692554	19	2.0	19	100	0	76	31	26	15	26	1.96
28692489--28692579	47	1.9	48	84	6	123	27	28	15	28	1.96
28693885--28694059	46	3.8	45	76	7	181	28	28	20	22	1.98
28693893--28694064	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.99
28693890--28694079	46	4.1	46	73	14	140	28	27	20	22	1.99
28706356--28706465	28	3.9	28	80	9	102	26	27	15	30	1.96
28706686--28706730	16	2.8	16	89	0	72	8	8	20	62	1.51
28722974--28723022	8	6.5	8	93	6	77	24	0	8	67	1.18
28722974--28723037	8	8.6	7	87	5	74	25	3	6	65	1.31
28722974--28723037	15	4.3	14	88	6	74	25	3	6	65	1.31
28723412--28723451	21	1.9	21	89	0	62	40	32	2	25	1.69
28723620--28723753	66	2.0	66	81	2	153	26	0	29	44	1.60
28724209--28724440	41	5.7	41	82	4	236	31	24	19	24	1.98
28724436--28724545	41	2.7	41	80	5	125	20	22	20	36	1.95
28729284--28729435	40	3.8	40	91	0	250	25	28	23	22	1.99
28731664--28731721	24	2.4	24	85	8	73	3	22	1	72	1.09
28731656--28731731	32	2.4	31	80	8	82	2	25	2	69	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28732320--28732481	64	2.5	64	86	0	225	30	21	27	20	1.98
28735181--28735210	12	2.5	12	100	0	60	16	6	6	70	1.31
28735697--28735915	29	7.6	29	76	8	162	26	15	20	37	1.92
28735714--28735921	87	2.4	87	79	7	208	25	15	20	38	1.92
28735821--28735943	58	2.1	58	85	4	160	28	11	21	38	1.88
28735821--28735943	29	4.3	28	81	7	104	28	11	21	38	1.88
28735821--28735955	57	2.3	58	81	8	159	25	12	22	38	1.90
28738396--28738481	27	3.2	27	65	12	77	22	24	15	38	1.92
28738411--28738496	25	3.3	25	67	12	73	20	24	18	36	1.95
28738423--28738508	27	3.2	27	66	12	77	19	25	18	36	1.95
28738374--28738508	54	2.5	54	93	0	234	21	24	17	36	1.95
28740228--28740290	27	2.3	28	78	8	76	39	19	9	31	1.83
28740271--28740352	27	3.0	27	90	0	137	28	23	8	40	1.83
28740222--28740352	54	2.4	54	81	5	140	32	22	8	36	1.84
28740684--28740740	27	2.2	26	83	3	69	26	21	17	35	1.95
28740873--28740995	31	4.2	30	74	17	89	20	21	12	46	1.83
28740901--28740947	13	3.7	13	72	16	53	23	23	8	44	1.80
28740892--28740959	25	2.7	25	93	0	118	22	20	10	47	1.80
28740942--28741016	6	12.3	6	78	13	82	17	18	14	49	1.80
28740917--28740995	37	2.1	37	92	0	131	18	20	12	48	1.81
28740917--28741007	37	2.5	37	90	0	128	18	19	12	49	1.79
28745369--28745452	11	7.6	11	76	9	64	35	46	3	14	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28762401--28762437	4	9.2	4	100	0	74	51	24	0	24	1.49
28771388--28771659	40	6.8	40	86	2	368	26	29	21	23	1.99
28771368--28771655	120	2.4	120	93	0	488	26	29	21	22	1.99
28787114--28787139	13	2.0	13	100	0	52	7	0	61	30	1.24
28788924--28789029	27	3.9	27	81	0	122	37	21	12	28	1.90
28788923--28789027	54	1.9	54	86	0	147	38	21	11	28	1.88
28789479--28789562	32	2.6	32	78	0	87	25	19	22	33	1.97
28792638--28792843	53	3.8	54	77	1	207	20	22	17	39	1.93
28802173--28802252	40	2.0	40	85	4	108	26	20	23	30	1.98
28802188--28802337	41	3.7	41	87	0	203	26	16	26	30	1.97
28803351--28803377	12	2.2	12	100	0	54	25	40	25	7	1.82
28807158--28807271	44	2.6	43	79	10	124	27	28	19	24	1.98
28807382--28807473	28	3.3	28	87	0	130	29	25	10	34	1.90
28811358--28811542	41	4.6	41	85	5	234	24	21	27	27	1.99
28811344--28811543	81	2.5	81	83	6	235	24	21	27	27	1.99
28823060--28823089	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
28823292--28823479	101	1.9	99	86	2	268	29	26	18	26	1.98
28823286--28823484	50	4.0	50	72	5	179	29	26	17	26	1.97
28826216--28826324	55	2.0	55	94	0	191	44	17	8	29	1.77
28830763--28830950	49	3.8	49	83	6	236	25	19	26	28	1.98
