genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20674011--20674041	11	2.7	12	90	10	55	0	9	6	83	0.79
20673937--20674041	6	17.2	6	68	9	61	6	17	3	72	1.21
20675054--20675100	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
20676566--20676626	11	5.3	11	75	11	59	13	14	0	72	1.13
20678720--20678791	11	5.7	12	73	23	58	72	6	6	13	1.27
20678720--20678791	12	5.6	13	71	28	57	72	6	6	13	1.27
20678785--20678870	11	7.2	11	71	18	57	75	3	13	6	1.14
20678785--20678870	24	3.6	24	71	20	63	75	3	13	6	1.14
20684513--20684577	20	3.2	20	76	8	69	40	15	20	24	1.91
20685979--20686035	20	2.8	20	81	2	69	24	12	35	28	1.91
20688571--20688626	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
20688570--20688626	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
20688588--20688691	18	5.6	18	73	10	84	6	18	3	71	1.24
20688588--20688695	6	17.7	6	70	5	74	6	18	3	71	1.23
20689787--20689846	13	4.4	13	72	24	52	16	5	5	73	1.19
20693184--20693280	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
20695657--20695718	12	5.0	12	84	11	72	16	8	1	74	1.13
20695658--20695720	25	2.5	24	87	5	81	17	6	1	74	1.10
20696017--20696060	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
20701095--20701145	18	2.8	18	96	0	93	9	13	5	70	1.32
20701101--20701161	18	3.0	23	84	15	73	9	14	4	70	1.31
20702159--20702216	11	5.4	11	78	12	57	6	13	0	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20702168--20702215	10	4.9	9	85	10	51	6	12	0	81	0.87
20702188--20702236	22	2.3	21	85	3	62	10	10	2	77	1.07
20702300--20702330	12	2.5	13	94	5	55	6	3	6	83	0.88
20703730--20703776	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
20707704--20707759	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
20709759--20709816	10	5.7	10	76	11	64	31	27	12	29	1.92
20714207--20714284	10	7.7	10	77	8	86	29	26	12	30	1.93
20714207--20714287	20	4.0	20	87	6	110	28	25	12	33	1.92
20716514--20716610	30	3.2	31	76	5	110	27	27	15	28	1.96
20719940--20720047	6	17.7	6	71	10	76	73	3	16	6	1.19
20720008--20720045	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
20720051--20720082	12	2.7	12	95	0	55	59	0	21	18	1.38
20722385--20722430	23	1.9	24	86	8	67	73	4	10	10	1.22
20722408--20722446	16	2.5	15	84	8	60	69	5	15	10	1.34
20723338--20723372	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
20734789--20734885	30	3.2	30	70	8	81	27	14	28	28	1.95
20736370--20736406	17	2.2	17	86	13	51	10	8	0	81	0.89
20736960--20737023	18	3.7	18	70	16	55	62	1	29	6	1.29
20737773--20738151	189	2.0	189	100	0	758	26	29	14	30	1.95
20740397--20740422	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
20740812--20740850	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
20752806--20752875	15	4.9	15	76	16	60	10	10	7	72	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20752810--20752875	14	4.6	14	80	1	69	9	9	6	75	1.18
20752840--20752892	13	3.9	14	78	16	58	13	9	7	69	1.35
20754377--20754420	1	44.0	1	100	0	88	0	0	0	100	0.00
20778458--20778554	42	2.3	42	80	5	106	32	22	17	26	1.96
20781846--20781995	43	3.5	43	80	3	169	28	15	24	32	1.95
20784877--20784980	44	2.4	42	82	7	120	23	19	25	32	1.97
20784865--20785036	43	4.0	43	72	13	156	23	16	26	32	1.96
20788168--20788197	15	2.0	15	93	0	51	46	16	0	36	1.47
20799851--20799944	28	3.4	28	89	2	127	32	27	12	26	1.93
20802642--20802697	11	5.5	11	75	16	66	35	14	19	30	1.91
20802631--20802697	20	3.3	20	89	0	107	34	13	20	31	1.92
20802749--20802958	23	9.1	23	86	3	298	28	22	21	28	1.99
20802748--20802980	47	5.0	46	85	4	301	28	22	21	27	1.99
20803173--20803236	31	2.1	30	85	2	83	39	15	20	25	1.92
20810766--20810804	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
20810858--20811093	23	10.1	23	87	3	312	28	22	20	27	1.99
