genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61269945--61270004	12	4.6	13	75	18	54	31	5	3	60	1.35
61270292--61270324	16	2.0	17	88	5	50	36	6	3	54	1.41
61270566--61270625	27	2.3	27	85	2	86	33	5	6	55	1.48
61278711--61278818	54	2.0	55	96	1	200	32	16	12	38	1.86
61279967--61279998	4	7.8	4	93	6	55	53	0	0	46	1.00
61282268--61282340	27	2.7	27	79	6	78	68	5	1	24	1.19
61282389--61282516	36	3.6	36	68	15	86	60	4	3	32	1.33
61282418--61282535	49	2.4	49	79	13	127	61	5	2	29	1.33
61282415--61282545	24	5.3	25	73	14	119	61	5	3	30	1.34
61282415--61282551	26	5.5	26	72	13	117	59	5	2	32	1.34
61283898--61283935	20	1.9	20	100	0	76	18	0	10	71	1.14
61284090--61284422	179	1.9	179	87	1	497	30	17	20	31	1.96
61284403--61284848	143	3.1	143	89	0	678	28	22	20	28	1.99
61284768--61284927	45	3.6	45	79	5	137	28	27	15	29	1.96
61285291--61285532	46	5.3	46	84	2	279	26	26	15	31	1.95
61286247--61286338	3	30.7	3	93	0	157	0	29	0	70	0.87
61286250--61286341	18	5.1	18	97	0	175	0	28	0	71	0.86
61293433--61293470	19	2.0	19	94	0	67	44	5	28	21	1.73
61299442--61299478	19	1.9	19	88	0	56	72	2	2	21	1.09
61299481--61299536	29	2.0	29	82	10	71	62	5	5	26	1.39
61299575--61299723	27	5.7	26	69	16	76	61	5	4	28	1.38
61299575--61299720	53	2.8	51	75	13	136	62	5	4	27	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61299481--61299724	26	9.3	26	68	12	124	59	5	6	28	1.47
61301073--61301110	20	1.9	20	94	0	67	15	0	13	71	1.16
61301604--61302173	143	4.0	143	84	4	756	28	22	18	31	1.97
61301604--61302172	286	2.0	286	90	2	892	28	22	18	31	1.97
61302096--61302265	45	3.8	45	78	4	148	28	24	17	29	1.97
61302616--61302857	46	5.3	46	87	4	290	25	27	15	32	1.95
61302615--61302858	92	2.7	92	84	2	321	25	27	15	32	1.95
61303396--61303433	3	12.7	3	94	0	67	0	28	0	71	0.87
61308228--61308264	19	1.9	19	94	0	65	72	0	2	24	0.97
61308269--61308636	26	14.2	25	68	13	151	60	4	5	29	1.38
61308357--61308498	25	5.6	24	73	15	108	65	4	4	26	1.29
61308467--61308606	36	3.9	35	68	18	83	62	4	2	30	1.28
61309983--61310013	14	2.2	14	94	0	53	16	0	12	70	1.16
61310934--61311016	41	2.0	41	100	0	166	37	26	14	21	1.92
61312891--61312958	26	2.5	26	79	13	66	70	4	5	19	1.25
61315118--61315509	92	4.3	92	84	3	486	33	26	14	25	1.94
61315105--61315509	184	2.2	184	88	3	591	34	25	14	25	1.94
61317671--61317723	24	2.3	23	83	3	61	22	20	18	37	1.94
61326450--61326493	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
61342428--61342606	27	6.6	27	82	6	191	29	27	15	27	1.96
61342449--61342604	82	1.9	81	89	3	242	28	28	15	27	1.96
61350537--61350714	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61350558--61350713	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61358659--61358836	27	6.6	27	83	3	196	29	27	15	27	1.96
61358680--61358835	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
61363934--61364079	40	3.7	40	82	7	172	23	21	28	26	1.99
61363934--61364112	80	2.2	80	80	6	186	25	21	27	26	1.99
61378257--61378526	92	2.9	90	81	3	290	34	26	12	26	1.92
61379792--61379825	18	1.9	18	94	5	61	0	23	0	76	0.79
61389249--61389282	17	1.9	18	88	5	52	47	2	2	47	1.32
61392256--61392280	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
61396767--61396834	26	2.6	26	95	0	118	25	29	30	14	1.95
61397417--61397441	13	1.9	13	100	0	50	40	8	4	48	1.51
61398340--61398375	7	5.1	7	96	0	63	83	2	0	13	0.76
61405103--61405337	121	2.0	119	93	1	398	33	4	6	55	1.46
61407779--61407943	64	2.6	64	89	0	258	45	11	6	36	1.67
61411089--61411205	47	2.5	47	80	6	114	25	29	17	27	1.98
61431469--61431516	24	2.0	24	95	0	87	37	8	10	43	1.69
61439977--61440031	20	2.7	20	78	10	58	32	1	3	61	1.24
