genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71273356--71273405	20	2.5	20	78	12	59	48	26	14	12	1.78
71276524--71276583	22	2.7	22	89	2	84	16	25	20	38	1.93
71276527--71276630	46	2.3	46	83	8	124	18	25	19	36	1.94
71276527--71276630	23	4.5	24	78	13	112	18	25	19	36	1.94
71280268--71280292	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
71285317--71285364	27	1.9	25	84	16	64	70	2	18	8	1.22
71285428--71285475	22	2.2	23	85	7	64	39	0	4	56	1.19
71285487--71285550	17	3.8	17	76	14	53	23	3	3	70	1.16
71286340--71286392	21	2.5	22	84	9	65	49	1	3	45	1.31
71288806--71288847	22	1.9	22	85	0	57	11	11	2	73	1.18
71288985--71289381	149	2.6	151	87	3	548	35	12	22	28	1.91
71292519--71292557	18	2.2	17	86	4	51	71	2	0	25	0.98
71293575--71293644	34	2.1	34	91	0	113	21	15	11	51	1.75
71293722--71293784	29	2.2	29	85	2	83	46	14	11	28	1.78
71294078--71294119	17	2.4	17	92	4	66	26	9	0	64	1.24
71296299--71296356	26	2.2	26	93	0	98	27	34	12	25	1.91
71301471--71301500	7	4.1	7	95	4	51	26	0	13	60	1.34
71303182--71303239	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
71304510--71304581	22	3.2	22	86	4	99	51	19	0	29	1.47
71311347--71311428	26	3.2	26	92	0	137	29	6	25	39	1.80
71322528--71322622	24	4.0	24	89	6	140	28	22	21	28	1.99
71322549--71322621	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71322670--71322736	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
71322670--71322725	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
71322773--71322820	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
71324317--71324347	14	2.1	15	94	5	55	35	6	0	58	1.24
71330759--71330785	13	2.1	13	100	0	54	48	29	0	22	1.51
71331645--71331690	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
71331585--71331795	107	2.0	108	96	0	388	44	1	5	49	1.33
71331752--71331793	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
71331743--71331784	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
71331919--71332028	45	2.6	44	81	11	133	31	28	5	34	1.80
71332009--71332076	16	4.2	16	88	0	100	35	36	1	26	1.66
71333120--71333273	61	2.5	61	75	3	157	39	3	13	42	1.63
71333784--71333812	12	2.3	13	94	5	51	31	0	6	62	1.22
71335470--71335608	55	2.5	55	86	0	215	26	7	15	49	1.72
71336379--71336508	9	14.1	9	71	13	77	66	1	2	30	1.13
71336390--71336499	19	5.9	18	72	13	71	64	1	2	30	1.18
71336379--71336508	29	4.7	26	70	17	77	66	1	2	30	1.13
71336436--71336509	19	3.9	19	72	15	64	63	1	2	32	1.17
71336685--71336755	19	3.6	20	71	17	60	26	7	2	63	1.34
71336685--71336755	20	3.7	20	70	24	53	26	7	2	63	1.34
71336724--71336819	30	3.4	28	71	17	81	31	7	2	59	1.36
71336743--71336847	10	10.7	10	71	18	62	32	5	1	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71336718--71336792	30	2.6	30	81	10	84	29	9	1	60	1.36
71336782--71336864	19	4.3	18	75	17	78	30	3	3	62	1.29
71336708--71336864	58	2.7	58	80	15	146	29	7	2	61	1.36
71336782--71336864	10	8.7	9	71	17	60	30	3	3	62	1.29
71346488--71346649	79	2.1	79	97	0	306	34	12	11	40	1.80
71351553--71351600	20	2.3	22	75	14	55	0	29	0	70	0.87
71353286--71353371	43	2.0	43	81	4	102	23	22	2	52	1.59
71354041--71354083	19	2.3	18	80	4	50	34	18	0	46	1.50
71354472--71354510	5	7.8	5	88	0	60	0	15	2	82	0.79
71354472--71354514	15	2.9	15	93	3	70	0	13	4	81	0.84
71367918--71367958	19	2.2	18	86	4	55	78	0	17	4	0.93
71368179--71368335	71	2.2	70	82	8	183	46	1	14	38	1.52
71369033--71369083	16	3.3	15	81	8	66	23	13	15	47	1.82
71370075--71370181	55	1.9	55	90	3	171	38	7	30	23	1.82
71372301--71372334	16	2.1	16	88	0	50	44	2	32	20	1.67
71376960--71377295	131	2.6	131	80	0	359	33	14	14	37	1.87
71384863--71384904	17	2.3	18	80	8	50	9	23	0	66	1.21