20810858--20811115	47	5.5	46	84	5	322	28	22	21	27	1.99
20810857--20811093	70	3.4	70	90	2	377	29	22	20	27	1.99
20811308--20811371	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
20813598--20813698	28	3.6	28	68	6	89	27	34	18	18	1.95
20813603--20813727	56	2.2	56	98	0	241	29	33	18	18	1.95
20813633--20813726	28	3.4	28	69	5	91	31	29	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20813710--20813762	25	2.1	25	86	6	72	30	30	9	30	1.89
20813895--20814019	43	2.9	43	86	0	169	34	31	21	12	1.91
20814014--20814151	40	3.5	40	92	0	222	27	30	21	21	1.98
20818515--20818561	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
20823582--20823634	26	2.0	26	96	0	97	32	11	20	35	1.88
20839069--20839274	40	5.2	40	92	1	326	22	20	27	29	1.99
20845776--20845801	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
20847173--20847329	40	4.2	39	81	16	197	24	22	26	26	2.00
20852629--20852690	26	2.3	27	81	10	83	37	25	8	29	1.85
20852796--20852908	27	4.2	28	86	5	153	18	24	22	34	1.96
20852794--20852908	55	2.1	54	85	7	162	18	24	22	34	1.96
20862058--20862130	34	2.1	34	85	5	94	28	21	21	27	1.99
20864466--20864627	85	1.9	85	93	0	279	24	28	20	25	1.99
20869185--20869301	29	4.1	29	88	1	137	27	14	29	28	1.95
20869597--20869716	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
20870846--20871028	40	4.6	39	79	9	192	24	20	28	26	1.99
20870897--20871051	79	2.0	79	82	7	190	25	19	27	27	1.99
20871144--20871173	14	2.1	14	93	0	51	23	3	20	53	1.60
20877508--20877627	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
20878755--20878979	40	5.6	41	81	6	241	24	21	27	26	1.99
20881986--20882209	112	2.0	112	98	0	430	24	21	32	21	1.98
20884864--20884924	29	2.1	28	84	3	77	31	13	26	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20886631--20886723	24	3.9	24	83	8	102	32	16	23	27	1.96
20886657--20886743	24	3.8	22	76	13	77	32	17	24	26	1.97
20895407--20895438	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
20896034--20896095	30	2.1	30	100	0	124	40	16	8	35	1.78
20896225--20896266	22	1.9	22	85	0	57	28	2	33	35	1.70
20921531--20921705	43	4.1	43	81	6	196	32	25	13	28	1.94
20923004--20923044	18	2.2	19	91	4	66	4	29	0	65	1.13
20936404--20936455	24	2.2	23	83	12	70	30	17	21	30	1.96
20936412--20936464	24	2.2	25	86	10	74	32	18	24	24	1.97
20936532--20936588	9	5.9	9	73	15	51	36	22	8	31	1.85
20936524--20936610	20	4.3	20	88	2	131	34	20	11	33	1.89
20936524--20936599	11	7.5	11	71	16	65	34	21	11	32	1.89
20940049--20940306	40	6.5	40	90	2	360	26	29	22	22	1.99
20948153--20948409	40	6.4	40	89	2	340	26	28	22	22	1.99
20955703--20955766	31	2.1	30	85	2	83	21	23	14	40	1.90
20955975--20956046	24	2.9	25	83	8	94	30	19	23	26	1.98
20955988--20956056	24	2.8	24	89	8	104	27	21	24	26	1.99
20956108--20956164	9	5.9	9	80	15	69	38	21	7	33	1.80
20956100--20956186	20	4.3	20	94	2	149	35	19	10	34	1.86
20956086--20956185	40	2.5	40	87	9	134	35	19	12	34	1.88
20956100--20956175	11	7.5	11	71	16	74	35	19	10	34	1.86
20962008--20962100	47	2.0	47	95	0	168	39	16	21	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20964541--20964640	49	2.0	49	84	7	132	31	16	11	42	1.82
20965493--20965576	42	2.0	42	83	4	107	36	11	28	22	1.90
20974508--20974575	27	2.6	26	81	9	77	22	26	17	33	1.96
20974535--20974598	25	2.6	24	80	11	69	21	29	15	32	1.95
20974569--20974633	32	2.0	32	96	0	121	21	27	16	33	1.95
20974618--20974678	24	2.5	24	89	0	86	27	27	19	24	1.99
20975950--20975988	20	1.9	21	89	5	62	17	7	2	71	1.21
20981616--20981647	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
20990878--20990912	9	3.9	9	88	0	52	31	8	14	45	1.75
21001981--21002479	47	10.6	47	94	0	845	33	8	29	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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