genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23780790--23780870	40	2.0	40	92	0	135	34	25	11	28	1.90
23785684--23785747	31	2.1	31	96	0	119	31	31	15	21	1.95
23788236--23788318	23	3.4	23	77	15	80	48	0	1	50	1.08
23788249--23788328	5	16.4	5	71	15	53	45	0	1	53	1.08
23788235--23788323	16	5.7	16	75	14	69	48	0	1	50	1.08
23788236--23788324	10	9.6	10	71	23	61	48	0	1	50	1.08
23788192--23788371	60	2.9	61	79	11	206	41	1	1	55	1.17
23790501--23790578	38	2.1	38	100	0	156	46	12	17	23	1.83
23794902--23795024	51	2.4	52	87	2	178	26	18	12	42	1.86
23795881--23795930	16	3.1	16	79	2	55	58	0	0	42	0.98
23800292--23800531	38	6.3	38	87	1	345	21	22	25	30	1.98
23800918--23801027	45	2.5	42	84	8	123	23	25	25	25	2.00
23803049--23803201	42	3.6	42	77	3	155	28	13	28	30	1.94
23807771--23807810	20	2.1	19	85	4	53	47	12	7	32	1.69
23810759--23810793	8	4.2	8	92	3	52	65	2	0	31	1.07
23813845--23813937	39	2.4	39	88	0	141	33	20	24	21	1.97
23818734--23818818	42	2.0	42	97	0	161	35	28	9	27	1.88
23821859--23821929	29	2.5	29	83	2	90	29	28	14	28	1.95
23822145--23822181	16	2.3	16	90	0	56	10	18	16	54	1.71
23829531--23829644	28	4.0	29	78	8	119	30	29	12	27	1.93
23853831--23853914	42	2.0	42	100	0	168	26	28	9	35	1.88
23859358--23859541	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23859410--23859574	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
23860988--23861108	25	4.8	25	90	0	170	25	14	11	48	1.77
23861927--23862103	45	4.0	45	90	0	266	24	22	26	25	2.00
23861926--23862103	90	2.0	89	92	1	293	24	22	26	25	2.00
23864135--23864295	44	3.7	44	77	10	134	30	22	21	26	1.99
23890627--23890745	27	4.4	26	82	6	139	35	18	21	25	1.95
23894773--23894940	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
23894796--23894940	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
23913398--23913706	40	7.7	40	94	0	519	31	20	26	22	1.98
23922129--23922396	40	6.7	40	96	0	473	32	20	26	21	1.98
23925664--23925710	20	2.3	20	88	0	67	40	19	8	31	1.81
23930290--23930440	43	3.5	44	79	8	159	29	19	23	27	1.98
23930300--23930440	42	3.3	42	81	7	142	29	19	24	26	1.99
23930680--23930749	24	3.1	24	69	23	78	27	14	22	35	1.93
23930682--23930769	44	2.0	44	95	0	158	27	13	20	38	1.90
23930685--23930756	23	3.2	23	66	28	64	31	11	20	36	1.88
23935476--23935527	24	2.2	24	82	0	59	23	11	17	48	1.79
23937323--23937386	31	2.1	31	97	2	121	15	17	3	64	1.42
23940660--23940709	26	1.9	26	84	8	66	20	0	10	70	1.16
23948748--23948785	2	19.0	2	94	0	67	0	52	0	47	1.00
23950845--23950904	28	2.1	29	84	3	77	41	3	25	30	1.71
23950845--23950909	29	2.3	28	83	2	76	43	3	24	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23951387--23951548	43	3.8	44	74	10	147	27	15	24	32	1.95
23954228--23954413	40	4.7	40	86	5	218	25	25	22	25	2.00
23961707--23961932	40	5.7	40	88	4	262	26	26	21	25	2.00
23961674--23961879	80	2.6	80	84	8	260	26	25	20	27	1.99
23967823--23967989	42	4.0	42	74	6	142	29	25	14	30	1.95
23976109--23976166	21	2.7	22	84	10	77	31	24	12	32	1.91
23985951--23985988	19	2.0	20	89	5	60	47	15	0	36	1.46
23987693--23987729	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
23990912--23991000	6	14.7	6	71	19	69	50	14	15	19	1.78
23990912--23991000	24	3.7	24	77	7	99	50	14	15	19	1.78
23990914--23990972	30	2.0	30	90	6	93	52	15	11	20	1.73
23991119--23991184	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
23991119--23991192	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
23991143--23991200	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
23991357--23991415	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
23991504--23991584	27	3.0	28	85	7	87	37	18	22	22	1.95
23991784--23991979	27	7.3	27	84	0	203	26	20	18	35	1.95