71387522--71387717	71	2.8	70	76	7	198	28	18	23	29	1.98
71387514--71387744	71	3.3	68	72	12	180	28	18	23	29	1.97
71393633--71393665	15	2.2	15	94	0	57	27	12	36	24	1.91
71397172--71397203	14	2.1	16	88	11	50	43	0	3	53	1.16
71401650--71401690	20	2.0	20	95	0	73	73	0	7	19	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71401653--71401697	20	2.2	20	84	4	54	75	0	11	13	1.05
71403343--71403380	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
71407710--71407785	33	2.3	33	93	0	125	13	6	35	44	1.69
71407725--71407794	33	2.1	33	83	0	86	18	7	34	40	1.78
71422362--71422616	55	4.8	53	81	9	229	21	24	17	36	1.94
71422409--71422609	108	1.8	110	88	4	309	22	24	17	35	1.95
71423670--71423706	19	1.9	19	88	0	56	48	24	8	18	1.75
71426102--71426695	131	4.5	130	78	5	552	26	18	20	34	1.96
71426102--71426695	263	2.3	263	82	3	696	26	18	20	34	1.96
71438084--71438626	132	4.1	131	88	2	755	28	18	26	27	1.98
71441416--71441874	131	3.5	128	82	5	474	26	18	20	33	1.96
71448608--71448638	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
71448605--71448644	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
71448890--71449085	55	3.6	53	82	6	216	21	26	17	35	1.95
71454006--71454081	33	2.3	33	95	0	134	13	7	34	44	1.72
71454021--71454090	33	2.1	33	89	0	104	17	8	34	40	1.80
71454172--71454231	29	2.1	29	100	0	120	41	0	18	40	1.50
71454719--71454824	26	4.1	26	90	2	160	34	6	22	35	1.80
71454719--71454824	52	2.0	52	92	3	178	34	6	22	35	1.80
71463094--71463225	46	2.8	46	79	4	158	22	20	28	28	1.99
71466171--71466239	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
71466162--71466249	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71472575--71472609	2	17.5	2	87	0	52	54	2	0	42	1.15
71472565--71472611	10	4.8	10	84	5	60	55	2	0	42	1.12
71482230--71482268	5	7.6	5	83	16	53	82	0	0	17	0.68
71486258--71486284	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
71502851--71505973	624	5.0	624	99	0	6095	35	15	13	35	1.87
71506847--71506880	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
71511074--71511143	34	2.1	34	94	0	122	65	4	7	22	1.35
71511155--71511192	20	1.9	19	89	5	58	73	2	7	15	1.17
71518152--71518203	22	2.4	23	84	12	67	25	15	28	30	1.96
71518884--71519060	88	2.0	89	94	1	311	28	22	11	37	1.89
71520066--71520119	15	3.5	15	78	16	58	44	5	7	42	1.55
71522225--71522363	24	5.6	25	81	6	106	17	27	22	32	1.97
71522306--71522363	24	2.4	24	97	0	107	18	31	17	32	1.94
71522415--71522462	24	2.0	23	84	4	60	16	22	20	39	1.92
71522426--71522519	25	3.8	25	77	1	91	24	25	14	35	1.94
71528139--71528442	25	12.2	25	75	6	276	23	14	25	37	1.92
71528139--71528447	50	6.2	50	84	4	363	23	13	25	37	1.92
71532681--71532796	61	1.9	58	87	5	169	51	4	2	41	1.35
71532770--71532823	20	2.9	18	75	20	58	51	1	1	44	1.22
71533953--71533999	24	2.0	24	100	0	94	31	25	17	25	1.97
71540030--71540127	34	2.9	34	81	3	101	26	22	24	26	2.00
71543425--71543451	8	3.4	8	100	0	54	88	0	0	11	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71551164--71551192	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
71557317--71557374	22	2.6	22	77	0	53	22	24	13	39	1.90
71558377--71558427	18	2.8	19	76	8	61	37	17	21	23	1.94
71558786--71558854	27	2.6	27	84	6	86	26	20	11	42	1.86
71558867--71558940	27	2.7	27	91	0	121	32	14	14	37	1.87
71560268--71560292	12	2.1	12	100	0	50	52	8	32	8	1.60
71565190--71565254	17	3.5	18	72	18	53	32	3	1	63	1.19
71572277--71572304	12	2.3	12	100	0	56	39	17	21	21	1.93
71573432--71573596	43	3.9	43	77	6	165	28	14	23	33	1.94
71585155--71585182	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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