genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60056175--60056257	40	2.1	40	90	0	130	32	18	27	21	1.96
60064710--60065013	40	7.6	40	96	0	545	29	20	28	21	1.98
60077069--60077119	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
60080956--60081133	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
60098420--60098587	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
60098443--60098587	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
60100648--60100819	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
60100641--60100816	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
60108206--60108377	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
60108199--60108374	46	3.8	46	78	14	200	30	29	19	20	1.97
60116521--60116591	34	2.1	34	97	0	133	43	0	5	50	1.25
60117118--60117153	12	3.0	12	91	0	63	27	25	0	47	1.52
60119160--60119282	41	3.0	41	84	1	129	21	17	25	35	1.95
60119191--60119300	41	2.7	40	78	5	105	21	20	23	34	1.97
60123400--60123464	33	2.0	33	96	0	121	21	15	24	38	1.92
60126917--60126946	14	2.1	14	93	0	51	26	0	16	56	1.40
60127401--60127583	96	1.9	96	86	6	264	18	22	7	51	1.71
60128272--60128299	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
60132358--60132639	48	5.9	48	83	1	296	26	16	27	29	1.97
60147271--60147684	137	3.0	137	98	0	792	28	20	19	31	1.97
60149115--60149347	48	4.9	48	83	1	227	25	17	28	28	1.97
60149115--60149347	96	2.4	96	81	2	254	25	17	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60151535--60151565	15	2.1	15	100	0	62	25	6	25	41	1.79
60161063--60161105	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
60161209--60161235	14	1.9	14	100	0	54	33	22	0	44	1.53
60163916--60164040	46	2.7	46	96	0	223	20	24	28	27	1.99
60171447--60171571	46	2.7	46	97	0	232	19	24	29	27	1.98
60175455--60175603	42	3.5	41	81	10	176	30	14	25	29	1.95
60181918--60182066	42	3.6	41	82	5	183	30	14	26	28	1.95
60185001--60185262	47	5.6	48	82	7	265	21	30	20	27	1.98
60185005--60185262	140	1.8	140	85	4	369	21	30	20	27	1.98
60186711--60186972	39	6.7	40	87	7	319	24	26	22	25	2.00
60186711--60186972	118	2.2	119	83	11	326	24	26	22	25	2.00
60191129--60191521	193	2.0	196	97	2	740	26	25	16	31	1.96
60194930--60195191	39	6.6	39	86	6	302	24	26	22	26	2.00
60194930--60195191	118	2.2	119	82	11	317	24	26	22	26	2.00
60201732--60201765	14	2.3	15	90	5	52	5	11	5	76	1.14
60202173--60202222	23	2.3	22	79	6	57	52	8	6	34	1.55
60210627--60210674	24	2.0	26	84	12	66	8	31	8	52	1.61
60215369--60216072	362	1.9	362	94	0	1230	25	21	17	35	1.95
60216901--60217106	27	7.6	27	83	5	229	42	20	6	30	1.78
60216901--60217120	54	4.1	54	82	1	253	42	20	6	30	1.77
60216901--60217081	81	2.2	80	88	5	258	40	20	7	30	1.80
60217160--60217357	27	7.3	27	88	0	252	28	23	8	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60217140--60217314	81	2.2	81	90	0	269	30	21	9	38	1.85
60217160--60217357	81	2.4	81	88	0	288	28	23	8	39	1.83
60217362--60217852	27	18.2	27	84	3	465	36	18	17	27	1.94
60218283--60218344	22	2.8	22	83	7	72	20	20	20	37	1.95
60218503--60218604	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
60218754--60218882	31	4.2	31	88	3	172	17	17	16	48	1.82
60218764--60218902	6	22.8	6	79	11	149	17	17	16	48	1.82
60225397--60225437	20	2.0	20	95	0	73	24	21	14	39	1.91
60226928--60226978	13	3.8	13	78	14	59	56	3	0	39	1.18
60230380--60230449	33	2.1	33	97	0	131	30	5	14	50	1.66
60232287--60232348	11	6.0	10	76	12	54	67	8	0	24	1.17
60232383--60232453	20	3.6	19	76	22	67	50	2	4	42	1.36
60235554--60235637	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
60241315--60241398	26	3.2	26	93	3	134	34	4	23	36	1.76
60245280--60245324	22	2.0	22	100	0	90	17	26	22	33	1.96