23991787--23991979	81	2.4	81	84	1	244	26	20	17	35	1.95
23991974--23992208	54	4.4	54	82	3	278	38	10	22	28	1.87
23991984--23992177	27	7.2	27	81	2	228	40	10	21	27	1.86
23995154--23995480	56	5.8	56	84	2	415	33	23	16	27	1.96
23995459--23995726	43	6.2	43	82	1	322	30	27	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23996942--23996998	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
23998223--23998278	16	3.6	16	83	4	62	69	0	26	3	1.04
23999298--23999343	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
24009295--24009381	34	2.5	35	78	10	90	32	4	16	47	1.67
24014962--24015168	53	3.8	54	78	1	209	19	23	18	38	1.93
24014975--24015168	55	3.6	53	77	2	181	19	23	19	38	1.93
24016575--24016703	46	2.8	47	81	7	154	23	14	27	34	1.94
24023489--24023657	45	3.9	42	75	9	160	31	23	13	32	1.92
24027343--24027382	18	2.1	19	86	9	55	27	27	0	45	1.54
24030303--24030469	42	3.9	43	81	6	171	32	25	12	29	1.92
24034670--24034722	27	2.0	27	88	0	79	32	15	16	35	1.90
24036904--24036956	27	2.0	27	85	7	72	32	26	24	16	1.97
24045062--24045095	17	1.9	18	88	5	52	35	11	2	50	1.54
24047442--24047494	27	2.0	27	84	0	70	28	15	20	35	1.93
24054611--24054636	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
24060983--24061041	18	3.3	18	88	4	84	32	13	16	37	1.88
24061785--24062096	156	2.0	156	100	0	624	30	23	16	28	1.96
24062147--24062231	28	3.0	28	86	3	116	28	29	15	27	1.96
24062443--24062485	16	2.7	16	85	0	50	13	20	13	51	1.76
24068379--24068405	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
24068858--24068951	27	3.4	28	89	2	127	26	11	28	32	1.92
24068882--24068964	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24075750--24075974	40	5.7	40	87	7	282	25	27	21	25	1.99
24076350--24076376	14	1.9	14	100	0	54	0	7	3	88	0.61
24081202--24081357	40	3.9	40	97	0	294	25	28	21	25	1.99
24090473--24090574	37	2.8	37	93	0	168	26	29	18	25	1.98
24090693--24091622	47	19.6	47	92	2	1500	29	28	8	33	1.87
24090693--24091622	143	6.5	141	92	1	1500	29	28	8	33	1.87
24090693--24091622	190	4.9	188	92	1	1500	29	28	8	33	1.87
24100136--24100162	9	3.0	9	100	0	54	22	44	0	33	1.53
24101042--24101087	14	3.3	14	84	0	56	28	19	23	28	1.98
24113080--24113128	24	2.0	24	92	0	80	40	16	2	40	1.60
24114123--24114147	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
24116354--24116403	24	2.1	24	85	3	66	52	10	4	34	1.54
24125410--24125436	10	2.7	10	100	0	54	33	29	7	29	1.85
24128399--24128437	14	2.5	15	88	12	53	64	5	0	30	1.15
24132217--24132311	43	2.2	43	77	3	102	35	13	17	32	1.89
24134615--24134792	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24134636--24134791	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24143935--24144346	40	10.3	39	83	4	468	24	20	27	27	1.99
24143952--24144346	120	3.3	120	94	0	684	24	20	28	27	1.99
24152311--24152702	40	9.8	41	85	5	516	24	20	28	26	1.99
24152315--24152722	120	3.4	120	96	0	719	23	20	28	26	1.99
24157247--24157333	43	2.0	43	90	0	138	29	28	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24160441--24161078	339	1.9	339	88	0	972	33	12	14	39	1.83
24162495--24162810	46	6.7	47	74	11	213	27	19	28	24	1.98
24162495--24162810	96	3.3	94	71	16	228	27	19	28	24	1.98
24170139--24170176	19	2.0	19	100	0	76	31	26	15	26	1.96
24170228--24170437	46	4.5	46	76	9	178	28	19	28	24	1.98
24170277--24170539	46	5.6	45	77	12	194	27	16	30	25	1.96
24170371--24170539	48	3.6	47	83	8	177	26	15	31	27	1.96
24170277--24170539	48	5.6	48	76	12	167	27	16	30	25	1.96
24175235--24175295	25	2.4	25	86	5	79	22	19	24	32	1.97
24175259--24175317	25	2.4	25	85	0	73	25	16	25	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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