Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  22  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5795644--5795695
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2.0
26
92
0
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1.8
104
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19
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5795676--5795960
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1.8
154
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30
17
20
32
1.95
5796061--5796243
81
2.3
80
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2
233
30
17
19
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153
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0
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4.0
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4
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3.5
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2.4
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3.5
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7
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3.1
125
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4
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15
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32
2.0
32
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12
76
31
4
23
39
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2.3
19
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0
4
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0
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1.39
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4.1
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20
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2.1
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26
19
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3.1
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3
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19
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21
2.2
21
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0
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30
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26
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2.0
23
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0
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5861428--5861472
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2.8
16
83
12
56
62
2
2
33
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2
2
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5.7
46
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0
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39
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21
1.91
5868181--5868492
138
2.3
130
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4
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1.91
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4.7
46
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0
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14
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0
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118
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29
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1.97
5877015--5877095
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15
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2.0
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20
23
1.60
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7
3.7
7
100
0
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15
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3.6
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14
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1.89
5913634--5913770
46
3.0
46
90
0
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22
23
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1.90
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1.9
27
100
0
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10
100
0
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10
2.5
10
100
0
50
64
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20
8
1.46
5935264--5935322
26
2.3
26
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2
111
33
13
15
37
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5945543--5945618
37
2.1
37
100
0
152
47
7
2
42
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2
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1.21
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0
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1
41
0
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2.0
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0
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0
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0
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20
4
0
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1.00
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19
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51
20
3
3
72
1.16
5975715--5975747
13
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13
90
4
50
39
0
12
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1.40
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10
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57
15
7
0
77
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0
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6026553--6026668
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6.5
18
90
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173
38
11
12
37
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6026544--6026668
35
3.5
36
92
3
191
38
10
13
37
1.79
6026553--6026668
53
2.2
53
92
4
189
38
11
12
37
1.80
6027155--6027208
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3.1
18
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10
67
37
1
0
61
1.07
6032967--6033007
16
2.6
15
88
11
64
85
0
12
2
0.70
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4.1
44
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5
193
31
16
24
27
1.96
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119
5.0
119
93
0
981
33
17
18
29
1.94
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3.2
83
95
0
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31
20
21
27
1.98
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17
5.5
17
84
7
115
41
10
11
36
1.75
6035221--6035318
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5.5
18
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4
128
41
10
11
36
1.75
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35
2.7
35
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3
147
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10
10
37
1.74
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3.6
16
77
17
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1
0
63
1.04
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50
36
1
0
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1.05
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1.9
25
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4
62
36
4
0
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38
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0
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21
2.0
21
81
18
50
21
26
19
31
1.97
6067268--6067307
19
2.2
19
95
4
73
22
15
0
62
1.32
6083216--6083283
22
3.1
21
89
8
100
11
5
14
67
1.39
6087791--6087819
7
4.1
7
100
0
58
13
55
0
31
1.39
6090442--6090474
15
2.2
15
94
0
57
9
27
30
33
1.88
6091511--6091535
13
1.9
13
100
0
50
28
0
8
64
1.22
6108647--6108787
60
2.3
60
79
7
144
29
18
25
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6108755--6108827
36
2.0
36
100
0
146
35
15
21
27
1.93
6109007--6109044
19
2.1
18
85
14
51
26
7
10
55
1.61
6122616--6122675
27
2.2
27
96
3
111
36
23
10
30
1.87
6129982--6130019
18
2.1
19
90
5
60
21
21
5
52
1.66
6137113--6137170
29
2.0
29
89
0
89
25
24
29
20
1.99
6137179--6137213
18
1.9
18
88
0
52
8
14
40
37
1.76
6140573--6140609
19
1.9
19
94
0
65
10
29
37
21
1.88
6142299--6142332
17
2.0
17
100
0
68
23
17
29
29
1.97
6143857--6143890
17
2.0
17
100
0
68
23
17
29
29
1.97
6145415--6145448
17
2.0
17
100
0
68
23
17
29
29
1.97
6146973--6147006
17
2.0
17
100
0
68
23
17
29
29
1.97
6162166--6162198
13
2.5
13
100
0
66
36
6
36
21
1.78
6162195--6162224
13
2.3
13
94
0
51
36
6
20
36
1.79
6165670--6165702
13
2.4
14
90
5
50
69
3
0
27
1.03
6165698--6165799
30
3.4
30
84
2
134
29
22
3
44
1.71
6166371--6166423
14
3.8
13
85
14
63
79
0
20
0
0.74
6166374--6166421
10
4.7
10
80
14
53
79
0
20
0
0.74
6166419--6166445
11
2.5
11
100
0
54
70
0
7
22
1.12
6166377--6166424
24
2.0
23
92
8
78
79
0
20
0
0.74
6167052--6167357
18
17.3
17
72
16
189
31
13
11
43
1.80
6167065--6167192
55
2.4
53
84
2
148
29
13
11
45
1.79
6167069--6167210
73
1.9
73
81
8
173
30
14
11
42
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6167151--6167356
17
11.8
16
70
20
78
28
15
11
44
1.82
6171040--6171072
14
2.4
14
100
0
66
84
0
15
0
0.61
6171672--6171709
12
3.2
12
85
7
51
81
2
15
0
0.80
6173296--6173426
70
1.9
70
86
0
190
35
15
20
28
1.93
6173630--6173933
123
2.4
125
81
7
357
28
15
19
37
1.92
6173811--6174002
72
2.7
72
86
3
246
30
14
18
36
1.90
6174006--6174559
72
7.7
72
94
2
918
31
16
18
34
1.93
6174006--6175489
145
10.6
144
87
8
2157
30
16
18
34
1.93
6174563--6175116
72
7.7
72
94
2
918
31
16
18
34
1.93
6173823--6175492
557
3.0
556
97
0
3141
30
16
18
34
1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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