60252948--60253012	28	2.2	30	81	13	73	52	1	1	44	1.19
60256889--60257156	46	5.7	46	78	12	271	27	18	30	23	1.98
60258918--60259513	296	2.0	296	97	0	1111	32	15	21	29	1.95
60260149--60260210	17	3.8	17	74	18	51	54	1	6	37	1.36
60260408--60260441	16	2.2	16	89	5	52	29	11	8	50	1.69
60260980--60261021	15	2.7	16	96	3	77	11	7	16	64	1.48
60261234--60261321	30	3.0	28	75	17	79	40	2	22	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60261249--60261336	31	3.0	29	78	8	81	43	3	22	30	1.70
60261543--60262427	75	11.5	75	84	7	1035	32	18	17	31	1.94
60261551--60262423	311	2.8	300	85	6	1137	32	17	17	31	1.94
60262206--60262434	73	3.1	73	84	3	323	32	20	17	29	1.96
60269084--60269125	20	2.1	20	100	0	84	23	14	26	35	1.93
60273513--60274103	296	2.0	296	97	0	1119	32	15	22	29	1.95
60275008--60275042	16	2.2	16	90	10	54	28	11	8	51	1.67
60275581--60275623	15	2.8	15	92	3	68	13	6	16	62	1.51
60275837--60275937	31	3.4	29	76	13	89	41	2	20	34	1.68
60282330--60282403	31	2.5	30	86	6	105	64	0	1	33	1.02
60282575--60282619	18	2.7	16	86	10	63	55	4	2	37	1.32
60285840--60285877	16	2.3	16	95	4	67	42	26	13	18	1.87
60286674--60286698	12	2.1	12	100	0	50	24	36	8	32	1.84
60289125--60289300	46	3.8	45	78	10	194	21	19	29	29	1.98
60289122--60289292	93	1.8	93	92	0	288	21	20	29	28	1.98
60292372--60292421	20	2.5	20	73	0	55	20	2	6	72	1.16
60293212--60293244	16	2.1	16	94	5	59	39	0	9	51	1.34
60293347--60293392	21	2.1	21	92	4	74	69	2	19	8	1.25
60300749--60300977	49	4.6	49	76	7	210	28	25	17	27	1.98
60301932--60302653	47	15.3	47	93	1	1210	29	29	8	32	1.87
60301982--60302060	25	3.3	25	64	10	74	32	27	5	34	1.79
60306531--60307122	40	14.8	40	92	0	923	27	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60308528--60309242	47	15.3	47	93	3	1167	29	29	7	32	1.86
60308603--60308678	22	3.3	22	67	16	64	27	30	9	32	1.88
60311969--60312031	27	2.3	27	83	0	72	38	19	6	36	1.77
60314509--60314565	30	1.9	30	92	0	96	59	17	12	10	1.60
60314509--60314566	15	3.9	14	78	10	62	60	17	12	10	1.58
60317685--60317921	49	4.8	49	79	3	233	29	26	17	26	1.98
60317742--60317825	28	3.2	27	67	25	72	29	28	16	25	1.97
60317684--60317928	99	2.5	99	78	3	269	29	26	17	26	1.98
60318176--60318229	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
60319820--60319882	32	2.0	32	81	12	76	57	3	0	39	1.15
60319800--60319992	100	1.9	99	88	3	289	61	6	2	29	1.34
60319918--60319986	32	2.2	30	82	15	77	65	7	0	27	1.19
60319817--60320016	100	2.0	101	83	4	253	64	5	2	28	1.27
60324274--60324539	40	6.6	40	88	4	340	25	27	22	24	2.00
60325141--60325342	101	2.0	101	97	1	379	29	21	18	30	1.97
60328895--60329066	79	2.2	79	81	3	202	25	21	27	25	1.99
60328842--60329064	40	5.6	39	80	8	191	25	21	27	25	1.99
60328922--60329099	79	2.2	80	80	2	189	25	21	28	24	1.99
60335692--60335914	40	5.6	40	86	5	263	25	26	22	25	2.00
60339859--60339889	15	2.1	15	93	0	53	51	32	0	16	1.44
60348050--60348074	7	3.6	7	100	0	50	32	16	0	52	1.44
60348830--60348871	16	2.7	16	79	17	52	19	11	2	66	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60351915--60351946	14	2.2	15	94	5	57	46	18	6	28	1.73
60353939--60353965	7	3.9	7	100	0	54	25	14	0	59	1.36
60356852--60356899	21	2.3	21	82	10	55	35	4	16	43	1.67
60359512--60359568	28	2.0	28	93	0	96	38	19	14	28	1.90
60363566--60363633	9	7.6	9	94	0	109	25	10	26	38	1.88
60367419--60367487	15	4.7	14	74	15	59	10	8	18	62	1.52
60376903--60376937	17	2.1	17	100	0	70	48	0	11	40	1.39
60390862--60390914	26	2.0	26	85	0	70	41	24	15	18	1.89
60394253--60394561	38	8.1	38	90	0	411	19	20	24	35	1.96
60394253--60394561	114	2.7	114	92	0	492	19	20	24	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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