28832829--28833015	41	4.7	41	86	3	240	24	16	27	32	1.96
28836306--28836371	15	4.3	15	73	19	55	45	0	3	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28836337--28836424	21	3.9	21	67	25	63	48	1	2	47	1.21
28836431--28836486	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
28837165--28837190	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
28837785--28837862	19	4.0	20	69	14	63	37	2	2	57	1.26
28837812--28837863	20	2.5	21	81	3	61	34	1	1	61	1.18
28837866--28837921	19	3.1	18	72	12	51	25	0	3	71	1.02
28851960--28852000	20	2.0	20	100	0	82	43	21	14	19	1.87
28854308--28854336	15	1.9	15	100	0	58	37	20	0	41	1.53
28855081--28855270	29	6.7	29	76	5	84	41	18	13	26	1.88
28855111--28855362	29	8.9	29	71	6	149	40	19	14	26	1.90
28855136--28855324	86	2.2	86	81	4	211	39	17	14	28	1.89
28870406--28870443	19	2.0	19	94	0	67	76	2	0	21	0.91
28871131--28871172	20	2.1	20	86	0	57	54	4	0	40	1.21
28871271--28871321	25	2.1	25	81	3	59	47	7	3	41	1.51
28871325--28871364	19	2.1	19	85	0	53	70	5	0	25	1.08
28871387--28871440	25	2.2	24	87	6	81	59	0	0	40	0.98
28872253--28872293	21	2.0	21	85	0	55	29	4	14	51	1.63
28873384--28873420	17	2.2	17	90	9	58	16	5	21	56	1.59
28873796--28873827	14	2.3	14	94	0	55	28	3	0	68	1.04
28876127--28876255	44	2.9	44	82	4	161	43	12	13	30	1.81
28882048--28882248	43	4.7	43	83	3	235	30	25	18	24	1.98
28882971--28883003	14	2.4	14	85	5	50	48	9	3	39	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28890054--28890167	33	3.2	36	72	20	123	31	24	22	21	1.98
28902524--28902591	28	2.4	28	92	0	109	33	7	26	32	1.84
28910548--28910636	28	3.1	28	87	4	126	31	21	24	22	1.98
28910742--28910809	28	2.4	28	95	0	118	32	7	26	33	1.84
28921484--28921526	21	2.0	21	100	0	86	23	9	13	53	1.69
28925351--28925405	23	2.5	23	82	8	71	21	12	16	49	1.79
28926314--28926346	8	4.1	8	100	0	66	24	24	0	51	1.48
28929299--28929539	27	8.9	27	80	1	250	26	21	16	36	1.94
28929302--28929547	54	4.6	54	85	2	316	26	20	16	36	1.93
28929315--28929734	81	5.2	79	76	9	237	28	15	18	37	1.91
28929531--28929793	27	9.9	27	80	5	259	31	9	19	39	1.85
28942354--28942413	15	4.0	14	81	12	66	60	15	10	15	1.60
28950591--28950671	19	4.2	19	81	9	92	53	1	0	45	1.08
28950599--28950671	11	7.2	11	77	17	77	53	1	0	45	1.09
28950625--28950685	30	2.0	29	81	12	70	59	0	3	37	1.14
28951260--28951467	67	3.2	64	76	10	188	32	16	28	22	1.96
28957434--28957562	46	2.8	46	91	0	204	20	22	27	29	1.99
28960514--28960582	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
28960505--28960584	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
28962978--28963106	46	2.8	46	92	0	213	20	20	28	30	1.98
28970539--28970582	22	2.0	22	90	0	70	50	4	0	45	1.22
28970603--28970643	21	1.9	22	90	5	66	43	2	0	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28971921--28972189	43	6.3	43	83	6	321	28	17	25	28	1.98
28976220--28976315	43	2.3	43	85	5	124	25	14	26	34	1.94
28981650--28981806	43	3.7	42	75	10	140	22	20	25	31	1.98
28983722--28983833	27	4.2	26	83	7	134	37	23	23	16	1.93
28983726--28983832	54	2.0	54	87	3	153	38	22	22	16	1.93
28985075--28985117	22	2.0	22	85	0	59	67	2	23	6	1.27
28994538--28994613	37	2.1	37	100	0	152	31	15	15	36	1.90
28996144--28996275	43	3.1	43	81	10	148	25	19	26	28	1.99
29002391--29002461	28	2.5	28	86	0	97	29	30	16	22	1.96
29002448--29002546	40	2.4	40	88	3	135	33	27	18	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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