61440013--61440046	17	1.9	18	88	5	52	32	5	2	58	1.37
61443535--61443578	22	2.0	21	86	4	61	75	4	2	18	1.09
61450586--61450650	27	2.4	27	84	0	94	36	18	20	24	1.94
61462299--61462418	42	2.9	42	78	5	118	32	23	12	31	1.92
61466268--61466351	31	2.7	31	92	1	134	27	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61466373--61466550	42	4.2	42	93	0	293	34	19	13	32	1.91
61468270--61468347	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
61468300--61468626	173	1.9	174	94	0	575	30	14	24	31	1.94
61471943--61472120	27	6.6	27	82	3	187	26	15	29	28	1.96
61471944--61472099	82	1.9	81	85	3	215	26	15	29	28	1.96
61471940--61472120	82	2.2	81	81	2	211	27	15	28	28	1.96
61490601--61490778	27	6.6	27	82	3	187	26	15	29	28	1.96
61490602--61490757	82	1.9	81	85	3	215	26	15	29	28	1.96
61490598--61490778	82	2.2	81	81	2	211	27	15	28	28	1.96
61493004--61493068	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
61493026--61493077	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
61493122--61493228	27	3.9	28	74	16	91	32	6	18	42	1.76
61493119--61493254	55	2.5	54	76	9	125	32	7	19	41	1.79
61493183--61493340	27	5.9	25	74	10	102	29	9	20	39	1.84
61493185--61493340	81	1.9	81	85	2	215	29	9	20	40	1.84
61493339--61493484	27	5.4	27	83	3	168	39	7	23	28	1.82
61493339--61493483	54	2.7	54	87	4	186	39	7	24	28	1.82
61493319--61493496	81	2.2	80	77	6	198	37	8	22	32	1.84
61495734--61495817	31	2.7	31	98	1	161	27	26	17	28	1.98
61495841--61496016	42	4.2	42	94	0	316	35	18	14	31	1.91
61496759--61496836	27	2.9	26	75	11	77	21	17	21	38	1.93
61496867--61496919	27	2.0	27	84	0	70	39	13	15	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61496939--61497088	27	5.7	26	79	7	151	30	7	20	42	1.79
61496965--61497088	54	2.3	54	85	0	176	29	8	21	41	1.82
61496964--61497121	81	2.0	81	82	7	196	29	10	20	39	1.86
61497120--61497278	27	5.9	27	86	0	210	37	7	23	30	1.83
61497120--61497289	81	2.1	81	90	1	261	38	7	24	29	1.83
61502204--61502360	42	3.7	42	70	0	98	26	26	16	29	1.97
61502206--61502360	84	1.8	84	84	0	211	26	26	16	30	1.97
61504499--61504589	44	2.1	44	97	0	173	36	14	16	32	1.89
61509978--61510023	22	2.1	22	84	4	58	69	2	4	23	1.17
61520869--61520909	18	2.3	18	95	0	73	14	12	43	29	1.82
61526689--61526721	14	2.3	15	89	5	50	27	3	0	69	1.03
61532389--61532536	27	5.5	27	82	4	140	27	29	15	27	1.96
61548309--61548459	27	5.6	27	83	4	169	29	28	15	27	1.96
61548309--61548458	82	1.8	81	88	4	230	29	28	15	26	1.96
61556326--61556475	27	5.6	27	81	5	160	29	28	14	27	1.95
61556326--61556474	82	1.8	80	87	5	219	29	28	14	26	1.95
61570580--61570922	40	8.6	40	91	2	467	24	20	27	26	1.99
61578432--61578586	79	2.0	80	83	6	199	25	20	27	26	1.99
61578431--61578612	79	2.3	80	80	7	192	24	21	26	26	2.00
61578430--61578614	40	4.7	40	80	6	198	24	21	27	27	1.99
61578467--61578647	79	2.3	78	77	12	181	27	19	26	26	1.99
61582797--61582912	55	2.1	55	86	0	160	24	31	31	13	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61590989--61591081	44	2.2	42	82	7	107	25	12	25	35	1.92
61591033--61591150	43	2.8	42	77	10	132	26	14	25	33	1.94
61593207--61593265	23	2.6	23	94	0	109	25	30	27	16	1.97
61603373--61603404	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
61604871--61604903	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
61610288--61610401	6	21.0	5	85	9	95	16	2	0	79	0.89
61610290--61610371	6	14.7	6	91	8	122	15	0	0	84	0.63
61610288--61610401	28	4.0	28	85	12	142	16	2	0	79	0.89
61610288--61610371	34	2.5	33	92	3	150	16	0	0	83	0.65
61625116--61625235	46	2.6	45	83	7	136	27	20	30	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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